Offerta formativa anno accademico 2026/2027


Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del primo anno
Protein production and engineering: from biology to nanobiotech
data presunta: a.a. 2026/27 (Primo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: Paola Baiocco, Maria Carmela Bonaccorsi, Martino Luigi Di Salvo (membri del Collegio docenti), Alessandra Bonamore qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: E' un corso TEORICO-PRATICO in lingua inglese, organizzato insieme al dottorato in Scienze della Vita, ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il corso ha l’obiettivo di formare i dottorandi del primo anno nelle principali tecniche di biologia molecolare e biochimica applicate all’espressione e alla purificazione di proteine ricombinanti. Verranno affrontati sia gli aspetti teorici sia quelli tecnico-pratici, con particolare attenzione alle applicazioni nei diversi ambiti delle biotecnologie. Nel corso delle lezioni saranno trattati temi quali la ricerca di sequenze nucleotidiche e proteiche in banche dati open source, le metodologie di DNA ricombinante per il clonaggio molecolare e l’ingegneria proteica, nonché le strategie per la produzione di proteine mediante espressione in batteri, lieviti e linee cellulari di mammifero. Saranno inoltre approfondite le principali tecniche di purificazione proteica, incluse le metodologie di frazionamento, cromatografia e analisi delle proteine purificate. Una parte del corso sarà dedicata allo studio delle proteine di membrana, con particolare riferimento alle tecnologie BacMam e nanodisc, e ai criteri di controllo di qualità delle proteine ottenute. Il corso prevede infine una panoramica e una visita al laboratorio ProFacT – Protein Factory Training Lab, attivo presso il Dipartimento di Scienze Biochimiche. Un obiettivo rilevante del corso sarà anche quello di fornire una visione d’insieme delle principali applicazioni pratiche delle biotecnologie proteiche, come la progettazione di mutanti sito-specifici per lo studio dell’attività enzimatica e dei meccanismi di inibizione, la produzione di proteine chimeriche per studi strutturali e funzionali e l’ingegnerizzazione di nanoparticelle proteiche per il rilascio di farmaci.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione.
Macromolecular Interactions
data presunta: a.a. 2026/27 (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 9
docente del corso: Serena Rinaldo, Angelo Toto, Gianni Colott, Angela Tramonti (membri del Collegio docenti),Francesco Fiorentino qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: E' un corso TEORICO-PRATICO in lingua inglese ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. L’obiettivo principale del corso è fornire ai dottorandi del primo anno gli strumenti quantitativi necessari per lo studio dell’affinità e dei meccanismi di interazione tra macromolecole. Il corso affronta sia gli aspetti teorici sia quelli pratici legati all’energetica, alla termodinamica (stabilità e affinità), alla cinetica e ai meccanismi di legame, includendo approcci sia allo stato stazionario che transitorio (pre–steady state). In particolare, verranno trattati i principi della termodinamica delle interazioni molecolari, con la misurazione del legame mediante calorimetria a titolazione isotermica (ITC), includendo la progettazione sperimentale e l’analisi dei dati per la determinazione della stechiometria (N), della costante di dissociazione (Kd) e di altri parametri termodinamici. Saranno inoltre illustrate le metodologie per la valutazione dello stato di oligomerizzazione e dell’affinità delle interazioni mediante spettrometria di massa in condizioni native, nonché l’utilizzo della fluorimetria a scansione differenziale (DSF) per lo screening degli interattori e lo studio dei meccanismi di legame. Il corso approfondirà anche gli aspetti cinetici delle interazioni biomolecolari, con particolare riferimento all’uso della Surface Plasmon Resonance (SPR) per la determinazione delle interazioni bimolecolari. Verranno descritti l’allestimento di un esperimento di SPR e l’analisi dei dati per l’ottenimento delle costanti cinetiche di associazione e dissociazione e delle costanti di legame. Saranno inoltre presentati approcci “pre–steady state” basati su tecniche di fluorescenza per lo studio dettagliato della cinetica di legame. Infine, il corso offrirà una panoramica sulle principali infrastrutture europee dedicate allo studio delle interazioni e della cinetica, con esempi quali le piattaforme MOSBRI e Biocrystal. Le attività didattiche integrano lezioni tenute da esperti del settore con visite alle diverse infrastrutture per lo studio delle interazioni macromolecolari disponibili presso il Dipartimento di Scienze Biochimiche.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione.
Safety Course
data presunta: a.a. 2026/27(primo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Antonella Tramutola, Serena Rinaldo, Bruno Casciaro (membri del Collegio docenti), Francesco Fiorentino, Alessia Mariano, Chiara Lanzillotta qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: E' un corso TEORICO-PRATICO in lingua inglese obbligatorio per i dottorandi che lavorano presso il Dipartimento di Scienze Biochimiche PARTE I: INFORMAZIONI Svolgere attività di ricerca presso il Dipartimento di Scienze Biochimiche “A. Rossi Fanelli”: laboratori e competenze. Descrizione delle infrastrutture disponibili presso il Dipartimento di Scienze Biochimiche “A. Rossi Fanelli”: regole, procedure e rischi. PARTE II: FORMAZIONE Formazione del personale sulla gestione dei rischi associati alle infrastrutture del Dipartimento. Formazione pratica per gli utenti delle infrastrutture. PARTE III: Procedure relative all’utilizzo della Facility ProFacT
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione.
