The activities listed are in addition to the research activity carried out for the thesis project.
The courses are organized in collaboration with the BeMM Doctoral School - Molecular Biology and Medicine.
The first-year courses concern preparatory knowledge; in particular, scientific English is crucial for training, laboratory safety provides essential information for the correct permanence in laboratories, and the animal experimentation course offers preliminary information for those who may find themselves using animal models during the doctorate.
It is recommended that each doctoral student follows courses and training activities among those proposed by the course for at least 48 hours in the 3 years of the program.
Regarding seminar activity, each doctoral student must choose, for each year, a minimum of 10 seminars related to the topic or methodologies of interest for his/her research project among:
- Seminars held by the teachers of the Doctoral College;
- Seminars held by Sapienza professors external to the Doctorate, organized by the teaching committee of this Doctorate;
- Seminars held by professors/researchers external to Sapienza, Italian or foreign, organized by the teaching committee of this Doctorate;
- Seminars of interest organized by other institutions.
The titles, dates and locations of the seminars will be communicated from time to time by the Secretariat and can be found on the website at the page https://phd.uniroma1.it/web/SEMINARI-BIOLOGIA-CELLULARE-E-DELLO-SVILUPPO_nH3489_IT.aspx.
The autonomously chosen training activities include courses, schools or scientific/technological refresher courses held at a national and/or international level outside the PhD program
FIRST YEAR COURSES
Ricerca dual-use, biotecnologie emergenti e bioterrorismo
numero ore: 1
docente del corso: Teresa Rinaldi qualifica: Professore affiliazione: Italiana
program of activities: the purpose of the seminar is to discuss, also through real cases, the possible risks of using emerging technologies for malicious purposes. The actions that are implemented in Sapienza (and worldwide) for the prevention of bioterrorism will also be presented. Notes on fourth-generation chemical weapons.
Ricerca bibliografica e scrittura accademica
numero ore: 8
docente del corso: Maria Squarcione
Evaluate the quality of information: Web of Science, Scopus, google scholar, bibliometrics, altmetrics, Make effective use of information: the publication cycle, scientific communication, open science. Apply information: open access, gold and green road, hybrid open access. Corso organizzato dal dottorato in Morfogenesi e Ingegneria Tissutale e mutuato nell'ambito delle attività formative della scuola BeMM.
Come scrivere un protocollo di ricerca
numero ore: 4
docente del corso: Giuseppe La Torre
Conception and structure of a research project. Course organized by the doctorate in Advances in Infectious Diseases, Microbiology, Legal Medicine and Public Health Sciences and borrowed within the training activities of the BeMM school.
2D and 3D Image post production and video animation
numero ore: 4
docente del corso: Mattia La Torre
The aim of the course is to provide PhD students with the basic methods of post-production of images and video animations applicable to scientific research. Course organized by the PhD in Genetics and Molecular Biology and borrowed within the training activities of the BeMM school.
Biosafety in the research Lab
numero ore: 6
docente del corso: personale INAIL, Prof. Cutruzzolà
The Course is organized by the PhD in LIFE SCIENCES and is open to the training activities of the BeMM school. The Course aims to raise awareness of issues related to the biotechnology sector; update and make more rigorous the assessment of environmental risk and human health, motivating a culture of prevention. Personnel working in research laboratories are exposed to a professional risk that is sometimes underestimated by those directly involved, who perceive the existence of such risk only in the event of an accident. To reduce the risk of exposure, the professionalism, training, experience and common sense of the operator are therefore of fundamental importance. This training activity represents one of the results of the Inail Scientific Research Project: "Prevention and protection of health and the environment in laboratories that use advanced and innovative biotechnological methods", aimed precisely at training and raising awareness of university personnel in order to ensure compliance with Legislative Decree 206/2001, with a methodology characterized by close synergy between students/researchers/university professors/managers.
Model systems in biology
numero ore: 24
docente del corso: Arianna Montanari, Emily Schifano, Simone Ferrari
The course illustrates some important eukaryotic model systems and presents their characteristics, methodological aspects and applications in the field of biology. The course is divided into monothematic modules; each module includes 4 hours of theory and 4 hours of practice. The first module is dedicated to yeasts, the second to C. elegans, the third to arabidopsis.
Gender equality in STEM careers
numero ore: 4
docente del corso: Barbara Perrini
Il workshop mira a fornire strumenti per riconoscere e mettere in discussione gli stereotipi di genere; analizzare l’iceberg della violenza di genere; correlare le riflessioni sugli stereotipi e sulle diverse forme di violenza di genere con l’autodeterminazione personale, rispetto all’analisi statistica della forbice delle carriere in ambito STEM.
modalità di accertamento finale: non prevista
Course on bash shell scripting, python programming, R programming
numero ore: 20
docente del corso: Teresa Via, Allegra Colombo qua
The course aims to provide an introduction to the R programming language, a powerful and widely used tool for statistical analysis, visualization and data manipulation. It is designed for beginners and offers a solid foundation in R programming. Students will acquire the skills needed to load, manipulate, visualize and analyze basic data using R and RStudio, also preparing for more advanced programming courses. The Course is organized by the PhD in Bioinformatics and Computational Biology and is open to the training activities of the BeMM school.
