Offerta formativa anno accademico 2026/2027


Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del primo anno
Ricerca dual-use, biotecnologie emergenti e bioterrorismo
data presunta: primo semestre 2026/27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 1
docente del corso: Teresa Rinaldi qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: lo scopo del seminario è quello di discutere, anche attraverso casi realmente accaduti, i possibili rischi dell'utilizzo delle tecnologie emergenti per scopi malevoli. Verranno presentate anche le azioni che vengono attuate in Sapienza (ed a livello mondiale) per la prevenzione al bioterrorismo. Cenni sulle armi chimiche di quarta generazione.
modalità di accertamento finale: Da definire con il docente.
Seminari (almeno 10)
data presunta: 2026/27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 10
docente del corso: docenti di istituzioni di ricerca italiane e straniere qualifica: Professore affiliazione: Altro
programma delle attività: Il dottorando dovrà scegliere alcuni tra i molti seminari proposti dal corso di dottorato, dalla scuola BeMM o dal Dipartimento di Biologia e Biotecnologie "Charles Darwin" tenendo conto che dovrà aver seguito almeno 10 seminari per anno. L'elenco dei seminari passati e programmati è presente sul sito del corso (https://phd.uniroma1.it/web/seminari.aspx?i=3489&l=IT).
modalità di accertamento finale: Registrazione presenze
Biosafety in the research Lab
data presunta: secondo semestre 2026/27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 6
docente del corso: personale INAIL, Prof. Cutruzzolà qualifica: Studioso o esperto di aziende o istituzioni culturali o sociali affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA e aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il Corso intende creare maggiore consapevolezza sulle problematiche attinenti al settore delle biotecnologie; aggiornare e rendere più rigorosa la valutazione del rischio ambientale e della salute dell’uomo, motivando alla cultura della prevenzione. Il personale che lavora nei laboratori di ricerca è esposto ad un rischio professionale a volte sottovalutato dai diretti interessati, i quali percepiscono l’esistenza di tale rischio solo in caso di incidente. Per la riduzione del rischio di esposizione risulta quindi di fondamentale importanza la professionalità, l’addestramento, l’esperienza ed il buon senso dell’operatore. Tale attività formativa rappresenta uno dei risultati del Progetto di Ricerca Scientifica Inail: “Prevenzione e tutela della salute e dell’ambiente nei laboratori che utilizzano metodiche biotecnologiche avanzate ed innovative”, finalizzato proprio alla formazione e sensibilizzazione del personale universitario in modo da assicurare il rispetto del D.lgs.206/2001, con una metodologia caratterizzata dalla stretta sinergia tra studenti/ricercatori/ Professori universitari/dirigenti.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
Model systems in biology - module 1: Yeasts
data presunta: primo semestre 2026/27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: Arianna Montanari qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso illustra alcuni importanti sistemi modello eucariotici e ne presenta caratteristiche, aspetti metodologici ed applicazioni nel campo della biologia. Il corso è diviso in moduli monotematici; ogni modulo comprende 4 ore di teoria e 4 ore di pratica. Il primo modulo è dedicato ai lieviti.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
Model systems in biology - module 2: C. elegans
data presunta: primo semestre 2026/27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: Emily Schifano qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso illustra alcuni importanti sistemi modello eucariotici e ne presenta caratteristiche, aspetti metodologici ed applicazioni nel campo della biologia. Il corso è diviso in moduli monotematici; ogni modulo comprende 4 ore di teoria e 4 ore di pratica. Il secondo modulo è dedicato a Caenorhabditis elegans.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
Model systems in biology – module 3: Arabidopsis
data presunta: primo semestre 2026/27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: Riccardo Lorrai qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso illustra alcuni importanti sistemi modello eucariotici e ne presenta caratteristiche, aspetti metodologici ed applicazioni nel campo della biologia. Il corso è diviso in moduli monotematici; ogni modulo comprende 4 ore di teoria e 4 ore di pratica. Il terzo modulo è dedicato ad Arabidopsis thaliana.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
Course on bash shell scripting, python programming, R programming
data presunta: gennaio 2027 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 20
docente del corso: Teresa Via, Allegra Colombo qualifica: Studioso o esperto di enti di ricerca affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso ha l'obiettivo di fornire un'introduzione al linguaggio di programmazione R, uno strumento potente e ampiamente utilizzato per l'analisi statistica, la visualizzazione e la manipolazione dei dati. È pensata per principianti e offre una solida base nella programmazione in R. Gli studenti acquisiranno le competenze necessarie per caricare, manipolare, visualizzare e analizzare dati di base utilizzando R e RStudio, preparandosi anche per corsi di programmazione più avanzati. Il Corso è organizzato dal dottorato in Bioinformatica e Biologia Computazionale e aperto alle attività formative della scuola BeMM.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
Protein production and engineering: from biology to nanobiotech
data presunta: primo semestre 2026/27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: Prof. Paola Baiocco, Prof. Maria Carmela Bonaccorsi, Prof. Alessandra Bonamore, Prof. Martino Luigi Di Salvo (Sapienza University of Rome) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: E' un corso TEORICO-PRATICO in lingua inglese, organizzatodai dottorati in Scienze Biochimiche e Scienze della Vita, ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il corso ha l’obiettivo di formare i dottorandi del primo anno nelle principali tecniche di biologia molecolare e biochimica applicate all’espressione e alla purificazione di proteine ricombinanti. Verranno affrontati sia gli aspetti teorici sia quelli tecnico-pratici, con particolare attenzione alle applicazioni nei diversi ambiti delle biotecnologie. Nel corso delle lezioni saranno trattati temi quali la ricerca di sequenze nucleotidiche e proteiche in banche dati open source, le metodologie di DNA ricombinante per il clonaggio molecolare e l’ingegneria proteica, nonché le strategie per la produzione di proteine mediante espressione in batteri, lieviti e linee cellulari di mammifero. Saranno inoltre approfondite le principali tecniche di purificazione proteica, incluse le metodologie di frazionamento, cromatografia e analisi delle proteine purificate. Una parte del corso sarà dedicata allo studio delle proteine di membrana, con particolare riferimento alle tecnologie BacMam e nanodisc, e ai criteri di controllo di qualità delle proteine ottenute. Il corso prevede infine una panoramica e una visita al laboratorio ProFacT – Protein Factory Training Lab, attivo presso il Dipartimento di Scienze Biochimiche. Un obiettivo rilevante del corso sarà anche quello di fornire una visione d’insieme delle principali applicazioni pratiche delle biotecnologie proteiche, come la progettazione di mutanti sito-specifici per lo studio dell’attività enzimatica e dei meccanismi di inibizione, la produzione di proteine chimeriche per studi strutturali e funzionali e l’ingegnerizzazione di nanoparticelle proteiche per il rilascio di farmaci.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione.
Macromolecular Interactions
data presunta: secondo semestre 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 10
docente del corso: Serena Rinaldo, Angelo Toto, Gianni Colotti, Angela Tramonti, rancesco Fiorentino qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è organizzato dal dottorato in BIOCHIMICA e SCIENZE DELLA VITA ed è un corso TEORICO-PRATICO in lingua inglese e aperto alle attività formative della scuola BeMM. .L’obiettivo principale del corso è fornire ai dottorandi del primo anno gli strumenti quantitativi necessari per lo studio dell’affinità e dei meccanismi di interazione tra macromolecole. Il corso affronta sia gli aspetti teorici sia quelli pratici legati all’energetica, alla termodinamica (stabilità e affinità), alla cinetica e ai meccanismi di legame, includendo approcci sia allo stato stazionario che transitorio (pre–steady state). In particolare, verranno trattati i principi della termodinamica delle interazioni molecolari, con la misurazione del legame mediante calorimetria a titolazione isotermica (ITC), includendo la progettazione sperimentale e l’analisi dei dati per la determinazione della stechiometria (N), della costante di dissociazione (Kd) e di altri parametri termodinamici. Saranno inoltre illustrate le metodologie per la valutazione dello stato di oligomerizzazione e dell’affinità delle interazioni mediante spettrometria di massa in condizioni native, nonché l’utilizzo della fluorimetria a scansione differenziale (DSF) per lo screening degli interattori e lo studio dei meccanismi di legame. Il corso approfondirà anche gli aspetti cinetici delle interazioni biomolecolari, con particolare riferimento all’uso della Surface Plasmon Resonance (SPR) per la determinazione delle interazioni bimolecolari. Verranno descritti l’allestimento di un esperimento di SPR e l’analisi dei dati per l’ottenimento delle costanti cinetiche di associazione e dissociazione e delle costanti di legame. Saranno inoltre presentati approcci “pre–steady state” basati su tecniche di fluorescenza per lo studio dettagliato della cinetica di legame. Infine, il corso offrirà una panoramica sulle principali infrastrutture europee dedicate allo studio delle interazioni e della cinetica, con esempi quali le piattaforme MOSBRI e Biocrystal. Le attività didattiche integrano lezioni tenute da esperti del settore con visite alle diverse infrastrutture per lo studio delle interazioni macromolecolari disponibili presso il Dipartimento di Scienze Biochimiche.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione.
Integrità della ricerca nell'era dell'intelligenza artificiale generativa: promesse e insidie
data presunta: secondo semestre - tipologia: altro - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 2
docente del corso: Elisabetta Sirgiovanni qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: L'obiettivo è fornire le basi per un utilizzo consapevole ed etico dell'intelligenza artificiale (IA) generatica nella ricerca biomedica, con particolare attenzione al suo uso nella preparazione di manoscritti e progetti e nella ricerca delle fonti bibliografiche. Modalità di accertamento finale: da definire con il docente
modalità di accertamento finale: Da definire con il docente
Structure-Function relationships & mechanisms of membrane trafficking of transporters
data presunta: secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 4
docente del corso: George Diallinas qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: These lectures will present how the model filamentous fungus Aspergillus nidulans has developed to be an excellent genetic and cell biology system for studying aspects of transporters, such as structure-function relationships, substrate specificity, evolution and subcellular trafficking.
modalità di accertamento finale: Da definire
Microscopia e analisi di immagini
data presunta: 2027/28 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 4
docente del corso: Giulia Guarguaglini qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è organizzato dal dottorato in Genetica e Biologia Molecolare e aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il corso teorico-pratico oltre a fornire le basi teoriche della microscopia prevede una parte pratica in cui i dottorandə potranno utilizzare la strumentazione per analizzare i propri preparati.
modalità di accertamento finale: test valutativo
Introduzione alla trascrittomica a singola cellula e spaziale
data presunta: 2026/27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 4
docente del corso: Valerio Fulci qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Saranno illustrati i principi generali della cattura dei trascritti di singole cellule e le principali piattaforme tecnologiche disponibili. Verrà fornita una panoramica dell’analisi dei dati, con particolare attenzione alle fasi critiche di preprocessing e analisi biostatistica. Saranno inoltre presentate le tecnologie di Spatial Transcriptomics, evidenziando analogie e differenze rispetto alla single cell transcriptomics.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
Protecting Inventions: a brief journey into the world of pharmaceutical patents
data presunta: 2026/2027 (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 2
docente del corso: Tiziano Bandiera (Fondazione per la ricerca sulla Fibrosi Cistica) qualifica: Studioso o esperto di aziende o istituzioni culturali o sociali affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è un lingua inglese ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Le scoperte biomediche sono alla base del progresso della medicina e dello sviluppo di farmaci innovativi. Portare un nuovo farmaco sul mercato è un processo lungo che richiede investimenti significativi. Questo processo è sostenibile se il nuovo farmaco è in grado di recuperare i costi di sviluppo; ciò è possibile se il farmaco è protetto da un brevetto che impedisce ad altri di produrlo, utilizzarlo, metterlo in vendita e commercializzarlo. I brevetti rappresentano quindi risorse fondamentali nel settore farmaceutico, in quanto consentono di proteggere le scoperte e trasformarle in opportunità commerciali. In ambito accademico, i brevetti costituiscono uno strumento per attrarre investimenti e collaborazioni con l’industria. La lezione fornirà un’introduzione ai brevetti farmaceutici, partendo dai concetti di base e presentando alcuni esempi che illustrano il contenuto di un documento brevettuale e il ciclo di vita di un brevetto.
modalità di accertamento finale: Test valutativo

