La Tesi di Dottorato viene scelta su progetto del candidato, approvata dal Tutor/Tutors e discussa di fronte al Collegio dei Docenti. La tesi di dottorato dovrà consistere in un elaborato di originale ed adeguata composizione, avente come oggetto i risultati sperimentali e la discussione inerente alle problematiche scientifiche del Progetto di Ricerca.
Il Collegio dei Docenti, tenuto conto delle indicazioni del Tutor, può autorizzare la redazione della Tesi finale di Dottorato seguendo i due modelli di seguito illustrati:
1. “TESI classica”: sarà organizzata opportunamente in Introduzione, Materiali e Metodi, Risultati, Discussione, Conclusioni, Bibliografia citata, illustrazioni, tabelle e didascalie, eventuali tavole iconografiche, e tutti i materiali allegati (base dei dati del progetto, materiale cartografico, materiali aggiuntivi e correlati, ecc.). Dovrà altresì consentire di individuare il contributo diretto del Dottorando alla ricerca, il grado di originalità e di innovazione dei risultati raggiunti. Gli eventuali lavori scientifici del Dottorando, coerenti con il Progetto di ricerca, pubblicati e/o in stampa e/o inviati a riviste scientifiche, dovranno essere allegati.
2. “TESI strutturata su lavori”: dovrà raccogliere in maniera organica le pubblicazioni scientifiche del Dottorando (già pubblicate o approvate per la stampa) su riviste ISI strettamente inerenti alla linea del Progetto inizialmente presentato, opportunamente collegate da specifici capitoli e/o paragrafi di raccordo. L'elaborato dovrà comunque prevedere la stesura di un'ampia introduzione, di una discussione di sintesi e di ampie conclusioni finali, coerentemente con il progetto proposto. Dovrà inoltre emergere il contributo svolto dal Dottorando nel Gruppo di ricerca nel caso in cui le pubblicazioni siano a più nomi.
La lingua prevista per la redazione della tesi di dottorato è l'italiano, ma il Collegio dei Docenti incoraggia i dottorandi a redigere alternativamente la propria tesi in lingua inglese, in particolare per le tesi strutturate in più lavori. In ogni caso il dottorando deve garantire la qualità linguistica dell'elaborato. In entrambi i casi il Collegio dei Docenti richiede ai dottorandi anche la predisposizione in fase finale di un “extended abstract” in inglese della propria tesi (orientativamente una decina di pagine).