Seminari del Dì di Venere
data presunta: a.a. 2026/27(secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 12
docente del corso: Scienziati esperti (italiani e stranieri). Tra i docenti, vi sono membri del Collegio Docenti in Biochimica, con affiliazione estera: Pietro Sormanni (Università di Cambridge) qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: Si tratta di un ciclo di seminari (in lingua inglese) tenuti da scienziati esperti (italiani o stranieri) su tematiche appropriate e coerenti con gli obiettivi formativi del corso. Questi seminari si svolgono generalmente nel periodo marzo–giugno, ogni venerdì alle ore 12.00 (“I Seminari del Dì di Venere”), in presenza. L’elenco dei seminari e le modalità di partecipazione sono descritti nella sezione dedicata del sito web del corso di dottorato. L'elenco viene stabilito ad inizio anno accademico.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze
Biosafety in the research Lab
data presunta: a.a. 2026/27 Secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 7
docente del corso: Elena Sturchio (INAIL) Priscilla Boccia (INAIL) Miriam Zanellato (INAIL) Francesca Cutruzzolà (Sapienza) qualifica: Studioso o esperto di aziende o istituzioni culturali o sociali affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il Corso intende creare maggiore consapevolezza sulle problematiche attinenti al settore delle biotecnologie; aggiornare e rendere più rigorosa la valutazione del rischio ambientale e della salute dell’uomo, motivando alla cultura della prevenzione. Il personale che lavora nei laboratori di ricerca è esposto ad un rischio professionale a volte sottovalutato dai diretti interessati, i quali percepiscono l’esistenza di tale rischio solo in caso di incidente. Per la riduzione del rischio di esposizione risulta quindi di fondamentale importanza la professionalità, l’addestramento, l’esperienza ed il buon senso dell’operatore. Tale attività formativa rappresenta uno dei risultati del Progetto di Ricerca Scientifica Inail: “Prevenzione e tutela della salute e dell’ambiente nei laboratori che utilizzano metodiche biotecnologiche avanzate ed innovative”, finalizzato proprio alla formazione e sensibilizzazione del personale universitario in modo da assicurare il rispetto del D.lgs.206/2001, con una metodologia caratterizzata dalla stretta sinergia tra studenti/ricercatori/Professori universitari/dirigenti.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
Structural Bioinformatics II
data presunta: a.a. 2026/27 (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 18
docente del corso: Stefano Gianni, Veronica Morea (membri del Collegio Docenti), Domenico Raimondo, Anna Marabotti, Alessandro Paiardini qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Programma: Protein Folding; Protein Data Bank; Protein structure validation; Protein structure prediction: template-based and template-free methods. Protein structure analysis; Introduction to docking;
modalità di accertamento finale: Test valutativo
JOURNAL CLUBS
data presunta: a.a. 2026/27 Secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 12
docente del corso: dottorandi in presenza del Coordinatore del corso di dottorato e/o membri del Collegio/Tutori qualifica: Altro affiliazione: Italiana
programma delle attività: Su base settimanale, nel periodo da marzo a giugno, vengono organizzati i Journal Club degli studenti di dottorato in Biochimica. Gli studenti (del primo, secondo e terzo anno) presentano, a turno, una discussione critica di un articolo scientifico recentemente pubblicato su argomenti e/o metodologie rilevanti nel campo della biochimica (sessioni orali della durata di 20 minuti). Lingua: inglese.