Protein production and engineering: from biology to nanobiotech
numero ore: 18
docente del corso: Prof. Paola Baiocco, Prof. Maria Carmela Bonaccorsi, Prof. Alessandra Bonamore, Prof. Martino Luigi Di Salvo, Prof. Serena Rinaldo (Dept. Scienze Biochimiche - Sapienza University of Rome); Dr. Linda Celeste Montemiglio (Institute of Molecular Biology and Pathology (IBPM)-CNR, Rome)
Il Corso è organizzato dal dottorato in BIOCHIMICA e SCIENZE DELLA VITA ed è un corso TEORICO-PRATICO in lingua inglese e aperto alle attività formative della scuola BeMM. . The primary focus of this course is to equip 1st PhD students with the quantitative methods for investigating the affinity and mechanism of macromolecular interactions. The course delves into the theoretical and practical aspects of the energetics, thermodynamics (stabilities and affinities), kinetics, and binding mechanism, encompassing both steady-state and transient (pre-steady-state) approaches. These aspects include: Thermodynamics: Measurement of binding using Isothermal Titration Calorimetry (ITC), including experimental design and data analysis to obtain stoichiometry (N), dissociation constant (Kd), and other thermodynamic parameters. Evaluation of oligomerization state and affinity of interactions by native mass spectrometry. Use of Differential scanning fluorimetry (DSF) to screen interactors and unveil the mechanism of binding. Kinetics: Use of Surface Plasmon Resonance (SPR) to determine bimolecular interactions. Setting up a SPR experiment, and analyzing data to obtain on and off rates, and binding constants. Use of pre-steady state approaches to unveil kinetics of binding by means of fluorescence. European infrastructures for studying interactions and kinetics: the examples of MOSBRI and Biocrystal facilities. This course integrates lectures carried out by experts in the field with visits to the diverse Macromolecular Interactions Facilities available at the Department of Biochemical Sciences.
Macromolecular Interactions
numero ore: 10
docente del corso: Prof. Serena Rinaldo (Dept. Biochemical Sciences Sapienza University of Rome); Dr. Angelo Toto (Dep. of Biochemical Sciences, Sapienza University of Rome); Prof. Francesca Cutruzzolà (Dept. of Biochemical Sciences Sapienza University of Rome); Dr. Francesco Fiorentino (Dept. of Experimental Medicine, Sapienza University of Rome); Dr. Gianni Colotti and Dr. Angela Tramonti, (Institute of Molecular Biology and Pathology (IBPM)-CNR, Rome)
Il Corso è organizzato dal dottorato in BIOCHIMICA e SCIENZE DELLA VITA ed è un corso TEORICO-PRATICO in lingua inglese e aperto alle attività formative della scuola BeMM. . The primary focus of this course is to equip 1st PhD students with the quantitative methods for investigating the affinity and mechanism of macromolecular interactions. The course delves into the theoretical and practical aspects of the energetics, thermodynamics (stabilities and affinities), kinetics, and binding mechanism, encompassing both steady-state and transient (pre-steady-state) approaches. These aspects include: Thermodynamics: Measurement of binding using Isothermal Titration Calorimetry (ITC), including experimental design and data analysis to obtain stoichiometry (N), dissociation constant (Kd), and other thermodynamic parameters. Evaluation of oligomerization state and affinity of interactions by native mass spectrometry. Use of Differential scanning fluorimetry (DSF) to screen interactors and unveil the mechanism of binding. Kinetics: Use of Surface Plasmon Resonance (SPR) to determine bimolecular interactions. Setting up a SPR experiment, and analyzing data to obtain on and off rates, and binding constants. Use of pre-steady state approaches to unveil kinetics of binding by means of fluorescence. European infrastructures for studying interactions and kinetics: the examples of MOSBRI and Biocrystal facilities. This course integrates lectures carried out by experts in the field with visits to the diverse Macromolecular Interactions Facilities available at the Department of Biochemical Sciences.
Novel Genomic and Computational Technologies to Advance Research and Industry
numero ore: 4
docente del corso: Davide Cacchiarelli, Beatrice Salvatori (Professor of Molecular Biology, Armenise/Harvard Laboratory of Integrative Genomics School of Medicine, University of Naples "Federico II")
Current technologies used in genomics allow to obtain large amounts of experimental data at the molecular level. The course will focus on data interpretation, that is, in the construction of systems able to integrate genomic data extracted from algorithms to obtain a “biological sense” that can be used in research or industry. The Course is organized by the PhD in Human Biology and Medical Genetics open to the training activities of the BeMM school.
