Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del secondo anno |
Corso in post-produzione di immagini 2D e 3D e animazione video
data presunta: a.a 2025-2026 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 4
docente del corso: Mattia La Torre qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è erogato dal Dottorato in Genetica e Biologa Molecolare e aperto alle attività formative della Scuola BeMM. L’obiettivo del corso è quello di fornire ai dottorandə le nozioni dei metodi di base della post-produzione delle immagini e delle animazioni video applicabili alla ricerca scientifica
modalità di accertamento finale: Test valutativo
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Statistica per biologi - modulo I Lezioni di teoria
data presunta: a.a. 2025-26 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Mario Fordellone qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dalla Scuola di Dottorato BeMM. L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica. Programma: - Introduction theory for point estimation, confidence interval, and hypothesis testing, Statistical significance, and p-value. - Tests on normal populations, the case of one sample, two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Normality hypothesis testing, tests on non-normal populations, the case of two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Nonparametric statistics - Adjusting for multiple testing - Basic theory on survival analysis.
modalità di accertamento finale: da definire
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Statistica per biologi - Modulo II: Parte Pratica
data presunta: a.a. 2025-26 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Valerio Licursi qualifica: Studioso o esperto di enti di ricerca affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dalla Scuola di Dottorato BeMM. L'obiettivo del corso è quello di fornire ai dottorandə le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica, consentendo con la parte pratica di familiarizzare con i principali pacchetti di software disponibili in rete. Programma: - Intro to R and RStudio - Basic R syntax and data structure: access to elements (vectors, lists, dataframes) - Data handling and visualisation - explore and manipulate data in R with tidyverse - use the R package ggplot2 to visualize data and create plots - Hands-on: statistical tests with R on real data
modalità di accertamento finale: da definire
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Legami dei ligandi e cinetica enzimatica
data presunta: a.a. 2025-26 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: Prof. Andrea Bellelli, Prof. Roberto Contestabile qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dalla Scuola di Dottorato BeMM e l'obiettivo è quello di formare gli studenti del 2° dottorato agli approcci quantitativi per lo studio del legame dei ligandi e della cinetica degli enzimi. L'obiettivo di questo breve corso è quello di introdurre la biologia cellulare, la biotecnologia, la biologia molecolare, la chimica e la biochimica, nonché la cinetica dei processi di legame dei ligandi e delle reazioni catalizzate da enzimi, e di coprire in dettaglio i presupposti, la derivazione e il significato del Michaelis –Equazione di Menten in un contesto biologico. Particolare enfasi sarà data anche agli aspetti pratici, compreso il disegno sperimentale, e alla sua rilevanza biologica come dettagliato da esempi specifici.
Nel dettaglio: Principi di base della cinetica enzimatica; Condizioni di pseudo-primo ordine; Aspetti pratici della cinetica enzimatica (disegno sperimentale); Derivazione di equazioni di velocità allo stato stazionario; Enzimi multi-substrato. Principi di base del legame dei ligandi; Aspetti pratici (disegno sperimentale); Cinetica pre-stazionaria; Analisi dei dati SVD. Inibizione e attivazione enzimatica; Tipi di inibizione; Sistemi complessi di inibizione. Esempi dalla letteratura.
modalità di accertamento finale: Quiz a risposta multipla
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Bioinformatica strutturale
data presunta: a.a. 2025-26 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 18
docente del corso: Stefano Gianni, Veronica Morea, Domenico Raimondo, Anna Marabotti, Alessandro Paiardini qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso, organizzato dalla Scuola di Dottorato BeMM, affronterà le seguenti tematiche: previsione e analisi della struttura delle proteine, AlphaFold, SwissModel, introduzione al docking
modalità di accertamento finale: da definire
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Seminari dal Ciclo Progressi nel campo della Biologia Molecolare
data presunta: a.a. 2025-26 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 10
docente del corso: qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Seminari organizzati dal Dottorato in Genetica e Biologia Molecolare
modalità di accertamento finale:
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Seminari dal Ciclo Progressi nel campo della Genetica
data presunta: a.a. 2025-26 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 10
docente del corso: qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Seminari organizzati dal Dottorato in Genetica e Biologia Molecolare
modalità di accertamento finale:
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Corso di Microscopia Avanzata
data presunta: 2025-2026 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 10
docente del corso: Prof. S. Di Angelantonio, Dr. V. de Turris, Dr. R. Macco, Dr. C. Brighi, Dr. A. Rossi, Prof. E. De Stefano, Prof. G. Giardina; Prof. Nicolas Bayens; Prof. R. Strippoli; Prof. M. Rosito qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso, tenuto dalla Scuola BeMM, ha l'obiettivo di introdurre alla Microscopia ottica convenzionale e confocale e alla Microscopia multifotonica per applicazioni in vitro e in vivo – painting DEEP SIM STED Microscopia Elettronica a Trasmissione. Cryo EM, Tecniche di Clearing, Applicazioni – Imaging ionico – Applicazioni della microscopia a fluorescenza/confocale in fisiopatologia mostrando cellule saggi di plasticità (EMT/MET) di adesione, migrazione/invasione e sviluppo di organoidi tumorali. Analisi e quantificazione delle immagini – ImageJ
modalità di accertamento finale:
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Biologia strutturale: nozioni di base, infrastruttura e applicazione
data presunta: 2025-2026 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 14
docente del corso: A. Di Matteo, A. Ilari, C. Savino, A. Fiorillo, C. Travaglini-Allocatelli, S. Longhi e M. Vendruscolo qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Questo corso, organizzato dalla Scuola BeMM, fornisce una panoramica completa della biologia strutturale, coprendo principi fondamentali, infrastrutture, diverse applicazioni e prospettive future. Gli studentə acquisiranno una comprensione più profonda della natura interdisciplinare della biologia strutturale e del suo ruolo chiave nel progresso della ricerca scientifica e delle innovazioni tecnologiche in vari campi.