Eventuali maggiori informazioni piano form. 1°a Gli obiettivi formativi del corso di dottorato sono basati su tre pilastri:

1) formazione alla ricerca sperimentale, basata sul training e tutoraggio continuativo degli studenti e delle studentesse durante l’intero percorso di ricerca. I progetti di ricerca sono selezionati sulla base della loro innovatività, potenziale impatto e sostenibilità (esistenza di fondi dedicati distinti da quelli del dottorato; accesso a strumentazioni e infrastrutture di ricerca; possibilità di collaborazioni internazionali), ed il loro progresso è monitorato attraverso il continuo dialogo tra dottorando/a, supervisor e tutore, oltre che alla valutazione periodica attraverso report scritti e presentazioni orali davanti al Collegio;
2) corsi strutturati di interesse per maggior numero possibile di studenti (con attività teoriche e pratiche) su argomenti specialistici (es. su metodologie per lo studio delle interazioni proteina-proteina; immunologia traslazionale), su tematiche interdisciplinari (es. microscopia avanzata; “Alternative model systems in biology”; bioinformatica) e competenze trasversali (es. comunicazione accademica; “Public speaking”, scrittura di progetti di ricerca; programmazione Python) e transdisciplinari, ovvero che integrano metodi, linguaggi e problemi di altri ambiti per applicarli alla risoluzione di problemi relativi alla biologia cellulare (es. “Biophysical sciences: nanomedicine”; “Statistics for Biologists”) o che applicano le conoscenze della biologia cellulare e molecolare ad ambiti diversi (es. “Ricerca dual-use, biotecnologie emergenti e bioterrorismo”).
3) seminari specialistici tenuti da esperti nazionali e internazionali, tra cui docenti stranieri che fanno parte del collegio (https://phd.uniroma1.it/web/SEMINARI-BIOLOGIA-CELLULARE-E-DELLO-SVILUPPO_nH3489_IT.aspx), invitati sia dal corso di dottorato che dagli studenti stessi.

L’offerta formativa è programmata in modo da permettere a tutti i dottorandi e le dottorande di seguire corsi di interesse specifico per il proprio progetto e i propri interessi culturali, dato il carattere ampiamente multi- ed interdisciplinare del corso. In particolare, ogni dottorando è tenuto a seguire un minimo di 48 h di corsi offerti dal corso o dalla Scuola BeMM (vedi regolamento interno del corso), nel triennio di dottorato, ed un minimo di 10 seminari seguiti nel corso di ogni anno, risultando in un carico di lavoro richiesto per le attività formative complessivamente bilanciato rispetto al tempo dedicabile a ricerca, preparazione di pubblicazioni e stesura della tesi.

Il Dottorato BCS afferisce, insieme ad altri 11 corsi, alla Scuola di dottorato in Biologia e Medicina Molecolare (BeMM), che si propone di fornire gli strumenti conoscitivi, critici e metodologici per lo svolgimento di attività di ricerca - di base, applicata, traslazionale - di elevato livello qualitativo nel settore biomedico, farmaceutico e biotecnologico. Questo permette al dottorato BCS di includere, nella propria offerta formativa, anche corsi e seminari di potenziale interesse per i propri dottorandi e dottorande ma richiedenti specifiche competenze non immediatamente disponibili (es. corso di programmazione Python del Dottorato in Biologia Computazionale). La pianificazione dei corsi da parte del dottorato BCS viene pertanto fatta in modo coordinato con gli altri corsi della Scuola BeMM, per evitare sovrapposizioni e assicurare un’offerta utile per un’ampia platea di studenti e studentesse.

Il corso offre diversi corsi strutturati su tematiche interdisciplinari (es. microscopia avanzata; “Alternative model systems in biology”; bioinformatica) e transdisciplinari, ovvero che integrano metodi, linguaggi e problemi di altri ambiti per applicarli alla risoluzione di problemi relativi alla biologia cellulare (es. “Biophysical sciences: nanomedicine”; “Statistics for Biologists”) o che applicano le conoscenze della biologia cellulare e molecolare ad ambiti diversi (es. “Ricerca dual-use, biotecnologie emergenti e bioterrorismo”).

La transdisciplinarità nel dottorato di si manifesta in particolare attraverso:

1. integrazione di metodologie e strumenti di diverse discipline biologiche (genetica, biochimica, fisiologia, microbiologia…) e computazionali;
2. uso di molteplici sistemi modello (topo, cellule umane, lievito, Arabidopsis) per affrontare domande scientifiche fondamentali;
3. collegamenti tra ricerca di base e applicazioni in medicina, biotecnologie, ambiente e agro-alimentare;
4. percorsi formativi che combinano la biologia con formativa attività come workshop su pari opportunità nelle STEM e programmazione, gestione e comunicazione dei dati, che preparano i dottorandi anche ad affrontare temi culturali e sociali del percorso scientifico.

Ciò è facilitato dalle numerose collaborazioni didattiche e scientifiche con altri corsi di dottorato (in particolare della scuola BeMMM) e dipartimenti, anche internazionali, e dalla partecipazione di diversi docenti del collegio a centri interdipartimentali di Sapienza, quali il CIABC (Scienze applicate alla Protezione dell'Ambiente e dei Beni Culturali) ed il Centro “Sperimentazione Preclinica e Benessere Animale”.

Il Corso inoltre promuove l’acquisizione di competenze trasversali utili per lo svolgimento del progetto di ricerca e per la successiva attività lavorativa, sia in ambito accademico che in altri ambiti dove le conoscenze tecnico-scientifiche devono essere accompagnate da competenze diverse quali:

- competenze organizzative e gestionali (project management, documentazione delle attività di ricerca e gestione dati);
- competenze cognitive e personali (pensiero critico; problem solving; autonomia);
- competenze relazionali (lavoro in team; capacità di comunicazione a platee diverse; networking);
- competenze linguistiche (in particolare, inglese di livello avanzato per preparazione di articoli, conferenze, e grant proposal, e per collaborazioni, stage) e di comunicazione (scrittura scientifica; divulgazione dei risultati delle ricerche; public speaking);
- etica e responsabilità professionale (integrità scientifica; uguaglianza di genere nella ricerca e nel mondo del lavoro; privacy e sicurezza; etica nella sperimentazione animale e umana; consapevolezza normativa).

Le competenze intersettoriali che il corso si prefigge di fare acquisire ai dottorandi e alle dottorande sono:

- Trasferimento tecnologico e valorizzazione della ricerca (protezione della proprietà intellettuale e brevettazione; valutazione del Technology Readiness Level di una ricerca; licensing e spin-off);
- Data literacy e bioinformatica applicata (analisi e interpretazione di dataset di grandi dimensioni; statistica applicata alla biologia sperimentale;
- Project e research management intersettoriale (pianificazione di progetti complessi multi-attore; gestione di budget; coordinamento con altre università, ospedali, imprese, enti di ricerca ed altri enti pubblici)
- Fund raising (scrittura di richieste di finanziamento per bandi nazionali ed internazionali; comprensione dei bandi e dei criteri di valutazione; dialogo con enti finanziatori)
- Comunicazione scientifica intersettoriale (per altri scienziati, imprese, enti regolatori, clinici, pubblico generale)

Tali competenze vengono sviluppate sia nella quotidiana attività di ricerca del/la dottorando/a, sia con corsi dedicati (es. comunicazione accademica; “Public speaking”, scrittura di progetti di ricerca; programmazione Python) e con incontri con ricercatori che hanno intrapreso carriere nel privato (es. “Alternative Careers in Science”), e seminari di dottori di ricerca che hanno intrapreso carriere al di fuori dell’accademia (es. https://phd.uniroma1.it/web/bridging-the-gap-with-the-job-market-what-i-wish-i-knew-before-leaving-academia_nS23328IT_IT.aspx).

Riguardo l’attività seminariale, ciascun/a dottorando/a dovrà scegliere, per ciascun anno, un minimo di 10 seminari inerenti l'argomento o le metodologie di interesse per il suo progetto di ricerca tra i:
- Seminari tenuti dai docenti del Collegio del Dottorato;
- Seminari tenuti da docenti Sapienza esterni al Dottorato, organizzati dalla commissione didattica di questo Dottorato;
- Seminari tenuti da docenti/ricercatori esterni a Sapienza, italiani o stranieri, organizzati dalla commissione didattica di questo Dottorato;
- Seminari di interesse organizzati da altre Istituzioni.