modalità di accertamento finale: non prevista
Structural Bioinformatics I
data presunta: a.a. 2026/27 (primo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 18
docente del corso: Anna Marabotti, Alessandro Paiardini, Rino Ragno, Veronica Morea (membro Collegio docenti) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Programma: Sequence alignment; Multiple sequence alignments; profiles, LOGOs; Database searches: BLAST, PSI-BLAST, HMM; PyMOL, ChimeraX
modalità di accertamento finale: Test valutativo
Protecting Inventions: a brief journey into the world of pharmaceutical patents
data presunta: a.a. 2026/2027 (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 2
docente del corso: Tiziano Bandiera (Fondazione per la ricerca sulla Fibrosi Cistica) qualifica: Studioso o esperto di aziende o istituzioni culturali o sociali affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è un lingua inglese ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Le scoperte biomediche sono alla base del progresso della medicina e dello sviluppo di farmaci innovativi. Portare un nuovo farmaco sul mercato è un processo lungo che richiede investimenti significativi. Questo processo è sostenibile se il nuovo farmaco è in grado di recuperare i costi di sviluppo; ciò è possibile se il farmaco è protetto da un brevetto che impedisce ad altri di produrlo, utilizzarlo, metterlo in vendita e commercializzarlo. I brevetti rappresentano quindi risorse fondamentali nel settore farmaceutico, in quanto consentono di proteggere le scoperte e trasformarle in opportunità commerciali. In ambito accademico, i brevetti costituiscono uno strumento per attrarre investimenti e collaborazioni con l’industria. La lezione fornirà un’introduzione ai brevetti farmaceutici, partendo dai concetti di base e presentando alcuni esempi che illustrano il contenuto di un documento brevettuale e il ciclo di vita di un brevetto.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
3D bioprinting for the design of better human tissues
data presunta: a.a. 2026/2027 (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 9
docente del corso: Gianluca Cidonio, Roberta Angelini qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Questo corso, in lingua inglese, è organizzato dal dottorato in Scienze della Vita ed offre una panoramica completa del bioprinting 3D, esplorando come cellule viventi e biomateriali vengano combinati per creare costrutti tissutali funzionali. Dai principi fondamentali alle sfide cliniche, gli studenti apprenderanno come la tecnologia della bioprinting 3D stia contribuendo a ridisegnare il futuro della medicina. Al termine del corso, gli studenti acquisiranno le seguenti competenze: i) capacità di progettare formulazioni di bio-inchiostri di base; ii) capacità di selezionare strategie di bioprinting 3D appropriate per specifici tipi di tessuto; iii) conoscenze delle competenze di base per la bioprinting 3D e la fabbricazione di tessuti; iv) comprensione del percorso verso la traduzione clinica dei costrutti ottenuti mediante bioprinting 3D.
modalità di accertamento finale: Quiz automatizzati a risposta multipla (3 per lezione) e assignment pratici valutati tramite peer review.
Molecular mechanisms and biomarkers of cerebrovascular dysfunction and their relation to neurodegeneration
data presunta: 2026/27 (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Silvia Fossati (membro del Collegio docenti con affiliazione estera: Temple University, Philadelphia) qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: La malattia di Alzheimer (AD) e le demenze correlate non colpiscono soltanto le cellule neuronali del cervello, ma danneggiano anche i vasi sanguigni cerebrali e la barriera protettiva che separa il cervello dal resto del corpo, nota come barriera emato-encefalica. Nelle fasi iniziali della malattia e già nella mezza età, i fattori di rischio cardiovascolari e cerebrovascolari possono compromettere la salute dei vasi cerebrali. Questi fattori, insieme all’accumulo di beta-amiloide e successivamente di tau attorno ai vasi sanguigni del cervello, esercitano stress sulle cellule endoteliali che rivestono i vasi cerebrali, indeboliscono la barriera emato-encefalica e interferiscono con la capacità del cervello di eliminare sostanze tossiche. Tali alterazioni possono accelerare l’infiammazione cerebrale, il danno neuronale e la perdita di memoria. Nonostante la loro importanza, i meccanismi precisi attraverso cui amiloide e tau danneggiano i vasi cerebrali non sono ancora completamente compresi, e mancano ancora biomarcatori affidabili nei fluidi biologici per rilevare questo tipo di danno. È interessante notare che studi recenti hanno dimostrato come la patologia dell’Alzheimer possa influenzare anche il cuore, configurando la malattia come una sindrome che coinvolge l’intero organismo. In questo seminario discuteremo come amiloide e tau influenzino la salute, la produzione di energia e la sopravvivenza delle cellule neurovascolari cerebrali, nonché delle cellule cardiache e della funzione del cuore. Proporremo inoltre nuove strategie terapeutiche e biomarcatori diagnostici mirati a individuare e prevenire il danno cerebrovascolare associato alla neurodegenerazione.
modalità di accertamento finale: da decidere con il docente

Eventuali maggiori informazioni piano form. 1°a L’attività formativa del Corso di dottorato prevede:
1. CORSI
2. SEMINARI
3. JOURNAL CLUBS

I CORSI ed i SEMINARI sono organizzati direttamente dal Dottorato in BIOCHIMICA o in collaborazione con altri Dottorati appartenenti alla “Scuola di Dottorato B.E.M.M (Biologia e Medicina Molecolare) ”, di cui il dottorato fa parte. Inoltre, il corso di dottorato contribuisce attivamente all’organizzazione di un incontro annuale tra gli studenti dei corsi di dottorato della scuola BeMM. L’elenco dettagliato dei corsi (programma, calendario, aula, modalità di partecipazione) e dei seminari è riportato nella sezione dedicata del sito web.

I JOURNAL CLUBS sono organizzati con cadenza settimanale (totale di 12 ore), nel periodo marzo-giugno. Come indicato nelle sezioni successive, ogni dottorando presenta e discute un articolo scientifico a tutti gli altri partecipanti del corso di dottorato in presenza di alcuni membri del collegio. L’elenco dettagliato e le modalità di partecipazione sono riportate nella sezione dedicata del sito web.