SECOND YEAR COURSES
Statistics for biologists - modulo I "Theory classes”
numero ore: 8
docente del corso: Mario Fordellone
programma delle attività: L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica. Programma: - Introduction theory for point estimation, confidence interval, and hypothesis testing, Statistical significance, and p-value. - Tests on normal populations, the case of one sample, two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Normality hypothesis testing, tests on non-normal populations, the case of two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Nonparametric statistics - Adjusting for multiple testing - Basic theory on survival analysis.
Statistics for biologists - Modulo II: “Practice sessions”
numero ore: 8
docente del corso: Valerio Licursi
programma delle attività: Il corso è rivolto agli studenti del secondo anno della Scuola di Dottorato in Biologia e Medicina Molecolare ed è organizzato dal corso di Dottorato in Biologia Cellulare e dello Sviluppo. L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica, consentendo con la parte pratica di familiarizzare con i principali pacchetti di software disponibili in rete. Programma: - Intro to R and RStudio - Basic R syntax and data structure: access to elements (vectors, lists, dataframes) - Data handling and visualisation - explore and manipulate data in R with tidyverse - use the R package ggplot2 to visualize data an create plots - Hands-on: statistical tests with R on real data
Ricerca bibliografica e scrittura accademica
numero ore: 8
docente del corso: Maria Squarcione
Evaluate the quality of information: Web of Science, Scopus, google scholar, bibliometrics, altmetrics, Make effective use of information: the publication cycle, scientific communication, open science. Apply information: open access, gold and green road, hybrid open access. Corso organizzato dal dottorato in Morfogenesi e Ingegneria Tissutale e mutuato nell'ambito delle attività formative della scuola BeMM.
Advanced biomedical technologies
numero ore: 8
docente del corso: Nicole Zoratto
programma delle attività: Tissue Engineering: Foundations and Applications (Duration: 2 hours) - Explore the fundamentals of tissue engineering, covering key elements such as cells, matrix, active molecules, and environmental factors. - Delve into the biomaterials used in tissue engineering, emphasizing scaffold design principles. - Understand scaffold fabrication techniques, their characterization, and the practical application of tissue engineering, including current challenges. 3D Printing in Medicine and Tissue Engineering (Duration: 2 hours) - Introduce the concept of personalized medicine and its intersection with 3D printing technologies. - Explore advanced 3D printing techniques such as inject printing, fused deposition modeling (FDM), and digital light processing (DLP) and stereolithography (SLA) printing. - Investigate the applications of 3D printing in drug delivery and tissue engineering, highlighting its potential in revolutionizing healthcare. Nanoparticles (Duration: 2 hours) - Provide an overview of nanoparticles utilized in drug delivery from polymeric and lipidic nanoparticles to extracellular vesicles (exosomes). - Explore the isolation methods and drug loading technologies for extracellular vesicles. - Explore the techniques employed in nanoparticle formation and characterization. - Applications of nanoparticles in drug delivery, emphasizing the role of lipid nanoparticles in the development of the SARS-CoV-2 mRNA vaccine. Microfluidics (Duration: 2 hours) - Introduce fluid dynamics for microfluidics (behaviors of fluids at the microscale). - Explore the different types of chips used in nanoparticle and microparticle fabrication. - Applications of microfluidics in both drug delivery and tissue engineering.
Corso organizzato dal dottorato in Scienze Farmaceutiche e mutuato nell'ambito delle attività formative della scuola BeMM.
Cellular microscopy and image analysis
numero ore: 4
Docente del corso: Giulia Guarguaglini
Programma delle attività: Il corso oltre a fornire le basi teoriche della microscopia prevede una parte pratica laboratoriale in cui i dottorandi potranno utilizzare la strumentazione per analizzare i propri preparati. Corso organizzato dal dottorato in Genetica e Biologia Molecolare e mutuato nell'ambito delle attività formative della scuola BeMM
The New Version of The Human Genome: Concepts and Practical Applications
numero ore: 6
docente del corso: Viviana Caputo
programma delle attività: erranno presentate le tecniche di sequenziamento che hanno permesso di assemblare l’ultima versione del genoma umano, T2T-CHM13, e verranno inoltre mostrati alcuni esempi pratici di strutture geniche o regioni genomiche che sono state completate e risolte in questa ultima versione. I partecipanti acquisiranno conoscenze di base per il confronto di diverse versioni del genoma umano, mediante l’utilizzo del genome browser UCSC. Corso organizzato dal dottorato in -Biologia Umana e Genetica Medica e mutuato nell'ambito delle attività formative della scuola BeMM.