I titoli, le date e le sedi dei seminari saranno comunicate di volta tramite mailing list, Telegram e pubblicati sul sito del corso (https://phd.uniroma1.it/web/CORSI-ORGANIZZATI-DALLA-SCUOLA-DI-DOTTORATO-BeMM_nK1366.aspx).

Le attività formative autonomamente scelte includono corsi, scuole o stage di aggiornamento scientifico/tecnologico tenuti in ambito nazionale e/o internazionale al di fuori del corso di Dottorato

Ciascun dottorando inoltre dovrà assistere alle presentazioni annuali dell’attività svolta dagli altri studenti di questo corso di Dottorato.
Modalità di scelta dell'argomento della tesi: Le linee di ricerca disponibili per ciascun ciclo vengono pubblicizzate attraverso il sito del dottorato prima della pubblicazione del bando di ammissione e attraverso incontri con gli studenti delle Lauree Magistrali di riferimento. I dottorandi ammessi al corso scelgono la linea di ricerca, elaborano il proprio progetto nei primi mesi del primo anno, in autonomia pur con la guida del supervisore (assegnato entro il primo mese di corso), e lo sottopongono al vaglio di un tutor distinto dal relatore di tesi (tipicamente un altro membro del collegio con competenze specifiche nella materia del progetto, o, in caso di necessità di competenze specifiche, un altro docente o ricercatore esterno al collegio), per avere commenti e suggerimenti, prima di essere presentato, sia sotto forma scritta (per l’approvazione formale) che attraverso una presentazione orale, al collegio (entro la prima metà del primo anno). Il tutor valuta annualmente i progressi del progetto, presentati sotto forma di report dettagliato, individua eventuali criticità e propone cambiamenti in itinere per assicurare che la ricerca possa essere completata con successo entro la fine del percorso di dottorato. Per gli studenti che svolgono la tesi all'esterno del Dipartimento di Biologia e Biotecnologie "Charles Darwin", verrà nominato, oltre al supervisore, un co-supervisore interno al collegio, con competenze sull'argomento del progetto.
Modalità delle verifiche per l'ammissione all'anno successivo Ogni dottorando presenterà, alla fine dell'anno, una relazione stilata in stile "manoscritto da sottomettere per la pubblicazione", in un formato definito nelle linee guida predisposte dal Collegio e mirato ad abituare il dottorando a concepire il lavoro svolto e da svolgere, e ad organizzare i risultati nell'ottica di una pubblicazione. La relazione verrà valutata dal tutor interno. Inoltre, ogni dottorando esporrà i risultati delle sue ricerche sotto forma di seminari in lingua inglese di fronte al collegio dei docenti del corso di dottorato, al docente guida/supervisore e all'eventuale tutor. Ad ogni seminario seguirà un'ampia discussione in cui verrà valutata la preparazione e il percorso del dottorando e verranno discusse eventuali criticità e variazioni del progetto di ricerca. Il collegio, sentito il parere del docente guida, dell'eventuale tutor e del revisore, valutato il percorso complessivo del dottorando, deciderà l'ammissione all'anno successivo.
Momenti di presentazione, di scambio e di discussione dei risultati di ricerca da parte dei dottorandi Momenti di scambio e condivisone dei risultati di ricerca tra i dottorandi sono rappresentati dalle presentazioni annuali di progress report, in cui vengono illustrati i progressi del progetto scientifico sia al collegio che agli altri dottorandi, durante le quali viene stimolata la discussione critica e favorito lo scambio di opinioni, consigli tecnici e suggerimenti per nuove strade da percorrere per completare il progetto.

Verrà inoltre svolto un simposio, organizzato da un comitato di dottorandi della Scuola BeMM, che mira a dare agli studenti del dottorato la possibilità di presentare la loro ricerca. Oltre alle relazioni dei dottorandi sono previsti interventi a invito e lectio magistralis di studiosi italiani e stranieri.
Attività formative, non incluse nella didattica programmata di cui ai punti precedenti, di docenti con affiliazione estera e/o di studiosi ed esperti sia italiani che stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende e da istituzioni culturali e sociali La scelta dei corsi, delle attività formative e dei seminari da seguire da parte del dottorando è in funzione del tipo di attività di ricerca prevista dal progetto. II Collegio valuterà la congruenza con il piano formativo. Il dottorando è invitato a partecipare ai molti seminari e corsi proposti dal dottorato, dalla scuola BeMM o dal Dipartimento di Biologia e biotecnologie "Charles Darwin" tenendo conto che dovrà aver seguito almeno 10 seminari per anno e frequentato per almeno 48 h nel triennio i corsi offerti dal Dottorato. Il numero di ore di attività formative e di seminari potrà essere superiore, anche mediante integrazione con attività in laboratori diversi da quello dove normalmente viene svolto il progetto. In quest'ultimo caso, dovrà essere prodotta una relazione dettagliata dell'attività svolta e dei risultati conseguiti.

Il Dottorato BCS promuove inoltre la partecipazione degli studenti e delle studentesse anche a corsi esterni, scuole e workshop organizzati da altre istituzioni, aziende e società scientifiche, per acquisire conoscenze e competenze specifiche utili allo svolgimento del progetto di ricerca, attraverso l’utilizzo del proprio budget di ricerca. Il Dottorato inoltre supporta la partecipazione di tutti gli studenti ai corsi di lingua inglese offerti dal Centro Linguistico di Ateneo, permettendo l’iscrizione diretta senza anticipo delle quote (che vengono trasferite direttamente dal budget 10% dei dottorandi al CLA).

Gli studenti sono incoraggiati a trascorrere periodi all'estero per frequentare corsi di formazione oppure svolgere stage in qualificate strutture accademiche.

Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del secondo anno
Statistics for biologists - modulo I "Theory classes”
data presunta: secondo semestre 2027/28 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Mario Fordellone qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica. Programma: - Introduction theory for point estimation, confidence interval, and hypothesis testing, Statistical significance, and p-value. - Tests on normal populations, the case of one sample, two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Normality hypothesis testing, tests on non-normal populations, the case of two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Nonparametric statistics - Adjusting for multiple testing - Basic theory on survival analysis.
modalità di accertamento finale: da definire con il docente
Statistics for biologists - Modulo II: “Practice sessions”
data presunta: secondo semestre 2027/28 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: Valerio Licursi qualifica: Studioso o esperto di enti di ricerca affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è rivolto agli studenti del secondo anno della Scuola di Dottorato in Biologia e Medicina Molecolare ed è organizzato dal corso di Dottorato in Biologia Cellulare e dello Sviluppo. L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica, consentendo con la parte pratica di familiarizzare con i principali pacchetti di software disponibili in rete. Programma: - Intro to R and RStudio - Basic R syntax and data structure: access to elements (vectors, lists, dataframes) - Data handling and visualisation - explore and manipulate data in R with tidyverse - use the R package ggplot2 to visualize data an create plots - Hands-on: statistical tests with R on real data
modalità di accertamento finale: da definire con il docente
Seminari (almeno 10)
data presunta: 2027/28 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 10
docente del corso: docenti di istituzioni di ricerca italiane e straniere qualifica: Professore affiliazione: Altro
programma delle attività: Il dottorando dovrà scegliere alcuni tra i molti seminari proposti dal corso di dottorato, dalla scuola BeMM o dal Dipartimento di Biologia e Biotecnologie "Charles Darwin" tenendo conto che dovrà aver seguito almeno 10 seminari per anno.
modalità di accertamento finale: Registrazione presenze
Cellular microscopy and image analysis
data presunta: 2027/28 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 4
docente del corso: qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Docente del corso: Giulia Guarguaglini qualifica: Ricercatrice CNR Affiliazione: Italiana Programma delle attività: Il corso oltre a fornire le basi teoriche della microscopia prevede una parte pratica laboratoriale in cui i dottorandi potranno utilizzare la strumentazione per analizzare i propri preparati. Corso organizzato dal dottorato in Genetica e Biologia Molecolare e mutuato nell'ambito delle attività formative della scuola BeMM
modalità di accertamento finale:
Bioinformatics: Theory and applications from genomes to drugs
data presunta: 2027/28 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 18
docente del corso: Dr. Teresa Colombo Institute of Molecular Biology and Pathology (IBPM) – CNR, Rome; Dr. Loredana Le Pera Italian National Institute of Health (ISS) – FAST, Rome; Dr. Veronica Morea Institute of Molecular Biology and Pathology (IBPM) – CNR, Rome; Prof. Alessandro Paiardini Department of Biochemical Sciences, “Sapienza”, Dr. Allegra Via, Dept. Biochemical Sciences,Sapienza University of Rome qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: The course consists in five main modules, all of which are both theoretical and practical. Students will be divided in pairs and each students’ pair will be assigned a computer. All software and tools shown during the course are either already installed on these computers or available through the Internet. The practical part encompasses at least 50% of the course. 1. Bioinformatics resources in the World Wide Web -Reliable sources (NAR; NCBI; EBI; UniProt; ExPASy; PDB; GO) - Knowledgebases (UniProt, NCBI Gene, EBI) -Sequence comparison and database search - Multiple sequence alignments and phylogenetic trees 2. Sequence-based assignment of protein properties Domains; secondary structure elements; globularity; membrane localization; signal peptides; post- translational modifications Handy tools from ExPasy 3. Protein structure analysis and prediction -Protein structures visualization -Protein structures comparison -protein structures modelling 4. Protein structures interactions -Docking small molecules to protein functional sites - Pharmacophore screening and rational drug design 5. Methods for “omics” and “high- throughput” data analysis and integration -Genomics and transcriptomics -Epigenomics and interactomics. Corso organizzato dal dottorato in Biochimica e Scienz della Vita a e mutuato nell'ambito delle attività formative della scuola BeMM.
modalità di accertamento finale: The learning outcomes of the course will be evaluated in two ways. The acquisition of theoretical knowledge will be assessed by scoring the students’ answers to written questionnaires, which will be administered at the end of each module. The acquisition of practical skills will be assessed by examining the students’ ability to perform practical exercises and/or tutorials, which will be proposed during each lecture.
Ligand binding and enzyme kinetics
data presunta: 2027/28 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: Roberto Contestabile, Alessandro Giuffrè, Andrea Bellelli qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Corso organizzato dal dottorato in Biochimica e Scienz della Vita a e mutuato nell'ambito delle attività formative della scuola BeMM. L’obiettivo del corso è formare i dottorandi del secondo anno agli approcci quantitativi per lo studio del legame dei ligandi e della cinetica enzimatica. Il corso intende introdurre i principi di biologia cellulare, biotecnologia, biologia molecolare, chimica e biochimica applicati allo studio dei processi di legame dei ligandi e delle reazioni catalizzate dagli enzimi, approfondendo in particolare le basi teoriche, la derivazione e il significato dell’equazione di Michaelis–Menten nel contesto biologico. Particolare enfasi sarà posta sugli aspetti pratici, inclusi la progettazione sperimentale e la rilevanza biologica dei dati, illustrati attraverso esempi specifici. In dettaglio, il corso tratterà i principi fondamentali della cinetica enzimatica, le condizioni di pseudo-primo ordine, gli aspetti pratici della cinetica enzimatica e la progettazione degli esperimenti, la derivazione delle equazioni di velocità allo stato stazionario e lo studio degli enzimi a più substrati. Verranno inoltre affrontati i principi di base del legame dei ligandi e i relativi aspetti sperimentali, la cinetica pre–steady state e l’analisi dei dati. Infine, il corso approfondirà i meccanismi di inibizione e attivazione enzimatica, le diverse tipologie di inibizione e i sistemi di inibizione complessi, con esempi tratti dalla letteratura scientifica.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione.
Gender equality in STEM careers
data presunta: 2027/28 - tipologia: altro - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 4
docente del corso: Barbara Perrini qualifica: Studioso o esperto di aziende o istituzioni culturali o sociali affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il workshop mira a fornire strumenti per riconoscere e mettere in discussione gli stereotipi di genere; analizzare l’iceberg della violenza di genere; correlare le riflessioni sugli stereotipi e sulle diverse forme di violenza di genere con l’autodeterminazione personale, rispetto all’analisi statistica della forbice delle carriere in ambito STEM. modalità di accertamento finale: non prevista
modalità di accertamento finale: non prevista
Ricerca dual-use, biotecnologie emergenti e bioterrorismo
data presunta: primo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 1
docente del corso: Teresa Rinaldi qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: lo scopo del seminario è quello di discutere, anche attraverso casi realmente accaduti, i possibili rischi dell'utilizzo delle tecnologie emergenti per scopi malevoli. Verranno presentate anche le azioni che vengono attuate in Sapienza (ed a livello mondiale) per la prevenzione al bioterrorismo. Cenni sulle armi chimiche di quarta generazione.
modalità di accertamento finale: Da concordare col docente
Course on bash shell scripting, python programming, R programming
data presunta: 2027/28 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 20
docente del corso: Teresa Via, Allegra Colombo qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso ha l'obiettivo di fornire un'introduzione al linguaggio di programmazione R, uno strumento potente e ampiamente utilizzato per l'analisi statistica, la visualizzazione e la manipolazione dei dati. È pensata per principianti e offre una solida base nella programmazione in R. Gli studenti acquisiranno le competenze necessarie per caricare, manipolare, visualizzare e analizzare dati di base utilizzando R e RStudio, preparandosi anche per corsi di programmazione più avanzati. Il Corso è organizzato dal dottorato in Bioinformatica e Biologia Computazionale e aperto alle attività formative della scuola BeMM.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
Structural biology: basics, infrastructure and application
data presunta: 2027/28 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 14
docente del corso: Adele Di Matteo, Andrea Ilari, Annarita Fiorillo (membri del Collegio), Carlo Travaglini-Allocatelli, Carmelinda Savino; Sonia Longhi (membro del Collegio con affiliazione estera, Laboratory AFMB – Architecture and Function of biological macromolecules, CNRS – Aix-Marseille Univ.) e Michele Vendruscolo (membro del Collegio Docenti con affiliazione straniera: Yusuf Hamied Department of Chemistry, University of Cambridge) qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in BIOCHIMICA; è in lingua inglese e aperto alle attività formative della scuola BeMM. E' un corso teorico-pratico in lingua INGLESE e aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il corso fornisce una panoramica completa della biologia strutturale, coprendone i principi fondamentali, le infrastrutture, le diverse applicazioni e le prospettive future. Gli studenti acquisiranno una comprensione approfondita del carattere interdisciplinare della biologia strutturale e del suo ruolo centrale nel progresso della ricerca scientifica e delle innovazioni tecnologiche in diversi ambiti. Modulo 1: Cristallografia a raggi X: dal cristallo alla struttura 3D (A. Di Matteo, C. Savino) (4 ore) Il primo modulo è dedicato ai metodi della biologia strutturale e presenta tecniche quali la cristallografia a raggi X, la spettroscopia NMR e la microscopia crio-elettronica (cryo-EM). L’attenzione sarà rivolta in particolare alla cristallografia a raggi X, approfondendo i principi e le metodologie della cristallizzazione delle proteine, la determinazione e il raffinamento delle strutture tridimensionali, la validazione strutturale e le infrastrutture disponibili. Modulo 2: Cryo-EM a particella singola (A. Fiorillo) (2 ore) Il secondo modulo si concentra sui principi e sulle metodologie della cryo-EM a singola particella Modulo 3: Applicazioni della biologia strutturale (A. Ilari) (2 ore) Il terzo modulo esplora le applicazioni della biologia strutturale, con particolare enfasi sul suo ruolo nel drug design razionale e nello sviluppo di strategie di targeting basate sulla struttura. Modulo 4: Applicazioni dell’intelligenza artificiale nella biologia strutturale (M. Vendruscolo) (2 ore) Il quarto modulo è dedicato alle applicazioni dell’intelligenza artificiale nella biologia strutturale e analizza come strumenti e algoritmi basati sull’IA stiano rivoluzionando la predizione strutturale, l’analisi dei dati e la scoperta di nuovi farmaci. Il modulo include inoltre casi di studio che illustrano l’integrazione dell’IA nella risoluzione di complesse problematiche biologiche. Modulo 5: Folding e aggregazione proteica (C. Travaglini-Allocatelli e S. Longhi) (4 ore) Il quinto modulo introduce i fondamenti della struttura macromolecolare, a partire dagli amminoacidi, ed esplora la stabilità delle proteine, i meccanismi di folding, gli esperimenti di folding e i processi di aggregazione. Il modulo affronta inoltre il tema delle proteine disordinate, trattandone le caratteristiche generali, le definizioni, le proprietà, le funzioni, i metodi di predizione e la caratterizzazione sperimentale. Il corso si conclude con un approfondimento sulla separazione di fase liquido-liquido (LLPS) e sulle sue implicazioni nei processi biologici, inclusa la replicazione virale.Il corso beneficia delle risorse della Biocrystal Facility, offerta in collaborazione con il Dipartimento di Scienze Biochimiche e l’Istituto IBPM – CNR (https://biocrystalfacility.it/en/biocrystal-facility/). Ulteriori collaborazioni includono il CNRS di Marsiglia e l’Università di Cambridge, che contribuiscono ad arricchire le opportunità formative e di ricerca offerte dal corso.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione
Microscopy Techniques for the Life Sciences
data presunta: a.a. 2027/28 (primo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 18
docente del corso: S. Di Angelantonio, Sapienza; A. Rossi, Prof. E. De Stefano, R. Strippoli qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA e BIOCHIMICA ed è un corso TEORICO-PRATICO e aperto alle attività formative della scuola BeMM. E' in inglese ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Programma: Benvenuto e introduzione Microscopia ottica convenzionale e confocale Microscopia multifotonica per applicazioni in vitro e in vivo – painting DEEP SIM STED Microscopia elettronica a trasmissione (E. De Stefano – Sapienza – BBCD – CRiN) Cryo-EM (G. Giardina – Sapienza – DSB) Tecniche di clearing (Nicolas Bayens – ULB) Applicazioni – imaging ionico Applicazioni della microscopia a fluorescenza e confocale in fisiopatologia: dimostrazione della plasticità cellulare (EMT/MET), saggi di adesione, migrazione/invasione e sviluppo di organoidi tumorali (R. Strippoli – Sapienza – DMM) Analisi e quantificazione delle immagini – ImageJ
modalità di accertamento finale: Valutazione personale del corso tramite la compilazione di un questionario online.
Metabolism and metabolites
data presunta: 2027/28 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: Prof. Alessio Paone, Prof. Mario Fontana, Prof. Luciana Mosca, Prof. Alberto Macone, Dr. Roberto Mattioli, Prof. Elena Forte, Prof. Daniela De Biase, Dept. of Biochemical Sciences, Sapienza University of Rome) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal Dottorato in Biochimica e Scienze della Vita, è un corso teorico-pratico tenuto in lingua inglese ed è aperto alle attività formative della Scuola BeMM. Obiettivi del corso Il corso ha l’obiettivo di fornire una panoramica delle diverse metodologie finalizzate allo studio del metabolismo cellulare e della metabolomica. Gli studenti acquisiranno una conoscenza approfondita delle tecniche cromatografiche (LC e GC) accoppiate alla rivelazione mediante spettrometria di massa, della gestione dei dati omics e delle analisi respirometriche ad alta risoluzione. Modulo 1Introduzione alla cromatografia liquida nell’analisi metabolomica. Cromatografia liquida/spettrometria di massa: principi e applicazioni. Oncometaboliti. Analisi dei dati omics.Modulo 2 Analisi in tempo reale del metabolismo cellulare mediante tecnologia Seahorse. Introduzione al metabolismo cellulare e alla tecnologia Seahorse. Funzioni principali della piattaforma Seahorse: misurazione della respirazione mitocondriale e della glicolisi in cellule vive. Applicazioni nella ricerca biomedica, oncologica e farmacologica. Dimostrazione interattiva: utilizzo del software Seahorse e interpretazione dei dati. Presentazione dello strumento Oroboros. Approccio multi-omico integrato per lo studio degli effetti degli antibiotici sul metabolismo microbico. Modulo 3 Cromatografia gassosa. Introduzione alla cromatografia gassosa. Principi e applicazioni della GC/MS. Preparazione dei campioni per analisi GC/MS.Metodologia didattica Il corso prevede lezioni frontali, discussioni guidate e presentazioni di progetti. Gli studenti saranno incoraggiati a partecipare attivamente, porre domande e applicare le conoscenze acquisite in attività pratiche. Considerazioni finali. Il corso mira a fornire agli studenti una comprensione completa delle metodologie e delle pratiche per l’utilizzo di modelli cellulari e animali, preparandoli a condurre attività di ricerca avanzata e a contribuire al progresso scientifico in ambito biomedico.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione
Analysis of Spatial Transcriptomics: Tools and Strategies
data presunta: 2027/28 secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 4
docente del corso: Valerio Fulci qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Saranno illustrati nel dettaglio gli step necessari per il preprocessing dei dati di Spatial Transcriptomics. Verranno inoltre presentati i principali strumenti per l’analisi e la caratterizzazione delle regioni tissutali, con attenzione alle differenze tra approcci “segmentation-free” e metodi basati su pseudo-cellule. Il Corso è organizzato dal dottorato in Dottorato in Biologia Umana e Genetica Medica aperto alle attività formative della scuola BeMM.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
Corso in post-produzione di immagini 2D e 3D e animazione video
data presunta: 2027/28 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 4
docente del corso: Mattia La Torre qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è erogato dal Dottorato in Genetica e Biologa Molecolare e aperto alle attività formative della Scuola BeMM. L’obiettivo del corso è quello di fornire ai dottorandə le nozioni dei metodi di base della post-produzione delle immagini e delle animazioni video applicabili alla ricerca scientifica
modalità di accertamento finale: test valutativo
FROM CELL TO ANIMAL MODELS: GUIDELINES AND BEST PRACTICE
data presunta: 2027-2028 (primo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 16
docente del corso: Prof.ssa Tramutola, Prof. Di Domenico, Prof. Barone, Prof. Mangoni, Prof. Di Angelantonio, Prof. Sanchini, Prof. Basilico (Sapienza), Prof Cenci (Sapienza), Prof. Martinelli qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA ed e' un corso teorico-pratico in lingua inglese aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il corso ha l’obiettivo di fornire una panoramica completa delle linee guida e delle migliori pratiche per l’utilizzo di modelli cellulari e animali in ambito scientifico e di ricerca. Gli studenti acquisiranno una conoscenza approfondita delle tecniche di coltura cellulare, della manipolazione genetica e dell’applicazione dei modelli animali negli studi biomedici. Modulo 1: Introduzione ai modelli cellulari e animali Basi della coltura cellulare: tecniche per il mantenimento e la proliferazione delle cellule. Principi fondamentali dell’etica nella ricerca che utilizza modelli animali. Vantaggi e limiti dei modelli cellulari e animali. Modulo 2: Coltura cellulare e manipolazione genetica Tecniche avanzate di coltura cellulare: linee cellulari stabili e cellule primarie. Principi di manipolazione genetica in vitro: trasfezione, trasduzione e CRISPR-Cas9. Discussione sull’impatto della manipolazione genetica in vitro sulla validità dei risultati. Modulo 3: Metodi in vitro e alternative avanzate alla sperimentazione animale Modelli di malattia umani derivati da iPSC biostampati in 3D o auto-assemblati. Analisi funzionale di organoidi 3D e costrutti biostampati (MEA, imaging del calcio, patch clamp). Modulo 4: Modelli animali nella ricerca biomedica Scelta del modello animale più appropriato in base alle domande di ricerca. Aspetti etici dell’utilizzo dei modelli animali e conformità alle normative vigenti. Valutazione dei parametri fisiologici nei modelli animali. Modulo 5: Progettazione di studi con modelli animali Protocolli sperimentali e pianificazione degli studi con modelli animali. Monitoraggio e raccolta dei dati nei modelli animali. Analisi statistica e interpretazione dei risultati. Modulo 6: Buone pratiche e prospettive future Linee guida internazionali per l’utilizzo dei modelli cellulari e animali. Casi di successo ed esempi applicativi nell’impiego dei modelli per la ricerca biomedica. Prospettive future: avanzamenti tecnologici e approcci innovativi.
modalità di accertamento finale: attendance tracking, a final questionnaire to assess the acquired competencies, and the issuance of a certificate of participation.
BEYOND THE FRONTIERS OF TRANSLATIONAL IMMUNOLOGY
data presunta: 2027/28 (primo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: Proff. Rossella Paolini, Carolina Scagnolari, Raffaele Strippoli, Alessandro Paiardini, Silvia Piconese (Sapienza Università di Roma) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA ed è un corso TEORICO-PRATICO. Questo corso offre un'analisi intensiva e approfondita di una selezione di concetti fondamentali dell'immunologia. Sfrutta le competenze uniche dei membri del nostro corpo docente di Immunologia per illustrare come questi concetti siano stati stabiliti e continuino a essere sviluppati sulla base di lavori fondamentali nel settore, inclusi i contributi dei loro stessi laboratori.
modalità di accertamento finale: Test online

