Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del primo anno |
Protein production and engineering: from biology to nanobiotech
data presunta: a.a. 2025/26 (Primo semestre), 41° ciclo - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 18
docente del corso: Prof. Paola Baiocco, Prof. Maria Carmela Bonaccorsi, Prof. Alessandra Bonamore, Prof. Martino Luigi Di Salvo, Prof. Serena Rinaldo (Dept. Scienze Biochimiche - Sapienza University of Rome); Dr. Linda Celeste Montemiglio (Institute of Molecular Biology and Pathology, IBMP,CNR) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è organizzato dal dottorato in BIOCHIMICA e SCIENZE DELLA VITA ed è un corso TEORICO-PRATICO in lingua inglese ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM.
The focus of the course is to train 1st-year PhD students to molecular biology and biochemical techniques for recombinant protein expression and purification.
Theoretical and technical aspects will be taken into consideration, and several applications in the different field of biotechnology will be considered.
The topics of the course will be the following:
Nucleotide and protein sequence search in open source databanks;
Recombinant DNA methodologies for molecular cloning and protein engineering;
Protein production: expression in bacteria, yeast, and mammalian cell lines;
Protein purification techniques (protein fractionation, chromatography, analytical methods);
Membrane proteins: the BacMam and the nanodisc technologies.
Purified protein quality check.
Overview and visit of the ProFacT, Protein Factory Training Lab available at the Department of Biochemical Sciences (https://research.uniroma1.it/laboratorio/145145#/0
An important purpose of the course will be to give an overview of possible practical applications dealing with protein biotechnologies, such as:
Designing site-directed mutant forms for studying enzyme activity and inhibition mechanisms;
Production of chimeric proteins for structural and functional studies;
Engineering of protein-based nanoparticles for drug delivery.
modalità di accertamento finale: homework assignment (concerning the topics specified in the previous section) to be done in small groups, preferably composed of students with different background (i.e., University Degree in Chemistry, Biology, Biotechnology, etc…). The expected work time for the assignment should be about 4 hours.
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Macromolecular Interactions
data presunta: a.a. 2025/26 (secondo semestre) 41° ciclo - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 10
docente del corso: Prof. Serena Rinaldo (Dept. Biochemical Sciences Sapienza University of Rome); Dr. Angelo Toto (Dep. of Biochemical Sciences, Sapienza University of Rome); Prof. Francesca Cutruzzolà (Dept. of Biochemical Sciences Sapienza University of Rome); Dr. Francesco Fiorentino (Dept. of Experimental Medicine, Sapienza University of Rome); Dr. Gianni Colotti and Dr. Angela Tramonti, (Institute of Molecular Biology and Pathology, (Institute of Molecular Biology and Pathology, IBPM, CNR, Rome) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è organizzato dal dottorato in BIOCHIMICA e SCIENZE DELLA VITA ed è un corso TEORICO-PRATICO in lingua inglese ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM.
The primary focus of this course is to equip 1st PhD students with the quantitative methods for investigating the affinity and mechanism of macromolecular interactions.
The course delves into the theoretical and practical aspects of the energetics, thermodynamics (stabilities and affinities), kinetics, and binding mechanism, encompassing both steady-state and transient (pre-steady-state) approaches. These aspects include:
Thermodynamics:
Measurement of binding using Isothermal Titration Calorimetry (ITC), including experimental design and data analysis to obtain stoichiometry (N), dissociation constant (Kd), and other thermodynamic parameters.
Evaluation of oligomerization state and affinity of interactions by native mass spectrometry.
Use of Differential scanning fluorimetry (DSF) to screen interactors and unveil the mechanism of binding.
Kinetics:
Use of Surface Plasmon Resonance (SPR) to determine bimolecular interactions. Setting up a SPR experiment, and analyzing data to obtain on and off rates, and binding constants.
Use of pre-steady state approaches to unveil kinetics of binding by means of fluorescence.
European infrastructures for studying interactions and kinetics: the examples of MOSBRI and Biocrystal facilities.
This course integrates lectures carried out by experts in the field with visits to the diverse Macromolecular Interactions Facilities available at the Department of Biochemical Sciences.
modalità di accertamento finale: final test
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How to write a research protocol
data presunta: a.a. 2025/26, 41° ciclo - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 4
docente del corso: Giuseppe La Torre qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Corso organizzato dal dottorato in ADVANCES IN INFECTIOUS DISEASES, MICROBIOLOGY, LEGAL MEDICINE AND PUBLIC HEALTH SCIENCES e aperto alle attività formative della scuola BeMM.
Ideazione e struttura di un progetto di ricerca
modalità di accertamento finale: da definire
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Safety Course
data presunta: a.a. 2025/26 (primo semestre), 41° ciclo - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 6
docente del corso: Dr. Tramutola, Dr. Toto, Dott. Casciaro, Dott. Fiorillo (Dept. Biochimical Sciences, Sapienza University of Rome) qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in BIOCHIMICA ed è un corso TEORICO-PRATICO in lingua inglese.
PART I: INFORMATION
Making research at the Department of Biochemical Sciences “A. Rossi Fanelli”: labs and expertises.
