LABORATORI-STRUMENTAZIONE-BIBLIOTECHE-POSTAZIONI DI LAVORO

LABORATORI

Attualmente gli studenti di Dottorato in Biochimica hanno libero accesso alle 9 Facility e Infrastrutture di Ricerca disponibili presso il Dipartimento di Scienze Biochimiche e presso l’Istituto di Biologia e Patologia Molecolari (IBPM) del CNR che svolge l’attività di ricerca nel Dipartimento.
Tali infrastrutture sono incluse nel portale Ricerc@Sapienza, e di seguito elencate:

ANALYSIS OF RAPID PROCESSES (ARP) STANZA T5
PLATFORM FOR THE HYPOXIC ANALYSIS OF CELL BEHAVIOR (HYP-ACB) STANZA S32
LABORATORIO DI CALORIMETRIA STANZA 233 A DICROISMO CIRCOLARE STANZA S12
PROTEIN FACTORY TRAINING LAB (ProFacT) STANZA S2 (CU010)
LABORATORIO DI CROMATOGRAFIA STANZA S15
LABORATORIO DI SPETTROMETRIA DI MASSA /EDIFICIO CU020
BIOCRYSTAL FACILITY STANZA T7A LABORATORIO DI DETECTION AND IMAGING STANZA 302

In linea con le linee di ricerca disponibili, queste Facility consentono: i) di produrre proteine ricombinanti e caratterizzare i loro aspetti strutturali, funzionali, e di interazione macromolecolare; ii) di valutare qualitativamente e quantitativamente metaboliti e reazioni su materiale ex-vivo; iii) di saggiare le attività metaboliche delle cellule. Molte di queste Facility hanno un’unità di personale tecnico dedicata che garantisce che la filiera lavorativa possa essere gestita con continuità, efficienza e sicurezza. Alcune Facility sono state oggetto di recente ristrutturazione dei locali e delle strumentazioni ed altre hanno da poco ricevuto un cospicuo finanziamento per l’ammodernamento degli strumenti. Le infrastrutture ARP e HYP-ACB sono attualmente parte di una rete di infrastrutture europee H2020 (MOSBRI), mentre la Biocrystal Facility, recentemente implementata grazie al finanziamento PNRR per le infrastrutture ITACA:SB, è inserita nella rete infrastrutturale INSTRUCT Italia, anche come fornitore di tecnologie e know-how nel campo della biologia strutturale. In questa facility si riuniscono competenze e strumentazioni del Dipartimento e dell’Istituto di Biologia e patologia Molecolari del CNR. La possibilità di accesso libero a queste Facility caratterizzate da un marcato profilo internazionale rappresenta per lo studente di Dottorato in Biochimica un’opportunità unica sia per l’avanzamento del proprio lavoro di ricerca che per la propria formazione personale

SPAZI E POSTAZIONI DI LAVORO

Ogni dottorando ha a disposizione una postazione di calcolo mediante computer fissi e/o portatili presso il laboratorio di appartenenza. Inoltre, il dottorando, ove previsto, ha a disposizione una postazione di lavoro presso il laboratorio del suo supervisore per lo svolgimento delle attività sperimentali relative al proprio progetto di ricerca. I dottorandi possono usufruire di Facility intra- ed inter-dipartimentali (vedi sezioni dedicate) ad uso condiviso e di spazi comuni per le attività di calcolo e di videoscrittura: -Aula ex biblioteca (CU27) dove è possibile utilizzare il proprio dispositivo multimediale o organizzare attività seminariali grazie alla LIM e alla connessione alla rete presente nell’aula. È inoltre utilizzata per le riunioni del Collegio dei Docenti e per alcune attività didattiche del dottorato (Journal Club, Progress Report). -Sala riunioni con LIM (10 posti), dove, previa prenotazione, il personale del Dipartimento può organizzare riunioni e piccoli meeting e ospitare collaboratori.