Eventuali maggiori informazioni piano form. 2° Gli obiettivi formativi del corso di dottorato sono basati su tre pilastri:

1) formazione alla ricerca sperimentale, basata sul training e tutoraggio continuativo degli studenti e delle studentesse durante l’intero percorso di ricerca. I progetti di ricerca sono selezionati sulla base della loro innovatività, potenziale impatto e sostenibilità (esistenza di fondi dedicati distinti da quelli del dottorato; accesso a strumentazioni e infrastrutture di ricerca; possibilità di collaborazioni internazionali), ed il loro progresso è monitorato attraverso il continuo dialogo tra dottorando/a, supervisor e tutore, oltre che alla valutazione periodica attraverso report scritti e presentazioni orali davanti al Collegio;
2) corsi strutturati di interesse per maggior numero possibile di studenti (con attività teoriche e pratiche) su argomenti specialistici (es. su metodologie per lo studio delle interazioni proteina-proteina; immunologia traslazionale), su tematiche interdisciplinari (es. microscopia avanzata; “Alternative model systems in biology”; bioinformatica) e competenze trasversali (es. comunicazione accademica; “Public speaking”, scrittura di progetti di ricerca; programmazione Python) e transdisciplinari, ovvero che integrano metodi, linguaggi e problemi di altri ambiti per applicarli alla risoluzione di problemi relativi alla biologia cellulare (es. “Biophysical sciences: nanomedicine”; “Statistics for Biologists”) o che applicano le conoscenze della biologia cellulare e molecolare ad ambiti diversi (es. “Ricerca dual-use, biotecnologie emergenti e bioterrorismo”).
3) seminari specialistici tenuti da esperti nazionali e internazionali, tra cui docenti stranieri che fanno parte del collegio (https://phd.uniroma1.it/web/SEMINARI-BIOLOGIA-CELLULARE-E-DELLO-SVILUPPO_nH3489_IT.aspx), invitati sia dal corso di dottorato che dagli studenti stessi.

L’offerta formativa è programmata in modo da permettere a tutti i dottorandi e le dottorande di seguire corsi di interesse specifico per il proprio progetto e i propri interessi culturali, dato il carattere ampiamente multi- ed interdisciplinare del corso. In particolare, ogni dottorando è tenuto a seguire un minimo di 48 h di corsi offerti dal corso o dalla Scuola BeMM (vedi regolamento interno del corso), nel triennio di dottorato, ed un minimo di 10 seminari seguiti nel corso di ogni anno, risultando in un carico di lavoro richiesto per le attività formative complessivamente bilanciato rispetto al tempo dedicabile a ricerca, preparazione di pubblicazioni e stesura della tesi.

Il Dottorato BCS afferisce, insieme ad altri 11 corsi, alla Scuola di dottorato in Biologia e Medicina Molecolare (BeMM), che si propone di fornire gli strumenti conoscitivi, critici e metodologici per lo svolgimento di attività di ricerca - di base, applicata, traslazionale - di elevato livello qualitativo nel settore biomedico, farmaceutico e biotecnologico. Questo permette al dottorato BCS di includere, nella propria offerta formativa, anche corsi e seminari di potenziale interesse per i propri dottorandi e dottorande ma richiedenti specifiche competenze non immediatamente disponibili (es. corso di programmazione Python del Dottorato in Biologia Computazionale). La pianificazione dei corsi da parte del dottorato BCS viene pertanto fatta in modo coordinato con gli altri corsi della Scuola BeMM, per evitare sovrapposizioni e assicurare un’offerta utile per un’ampia platea di studenti e studentesse.

Il corso offre diversi corsi strutturati su tematiche interdisciplinari (es. microscopia avanzata; “Alternative model systems in biology”; bioinformatica) e transdisciplinari, ovvero che integrano metodi, linguaggi e problemi di altri ambiti per applicarli alla risoluzione di problemi relativi alla biologia cellulare (es. “Biophysical sciences: nanomedicine”; “Statistics for Biologists”) o che applicano le conoscenze della biologia cellulare e molecolare ad ambiti diversi (es. “Ricerca dual-use, biotecnologie emergenti e bioterrorismo”).

La transdisciplinarità nel dottorato di si manifesta in particolare attraverso:

1. integrazione di metodologie e strumenti di diverse discipline biologiche (genetica, biochimica, fisiologia, microbiologia…) e computazionali;
2. uso di molteplici sistemi modello (topo, cellule umane, lievito, Arabidopsis) per affrontare domande scientifiche fondamentali;
3. collegamenti tra ricerca di base e applicazioni in medicina, biotecnologie, ambiente e agro-alimentare;
4. percorsi formativi che combinano la biologia con formativa attività come workshop su pari opportunità nelle STEM e programmazione, gestione e comunicazione dei dati, che preparano i dottorandi anche ad affrontare temi culturali e sociali del percorso scientifico.

Ciò è facilitato dalle numerose collaborazioni didattiche e scientifiche con altri corsi di dottorato (in particolare della scuola BeMMM) e dipartimenti, anche internazionali, e dalla partecipazione di diversi docenti del collegio a centri interdipartimentali di Sapienza, quali il CIABC (Scienze applicate alla Protezione dell'Ambiente e dei Beni Culturali) ed il Centro “Sperimentazione Preclinica e Benessere Animale”.

