Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del secondo anno |
Corso avanzato per l'analisi dei dati in citometria a flusso multiparametrica: modulo II
data presunta: 2025/2026 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Esperto di software per analisi di dati complessi di citofluorimetria qualifica: Studioso o esperto di aziende o istituzioni culturali o sociali affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è rivolto agli studenti di questo Dottorato ed è volto ad aumentare le capacità di comprensione dei dati di citofluorimetria ad alta dimensione attraverso l'utilizzo di strumenti di software di analisi come "Flow-Jo". Il corso prevede sessioni pratiche di analisi dati che includono la pulizia dei dati, la riduzione della dimensionalità e la generazione automatizzata di grafici quali tSNE e UMAP che evidenziano raggruppamenti di popolazioni cellulari basati sulla loro somiglianza. A concludere verranno utilizzati strumenti dei software che consentono un'analisi automatizzata approfondita dei dati ottenuti.
modalità di accertamento finale: valutazione delle conoscenze e delle competenze tecniche mediante test finale.
|
Scuola virtuale d'Immunologia
data presunta: Febbraio/Marzo 2025 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Professori e ricercatori Italiani e stranieri qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso consiste in una scuola virtuale d'immunologia organizzata dalla Società Italiana d'Immunologia, Immunologia Clinica e Allergologia (SIICA) che tratterà tematiche inerenti al ruolo del sistema immunitario in condizioni immunopatologiche e approcci innovativi d'immunoterapia.
modalità di accertamento finale: valutazione delle competenze mediante test finale.
|
Corso ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)
data presunta: 2025/2026 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: Valerio Fulci qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è rivolto agli studenti della Scuola di Dottorato in Biologia e Medicina Molecolare (BeMM) a cui questo Dottorato afferisce. La tecnica ATAC-seq è recentemente emersa come una potente applicazione NGS per analizzare l'accessibilità della cromatina a livello genomico. I dati ATAC-seq possono essere sfruttati per correlare i cambiamenti dell'espressione genica con l'accessibilità della cromatina negli stimolatori e nei siti di inizio della trascrizione per ottenere informazioni dettagliate sulle dinamiche della cromatina alla base dei cambiamenti nell'espressione genica in diverse condizioni sperimentali. Il corso si propone di diffondere le competenze bioinformatiche di base per l'analisi dei dati ATAC-seq allo stato dell'arte. Il docente sarà a disposizione per supportare ulteriormente gli studenti nell'analisi di qualsiasi dataset ATAC-seq rilevante per il loro progetto di dottorato
modalità di accertamento finale: verifica delle competenze mediante test finale
|
Corso di statistica per biologi: modulo I
data presunta: 2025/2026 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Mario Fordellone qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è rivolto agli studenti della Scuola di Dottorato in Biologia e Medicina Molecolare (BeMM) a cui questo Dottorato afferisce. L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica. Programma: introduzione alla teoria per la stima puntuale, intervallo di confidenza e verifica delle ipotesi, significatività statistica e valore p. - Test su popolazioni normali, caso di un campione, due campioni indipendenti, due campioni appaiati, più di due campioni, test post-hoc. - Verifica di ipotesi di normalità, test su popolazioni non normali, caso di due campioni indipendenti, due campioni appaiati, più di due campioni, test post-hoc. - Statistica non parametrica - Aggiustamenti per test multipli - Teoria di base sull'analisi della sopravvivenza
modalità di accertamento finale: verifica delle competenze mediante test finale.
|
Corso di statistica per biologi: modulo II
data presunta: 2025/2026 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Valerio Licursi qualifica: Studioso o esperto di enti di ricerca affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è rivolto agli studenti della Scuola di Dottorato in Biologia e Medicina Molecolare (BeMM) a cui questo Dottorato afferisce. L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica, consentendo con la parte pratica di familiarizzare con i principali pacchetti di software disponibili in rete. Programma: introduzione a R; sintassi R di base e struttura dei dati con accesso agli elementi (vettori, elenchi, frame di dati); gestione e visualizzazione dei dati; esplorazione e manipolazione dei dati in R; visualizzazione. dei dati e generazione di grafici; hands-on, test statistici con R su dati reali.
modalità di accertamento finale: verifica delle competenze mediante test finale.
|
Corso di bioinformatica
data presunta: 2025/2026 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 18
docente del corso: Professori e Ricercatori italiani e stranieri. Dr. Teresa Colombo Institute of Molecular Biology and Pathology (IBPM) – CNR, Rome; Dr. Loredana Le Pera Italian National Institute of Health (ISS) – FAST, Rome; Dr. Veronica Morea Institute of Molecular Biology and Pathology (IBPM) – CNR, Rome; Prof. Alessandro Paiardini Department of Biochemical Sciences, “Sapienza”, Dr. Allegra Via, Dept. Biochemical Sciences,Sapienza University of Rome qualifica: Studioso o esperto di enti di ricerca affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è rivolto agli studenti della Scuola di Dottorato in Biologia e Medicina Molecolare (BeMM) a cui questo Dottorato afferisce. Il corso si suddivide in cinque moduli principali. 1. Accesso alle risorse bioinformatiche nel World Wide Web (NAR; NCBI; EBI; UniProt; ExPASy; PDB; GO); conoscenza di base (UniProt, NCBI Gene, EBI); allineamenti multipli di sequenze e alberi filogenetici. 2. Assegnazione sequenziale delle proprietà delle proteine (domini, elementi della struttura secondaria, globularità, peptidi segnale, modifiche post-traduzionali); strumenti pratici di ExPasy; 3. Analisi e previsione della struttura proteica; visualizzazione delle strutture proteiche; confronto tra strutture proteiche e generazione di modelli. 4. Interazioni tra strutture proteiche; interazione di piccole molecole ai siti funzionali delle proteine; progettazione razionale dei farmaci. 5. Metodi per l'analisi e l'integrazione di dati “omici” e “high-throughput”; genomica e trascrittomica; epigenomica e interattomica.
Gli studenti saranno divisi in coppie e ad ogni coppia di studenti verrà assegnato un computer.
modalità di accertamento finale: verifica delle competenze teoriche mediante test finale. Valutazione delle competenze pratiche mediante esercitazioni proposte nel corso delle lezioni.
|
Corso di microscopia: modulo I
data presunta: 2025/2026 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 10
docente del corso: Marcus Thelen qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: Il corso si prefigge di: i) fornire le nozioni teoriche per comprendere il funzionamento dei microscopi, ii) sviluppare competenze relative alle tecniche microscopiche più evolute presenti nei laboratori di ricerca; iii) acquisire competenze teoriche e operative in merito alle tecniche di immagini digitali
Programma delle attività.Fisica della luce: rifrazione, diffrazione, risoluzione delle interferenze, eccitazione ed emissione della luce (Jablonski,) durata e resa quantistica, polarizzazione e anisotropia. Fisica della microscopia elettronica. Introduzione generale su ottica, lenti e obiettivi (correzione cromatica, significati Plan Apo), microscopia a lunga e breve distanza, confocale e in campo chiaro, compresi gli elementi essenziali del microscopio, percorso ottico, ottica, lenti e definizioni di lenti, obiettivi, luce trasmessa e fluorescenza a microscopio (sorgenti luminose, rilevatore), PSF, diafonia, deconvoluzione assistita da computer. Esercitazioni pratiche su microscopi a fluorescenza confocale e ad ampio campo (sorgenti luminose, rilevatori, filtri, AOBS, foro stenopeico). Registrazione delle immagini.
modalità di accertamento finale: verifica delle competenze mediante test finale.
|