| Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del secondo anno |
Corso in post-produzione di immagini 2D e 3D e animazione video
data presunta: a.a 2026-2027 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 4
docente del corso: Mattia La Torre qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è erogato dal Dottorato in Genetica e Biologa Molecolare e aperto alle attività formative della Scuola BeMM. L’obiettivo del corso è quello di fornire ai dottorandə le nozioni dei metodi di base della post-produzione delle immagini e delle animazioni video applicabili alla ricerca scientifica
modalità di accertamento finale: Test valutativo
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Statistica per biologi - Modulo I Lezioni di teoria
data presunta: a.a. 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Mario Fordellone qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dalla Scuola di Dottorato BeMM. L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica. Programma: - Introduzione alla teoria della stima puntuale, intervallo di confidenza e verifica delle ipotesi, significatività statistica e p-value. - Test su popolazioni normali, caso di un campione, due campioni indipendenti, due campioni appaiati, più di due campioni, test post-hoc. - Verifica delle ipotesi di normalità, test su popolazioni non normali, caso di due campioni indipendenti, due campioni appaiati, più di due campioni, test post-hoc. - Statistica non parametrica - Correzione per test multipli - Teoria di base sull'analisi di sopravvivenza.
modalità di accertamento finale: da definire
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Statistica per biologi - Modulo II: Parte Pratica
data presunta: a.a. 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Valerio Licursi qualifica: Studioso o esperto di enti di ricerca affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è rivolto agli studenti del secondo anno della Scuola di Dottorato in Biologia Molecolare e Medicina. L'obiettivo è fornire ai dottorandi le basi dei metodi statistici applicabili alla ricerca scientifica, consentendo loro al contempo di familiarizzare con i principali pacchetti software disponibili online attraverso esercitazioni pratiche. Programma: - Introduzione a R e RStudio - Sintassi di base di R e struttura dei dati: accesso agli elementi (vettori, liste, dataframe) - Gestione e visualizzazione dei dati - Esplorazione e manipolazione dei dati in R con tidyverse - Utilizzo del pacchetto R ggplot2 per visualizzare i dati e creare grafici - Esercitazioni pratiche: test statistici con R su dati reali
modalità di accertamento finale: da definire
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Seminari dal Ciclo Progressi nel campo della Biologia Molecolare
data presunta: a.a. 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 10
docente del corso: qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Seminari organizzati dal Dottorato in Genetica e Biologia Molecolare
modalità di accertamento finale:
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Seminari dal Ciclo Progressi nel campo della Genetica
data presunta: a.a. 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 10
docente del corso: qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Seminari organizzati dal Dottorato in Genetica e Biologia Molecolare
modalità di accertamento finale:
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Tecniche di microscopia per le scienze della vita
data presunta: 2026-2027 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 19
docente del corso: Silvia Di Angelantonio, Annarita Fiorillo (membro del Collegio), Raffaele Strippoli, Sapienza; De Stenafo; docenti esterni qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: E' un corso TEORICO-PRATICO. E' in inglese ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Programma: Benvenuto e introduzione Microscopia ottica convenzionale e confocale Microscopia multifotonica per applicazioni in vitro e in vivo – painting DEEP SIM STED Microscopia elettronica a trasmissione (E. De Stefano – Sapienza – BBCD – CRiN) Cryo-EM (G. Giardina – Sapienza – DSB) Tecniche di clearing (Nicolas Bayens – ULB) Applicazioni – imaging ionico Applicazioni della microscopia a fluorescenza e confocale in fisiopatologia: dimostrazione della plasticità cellulare (EMT/MET), saggi di adesione, migrazione/invasione e sviluppo di organoidi tumorali (R. Strippoli – Sapienza – DMM) Analisi e quantificazione delle immagini – ImageJ
modalità di accertamento finale: Valutazione personale del corso tramite la compilazione di un questionario online.