Il Corso inoltre promuove l’acquisizione di competenze trasversali utili per lo svolgimento del progetto di ricerca e per la successiva attività lavorativa, sia in ambito accademico che in altri ambiti dove le conoscenze tecnico-scientifiche devono essere accompagnate da competenze diverse quali:

- competenze organizzative e gestionali (project management, documentazione delle attività di ricerca e gestione dati);
- competenze cognitive e personali (pensiero critico; problem solving; autonomia);
- competenze relazionali (lavoro in team; capacità di comunicazione a platee diverse; networking);
- competenze linguistiche (in particolare, inglese di livello avanzato per preparazione di articoli, conferenze, e grant proposal, e per collaborazioni, stage) e di comunicazione (scrittura scientifica; divulgazione dei risultati delle ricerche; public speaking);
- etica e responsabilità professionale (integrità scientifica; uguaglianza di genere nella ricerca e nel mondo del lavoro; privacy e sicurezza; etica nella sperimentazione animale e umana; consapevolezza normativa).

Le competenze intersettoriali che il corso si prefigge di fare acquisire ai dottorandi e alle dottorande sono:

- Trasferimento tecnologico e valorizzazione della ricerca (protezione della proprietà intellettuale e brevettazione; valutazione del Technology Readiness Level di una ricerca; licensing e spin-off);
- Data literacy e bioinformatica applicata (analisi e interpretazione di dataset di grandi dimensioni; statistica applicata alla biologia sperimentale;
- Project e research management intersettoriale (pianificazione di progetti complessi multi-attore; gestione di budget; coordinamento con altre università, ospedali, imprese, enti di ricerca ed altri enti pubblici)
- Fund raising (scrittura di richieste di finanziamento per bandi nazionali ed internazionali; comprensione dei bandi e dei criteri di valutazione; dialogo con enti finanziatori)
- Comunicazione scientifica intersettoriale (per altri scienziati, imprese, enti regolatori, clinici, pubblico generale)

Tali competenze vengono sviluppate sia nella quotidiana attività di ricerca del/la dottorando/a, sia con corsi dedicati (es. comunicazione accademica; “Public speaking”, scrittura di progetti di ricerca; programmazione Python) e con incontri con ricercatori che hanno intrapreso carriere nel privato (es. “Alternative Careers in Science”), e seminari di dottori di ricerca che hanno intrapreso carriere al di fuori dell’accademia (es. https://phd.uniroma1.it/web/bridging-the-gap-with-the-job-market-what-i-wish-i-knew-before-leaving-academia_nS23328IT_IT.aspx).

Riguardo l’attività seminariale, ciascun/a dottorando/a dovrà scegliere, per ciascun anno, un minimo di 10 seminari inerenti l'argomento o le metodologie di interesse per il suo progetto di ricerca tra i:
- Seminari tenuti dai docenti del Collegio del Dottorato;
- Seminari tenuti da docenti Sapienza esterni al Dottorato, organizzati dalla commissione didattica di questo Dottorato;
- Seminari tenuti da docenti/ricercatori esterni a Sapienza, italiani o stranieri, organizzati dalla commissione didattica di questo Dottorato;
- Seminari di interesse organizzati da altre Istituzioni.

I titoli, le date e le sedi dei seminari saranno comunicate di volta tramite mailing list, Telegram e pubblicati sul sito del corso (https://phd.uniroma1.it/web/CORSI-ORGANIZZATI-DALLA-SCUOLA-DI-DOTTORATO-BeMM_nK1366.aspx).

Le attività formative autonomamente scelte includono corsi, scuole o stage di aggiornamento scientifico/tecnologico tenuti in ambito nazionale e/o internazionale al di fuori del corso di Dottorato

Ciascun dottorando inoltre dovrà assistere alle presentazioni annuali dell’attività svolta dagli altri studenti di questo corso di Dottorato.
nni del percorso.
Modalità delle verifiche per l'ammissione all'anno successivo Ogni dottorando presenterà, alla fine dell'anno, una relazione stilata in stile "manoscritto da sottomettere per la pubblicazione", in un formato definito nelle linee guida predisposte dal Collegio e mirato ad abituare il dottorando a concepire il lavoro svolto e da svolgere, e ad organizzare i risultati nell'ottica di una pubblicazione. La relazione viene valutata dal tutor. Il dottorando inoltre stila un rapporto delle attività svolte (corsi e seminari seguiti, eventuali periodi di mobilità, prodotti della ricerca, congressi e conferenze ai quali ha partecipato). Il collegio, sentito il parere del supervisore, dell'eventuale co-supervisore e del tutor, e valutato il percorso complessivo del dottorando, deciderà l'ammissione all'anno successivo.
Momenti di presentazione, di scambio e di discussione dei risultati di ricerca da parte dei dottorandi Momenti di scambio e condivisone dei risultati di ricerca tra i dottorandi sono rappresentati dalle presentazioni annuali di progress report, in cui i gli studenti illustrano i progressi del progetto scientifico sia al collegio che agli altri dottorandi, durante le quali viene stimolata la discussione critica e favorito lo scambio di opinioni, consigli tecnici e suggerimenti per nuove strade da percorrere per completare il progetto.

Viene inoltre svolto un simposio, organizzato da un comitato di dottorandi della Scuola BeMM, che mira a dare agli studenti del dottorato la possibilità di presentare la loro ricerca. Oltre alle relazioni dei dottorandi sono previsti interventi a invito e lectio magistralis di studiosi italiani e stranieri.
Attività formative, non incluse nella didattica programmata di cui ai punti precedenti, di docenti con affiliazione estera e/o di studiosi ed esperti sia italiani che stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende e da istituzioni culturali e sociali La scelta dei corsi, delle attività formative e dei seminari da seguire da parte del dottorando è in funzione del tipo di attività di ricerca prevista dal progetto. II Collegio valuterà la congruenza con il piano formativo. Il dottorando è invitato a partecipare ai molti seminari e corsi proposti dal dottorato, dalla scuola BeMM o dal Dipartimento di Biologia e biotecnologie "Charles Darwin" tenendo conto che dovrà aver seguito almeno 10 seminari per anno e frequentato per almeno 48 h nel triennio i corsi offerti dal Dottorato. Il numero di ore di attività formative e di seminari potrà essere superiore, anche mediante integrazione con attività in laboratori diversi da quello dove normalmente viene svolto il progetto. In quest'ultimo caso, dovrà essere prodotta una relazione dettagliata dell'attività svolta e dei risultati conseguiti.

Il Dottorato BCS promuove inoltre la partecipazione degli studenti e delle studentesse anche a corsi esterni, scuole e workshop organizzati da altre istituzioni, aziende e società scientifiche, per acquisire conoscenze e competenze specifiche utili allo svolgimento del progetto di ricerca, attraverso l’utilizzo del proprio budget di ricerca. Il Dottorato inoltre supporta la partecipazione di tutti gli studenti ai corsi di lingua inglese offerti dal Centro Linguistico di Ateneo, permettendo l’iscrizione diretta senza anticipo delle quote (che vengono trasferite direttamente dal budget 10% dei dottorandi al CLA).

Gli studenti sono incoraggiati a trascorrere periodi all'estero per frequentare corsi di formazione oppure svolgere stage in qualificate strutture accademiche.

Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del terzo anno
Seminari (almeno 10)
data presunta: 2028/29 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 10
docente del corso: docenti di istituzioni di ricerca italiane e straniere qualifica: Professore affiliazione: Altro
programma delle attività: Il dottorando dovrà scegliere alcuni tra i molti seminari e corsi proposti dal dottorato, dalla scuola BeMM o dal Dipartimento di Biologia e Biotecnologie "Charles Darwin" tenendo conto che dovrà aver seguito almeno 10 seminari per anno.
modalità di accertamento finale:
Parlare in pubblico
data presunta: 2028/29 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 4
docente del corso: giornalista scientifico da definire qualifica: Altro affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal Dottorato in Genetica e Biologia Molecolare ed è aperto alle attività formative della Scuola BeMM. In questo corso si vogliono fornire ai dottorandə le basi di come ci si confronta coi giornalistə e coi mezzi di comunicazione di massa: che cosa cercano, chi sono i pubblici, come si possono raggiungere nel modo migliore, senza equivoci, senza conflitti, e magari con reciproca soddisfazione. Teoria e pratica dell’intervista: dalla carta stampata, alla radio, alla tv. Ma anche alcuni suggerimenti di scrittura e di comunicazione dal vivo per chi vuole fare da sé, senza troppi mediatori.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
Alternative di carriera nella scienza
data presunta: 2028/29 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 2
docente del corso: docente dell'Associazione Giovanile Laboratorio 11 qualifica: Altro affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso ha la funzione di ampliare il panorama degli sbocchi professionali per i dottorandi, mettendoli in comunicazione con diverse realtà lavorative. Il corso verrà svolto con la partecipazione dell'associazione "Inside-out” di giovani post-doc in Sapienza. Corso organizzato dal dottorato in Genetica e Biologia Molecolare e mutuato nell'ambito delle attività formative della scuola BeMM.
modalità di accertamento finale: da definire
Preparing Artwork for Scientific Papers
data presunta: 2028/29 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Prof. Giorgio Giardina, Prof. Gianni Stefano (Dept. Biochemical Sciences) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Corso organizzato dal dottorato in BIOCHIMICA in lingua inglese ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il corso ha l’obiettivo di fornire agli studenti una conoscenza di base dei software e degli strumenti utilizzati per realizzare materiale grafico di qualità editoriale destinato ad articoli scientifici, poster e presentazioni. Il corso include inoltre una sezione dedicata alla scrittura scientifica. Programma Il corso tratterà le basi del graphic design, quali la risoluzione delle immagini, le differenze tra immagini vettoriali e raster, la teoria del colore e gli spazi colore (RGB, CMYK), nonché le regole fondamentali per una corretta progettazione delle figure. Gli studenti verranno quindi introdotti all’utilizzo di software grafici professionali open source per il fotoritocco (GIMP) e per la grafica vettoriale (Inkscape). Infine, verrà illustrato l’intero flusso di lavoro relativo alla pianificazione e alla realizzazione delle figure di un articolo scientifico. Risultati attesi Al termine del corso, gli studenti saranno in grado di: 1. progettare e realizzare da zero un’immagine multi-pannello, includendo la modifica delle immagini di partenza, delle legende e dei diagrammi, l’esportazione di dati e grafici come file immagine, l’organizzazione del layout e l’assemblaggio finale della figura; 2. preparare figure e illustrazioni scientifiche in conformità alle linee guida editoriali, utilizzando i principali strumenti dei software open source GIMP e Inkscape per la modifica di immagini raster e vettoriali; 3. progettare ed esportare immagini nel formato corretto, con proprietà ottimizzate in funzione dello specifico mezzo di comunicazione (ad esempio articoli scientifici, progetti di ricerca, presentazioni orali, poster); 4. organizzare il testo di un manoscritto scientifico secondo principi efficaci di storytelling.
modalità di accertamento finale: da definire
Statistics for biologists - modulo I "Theory classes”
data presunta: 2028/29 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Mario Fordellone qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica. Programma: - Introduction theory for point estimation, confidence interval, and hypothesis testing, Statistical significance, and p-value. - Tests on normal populations, the case of one sample, two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Normality hypothesis testing, tests on non-normal populations, the case of two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Nonparametric statistics - Adjusting for multiple testing - Basic theory on survival analysis.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
Statistics for biologists - Modulo II: “Practice sessions”
data presunta: 2028/29 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: qualifica: Studioso o esperto di enti di ricerca affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è rivolto agli studenti del secondo anno della Scuola di Dottorato in Biologia e Medicina Molecolare ed è organizzato dal corso di Dottorato in Biologia Cellulare e dello Sviluppo. L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica, consentendo con la parte pratica di familiarizzare con i principali pacchetti di software disponibili in rete. Programma: - Intro to R and RStudio - Basic R syntax and data structure: access to elements (vectors, lists, dataframes) - Data handling and visualisation - explore and manipulate data in R with tidyverse - use the R package ggplot2 to visualize data an create plots - Hands-on: statistical tests with R on real data
modalità di accertamento finale: Test valutativo
Ricerca dual-use, biotecnologie emergenti e bioterrorismo
data presunta: 2028/29 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 1
docente del corso: Teresa Rinaldi qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: lo scopo del seminario è quello di discutere, anche attraverso casi realmente accaduti, i possibili rischi dell'utilizzo delle tecnologie emergenti per scopi malevoli. Verranno presentate anche le azioni che vengono attuate in Sapienza (ed a livello mondiale) per la prevenzione al bioterrorismo. Cenni sulle armi chimiche di quarta generazione.
modalità di accertamento finale: da concordare col docente
Model systems in biology – module 1: Yeast
data presunta: primo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: Arianna Montanari qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso illustra alcuni importanti sistemi modello eucariotici e ne presenta caratteristiche, aspetti metodologici ed applicazioni nel campo della biologia. Il corso è diviso in moduli monotematici; ogni modulo comprende 4 ore di teoria e 4 ore di pratica. Il primo modulo è dedicato ai lieviti.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
Model systems in biology – module 2: C. elegans.
data presunta: primo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: Emily Schifano qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso illustra alcuni importanti sistemi modello eucariotici e ne presenta caratteristiche, aspetti metodologici ed applicazioni nel campo della biologia. Il corso è diviso in moduli monotematici; ogni modulo comprende 4 ore di teoria e 4 ore di pratica. Il secondo modulo è dedicato a Caenorhabditis elegans.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
Model systems in biology – module 3: Arabidopsis
data presunta: secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: Simone Ferrari qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso illustra alcuni importanti sistemi modello eucariotici e ne presenta caratteristiche, aspetti metodologici ed applicazioni nel campo della biologia. Il corso è diviso in moduli monotematici; ogni modulo comprende 4 ore di teoria e 4 ore di pratica. Il terzo modulo è dedicato ad Arabidopsis thaliana.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
From Cell to Animal Models: Guidelines and Best Practice
data presunta: secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 16
docente del corso: Dott.ssa Tramutola, Prof. Di Domenico, Prof. Barone, Prof. Mangoni, Prof. Perluigi, Prof. Di Angelantonio, Prof. Sanchini, Prof. Basilico (Sapienza) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in BIOCHIMICA E dottorato in SCIENZE DELLA VITA ed e' un corso teorico-pratico in lingua inglese e aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il corso ha l’obiettivo di fornire una panoramica completa delle linee guida e delle migliori pratiche per l’utilizzo di modelli cellulari e animali in ambito scientifico e di ricerca. Gli studenti acquisiranno una conoscenza approfondita delle tecniche di coltura cellulare, della manipolazione genetica e dell’applicazione dei modelli animali negli studi biomedici. Modulo 1: Introduzione ai modelli cellulari e animali Basi della coltura cellulare: tecniche per il mantenimento e la proliferazione delle cellule. Principi fondamentali dell’etica nella ricerca che utilizza modelli animali. Vantaggi e limiti dei modelli cellulari e animali. Modulo 2: Coltura cellulare e manipolazione genetica Tecniche avanzate di coltura cellulare: linee cellulari stabili e cellule primarie. Principi di manipolazione genetica in vitro: trasfezione, trasduzione e CRISPR-Cas9. Discussione sull’impatto della manipolazione genetica in vitro sulla validità dei risultati. Modulo 3: Metodi in vitro e alternative avanzate alla sperimentazione animale Modelli di malattia umani derivati da iPSC biostampati in 3D o auto-assemblati. Analisi funzionale di organoidi 3D e costrutti biostampati (MEA, imaging del calcio, patch clamp). Modulo 4: Modelli animali nella ricerca biomedica Scelta del modello animale più appropriato in base alle domande di ricerca. Aspetti etici dell’utilizzo dei modelli animali e conformità alle normative vigenti. Valutazione dei parametri fisiologici nei modelli animali. Modulo 5: Progettazione di studi con modelli animali Protocolli sperimentali e pianificazione degli studi con modelli animali. Monitoraggio e raccolta dei dati nei modelli animali. Analisi statistica e interpretazione dei risultati. Modulo 6: Buone pratiche e prospettive future Linee guida internazionali per l’utilizzo dei modelli cellulari e animali. Casi di successo ed esempi applicativi nell’impiego dei modelli per la ricerca biomedica. Prospettive future: avanzamenti tecnologici e approcci innovativi.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione
Career development plan for early stage researchers
data presunta: 2028/29 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 6
docente del corso: Prof. Alberto Boffi qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal corso di dottorato in BIOCHIMICA e aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il piano di sviluppo della carriera è una strategia strutturata e completa che gli individui elaborano per guidare la propria crescita e progressione professionale. Esso prevede la definizione di obiettivi di carriera sia a breve sia a lungo termine, l’individuazione delle competenze e delle conoscenze necessarie per raggiungerli e la pianificazione di azioni specifiche e tappe intermedie per conseguirli. Un piano di sviluppo della carriera ben strutturato non solo aiuta a orientarsi nel proprio percorso professionale, ma consente anche di assumere un ruolo attivo e consapevole nel proprio sviluppo. Questo approccio proattivo include attività di autovalutazione, formazione continua, networking e la ricerca di opportunità per il potenziamento delle competenze. Attraverso una revisione e un aggiornamento periodici del piano, è possibile adattarsi a contesti in evoluzione, cogliere nuove opportunità e mantenere l’allineamento con aspirazioni professionali in continuo cambiamento. In definitiva, un piano di sviluppo della carriera attentamente progettato rappresenta una vera e propria roadmap per realizzare il proprio potenziale e raggiungere un percorso professionale soddisfacente e di successo. Il corso è dedicato agli Early Stage Researchers, comprendendo dottorandi e post-doc. È articolato in tre aree tematiche principali: 1.piano di sviluppo della carriera per il percorso accademico (Università italiane); 2.piano di sviluppo della carriera nelle istituzioni di ricerca (nazionali e internazionali); 3. piano di sviluppo della carriera nel settore privato.
modalità di accertamento finale: redazione del primo Piano di Sviluppo della Carriera (il modulo sarà fornito)

Eventuali maggiori informazioni piano form. 3° Gli obiettivi formativi del corso di dottorato sono basati su tre pilastri:

1) formazione alla ricerca sperimentale, basata sul training e tutoraggio continuativo degli studenti e delle studentesse durante l’intero percorso di ricerca. I progetti di ricerca sono selezionati sulla base della loro innovatività, potenziale impatto e sostenibilità (esistenza di fondi dedicati distinti da quelli del dottorato; accesso a strumentazioni e infrastrutture di ricerca; possibilità di collaborazioni internazionali), ed il loro progresso è monitorato attraverso il continuo dialogo tra dottorando/a, supervisor e tutore, oltre che alla valutazione periodica attraverso report scritti e presentazioni orali davanti al Collegio;
2) corsi strutturati di interesse per maggior numero possibile di studenti (con attività teoriche e pratiche) su argomenti specialistici (es. su metodologie per lo studio delle interazioni proteina-proteina; immunologia traslazionale), su tematiche interdisciplinari (es. microscopia avanzata; “Alternative model systems in biology”; bioinformatica) e competenze trasversali (es. comunicazione accademica; “Public speaking”, scrittura di progetti di ricerca; programmazione Python) e transdisciplinari, ovvero che integrano metodi, linguaggi e problemi di altri ambiti per applicarli alla risoluzione di problemi relativi alla biologia cellulare (es. “Biophysical sciences: nanomedicine”; “Statistics for Biologists”) o che applicano le conoscenze della biologia cellulare e molecolare ad ambiti diversi (es. “Ricerca dual-use, biotecnologie emergenti e bioterrorismo”).
3) seminari specialistici tenuti da esperti nazionali e internazionali, tra cui docenti stranieri che fanno parte del collegio (https://phd.uniroma1.it/web/SEMINARI-BIOLOGIA-CELLULARE-E-DELLO-SVILUPPO_nH3489_IT.aspx), invitati sia dal corso di dottorato che dagli studenti stessi.

L’offerta formativa è programmata in modo da permettere a tutti i dottorandi e le dottorande di seguire corsi di interesse specifico per il proprio progetto e i propri interessi culturali, dato il carattere ampiamente multi- ed interdisciplinare del corso. In particolare, ogni dottorando è tenuto a seguire un minimo di 48 h di corsi offerti dal corso o dalla Scuola BeMM (vedi regolamento interno del corso), nel triennio di dottorato, ed un minimo di 10 seminari seguiti nel corso di ogni anno, risultando in un carico di lavoro richiesto per le attività formative complessivamente bilanciato rispetto al tempo dedicabile a ricerca, preparazione di pubblicazioni e stesura della tesi.

