La Tesi di Dottorato viene scelta su progetto del candidato, approvata dal Tutor/Tutors e discussa di fronte al Collegio dei Docenti. La tesi di dottorato dovrà consistere in un elaborato di originale ed adeguata composizione, avente come oggetto i risultati sperimentali e la discussione inerente alle problematiche scientifiche del Progetto di Ricerca.
È condizione per il conseguimento del titolo l'accettazione di almeno un articolo scientifico a primo nome (con peer review) su rivista censita nel database ISI Web of Science.
Il Collegio dei Docenti, tenuto conto delle indicazioni del Tutor, può autorizzare la redazione della Tesi finale di Dottorato seguendo i due modelli di seguito illustrati:
1. “TESI classica”: sarà organizzata opportunamente in Introduzione, Materiali e Metodi, Risultati, Discussione, Conclusioni, Bibliografia citata, illustrazioni, tabelle e didascalie, eventuali tavole iconografiche, e tutti i materiali allegati (base dei dati del progetto, materiale cartografico, materiali aggiuntivi e correlati, ecc.). Dovrà altresì consentire di individuare il contributo diretto del Dottorando alla ricerca, il grado di originalità e di innovazione dei risultati raggiunti. Gli eventuali lavori scientifici del Dottorando, coerenti con il Progetto di ricerca, pubblicati e/o in stampa e/o inviati a riviste scientifiche, dovranno essere allegati.
2. “TESI strutturata su lavori”: dovrà raccogliere in maniera organica le pubblicazioni scientifiche del Dottorando (già pubblicate o approvate per la stampa) su riviste ISI strettamente inerenti alla linea del Progetto inizialmente presentato, opportunamente collegate da specifici capitoli e/o paragrafi di raccordo. L'elaborato dovrà comunque prevedere la stesura di un'ampia introduzione, di una discussione di sintesi e di ampie conclusioni finali, coerentemente con il progetto proposto. Dovrà inoltre emergere il contributo svolto dal Dottorando nel Gruppo di ricerca nel caso in cui le pubblicazioni siano a più nomi.
La lingua prevista per la redazione della tesi di dottorato è l'italiano, ma il Collegio dei Docenti incoraggia i dottorandi a redigere alternativamente la propria tesi in lingua inglese, in particolare per le tesi strutturate in più lavori. In ogni caso il dottorando deve garantire la qualità linguistica dell'elaborato. In entrambi i casi il Collegio dei Docenti richiede ai dottorandi anche la predisposizione in fase finale di un “extended abstract” in inglese della propria tesi (orientativamente una decina di pagine).