Description of the Facilities available at the Department of Biochemical Sciences “A. Rossi Fanelli”: rules, procedures and risks.
PART II: TRAINING
Employee training on risk managing linked to the Department facilities
Practical training for facilities users
modalità di accertamento finale: Multi-choice question test and Test results evaluation
Final discussions. Mandatory the participation
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Seminari del Dì di Venere
data presunta: a.a. 2025/26 (secondo semestre), 41° ciclo - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 12
docente del corso: Scienziati esperti (italiani e stranieri). Tra i docenti con affiliazione estera: Silvia Fossati ( Temple University, USA) e Pietro Sormanni (Università di Cambridge)) qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: It is a cycle of SEMINARS (english language) which will be carried out by expert scientists (Italian or foreign) on appropriate topics in line with the training objectives of the course. These seminars usually take place in the period March-June every Friday at 12.00 ("I Seminari del Dì di Venere"), in person. The list and methods of participation are described in the dedicated section on the doctoral course website. The seminars are organized directly by the PhD in BIOCHEMISTRY, in collaboration with the PhD in LIFE SCIENCES. English language.
modalità di accertamento finale: Not forseen
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Biosafety in the research Lab
data presunta: 2025/26 (41 ciclo) Secondo trimestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 6
docente del corso: INAIL, Prof. Cutruzzolà qualifica: Studioso o esperto di aziende o istituzioni culturali o sociali affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA e aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il Corso intende creare maggiore consapevolezza sulle problematiche attinenti al settore delle biotecnologie; aggiornare e rendere più rigorosa la valutazione del rischio ambientale e della salute dell’uomo, motivando alla cultura della prevenzione. Il personale che lavora nei laboratori di ricerca è esposto ad un rischio professionale a volte sottovalutato dai diretti interessati, i quali percepiscono l’esistenza di tale rischio solo in caso di incidente. Per la riduzione del rischio di esposizione risulta quindi di fondamentale importanza la professionalità, l’addestramento, l’esperienza ed il buon senso dell’operatore. Tale attività formativa rappresenta uno dei risultati del Progetto di Ricerca Scientifica Inail: “Prevenzione e tutela della salute e dell’ambiente nei laboratori che utilizzano metodiche biotecnologiche avanzate ed innovative”, finalizzato proprio alla formazione e sensibilizzazione del personale universitario in modo da assicurare il rispetto del D.lgs.206/2001, con una metodologia caratterizzata dalla stretta sinergia tra studenti/ricercatori/Professori universitari/dirigenti.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
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Statistics for biologists - modulo I "Theory classes”
data presunta: 2025/26, 41° ciclo (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Mario Fordellone qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è rivolto agli studenti del primo anno ed è organizzato dal corso di Dottorato in BIOLOGIA CELLULARE E DELLO SVILUPPO e aperto alle attività formative della scuola BeMM. L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica. Programma: - Introduction theory for point estimation, confidence interval, and hypothesis testing, Statistical significance, and p-value. - Tests on normal populations, the case of one sample, two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Normality hypothesis testing, tests on non-normal populations, the case of two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Nonparametric statistics - Adjusting for multiple testing - Basic theory on survival analysis.
modalità di accertamento finale: da definire
modalità di accertamento finale:
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Structural Bioinformatics I
data presunta: 2025/26 (Primo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 18
docente del corso: Veronica Morea, Anna Marabotti, Rino Ragno, Alessandro Paiardini qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in Bioinformatica e Biologia Computazionale ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Programma: Sequence alignment; Multiple sequence alignments; profiles, LOGOs; Database searches: BLAST, PSI-BLAST, HMM; PyMOL, ChimeraX
modalità di accertamento finale: da concordare
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“Decoding Cancer's Defense: Fork Protection and Stability Mechanisms in Chemosensitivity”,
data presunta: 2025/2026 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 3
docente del corso: Pietro Pichierri qualifica: Studioso o esperto di enti di ricerca affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è organizzato dal dottorato in BIOLOGIA UMANA E GENETICA MEDICA ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Program: The identification of new therapeutic approaches requires the understanding of the molecular mechanisms underlying the vulnerabilities and characteristics of tumors. The course aims to address the background of two of the tumor hallmarks - genomic instability and replicative stress - by presenting cutting-edge experimental approaches to identify the mechanisms involved and their exploitation for therapeutic purposes. The new techniques of interactomics and functional genomics will be presented with some examples from field work; eventually, a simulation of a scenario for the specific use of these approaches within the various doctoral projects will be planned.
modalità di accertamento finale: da definir con il docente
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JOURNAL CLUBS
data presunta: 2025/26Secondo trimestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 15
docente del corso: dottorandi in presenza del Coordinatore del corso di dottorato e/o membri del Collegio/Tutori qualifica: Altro affiliazione: Italiana
programma delle attività: On a weekly basis, in the period from March to June, JOURNAL CLUB are organised by PhD students in BIOCHEMISTRY. Students (belonging to the first, second and third year) present, in turn, a critical view of a recently published scientific article on relevant biochemistry topics (oral sessions lasting 20 minutes). English language.
modalità di accertamento finale: modalità di accertamento finale: not foreseen;
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