Il Dottorato BCS afferisce, insieme ad altri 11 corsi, alla Scuola di dottorato in Biologia e Medicina Molecolare (BeMM), che si propone di fornire gli strumenti conoscitivi, critici e metodologici per lo svolgimento di attività di ricerca - di base, applicata, traslazionale - di elevato livello qualitativo nel settore biomedico, farmaceutico e biotecnologico. Questo permette al dottorato BCS di includere, nella propria offerta formativa, anche corsi e seminari di potenziale interesse per i propri dottorandi e dottorande ma richiedenti specifiche competenze non immediatamente disponibili (es. corso di programmazione Python del Dottorato in Biologia Computazionale). La pianificazione dei corsi da parte del dottorato BCS viene pertanto fatta in modo coordinato con gli altri corsi della Scuola BeMM, per evitare sovrapposizioni e assicurare un’offerta utile per un’ampia platea di studenti e studentesse.

Il corso offre diversi corsi strutturati su tematiche interdisciplinari (es. microscopia avanzata; “Alternative model systems in biology”; bioinformatica) e transdisciplinari, ovvero che integrano metodi, linguaggi e problemi di altri ambiti per applicarli alla risoluzione di problemi relativi alla biologia cellulare (es. “Biophysical sciences: nanomedicine”; “Statistics for Biologists”) o che applicano le conoscenze della biologia cellulare e molecolare ad ambiti diversi (es. “Ricerca dual-use, biotecnologie emergenti e bioterrorismo”).

La transdisciplinarità nel dottorato di si manifesta in particolare attraverso:

1. integrazione di metodologie e strumenti di diverse discipline biologiche (genetica, biochimica, fisiologia, microbiologia…) e computazionali;
2. uso di molteplici sistemi modello (topo, cellule umane, lievito, Arabidopsis) per affrontare domande scientifiche fondamentali;
3. collegamenti tra ricerca di base e applicazioni in medicina, biotecnologie, ambiente e agro-alimentare;
4. percorsi formativi che combinano la biologia con formativa attività come workshop su pari opportunità nelle STEM e programmazione, gestione e comunicazione dei dati, che preparano i dottorandi anche ad affrontare temi culturali e sociali del percorso scientifico.

Ciò è facilitato dalle numerose collaborazioni didattiche e scientifiche con altri corsi di dottorato (in particolare della scuola BeMMM) e dipartimenti, anche internazionali, e dalla partecipazione di diversi docenti del collegio a centri interdipartimentali di Sapienza, quali il CIABC (Scienze applicate alla Protezione dell'Ambiente e dei Beni Culturali) ed il Centro “Sperimentazione Preclinica e Benessere Animale”.

Il Corso inoltre promuove l’acquisizione di competenze trasversali utili per lo svolgimento del progetto di ricerca e per la successiva attività lavorativa, sia in ambito accademico che in altri ambiti dove le conoscenze tecnico-scientifiche devono essere accompagnate da competenze diverse quali:

- competenze organizzative e gestionali (project management, documentazione delle attività di ricerca e gestione dati);
- competenze cognitive e personali (pensiero critico; problem solving; autonomia);
- competenze relazionali (lavoro in team; capacità di comunicazione a platee diverse; networking);
- competenze linguistiche (in particolare, inglese di livello avanzato per preparazione di articoli, conferenze, e grant proposal, e per collaborazioni, stage) e di comunicazione (scrittura scientifica; divulgazione dei risultati delle ricerche; public speaking);
- etica e responsabilità professionale (integrità scientifica; uguaglianza di genere nella ricerca e nel mondo del lavoro; privacy e sicurezza; etica nella sperimentazione animale e umana; consapevolezza normativa).

Le competenze intersettoriali che il corso si prefigge di fare acquisire ai dottorandi e alle dottorande sono:

- Trasferimento tecnologico e valorizzazione della ricerca (protezione della proprietà intellettuale e brevettazione; valutazione del Technology Readiness Level di una ricerca; licensing e spin-off);
- Data literacy e bioinformatica applicata (analisi e interpretazione di dataset di grandi dimensioni; statistica applicata alla biologia sperimentale;
- Project e research management intersettoriale (pianificazione di progetti complessi multi-attore; gestione di budget; coordinamento con altre università, ospedali, imprese, enti di ricerca ed altri enti pubblici)
- Fund raising (scrittura di richieste di finanziamento per bandi nazionali ed internazionali; comprensione dei bandi e dei criteri di valutazione; dialogo con enti finanziatori)
- Comunicazione scientifica intersettoriale (per altri scienziati, imprese, enti regolatori, clinici, pubblico generale)

Tali competenze vengono sviluppate sia nella quotidiana attività di ricerca del/la dottorando/a, sia con corsi dedicati (es. comunicazione accademica; “Public speaking”, scrittura di progetti di ricerca; programmazione Python) e con incontri con ricercatori che hanno intrapreso carriere nel privato (es. “Alternative Careers in Science”), e seminari di dottori di ricerca che hanno intrapreso carriere al di fuori dell’accademia (es. https://phd.uniroma1.it/web/bridging-the-gap-with-the-job-market-what-i-wish-i-knew-before-leaving-academia_nS23328IT_IT.aspx).

Riguardo l’attività seminariale, ciascun/a dottorando/a dovrà scegliere, per ciascun anno, un minimo di 10 seminari inerenti l'argomento o le metodologie di interesse per il suo progetto di ricerca tra i:
- Seminari tenuti dai docenti del Collegio del Dottorato;
- Seminari tenuti da docenti Sapienza esterni al Dottorato, organizzati dalla commissione didattica di questo Dottorato;
- Seminari tenuti da docenti/ricercatori esterni a Sapienza, italiani o stranieri, organizzati dalla commissione didattica di questo Dottorato;
- Seminari di interesse organizzati da altre Istituzioni.

I titoli, le date e le sedi dei seminari saranno comunicate di volta tramite mailing list, Telegram e pubblicati sul sito del corso (https://phd.uniroma1.it/web/CORSI-ORGANIZZATI-DALLA-SCUOLA-DI-DOTTORATO-BeMM_nK1366.aspx).
Modalità di ammissione all'esame finale Il dottorando dovrà presentare la tesi, che dovrà essere stilata secondo un formato standard e secondo le linee guida fornite dal corso di Dottorato. La lingua è obbligatoriamente l'Inglese. La tesi deve avere una parte introduttiva, dove viene descritto il background scientifico, una descrizione accurata dei Materiali e Metodi utilizzati e un'attenta descrizione dei risultati ottenuti. Verranno poi discussi i risultati ed inserite le eventuali pubblicazioni ottenute. La tesi deve essere corredata da un'ampia ricerca bibliografica.

Gli elaborati scritti saranno inviati a due revisori/valutatori esterni scelti tra accademici/ricercatori nazionali o internazionali esperti del settore ed esterni al collegio che invieranno i loro giudizi ai dottorandi. Questi dovranno fare le opportune modifiche al testo. Inoltre i candidati all'esame finale devono presentare l'elenco delle attività didattiche e formative svolte e la lista delle eventuali pubblicazioni e comunicazioni a Congressi. Sulla base dei giudizi dei due revisori esterni e del report delle attività, il Collegio esprimerà il suo parere(positivo/negativo) all'ammissione all'esame finale. I giudizi dei revisori/valutatori esterni verranno inviati alla commissione finale di dottorato che dovrà esprimere il giudizio finale. La tesi nella sua forma definitiva verrà stilata considerando i commenti e i suggerimenti del Collegio e dei revisori/valutatori esterni prima dell'esame finale.
Modalità di svolgimento dell'esame finale Una commissione formata da almeno tre docenti secondo i regolamenti vigenti e formalizzata dalla nomina da parte del Magnifico Rettore su proposta del collegio, darà la valutazione finale per ogni dottorando, dopo aver letto la tesi nella sua stesura finale, aver preso conoscenza delle valutazioni dei revisori esterni, e dopo aver sentito la presentazione del lavoro svolto in una pubblica esposizione.
Momenti di presentazione, di scambio e di discussione dei risultati di ricerca da parte dei dottorandi I dottorandi dovranno esporre davanti al collegio e agli altri dottorandi i risultati del loro lavoro attraverso un seminario (di solito alcune settimane prima dell'esame finale).

Verrà inoltre svolto un simposio, organizzato da un comitato di dottorandi della Scuola BeMM, che mira a dare agli studenti del dottorato la possibilità di presentare la loro ricerca. Oltre alle relazioni dei dottorandi sono previsti interventi a invito e lectio magistralis di studiosi italiani e stranieri.
Attività formative, non incluse nella didattica programmata di cui ai punti precedenti, di docenti con affiliazione estera e/o di studiosi ed esperti sia italiani che stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende e da istituzioni culturali e sociali La scelta dei corsi, delle attività formative e dei seminari da seguire da parte del dottorando è in funzione del tipo di attività di ricerca prevista dal progetto. II Collegio valuterà la congruenza con il piano formativo. Il dottorando è invitato a partecipare ai molti seminari e corsi proposti dal dottorato, dalla scuola BeMM o dal Dipartimento di Biologia e biotecnologie "Charles Darwin" tenendo conto che dovrà aver seguito almeno 10 seminari per anno e frequentato per almeno 48 h nel triennio i corsi offerti dal Dottorato. Il numero di ore di attività formative e di seminari potrà essere superiore, anche mediante integrazione con attività in laboratori diversi da quello dove normalmente viene svolto il progetto. In quest'ultimo caso, dovrà essere prodotta una relazione dettagliata dell'attività svolta e dei risultati conseguiti.

Il Dottorato BCS promuove inoltre la partecipazione degli studenti e delle studentesse anche a corsi esterni, scuole e workshop organizzati da altre istituzioni, aziende e società scientifiche, per acquisire conoscenze e competenze specifiche utili allo svolgimento del progetto di ricerca, attraverso l’utilizzo del proprio budget di ricerca. Il Dottorato inoltre supporta la partecipazione di tutti gli studenti ai corsi di lingua inglese offerti dal Centro Linguistico di Ateneo, permettendo l’iscrizione diretta senza anticipo delle quote (che vengono trasferite direttamente dal budget 10% dei dottorandi al CLA).

Gli studenti sono incoraggiati a trascorrere periodi all'estero per frequentare corsi di formazione oppure svolgere stage in qualificate strutture accademiche.

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