ATTREZZATURE SCIENTIFICHE

In accordo con le linee di ricerca supportate e visionabili presso il link https://dsb.uniroma1.it/ricerca/linee-di-ricerca del-dipartimento-di-scienze-biochimiche, gli studenti di Dottorato hanno accesso a strumentazioni specialistiche disponibili sia nei singoli laboratori che nelle Facility e infrastrutture (https://dsb.uniroma1.it/ricerca/laboratori).
A titolo esemplificativo ma non esaustivo, un breve elenco:
Protein factory: 2 Incubatori refrigerati per la produzione su media scala di biomassa procariotica termostatici INNOVA 44R New Brunswick; Autoclave da 85 litri;
Strumentazione per colture batteriche: cappe biologiche, centrifughe preparative per grandi volumi; 2 sonicatori per lisi cellulare; 1 incubatore orbitante a CO2 per produzione di proteine ricombinanti in eucarioti.
Cinetica rapida: Applied Photophysics single-mixing -SX-18; Applied Photophysics Pi-star 180; Applied Photophysics sequential-mixing DX-17MV; Tgk Scientific Hi-Tech PTJ-64 capacitor-discharge T-jump apparatus; in-house built continuous flow (original prototype) based on a capillary mixing methodology (dead-time 50 μs) with a fluorescence CCD camera
Spettrofotometria e strumenti per acquisizione d’ immagini: ID3x Spectramax plates reader, Tecan Infinite M200, Chemidoc MP Bio-rad dotato di computer e programma ImageLab, Spettropolarimetri JASCOJ-710 e J-815, J-760, V730 con Peltier per thermal scanning; Electrophoresis 1-D and 2-D Platform. Diversi spettrofotometri (con diode array o con monocromatore) e fluorimetri e nanodrop. Microscopio a fluorescenza (Zeiss Axio VertA.1) dotato di computer con software specifico associato (ZEN lite) e telecamera ad alta risoluzione.
Interazioni macromolecolari: microcalorimetro ITC Microcal iTC200; Apparecchiatura per Surface plasmon resonance (SPROCTET SF3). Mass photometry instrument (Refeyne)
Spettrometria di massa: MALDI-TOF/TOF Ultraflextreme Bruker
Colture cellulari: 4 facility per colture cellulari (ognuna provvista di incubatore a CO2 da 140 l, microscopio ottico, cappa biologica BLS2, centrifuga refrigerata da banco); voltometro per misurazione resistenza epiteliale; incubatore con controllo O2 per ipossia Galaxy Eppendorf; camera ipossica e incubatore a CO2 HypoxicLab Optronix;
Metabolismo ed espressione genica: 4 Real-time PCR; Respirometro O2k Oroboros; Free radical analyser TBR4100 WPI. 2 Seahorse XFe96 Agilent con possibilità di misurazioni in ipossia mediante Hypoxic cabin Don Whitley mod. i2 Workstation;
Cromatografia: Gas chromatograph coupled to a quadrupole mass selective detector (Agilent); HPLC apparatus coupled to UV and fluorescent detectors (Agilent); ThermoFisher Vanquish HPLC system; Hplc Knauer Azura con campionatore automatizzato hta300L fino a 100 campioni. 3 AKTA GO e 1 AKTA PURE per la purificazione di proteine.
Calcolo computerizzato: HPC clusters per il calcolo avanzato e stazione calcolo per elaborazione dati cryoEM
Biologia strutturale: 2 Robot di cristallizzazion Oryx-8 (Douglas Instrument)s con accessorio per lipidic cubic phase; Robot di cristallizzazione Phoenix - Art Robbins; Liquid handler per il dispensamento automatico di liquidi; incubatore antivibrazione a temperatura controllata; Stereomicroscopi binoculari a basso riscaldamento per visualizzazione cristalli.

ATTREZZATURE HARDWARE E SOFTWARE

Ciascun dottorando ha a disposizione una postazione di calcolo e di videoscrittura per lo svolgimento del proprio progetto di ricerca. Molti degli strumenti caratterizzanti presentano un PC con software dedicato per poter acquisire e analizzare misurazioni. Nell’ambito della linea di ricerca della bioinformatica sono disponibili workstation per il calcolo avanzato in cluster. Il Dipartimento di Scienze Biochimiche, inoltre, gestisce sia in termini di strumentazione che di manutenzione, un’aula didattica informatizzata dotata non solo di una LIM e di un sistema audio/video ma anche di 14 postazioni con computer (14 PC Monitor interattivo Newline Trutouch ATLAS 65” Newline OPS PC - Huddly IQ Room Kit; ATEN UE3315 USB3.1; IDATA HDMI2-4K21MH Switch HDMI 2 porte 4K HDR 4:4.4; IDATA HDMI-4K2 Splitter HDMI 2 porte). All’allestimento multimediale delle aule e alla gestione dell’aula informatizzata hanno contribuito unità di personale docente e tecnico, che rimangono referenti e gestiscono i rapporti con la ditta di manutenzione, il cui contratto è a carico del Dipartimento