Bioinformatics: Theory and applications from genomes to drugs
numero ore: 18
docente del corso: Dr. Teresa Colombo Institute of Molecular Biology and Pathology (IBPM) – CNR, Rome; Dr. Loredana Le Pera Italian National Institute of Health (ISS) – FAST, Rome; Dr. Veronica Morea Institute of Molecular Biology and Pathology (IBPM) – CNR, Rome; Prof. Alessandro Paiardini Department of Biochemical Sciences, “Sapienza”, Dr. Allegra Via, Dept. Biochemical Sciences, Sapienza University of Rome
programma delle attività: The course consists in five main modules, all of which are both theoretical and practical. Students will be divided in pairs and each students’ pair will be assigned a computer. All software and tools shown during the course are either already installed on these computers or available through the Internet. The practical part encompasses at least 50% of the course. 1. Bioinformatics resources in the World Wide Web -Reliable sources (NAR; NCBI; EBI; UniProt; ExPASy; PDB; GO) - Knowledgebases (UniProt, NCBI Gene, EBI) -Sequence comparison and database search - Multiple sequence alignments and phylogenetic trees 2. Sequence-based assignment of protein properties Domains; secondary structure elements; globularity; membrane localization; signal peptides; post- translational modifications Handy tools from ExPasy 3. Protein structure analysis and prediction -Protein structures visualization -Protein structures comparison -protein structures modelling 4. Protein structures interactions -Docking small molecules to protein functional sites - Pharmacophore screening and rational drug design 5. Methods for “omics” and “high- throughput” data analysis and integration -Genomics and transcriptomics -Epigenomics and interactomics. Corso organizzato dal dottorato in Biochimica e Scienz della Vita a e mutuato nell'ambito delle attività formative della scuola BeMM.
Ligand binding and enzyme kinetics
numero ore: 12
docente del corso: Prof. Andrea Bellelli (Dept. of Biochemical Sciences, Sapienza University of Rome; Prof. Roberto Contestabile, Dept. of Biochemical Sciences, Sapienza University of Rome); Dr. Alessandro Giuffrè, Institute of Molecular Biology and Pathology, CNR qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: The focus of this course is to train 2nd PhD students to the quantitative approaches for studying ligand binding and enzyme kinetics. The goal of this short Course is to introduce cell biology, biotechnology, molecular biology, chemistry and biochemistry Students to the kinetics of ligand binding processes and enzyme-catalyzed reactions, and to cover in detail the assumptions, derivation, and meaning of the Michaelis–Menten equation within a biological context. Special emphasis will also be given on the practical aspects, including the experimental design, and its biological relevance as detailed by specific examples. In detail: Basic principles of enzyme kinetics ❖ Pseudo-first order conditions ❖ Practical aspects of enzyme kinetics (experimental design) ❖ Derivation of steady-state rate equations ❖ Multi-substrate enzymes. Basic principles of ligand binding ❖ Practical aspects (experimental design) ❖ Pre steady-state kinetics ❖ SVD data analysis. Enzyme inhibition and activation ❖ Types of inhibition ❖ Complex inhibition systems. Examples from the literature. Corso organizzato dal dottorato in Biochimica e Scienz della Vita a e mutuato nell'ambito delle attività formative della scuola BeMM.
Model systems in biology
numero ore: 24
docente del corso: Arianna Montanari, Emily Schifano, Simone Ferrari
Il corso illustra alcuni importanti sistemi modello eucariotici e ne presenta caratteristiche, aspetti metodologici ed applicazioni nel campo della biologia. Il corso è diviso in moduli monotematici; ogni modulo comprende 4 ore di teoria e 4 ore di pratica. Il primo modulo è dedicato ai lieviti, il secondo a C. elegans, il terzo ad arabidopsis.
Gender equality in STEM careers
numero ore: 4
docente del corso: Barbara Perrini
programma delle attività: Il workshop mira a fornire strumenti per riconoscere e mettere in discussione gli stereotipi di genere; analizzare l’iceberg della violenza di genere; correlare le riflessioni sugli stereotipi e sulle diverse forme di violenza di genere con l’autodeterminazione personale, rispetto all’analisi statistica della forbice delle carriere in ambito STEM. modalità di accertamento finale: non prevista
Ricerca dual-use, biotecnologie emergenti e bioterrorismo
numero ore: 1
docente del corso: Teresa Rinaldi
programma delle attività: lo scopo del seminario è quello di discutere, anche attraverso casi realmente accaduti, i possibili rischi dell'utilizzo delle tecnologie emergenti per scopi malevoli. Verranno presentate anche le azioni che vengono attuate in Sapienza (ed a livello mondiale) per la prevenzione al bioterrorismo. Cenni sulle armi chimiche di quarta generazione.