Quasi tutti i CORSI sono in lingua INGLESE ed erogati da personale docente Sapienza o proveniente da ATENEI ESTERI e da ricercatori esperti provenienti da Istituti di ricerca quali l'Istituto Superiore di Sanità e Istituto di Molecular Biology and Pathology (IBPM) – CNR, Roma. Inoltre, i corsi di: "Protein production and engineering: from biology to nanobiotech", Macromolecular Interactions and Bioinformatics saranno corsi TEORICO-PRATICO che prevedono anche una parte pratica laboratoriale.
Ciascun dottorando sceglie autonomamente la partecipazione alle attività formative approvate dal "Collegio dei Docenti" così come la partecipazione a corsi di formazione scientifica svolti in Italia o all'estero.
La partecipazione degli studenti a queste attività è verificata tramite raccolta di firme dei partecipanti
OBBLIGATORIA è invece la partecipazione al "Safety Course". Ogni dottorando è chiamato a frequentare almeno 20 ore di didattica/formazione per ciascun anno di corso
Modalità di scelta dell'argomento della tesi: Ogni dottorando a inizio ciclo viene associato ad un gruppo di ricerca dipartimentale guidato da un responsabile scientifico detto tutore/supervisore. L'assegnazione viene effettuata mettendo a confronto le richieste di ogni studente e le proposte dei gruppi di ricerca. Le tesi, esclusivamente sperimentali, prendono forma tipicamente entro il primo anno di corso nell'ambito delle numerose linee di ricerca dipartimentali.
Modalità delle verifiche per l'ammissione all'anno successivo Tutti i dottorandi presentano alla scadenza di ogni anno (nel mese di settembre) una relazione scritta sulle attività di ricerca svolte, e viene verificata la loro partecipazione alle attività formative del dottorato per un totale di almeno 20 ore. Sono, altresì, valutate le loro presentazioni alle sedute dei Progress Report collegiali (relazioni orali della durata di 20 minuti in cui ogni dottorando deve presentare i risultati scientifici ottenuti nell'anno ed eventuali difficoltà incontrate durante il percorso). L'ammissione all'anno successivo e' approvata dal Collegio dei docenti sulla base della relazione scritta e del PROGRESS REPORT (OBBLIGATORIO)
Momenti di presentazione, di scambio e di discussione dei risultati di ricerca da parte dei dottorandi Il Corso di Dottorato promuove e supporta la partecipazione dei dottorandi a Congressi, workshop e a corsi di formazione esterni. Ogni anno, i dottorandi sono incoraggiati a partecipare (anche in qualità di relatori) alla RIUNIONE NAZIONALE "A. Castellani" dei Dottorandi di Ricerca in Discipline Biochimiche che si tiene a Brallo di Pregola (Pavia) ed al Convegno Nazionale della Società italiana di Biochimica e Biologia Molecolare (SIB) ed ai congressi/workshops organizzati dai vari gruppi scientifici della SIB o della Federation of European Biochemical Societies (FEBS). Inoltre, i dottorandi partecipano all'organizzazione del SIMPOSIO della scuola B.e.M.M. (Biologia e Medicina Molecolare) in Sapienza che prevede il loro coinvolgimento anche in qualità di relatori e moderatori e che rappresenta un'ottima occasione per lo scambio dei risultati scientifici e per la discussione delle varie linee di ricerca tra i partecipanti.
Inoltre, durante i JOURNAL CLUB gli studenti di tutti e tre i cicli presentano a turno una visione critica di un articolo scientifico di recente pubblicazione di tematiche di interesse generale e di impatto evidenziandone le criticità (relazioni orali di 20 minuti) . Nel corso di queste presentazioni, i dottorandi possono svolgere i ruoli di moderatori, al fine di stimolare una più ampia partecipazione dei dottorandi e prepararli alla discussione critica di temi scientifici.
Il Dottorato organizza un Welcome Day, di solito a Novembre, in cui i dottorandi del primo anno vengono invitati ad illustrare il loro background formativo e l'argomento di massima della tesi alla presenza del coordinatore. Durante tale incontro viene presentata l’organizzazione del Corso.
Attività formative, non incluse nella didattica programmata di cui ai punti precedenti, di docenti con affiliazione estera e/o di studiosi ed esperti sia italiani che stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende e da istituzioni culturali e sociali Ulteriori attività formative (tra cui seminari tenuti da docenti con affiliazione estera e/o studiosi ed esperti italiani o stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende, università) offerte direttamente dal Dottorato in Biochimica, in collaborazione con il dottorato in Scienze della Vita o in collaborazione con altri Dottorati della scuola di Dottorato in Biologia e Medicina Molecolare (BeMM) a cui il dottorato di Biochimica appartiene.

Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del secondo anno
Ligand binding and enzyme kinetics
data presunta: a.a. 2027/28 (secondo semestre), - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: Roberto Contestabile, Alessandro Giuffrè (membri del Collegio), Andrea Bellelli qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è in lingua INGLESE e aperto alle attività formative della scuola BeMM. L’obiettivo del corso è formare i dottorandi del secondo anno agli approcci quantitativi per lo studio del legame dei ligandi e della cinetica enzimatica. Il corso intende introdurre i principi di biologia cellulare, biotecnologia, biologia molecolare, chimica e biochimica applicati allo studio dei processi di legame dei ligandi e delle reazioni catalizzate dagli enzimi, approfondendo in particolare le basi teoriche, la derivazione e il significato dell’equazione di Michaelis–Menten nel contesto biologico. Particolare enfasi sarà posta sugli aspetti pratici, inclusi la progettazione sperimentale e la rilevanza biologica dei dati, illustrati attraverso esempi specifici. In dettaglio, il corso tratterà i principi fondamentali della cinetica enzimatica, le condizioni di pseudo-primo ordine, gli aspetti pratici della cinetica enzimatica e la progettazione degli esperimenti, la derivazione delle equazioni di velocità allo stato stazionario e lo studio degli enzimi a più substrati. Verranno inoltre affrontati i principi di base del legame dei ligandi e i relativi aspetti sperimentali, la cinetica pre–steady state e l’analisi dei dati. Infine, il corso approfondirà i meccanismi di inibizione e attivazione enzimatica, le diverse tipologie di inibizione e i sistemi di inibizione complessi, con esempi tratti dalla letteratura scientifica.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione.
Structural biology: basics, infrastructure and application
data presunta: a.a. 2027/28(Primo semestre), - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 14
docente del corso: Adele Di Matteo, Andrea Ilari, Annarita Fiorillo (membri del Collegio), Carlo Travaglini-Allocatelli, Carmelinda Savino; Sonia Longhi (membro del Collegio con affiliazione estera, Laboratory AFMB – Architecture and Function of biological macromolecules, CNRS – Aix-Marseille Univ.) e Michele Vendruscolo (membro del Collegio Docenti con affiliazione estera: Yusuf Hamied Department of Chemistry, University of Cambridge) qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: E' un corso teorico-pratico in lingua INGLESE e aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il corso fornisce una panoramica completa della biologia strutturale, coprendone i principi fondamentali, le infrastrutture, le diverse applicazioni e le prospettive future. Gli studenti acquisiranno una comprensione approfondita del carattere interdisciplinare della biologia strutturale e del suo ruolo centrale nel progresso della ricerca scientifica e delle innovazioni tecnologiche in diversi ambiti. Modulo 1: Cristallografia a raggi X: dal cristallo alla struttura 3D (A. Di Matteo, C. Savino) (4 ore) Il primo modulo è dedicato ai metodi della biologia strutturale e presenta tecniche quali la cristallografia a raggi X, la spettroscopia NMR e la microscopia crio-elettronica (cryo-EM). L’attenzione sarà rivolta in particolare alla cristallografia a raggi X, approfondendo i principi e le metodologie della cristallizzazione delle proteine, la determinazione e il raffinamento delle strutture tridimensionali, la validazione strutturale e le infrastrutture disponibili. Modulo 2: Cryo-EM a particella singola (A. Fiorillo) (2 ore) Il secondo modulo si concentra sui principi e sulle metodologie della cryo-EM a singola particella Modulo 3: Applicazioni della biologia strutturale (A. Ilari) (2 ore) Il terzo modulo esplora le applicazioni della biologia strutturale, con particolare enfasi sul suo ruolo nel drug design razionale e nello sviluppo di strategie di targeting basate sulla struttura. Modulo 4: Applicazioni dell’intelligenza artificiale nella biologia strutturale (M. Vendruscolo) (2 ore) Il quarto modulo è dedicato alle applicazioni dell’intelligenza artificiale nella biologia strutturale e analizza come strumenti e algoritmi basati sull’IA stiano rivoluzionando la predizione strutturale, l’analisi dei dati e la scoperta di nuovi farmaci. Il modulo include inoltre casi di studio che illustrano l’integrazione dell’IA nella risoluzione di complesse problematiche biologiche. Modulo 5: Folding e aggregazione proteica (C. Travaglini-Allocatelli e S. Longhi) (4 ore) Il quinto modulo introduce i fondamenti della struttura macromolecolare, a partire dagli amminoacidi, ed esplora la stabilità delle proteine, i meccanismi di folding, gli esperimenti di folding e i processi di aggregazione. Il modulo affronta inoltre il tema delle proteine disordinate, trattandone le caratteristiche generali, le definizioni, le proprietà, le funzioni, i metodi di predizione e la caratterizzazione sperimentale. Il corso si conclude con un approfondimento sulla separazione di fase liquido-liquido (LLPS) e sulle sue implicazioni nei processi biologici, inclusa la replicazione virale.Il corso beneficia delle risorse della Biocrystal Facility, offerta in collaborazione con il Dipartimento di Scienze Biochimiche e l’Istituto IBPM – CNR (https://biocrystalfacility.it/en/biocrystal-facility/). Ulteriori collaborazioni includono il CNRS di Marsiglia e l’Università di Cambridge, che contribuiscono ad arricchire le opportunità formative e di ricerca offerte dal corso.
modalità di accertamento finale: The final assessment methods include attendance tracking, a final questionnaire to assess the acquired competencies, and the issuance of a certificate of participation.