BIBLIOTECHE

Il patrimonio bibliotecario del Dipartimento di Scienze Biochimiche è stato accorpato con quello della Biblioteca del Dipartimento di Chimica ''Gabriello Illuminati'' (Biblioteca interdipartimentale di Chimica e biochimica Gabriello Illuminati BiCB). Nell'edificio CU27 del Dipartimento di Scienze Biochimiche è presente una sala biblioteca che dal 2021 non è più aperta al pubblico per mancanza di personale. La sala è stata riprogrammata in postazioni per dottorandi ed assegnisti. E' inoltre utilizzata per le riunioni del Collegio dei Docenti e per alcune attività didattiche del dottorato (Journal Club, Progress Reports). Nel locale della biblioteca sono comunque presenti periodici scientifici a disposizione dei dottorandi.

POSTI DI LETTURA RISERVATI IN BIBLIOTECA

Gli studenti di dottorato hanno posti riservati nei locali ex-biblioteca presso il CU027 dove è presente un ampio

patrimonio librario a disposizione dei dottorandi. E' inoltre disponibile una sala lettura, aperta anche ai dottorandi,

presso l'edificio CU10.

MATERIALE BIBLIOGRAFICO

Nella sala ex-biblioteca e nella biblioteca interdipartimentale BiCB è disponibile una ricca collezione di libri di

consultazione e di testi specialistici; tuttavia, gran parte del materiale bibliografico specialistico per questo settore

scientifico è disponibile presso l’autorevole database PubMed, che consente di consultare letteratura scientifica che ha

necessariamente previsto la revisione fra pari prima della pubblicazione.

Ai dottorandi è comunque reso accessibile tutto il materiale bibliografico relativo alla formazione sulla sicurezza nei

laboratori chimici, biochimici e biologici e all’offerta formativa da parte dei docenti titolari dei corsi.

ABBONAMENTI A RIVISTE

Oltre al patrimonio librario presente nella sala ex-biblioteca, ai dottorandi sono resi disponibili tutti gli accessi telematici

di Sapienza Università di Roma

FONDI DEDICATI

Elenco dei principali finanziamenti derivanti da progetti specifici con i quali i dottorandi ricevono incentivi ulteriori rispetto all'erogazione della borsa di studio ordinaria:

-FEMS Meeting Organizer Grant (25th European Nitrogen cycle meeting, FEMS-GO-2021-048)

-PRIN 2022: Nucleotide-based tools to inhibit nanoRNA degradation in cells: is REXO2 a novel target in cancer therapy? 2022KC3X9L

- Istituto Pasteur Italia Fondazione Cenci Bolognetti. Titolo progetto: Sensing arginine through the Venus Fly Trap domain to control c-di-GMP levels in Pseudomonas aeruginosa: molecular mechanism and metabolic effects of signal transduction.

-PRIN2022 (2022XFFTH5) dal Titolo: Targeting alarming lung bacterial infections by topical administration of novel peptide antibiotics

- Istituto Pasteur Italia Fondazione Cenci Bolognetti: Small multifunctional membrane-active peptides to tackle drug-resistant respiratory and wound infections: advances in delivery systems and in vivo efficacy

-Grant Agreement number: 101119633 European Research Executive Agency— IDPro —HORIZON-MSCA-2022-DN-01.

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Elenco degli ENTI FINANZIATORI ESTERNI A SAPIENZA che contribuiscono al pagamento della borsa di studio di dottorandi:

-AZIENDA TAKIS E REGIONE LAZIO (finanziamento borsa di studio ciclo 36) Progetto: Biologia Strutturale per lo sviluppo sinergistico di Farmaci innovativi Acronimo

-ISTITUTO SUPERIORE DI SANITA' E REGIONE LAZIO (finanziamento borsa di studio 37 ciclo). Titolo del Progetto: “Sviluppo di metodi EPR per lo studio di proteine e radicali in cell”

-ISTITUTO SUPERIORE DI SANITA' E REGIONE LAZIO (finanziamento borsa di studio 37 ciclo). Titolo del progetto: “Sviluppo di una piattaforma di integrazione di dati multi-omici per l’inferenza di reti di interazione molecolari tra patogeno e cellula target”