Course on bash shell scripting, python programming, R programming
numero ore: 20
docente del corso: Teresa Via, Allegra Colombo
programma delle attività: Il corso ha l'obiettivo di fornire un'introduzione al linguaggio di programmazione R, uno strumento potente e ampiamente utilizzato per l'analisi statistica, la visualizzazione e la manipolazione dei dati. È pensata per principianti e offre una solida base nella programmazione in R. Gli studenti acquisiranno le competenze necessarie per caricare, manipolare, visualizzare e analizzare dati di base utilizzando R e RStudio, preparandosi anche per corsi di programmazione più avanzati. Il Corso è organizzato dal dottorato in Bioinformatica e Biologia Computazionale e aperto alle attività formative della scuola BeMM.
Structural biology: basics, infrastructure and application
numero ore: 14
docente del corso: A. Di Matteo, A. Ilari, C. Savino (Institute of Molecular Biology and Pathology, CNR); A. Fiorillo, C. Travaglini-Allocatelli (Dept. of Biochemical Sciences – Sapienza University of Rome) S. Longhi (Laboratory AFMB – Architecture and Function of biological macromolecules, CNRS – Aix-Marseille Univ.) and M. Vendruscolo (Yusuf Hamied Department of Chemistry, University of Cambridge).
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in BIOCHIMICA; è in lingua inglese e aperto alle attività formative della scuola BeMM. This course provides a comprehensive overview of structural biology, covering fundamental principles, infrastructure, diverse applications, and future perspectives. Students will gain a deeper understanding of the interdisciplinary nature of structural biology and its pivotal role in advancing scientific research and technological innovations across various fields. Module 1: X-ray crystallography: from crystal to 3D structure (A. Di Matteo, C.Savino) (4h). The first module focuses on structural biology methods, presenting techniques such as X-ray crystallography, NMR spectroscopy, and cryo-electron microscopy (Cryo-EM). It will particularly be focused on the X-ray crystallography delving into the principles and methods of protein crystallization, 3D structure solution and refinement, structure validation and infrastructures. Module 2: Single Particle Cryo-EM (A. Fiorillo) (2h) The second module focuses on principle and methodology of Single Particle Cryo-EM. Module 3: Applications of Structural Biology (A. Ilari) (2h) The third module explores applications of structural biology, emphasizing its role in rational drug design and structure-based drug targeting. Module 4: Applications of Artificial Intelligence in Structural Biology (M. Vendruscolo) (2h) The fourth module is dedicated to applications of artificial intelligence in structural biology. This module examines how AI-driven tools and algorithms are revolutionizing structural predictions, data analysis, and drug discovery. It also includes case studies demonstrating the integration of AI in solving complex biological questions. Module 5: Protein folding and aggregation (C. Travaglini-Allocatelli and S. Longhi) (4h) The fifth module introduces the fundamentals of macromolecular structure, discussing amino acids, explores protein stability, folding mechanisms, and folding experiments and aggregation. Additionally, the module includes topics on disordered proteins, covering their general characteristics, definitions, properties, functions, methods for prediction, and experimental characterization. It concludes with insights into liquid-liquid phase separation (LLPS) and its implications in biological processes, including viral replication. The course benefits from the resources of the Biocrystal Facility, offered in collaboration with the Department of Biochemical Sciences and the IBPM – CNR Institute, (https://biocrystalfacility.it/en/biocrystal-facility/). Additional collaborations include the CNRS in Marseille and the University of Cambridge, further enhancing the educational and research opportunities provided by the course.