Beyond the frontiers of translational immunology
data presunta: a.a. 2027/28 (primo semestre), - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: Paolini, Carolina Scagnolari, Raffaele Strippoli, silvia Piconese, Alessandro Paiardini qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: ll corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA ed è aperto alle attività della scuola BeMM. Il corso offre un’analisi intensiva e approfondita di una selezione di concetti fondamentali dell’immunologia. Avvalendosi delle competenze specifiche dei docenti di Immunologia, il corso illustra come tali concetti siano stati definiti e continuino a evolversi sulla base di lavori fondamentali nel settore, includendo contributi provenienti anche dai loro stessi laboratori.
modalità di accertamento finale: Test online
Seminari del Dì di Venere
data presunta: a.a. 2027/28 (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 12
docente del corso: Scienziati esperti (italiani e stranieri). Tra i docenti, vi sono membri del Collegio Docenti in Biochimica con affiliazione estera: Pietro Sormanni (Università di Cambridge) qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: Si tratta di un ciclo di seminari (in lingua inglese) tenuti da scienziati esperti (italiani o stranieri) su tematiche appropriate e coerenti con gli obiettivi formativi del corso. Questi seminari si svolgono generalmente nel periodo marzo–giugno, ogni venerdì alle ore 12.00 (“I Seminari del Dì di Venere”), in presenza. L’elenco dei seminari e le modalità di partecipazione sono descritti nella sezione dedicata del sito web del corso di dottorato. L'elenco viene stabilito ad inizio anno accademico.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze,
Metabolism and metabolites
data presunta: a.a.2027/28 (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 14
docente del corso: Mario Fontana, Alberto Macone, Elena Forte (membri del Collegio); Alessio Paone, Daniela De Biase qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: E' un corso teorico-pratico tenuto in lingua inglese organizzato insieme al dottorato in Scienze della Vita ed è aperto alle attività formative della Scuola BeMM. Obiettivi del corso Il corso ha l’obiettivo di fornire una panoramica delle diverse metodologie finalizzate allo studio del metabolismo cellulare e della metabolomica. Gli studenti acquisiranno una conoscenza approfondita delle tecniche cromatografiche (LC e GC) accoppiate alla rivelazione mediante spettrometria di massa, della gestione dei dati omics e delle analisi respirometriche ad alta risoluzione. Modulo 1Introduzione alla cromatografia liquida nell’analisi metabolomica. Cromatografia liquida/spettrometria di massa: principi e applicazioni. Oncometaboliti. Analisi dei dati omics.Modulo 2 Analisi in tempo reale del metabolismo cellulare mediante tecnologia Seahorse. Introduzione al metabolismo cellulare e alla tecnologia Seahorse. Funzioni principali della piattaforma Seahorse: misurazione della respirazione mitocondriale e della glicolisi in cellule vive. Applicazioni nella ricerca biomedica, oncologica e farmacologica. Dimostrazione interattiva: utilizzo del software Seahorse e interpretazione dei dati. Presentazione dello strumento Oroboros. Approccio multi-omico integrato per lo studio degli effetti degli antibiotici sul metabolismo microbico. Modulo 3 Cromatografia gassosa. Introduzione alla cromatografia gassosa. Principi e applicazioni della GC/MS. Preparazione dei campioni per analisi GC/MS.Metodologia didattica Il corso prevede lezioni frontali, discussioni guidate e presentazioni di progetti. Gli studenti saranno incoraggiati a partecipare attivamente, porre domande e applicare le conoscenze acquisite in attività pratiche. Considerazioni finali. Il corso mira a fornire agli studenti una comprensione completa delle metodologie e delle pratiche per l’utilizzo di modelli cellulari e animali, preparandoli a condurre attività di ricerca avanzata e a contribuire al progresso scientifico in ambito biomedico.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione
JOURNAL CLUBS
data presunta: 2027/28 Secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: dottorandi in presenza del Coordinatore del corso di dottorato e/o membri del Collegio/Tutori qualifica: Altro affiliazione: Italiana
programma delle attività: Su base settimanale, nel periodo da marzo a giugno, vengono organizzati i Journal Club degli studenti del Dottorato in Biochimica. Gli studenti (del primo, secondo e terzo anno) presentano, a turno, una discussione critica di un articolo scientifico recentemente pubblicato su tematiche di biochimica di particolare rilevanza (sessioni orali della durata di 20 minuti).