Modulo 1: Cristallografia a raggi X: dal cristallo alla struttura 3D
Il primo modulo si concentra sui metodi di biologia strutturale, presentando tecniche come la cristallografia a raggi X, la spettroscopia NMR e la microscopia crioelettronica (Cryo-EM). Si concentrerà in particolare sulla cristallografia a raggi X approfondendo i principi e i metodi di cristallizzazione delle proteine, soluzione e perfezionamento della struttura 3D, validazione della struttura e infrastrutture.
Modulo 2: Cryo-EM a singola particella
Il secondo modulo si concentra sui principi e sulla metodologia della Cryo-EM a singola particella.
Modulo 3: Applicazioni della Biologia Strutturale
Il terzo modulo esplora le applicazioni della biologia strutturale, sottolineando il suo ruolo nella progettazione razionale dei farmaci e nel targeting dei farmaci basato sulla struttura.
Modulo 4: Applicazioni dell'Intelligenza Artificiale in Biologia Strutturale
Il quarto modulo è dedicato alle applicazioni dell'intelligenza artificiale in biologia strutturale. Questo modulo esamina come gli strumenti e gli algoritmi basati sull'intelligenza artificiale stanno rivoluzionando le previsioni strutturali, l'analisi dei dati e la scoperta di farmaci. Comprende anche casi di studio che dimostrano l'integrazione dell'intelligenza artificiale nella risoluzione di complesse questioni biologiche.
Modulo 5: Folding e aggregazione delle proteine
Il quinto modulo introduce i fondamenti della struttura macromolecolare, discutendo gli amminoacidi, esplorando la stabilità delle proteine, i meccanismi di ripiegamento, gli esperimenti di ripiegamento e l'aggregazione. Inoltre, il modulo include argomenti sulle proteine disordinate, coprendone le caratteristiche generali, le definizioni, le proprietà, le funzioni, i metodi di previsione e la caratterizzazione sperimentale. Si conclude con approfondimenti sulla separazione di fase liquido-liquido (LLPS) e sulle sue implicazioni nei processi biologici, inclusa la replicazione virale.
modalità di accertamento finale: Test on line
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Metabolismo e metaboliti
data presunta: 2025-2026 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 14
docente del corso: Prof. Alessio Paone, Prof. Mario Fontana, Prof. Luciana Mosca, Prof. Alberto Macone, Dr. Roberto Mattioli, Prof. Elena Forte, Prof. Daniela De Biase qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso, organizzato dalla Scuola BeMM, si propone di fornire una panoramica delle diverse metodiche finalizzate allo studio del metabolismo cellulare e della metabolomica. Gli studenti acquisiranno una conoscenza approfondita delle tecniche cromatografiche (LC e GC) accoppiate alla rilevazione spettrometrica di massa, alla gestione dei dati omici e alle analisi respirometriche ad alta risoluzione.
Modulo 1: Introduzione alla cromatografia liquida nell'analisi metabolomica. Cromatografia liquida/spettrometria di massa: principi e applicazioni. Oncometaboliti. Analisi dei dati omici.
Modulo 2: Analisi in tempo reale del metabolismo cellulare attraverso l'analisi dei cavallucci marini. Introduzione al metabolismo cellulare e alla tecnologia dei cavallucci marini. Funzioni chiave del cavalluccio marino: misurazione della respirazione mitocondriale e della glicolisi nelle cellule vive. Applicazioni nella ricerca biomedica, oncologica e farmacologica. Dimostrazione interattiva: utilizzo del software Seahorse e interpretazione dei dati. Presentazione dello strumento Oroboros. Approccio multiomico integrato per studiare l'effetto degli antibiotici sul metabolismo microbico.
Modulo 3: Gascromatografia. Introduzione alla gascromatografia. Principi e applicazioni della GC/MS. Preparazione del campione in GC/MS
Metodologia didattica:
Il corso prevede lezioni frontali, discussioni guidate e presentazioni di progetti. Gli studenti saranno incoraggiati a partecipare attivamente, porre domande e applicare le conoscenze acquisite in progetti pratici.
modalità di accertamento finale: Test finale
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Minisimposio interdisciplinare su “Disparità di genere in accademia”
data presunta: 2025 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 3
docente del corso: Marialuisa Villani, Francesca Comunello, Andrea Micoli, Clelia Rossi-Arnaud, Anna Simoni qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il minisimposio, aperto a tutta la Scuola BeMM, prevede gli interventi di:
Marialuisa Villani, sociologa UniBo, vicepresidente “She is a scientist Gender gap in accademia: una questione intersezionale e interdisciplinare”
Francesca Comunello, Senior Fellow SSAS, Dip. CORIS Sapienza “Le donne hanno un cervello più artistico, gli uomini più razionale”. Riflessioni su (auto-) stereotipi ed essenzialismo di genere nell’ICT e nelle professioni STEM
Andrea Micoli, Dottorando SSAS “Equità, genere e contesti universitari: affermazione delle soggettività trans e nonbinarie"
Clelia Rossi-Arnaud, Dip. Psicologia Sapienza “Reclutamento e progressione di carriera senza stereotipi di genere: le proposte del progetto Erasmus+ CBHE WE4LEAD”
Anna Simioni, Vice-Presidente AIRC “Leadership in termini concreti e con una prospettiva di genere: l'esperienza di "Women at the top" e l'iniziativa GLASS”
modalità di accertamento finale: Non previsto
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