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Biologia strutturale: nozioni di base, infrastruttura e applicazione
data presunta: 2026-2027 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 14
docente del corso: Adele Di Matteo, Andrea Ilari, Annarita Fiorillo (membri del Collegio), Carlo Travaglini-Allocatelli, Carmelinda Savino; Sonia Longhi (membro del Collegio con affiliazione estera, Laboratory AFMB – Architecture and Function of biological macromolecules, CNRS – Aix-Marseille Univ.) e Michele Vendruscolo (membro del Collegio Docenti con affiliazione straniera: Yusuf Hamied Department of Chemistry, University of Cambridge) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: E' un corso teorico-pratico in lingua INGLESE e aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il corso fornisce una panoramica completa della biologia strutturale, coprendone i principi fondamentali, le infrastrutture, le diverse applicazioni e le prospettive future. Gli studenti acquisiranno una comprensione approfondita del carattere interdisciplinare della biologia strutturale e del suo ruolo centrale nel progresso della ricerca scientifica e delle innovazioni tecnologiche in diversi ambiti. Modulo 1: Cristallografia a raggi X: dal cristallo alla struttura 3D (A. Di Matteo, C. Savino) (4 ore) Il primo modulo è dedicato ai metodi della biologia strutturale e presenta tecniche quali la cristallografia a raggi X, la spettroscopia NMR e la microscopia crio-elettronica (cryo-EM). L’attenzione sarà rivolta in particolare alla cristallografia a raggi X, approfondendo i principi e le metodologie della cristallizzazione delle proteine, la determinazione e il raffinamento delle strutture tridimensionali, la validazione strutturale e le infrastrutture disponibili. Modulo 2: Cryo-EM a particella singola (A. Fiorillo) (2 ore) Il secondo modulo si concentra sui principi e sulle metodologie della cryo-EM a singola particella Modulo 3: Applicazioni della biologia strutturale (A. Ilari) (2 ore) Il terzo modulo esplora le applicazioni della biologia strutturale, con particolare enfasi sul suo ruolo nel drug design razionale e nello sviluppo di strategie di targeting basate sulla struttura. Modulo 4: Applicazioni dell’intelligenza artificiale nella biologia strutturale (M. Vendruscolo) (2 ore) Il quarto modulo è dedicato alle applicazioni dell’intelligenza artificiale nella biologia strutturale e analizza come strumenti e algoritmi basati sull’IA stiano rivoluzionando la predizione strutturale, l’analisi dei dati e la scoperta di nuovi farmaci. Il modulo include inoltre casi di studio che illustrano l’integrazione dell’IA nella risoluzione di complesse problematiche biologiche. Modulo 5: Folding e aggregazione proteica (C. Travaglini-Allocatelli e S. Longhi) (4 ore) Il quinto modulo introduce i fondamenti della struttura macromolecolare, a partire dagli amminoacidi, ed esplora la stabilità delle proteine, i meccanismi di folding, gli esperimenti di folding e i processi di aggregazione. Il modulo affronta inoltre il tema delle proteine disordinate, trattandone le caratteristiche generali, le definizioni, le proprietà, le funzioni, i metodi di predizione e la caratterizzazione sperimentale. Il corso si conclude con un approfondimento sulla separazione di fase liquido-liquido (LLPS) e sulle sue implicazioni nei processi biologici, inclusa la replicazione virale.Il corso beneficia delle risorse della Biocrystal Facility, offerta in collaborazione con il Dipartimento di Scienze Biochimiche e l’Istituto IBPM – CNR (https://biocrystalfacility.it/en/biocrystal-facility/). Ulteriori collaborazioni includono il CNRS di Marsiglia e l’Università di Cambridge, che contribuiscono ad arricchire le opportunità formative e di ricerca offerte dal corso.