modalità di accertamento finale: non prevista
Statistics for biologists - Modulo I: “Theory classes"
data presunta: a.a. 2027/2028 (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Mario Fordellone qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal corso di Dottorato in BIOLOGIA CELLULARE E DELLO SVILUPPO ed è aperto all'offerta formativa della scuola BeMM. L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica. Programma: - Introduction theory for point estimation, confidence interval, and hypothesis testing, Statistical significance, and p-value. - Tests on normal populations, the case of one sample, two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Normality hypothesis testing, tests on non-normal populations, the case of two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Nonparametric statistics - Adjusting for multiple testing - Basic theory on survival analysis.
modalità di accertamento finale: Da definire con il docente
I meccanismi di difesa della replicazione: nuovi approcci metodologici e rilevanza per l’identificazione di nuovi target terapeutici"
data presunta: a.a. 2027/2028 (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 6
docente del corso: Pietro Pichierri qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Corso organizzato dal dottorato in BIOLOGIA UMANA E GENETICA MEDICA e aperto alle attività formative della scuola BeMM.L’identificazione di nuovi approcci terapeutici richiede la comprensione dei meccanismi molecolari alla base delle vulnerabilità tumorali. Il corso affronta due hallmark tumorali - instabilità genomica e stress replicativo - illustrando approcci sperimentali avanzati per lo studio dei meccanismi coinvolti e il loro sfruttamento terapeutico. Verranno presentate tecniche di interattomica e genomica funzionale con esempi applicativi e possibili scenari di utilizzo nei progetti di dottorato..
modalità di accertamento finale: Test valutativo
Modern methodologies for drug design
data presunta: a.a. 2027/2028 (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 16
docente del corso: Coluccia, Paiardini, Valente qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è organizzato dal Dottorato in SCIENZE DELLA VITA.Il corso mira a fornire agli studenti una comprensione completa delle metodologie moderne nella progettazione di farmaci, integrando principi di biochimica, chimica farmaceutica, biologia e scienze computazionali. Al centro del corso vi è un'analisi critica e scientifica del processo di scoperta dei farmaci, che spazia dai concetti fondamentali agli approcci all'avanguardia volti ad accelerare la scoperta. Gli argomenti includono le basi molecolari dell'azione dei farmaci, la progettazione computazionale di farmaci (es. docking molecolare, dinamica molecolare), tecniche e metodologie avanzate (es. progettazione basata su frammenti, chemoproteomica, PROTAC, molecole in grado di interferire con interazioni proteina-proteina, scoperta basata sull'intelligenza artificiale) e lo sviluppo preclinico. Verranno inoltre affrontate le considerazioni etiche e regolatorie. Metodologia didattica: Il corso prevederà lezioni frontali, discussioni guidate e laboratori pratici con l'uso di software per la progettazione di farmaci come AutoDock e AlphaFold. Gli studenti parteciperanno a studi di caso, progetti di gruppo e presentazioni per applicare le conoscenze teoriche a scenari pratici. Saranno incoraggiati la partecipazione attiva, il pensiero critico e la collaborazione. Considerazioni finali: Il corso è progettato per fornire agli studenti le competenze e le conoscenze necessarie per eccellere nel processo di sviluppo del farmaco, dalla scoperta della molecola al candidato preclinico, preparandoli a carriere in ambito accademico, industriale o nella ricerca. L'integrazione tra approcci computazionali e sperimentali, nonché le implicazioni etiche della scoperta di farmaci, saranno aspetti particolarmente valorizzati.
modalità di accertamento finale: test / presentazione da parte degli studenti
Molecular mechanisms and biomarkers of cerebrovascular dysfunction and their relation to neurodegeneration
data presunta: 2027/2028 (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Silvia Fossati (membro del Collegio docenti con affiliazione estera: Temple University, Philadelphia) qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: La malattia di Alzheimer (AD) e le demenze correlate non colpiscono soltanto le cellule neuronali del cervello, ma danneggiano anche i vasi sanguigni cerebrali e la barriera protettiva che separa il cervello dal resto del corpo, nota come barriera emato-encefalica. Nelle fasi iniziali della malattia e già nella mezza età, i fattori di rischio cardiovascolari e cerebrovascolari possono compromettere la salute dei vasi cerebrali. Questi fattori, insieme all’accumulo di beta-amiloide e successivamente di tau attorno ai vasi sanguigni del cervello, esercitano stress sulle cellule endoteliali che rivestono i vasi cerebrali, indeboliscono la barriera emato-encefalica e interferiscono con la capacità del cervello di eliminare sostanze tossiche. Tali alterazioni possono accelerare l’infiammazione cerebrale, il danno neuronale e la perdita di memoria. Nonostante la loro importanza, i meccanismi precisi attraverso cui amiloide e tau danneggiano i vasi cerebrali non sono ancora completamente compresi, e mancano ancora biomarcatori affidabili nei fluidi biologici per rilevare questo tipo di danno. È interessante notare che studi recenti hanno dimostrato come la patologia dell’Alzheimer possa influenzare anche il cuore, configurando la malattia come una sindrome che coinvolge l’intero organismo. In questo seminario discuteremo come amiloide e tau influenzino la salute, la produzione di energia e la sopravvivenza delle cellule neurovascolari cerebrali, nonché delle cellule cardiache e della funzione del cuore. Proporremo inoltre nuove strategie terapeutiche e biomarcatori diagnostici mirati a individuare e prevenire il danno cerebrovascolare associato alla neurodegenerazione.