Course for Advanced Microscopy
numero ore: 10
docente del corso: Prof. S. Di Angelantonio, Sapienza; Dr. V. de Turris, Istituto Italiano di Tecnologie (IIT); Dr. R. Macco - Bruker; Dr. C. Brighi, CrestOptics; Dr. A. Rossi, Crisel Instruments; Prof. E. De Stefano, Sapienza, Prof. G. Giardina, Sapienza; Prof. Nicolas Bayens,Université libre de Bruxelles; Prof. R. Strippoli, Sapienza; Prof. M. Rosito, Sapienza
Il corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA e BIOCHIMICA ed è un corso TEORICO-PRATICO e aperto alle attività formative della scuola BeMM. Welcome and Introduction Conventional and confocal light microscopy Multiphoton microscopy for in vitro and in vivo application – painting DEEP SIM STED Transmission Electron Microscopy (E. De Stefano – Sapienza – BBCD -CRiN) Cryo EM (G. Giardina - Sapienza - DSB) Clearing Techniques (Nicolas Bayens - ULB) Applications – Ion Imaging – Applications of fluorescence/confocal microscopy in pathophysiology by showing cellular plasticity (EMT/MET) assays of adhesion, migration/invasion, and tumor organoid development (R. Strippoli – Sapienza – DMM) Image analysis and quantification – ImageJ
Metabolism and metabolites
numero ore: 14
docente del corso: Prof. Alessio Paone, Prof. Mario Fontana, Prof. Luciana Mosca, Prof. Alberto Macone, Dr. Roberto Mattioli, Prof. Elena Forte, Prof. Daniela De Biase, Dept. of Biochemical Sciences, Sapienza University of Rome)
programma delle attività: The course aims to provide an overview of different methods aimed at the study of cellular metabolism and of metabolomics. Students will gain in-depth knowledge of chromatography techniques (LC and GC) coupled to mass spectrometric detection, handling of omics data, and high resolution respirometric analyses. Module 1: Introduction to liquid chromatography in metabolomic analysis. Liquid chromatography/mass spectrometry: principles and applications. Oncometabolites. Omics data analysis. Module 2: Real time analysis of cellular metabolism through seahorse analysis.Introduction to Cellular Metabolism and the Seahorse Technology. Key functions of the Seahorse: measuring mitochondrial respiration and glycolysis in live cells. Applications in biomedical, oncological, and pharmacological research. Interactive demonstration: using the Seahorse software and data interpretation. Presentation of Oroboros Instrument. Integrated multiomic approach to study the effect of antibiotics on microbial metabolism. Module 3: Gas chromatography. Introduction to Gas-chromatography. Principles and applications of GC/MS. Sample preparation in GC/MS Teaching Methodology: The course will include lectures, guided discussions, and project presentations. Students will be encouraged to actively participate, ask questions, and apply the knowledge gained in practical projects.
Corso ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)
numero ore: 8
docente del corso: Valerio Fulci
programma delle attività: La tecnica ATAC-seq è recentemente emersa come una potente applicazione NGS per analizzare l'accessibilità della cromatina a livello genomico. I dati ATAC-seq possono essere sfruttati per correlare i cambiamenti dell'espressione genica con l'accessibilità della cromatina negli stimolatori e nei siti di inizio della trascrizione per ottenere informazioni dettagliate sulle dinamiche della cromatina alla base dei cambiamenti nell'espressione genica in diverse condizioni sperimentali. Il corso si propone di diffondere le competenze bioinformatiche di base per l'analisi dei dati ATAC-seq allo stato dell'arte. Il docente sarà a disposizione per supportare ulteriormente gli studenti nell'analisi di qualsiasi dataset ATAC-seq rilevante per il loro progetto di dottorato Il Corso è organizzato dal dottorato in Dottorato in Biologia Umana e Genetica Medica aperto alle attività formative della scuola BeMM.
Il Corso è organizzato dal dottorato in Dottorato in Biologia Umana e Genetica Medica aperto alle attività formative della scuola BeMM.
THIRD YEAR COURSES
Introduzione alla progettazione e ricerca fondi
numero ore: 6
programma delle attività: Il corso mira a promuovere l’autonomia e a supportare i giovani ricercatori nell’individuazione delle tipologia di finanziamento più attinenti al proprio settore di ricerca o di una specifica idea progettuale. Fornisce inoltre un’introduzione sul Ciclo del Progetto. Il corso si articola in 3 incontri formativi di due ore suddivisi in una parte teorica e una laboratoriale: Introduzione sul PCM - Project Cycle Management (programmazione, identificazione, formulazione, finanziamento, realizzazione e valutazione) e analisi del bando (ammissibilità, modalità di partecipazione, termini di finanziamento, ecc.); Esercitazione: identificazione degli argomenti di ricerca personali e del laboratorio di afferenza; Verifica della corrispondenza tra l’idea progettuale e gli obiettivi del bando; Collaborazione e creazione del partenariato; individuazione degli uffici di Ateneo e di Dipartimento dedicati al supporto dei ricercatori; Scouting e ricerca di piccoli grants, individuazione di piattaforme dedicate, individuazione di finanziamento in corso, call ricorrenti e nuove call; Esercitazione a partire dagli argomenti di ricerca individuati; Raccolta dei bandi identificati e popolamento del database di Dipartimento; La stesura del progetto e la predisposizione del budget; Esercitazione su analisi di una call e rispondenza bando.
Biophysical Sciences: Nanomedicine
numero ore: 10
docente del corso: Giulio Caracciolo
programma delle attività: Structure-activity relationship of nanomaterials for drug & gene delivery. Part 1 Structure-activity relationship of nanomaterials for drug & gene delivery. Part 2 New paradigms in applied biophysics: The nanoparticle-protein corona. Exploiting the nanoparticle-protein corona for targeted therapeutics. Converting the nanoparticle-protein corona into high-throughput diagnostic tests. Corso organizzato dal dottorato in Morfogenesi e Ingegneria Tissutale e mutuato nell'ambito delle attività formative della scuola BeMM.