modalità di accertamento finale: The final assessment methods include attendance tracking, a final questionnaire to assess the acquired competencies, and the issuance of a certificate of participation
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Metabolismo e metaboliti
data presunta: 2026-2027 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 14
docente del corso: Mario Fontana, Alberto Macone, Elena Forte (membri del Collegio); Alessio Paone, Daniela De Biase qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: ,E' un corso teorico-pratico tenuto in lingua inglese organizzato insieme al dottorato in Scienze della Vita ed è aperto alle attività formative della Scuola BeMM. Obiettivi del corso Il corso ha l’obiettivo di fornire una panoramica delle diverse metodologie finalizzate allo studio del metabolismo cellulare e della metabolomica. Gli studenti acquisiranno una conoscenza approfondita delle tecniche cromatografiche (LC e GC) accoppiate alla rivelazione mediante spettrometria di massa, della gestione dei dati omics e delle analisi respirometriche ad alta risoluzione. Modulo 1Introduzione alla cromatografia liquida nell’analisi metabolomica. Cromatografia liquida/spettrometria di massa: principi e applicazioni. Oncometaboliti. Analisi dei dati omics.Modulo 2 Analisi in tempo reale del metabolismo cellulare mediante tecnologia Seahorse. Introduzione al metabolismo cellulare e alla tecnologia Seahorse. Funzioni principali della piattaforma Seahorse: misurazione della respirazione mitocondriale e della glicolisi in cellule vive. Applicazioni nella ricerca biomedica, oncologica e farmacologica. Dimostrazione interattiva: utilizzo del software Seahorse e interpretazione dei dati. Presentazione dello strumento Oroboros. Approccio multi-omico integrato per lo studio degli effetti degli antibiotici sul metabolismo microbico. Modulo 3 Cromatografia gassosa. Introduzione alla cromatografia gassosa. Principi e applicazioni della GC/MS. Preparazione dei campioni per analisi GC/MS.Metodologia didattica Il corso prevede lezioni frontali, discussioni guidate e presentazioni di progetti. Gli studenti saranno incoraggiati a partecipare attivamente, porre domande e applicare le conoscenze acquisite in attività pratiche. Considerazioni finali. Il corso mira a fornire agli studenti una comprensione completa delle metodologie e delle pratiche per l’utilizzo di modelli cellulari e animali, preparandoli a condurre attività di ricerca avanzata e a contribuire al progresso scientifico in ambito biomedico.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione
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Mutational Signatures in Cancer Genomics
data presunta: 2026-2027 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 3
docente del corso: Tommaso Mazza, Andrea Gazzo qualifica: Studioso o esperto di enti di ricerca affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso introduce il concetto di mutational signatures come
pattern derivati da dati di sequenziamento, evidenziando come le mutazioni somatiche
riflettano i processi di danno e riparazione del DNA. Verranno presentate le principali tipologie
di firme mutazionali e il loro collegamento con meccanismi biologici rilevanti. Il corso fornirà
inoltre una panoramica degli approcci computazionali per la loro analisi e ne discuterà le
potenziali applicazioni come biomarcatori in ambito oncologico, in particolare per la
classificazione dei tumori e il supporto alle strategie terapeutiche.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
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Dalle cellule ai modelli animali: linee guida e migliori pratiche
data presunta: 2026-2027 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 16
docente del corso: Prof.ssa Tramutola, Prof. Di Domenico, Prof. Barone, Prof. Mangoni, Prof. Di Angelantonio, Prof. Sanchini, Prof. Basilico (Sapienza), Prof Cenci (Sapienza), Prof. Martinelli qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il corso ha l’obiettivo di fornire una panoramica completa delle linee guida e delle migliori pratiche per l’utilizzo di modelli cellulari e animali in ambito scientifico e di ricerca. Gli studenti acquisiranno una conoscenza approfondita delle tecniche di coltura cellulare, della manipolazione genetica e dell’applicazione dei modelli animali negli studi biomedici. Modulo 1: Introduzione ai modelli cellulari e animali Basi della coltura cellulare: tecniche per il mantenimento e la proliferazione delle cellule. Principi fondamentali dell’etica nella ricerca che utilizza modelli animali. Vantaggi e limiti dei modelli cellulari e animali. Modulo 2: Coltura cellulare e manipolazione genetica Tecniche avanzate di coltura cellulare: linee cellulari stabili e cellule primarie. Principi di manipolazione genetica in vitro: trasfezione, trasduzione e CRISPR-Cas9. Discussione sull’impatto della manipolazione genetica in vitro sulla validità dei risultati. Modulo 3: Metodi in vitro e alternative avanzate alla sperimentazione animale Modelli di malattia umani derivati da iPSC biostampati in 3D o auto-assemblati. Analisi funzionale di organoidi 3D e costrutti biostampati (MEA, imaging del calcio, patch clamp). Modulo 4: Modelli animali nella ricerca biomedica Scelta del modello animale più appropriato in base alle domande di ricerca. Aspetti etici dell’utilizzo dei modelli animali e conformità alle normative vigenti. Valutazione dei parametri fisiologici nei modelli animali. Modulo 5: Progettazione di studi con modelli animali Protocolli sperimentali e pianificazione degli studi con modelli animali. Monitoraggio e raccolta dei dati nei modelli animali. Analisi statistica e interpretazione dei risultati. Modulo 6: Buone pratiche e prospettive future Linee guida internazionali per l’utilizzo dei modelli cellulari e animali. Casi di successo ed esempi applicativi nell’impiego dei modelli per la ricerca biomedica. Prospettive future: avanzamenti tecnologici e approcci innovativi.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione.
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