Public speaking
numero ore: 4
programma delle attività: n questo corso si vogliono fornire ai dottorandi le basi di come ci si confronta coi giornalisti e coi mezzi di comunicazione di massa: che cosa cercano, chi sono i pubblici, come si possono raggiungere nel modo migliore, senza equivoci, senza conflitti, e magari con reciproca soddisfazione. Teoria e pratica dell’intervista: dalla carta stampata, alla radio, alla tv. Ma anche alcuni suggerimenti di scrittura e di comunicazione dal vivo per chi vuole fare da sé, senza troppi mediatori.
Alternative career in science
numero ore: 2
docente del corso: docente dell'Associazione Giovanile Laboratorio 11
programma delle attività: Il corso ha la funzione di ampliare il panorama degli sbocchi professionali per i dottorandi, mettendoli in comunicazione con diverse realtà lavorative. Il corso verrà svolto con la partecipazione dell'associazione "Inside-out” di giovani post-doc in Sapienza. Corso organizzato dal dottorato in Genetica e Biologia Molecolare e mutuato nell'ambito delle attività formative della scuola BeMM.
Preparing Artwork for Scientific Papers
numero ore: 8
docente del corso: Prof. Giorgio Giardina, Prof. Gianni Stefano (Dept. Biochemical Sciences)
programma delle attività: The course aims at giving the students a basic knowledge of the software and tools used to produce publication quality artwork for scientific papers, posters or presentations. A section on scientific writing is also part of the course. Programme: The course will cover the basic knowledge of graphic design such as: image resolution; vector vs raster images; colour theory and colour spaces (RGB, CMYK); basic rules for a good figure design. The students will then be introduced to the professional open-source graphic software for photo editing (GIMP) and vector-graphics (Inkscape). Finally, the entire workflow on how to write and plan the figures of a scientific paper will be covered. Expected outcomes: at the end of the course students will be able to 1. design and create a multi-panel image from scratch. This includes the ability to: modify source images, including legends and diagrams; export data and plots as image files; organize the layout and assemble the figure 2. prepare scientific figures and illustration in agreement with editorial artwork-guidelines using the main tools (from the main palette) of Open Source software such as GIMP, Inkscape, for raster and vector image modification 3. design and export images in the correct format, with image properties optimized for a specific communication media (e.g. scientific paper, research project, oral presentations, poster) 4. Organize the text of a manuscript according to good storytelling rules.
Gender equality in STEM careers
numero ore: 4
docente del corso: Barbara Perrini
programma delle attività: Il workshop mira a fornire strumenti per riconoscere e mettere in discussione gli stereotipi di genere; analizzare l’iceberg della violenza di genere; correlare le riflessioni sugli stereotipi e sulle diverse forme di violenza di genere con l’autodeterminazione personale, rispetto all’analisi statistica della forbice delle carriere in ambito STEM.
Statistics for biologists - modulo I "Theory classes”
numero ore: 8
docente del corso: Mario Fordellone
programma delle attività: L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica. Programma: - Introduction theory for point estimation, confidence interval, and hypothesis testing, Statistical significance, and p-value. - Tests on normal populations, the case of one sample, two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Normality hypothesis testing, tests on non-normal populations, the case of two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Nonparametric statistics - Adjusting for multiple testing - Basic theory on survival analysis.
Statistics for biologists - Modulo II: “Practice sessions”
numero ore: 8
docente del corso: Valerio Licursi
programma delle attività: Il corso è rivolto agli studenti del secondo anno della Scuola di Dottorato in Biologia e Medicina Molecolare ed è organizzato dal corso di Dottorato in Biologia Cellulare e dello Sviluppo. L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica, consentendo con la parte pratica di familiarizzare con i principali pacchetti di software disponibili in rete. Programma: - Intro to R and RStudio - Basic R syntax and data structure: access to elements (vectors, lists, dataframes) - Data handling and visualisation - explore and manipulate data in R with tidyverse - use the R package ggplot2 to visualize data an create plots - Hands-on: statistical tests with R on real data
Ricerca dual-use, biotecnologie emergenti e bioterrorismo
numero ore: 1
docente del corso: Teresa Rinaldi
programma delle attività: lo scopo del seminario è quello di discutere, anche attraverso casi realmente accaduti, i possibili rischi dell'utilizzo delle tecnologie emergenti per scopi malevoli. Verranno presentate anche le azioni che vengono attuate in Sapienza (ed a livello mondiale) per la prevenzione al bioterrorismo. Cenni sulle armi chimiche di quarta generazione.
Model systems in biology
numero ore: 24
docente del corso: Arianna Montanari, Emily Schifano, Simone Ferrari
Il corso illustra alcuni importanti sistemi modello eucariotici e ne presenta caratteristiche, aspetti metodologici ed applicazioni nel campo della biologia. Il corso è diviso in moduli monotematici; ogni modulo comprende 4 ore di teoria e 4 ore di pratica. Il primo modulo è dedicato ai lieviti, il secondo a C. elegans, il terzo ad arabidopsis.
From Cell to Animal Models: Guidelines and Best Practice
numero ore: 16
docente del corso: Dott.ssa Tramutola, Prof. Di Domenico, Prof. Barone, Prof. Mangoni, Prof. Perluigi, Prof. Di Angelantonio, Prof. Sanchini, Prof. Basilico (Sapienza)
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in BIOCHIMICA E dottorato in SCIENZE DELLA VITA ed e' un corso teorico-pratico in lingua inglese e aperto alle attività formative della scuola BeMM. . Course Objective: The course aims to provide a comprehensive overview of guidelines and best practices in the use of cellular and animal models in scientific and research settings. Students will gain in-depth knowledge of cell culture techniques, genetic manipulation, and the application of animal models in biomedical studies. Module 1: Introduction to Cellular and Animal Models Basics of cell culture: techniques for cell maintenance and proliferation. Fundamental principles of ethics in animal model research. Advantages and limitations of cellular and animal models. Module 2: Cell Culture and Genetic Manipulation Advanced cell culture techniques: stable cell lines, primary cells. Principles of genetic manipulation in vitro: transfection, transduction, and CRISPR-Cas9. Discussion on how in vitro genetic manipulation influences result validity. Module 3: In Vitro Methods and More Animal Testing Alternatives 3D bioprinted and self-assembled iPSC derived human disease models Functional analysis of 3D. organoids and bioprinted constructs (MEA, calcium imaging, patch clamp). Module 4: Animal Models in Biomedical Research Choosing the appropriate animal model based on research questions. Ethical aspects of using animal models and compliance with regulations. Assessment of physiological parameters in animal models. Module 5: Designing Studies with Animal Models Experimental protocols and planning studies with animal models. Monitoring and data collection in animal models. Statistical analysis and interpretation of results. Module 6: Best Practices and Future Perspectives International guidelines for the use of cellular and animal models. Success stories and case studies in the use of models for biomedical research. Future perspectives: technological advancements and innovative approaches.
Career development plan for early stage researchers
numero ore: 6
docente del corso: Prof. Alberto Boffi (Dept. of Biochemical Sciences, Sapienza University of Rome; Dr. Elisa Napolitano e Dr. Sabrina Tiberi
programma delle attività: Il corso è organizzato dal corso di dottorato in BIOCHIMICA e e aperto alle attività formative della scuola BeMM. . The career development plan is a structured and comprehensive strategy that individuals create to guide their professional growth and advancement. It involves setting both short-term and long-term career goals, identifying the necessary skills and knowledge required to achieve those goals, and outlining specific actions and milestones to reach them. A well-crafted career development plan not only helps individuals navigate their career paths but also empowers them to take control of their professional development. This proactive approach includes self-assessment, continuous learning, networking, and seeking opportunities for skill enhancement. By regularly reviewing and updating the plan, individuals can adapt to changing circumstances, capitalize on emerging opportunities, and stay aligned with their evolving aspirations. Ultimately, a thoughtfully constructed career development plan serves as a roadmap for individuals to realize their full potential and attain a fulfilling and successful professional journey. The course is dedicated to Early Stage Researchers, comprising PhD students and Post Docs. The course is divided in three separate topics: 1) CDP for academic career (Italian Universities), 2) CDP in Research Institutions (National and international), 3) CDP in the private sector.
Beyond the frontiers of translational immunology
numero ore: 12
docente del corso: Paolini, Scagnolari, Strippoli, Piconese, Paiardini (Sapienza, Rome)
programma delle attività: Il Corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA e e aperto alle attività formative della scuola BeMM. . This course provides an intensive and in‐depth examination of a selection of fundamental concepts in immunology. It takes advantage of the unique expertise of members of our Immunology faculty to illustrate how these concepts have been established and continue to be developed based on seminal work in the field including contributions from their own laboratories.
modalità di accertamento finale: Personal evaluation of the course through an online questionnaire to fill up
The New Version of The Human Genome: Concepts and Practical Applications
numero ore: 6
docente del corso: Viviana Caputo
programma delle attività: Verranno presentate le tecniche di sequenziamento che hanno permesso di assemblare l’ultima versione del genoma umano, T2T-CHM13, e verranno inoltre mostrati alcuni esempi pratici di strutture geniche o regioni genomiche che sono state completate e risolte in questa ultima versione. I partecipanti acquisiranno conoscenze di base per il confronto di diverse versioni del genoma umano, mediante l’utilizzo del genome browser UCSC. Il Corso è organizzato dal dottorato in Dottorato in Biologia Umana e Genetica Medica aperto alle attività formative della scuola BeMM.