modalità di accertamento finale: da decidere con il docente

Eventuali maggiori informazioni piano form. 2° L’attività formativa del Corso di dottorato prevede:
1. CORSI
2. SEMINARI
3. JOURNAL CLUBS

I CORSI ed i SEMINARI sono organizzati direttamente dal Dottorato in BIOCHIMICA o in collaborazione con altri Dottorati appartenenti alla “Scuola di Dottorato B.E.M.M (Biologia e Medicina Molecolare) ”, di cui il dottorato fa parte. Inoltre, il corso di dottorato contribuisce attivamente all’organizzazione di un incontro annuale tra gli studenti dei corsi di dottorato della scuola BeMM. L’elenco dettagliato dei corsi (programma, calendario, aula, modalità di partecipazione) e dei seminari è riportato nella sezione dedicata del sito web.

I JOURNAL CLUBS sono organizzati con cadenza settimanale (totale di 12 ore), nel periodo marzo-giugno. Come indicato nelle sezioni successive, ogni dottorando presenta e discute un articolo scientifico a tutti gli altri partecipanti del corso di dottorato in presenza di alcuni membri del collegio. L’elenco dettagliato e le modalità di partecipazione sono riportate nella sezione dedicata del sito web.

Quasi tutti i CORSI sono in lingua INGLESE ed erogati da personale docente Sapienza o proveniente da ATENEI ESTERI e da ricercatori esperti provenienti da Istituti di ricerca quali l'Istituto Superiore di Sanità e Istituto di Molecular Biology and Pathology (IBPM) – CNR, Roma. Inoltre, i corsi di: "Protein production and engineering: from biology to nanobiotech", Macromolecular Interactions and Bioinformatics saranno corsi TEORICO-PRATICO che prevedono anche una parte pratica laboratoriale.
Ciascun dottorando sceglie autonomamente la partecipazione alle attività formative approvate dal "Collegio dei Docenti" così come la partecipazione a corsi di formazione scientifica svolti in Italia o all'estero.
La partecipazione degli studenti a queste attività è verificata tramite raccolta di firme dei partecipanti
OBBLIGATORIA è invece la partecipazione al "Safety Course". Ogni dottorando è chiamato a frequentare almeno 20 ore di didattica/formazione per ciascun anno di corso
Modalità delle verifiche per l'ammissione all'anno successivo Tutti i dottorandi presentano alla scadenza di ogni anno (nel mese di settembre) una relazione scritta sulle attività di ricerca svolte, e viene verificata la loro partecipazione alle attività seminariali, Journal club ed ai Corsi previsti dall’attività formativa del dottorato per un totale di almeno 20 ore. Sono, altresì, valutate le loro presentazioni alle sedute dei Progress Report collegiali (relazioni orali della durata di 20 minuti in cui ogni dottorando deve presentare i risultati scientifici ottenuti nell'anno ed eventuali difficoltà incontrate durante il percorso). L'ammissione all'anno successivo e' approvata dal Collegio dei docenti sulla base della relazione scritta e del PROGRESS REPORT (OBBLIGATORIO)
Momenti di presentazione, di scambio e di discussione dei risultati di ricerca da parte dei dottorandi Il Corso di Dottorato promuove e supporta la partecipazione dei dottorandi a Congressi, workshop e a corsi di formazione esterni. Ogni anno, i dottorandi sono incoraggiati a partecipare (anche in qualità di relatori) alla RIUNIONE NAZIONALE "A. Castellani" dei Dottorandi di Ricerca in Discipline Biochimiche che si tiene a Brallo di Pregola (Pavia) ed al Convegno Nazionale della Società italiana di Biochimica e Biologia Molecolare (SIB) così come a convegni/workshops organizzati dai gruppi scientifici della SIB o della Federation of European Biochemical Societies (FEBS). Inoltre, i dottorandi partecipano all'organizzazione del SIMPOSIO della scuola B.e.M.M. (Biologia e Medicina Molecolare) in Sapienza che prevede il loro coinvolgimento anche in qualità di relatori e moderatori e che rappresenta un'ottima occasione per lo scambio dei risultati scientifici e per la discussione delle varie linee di ricerca tra i partecipanti.
Inoltre, durante i JOURNAL CLUB gli studenti di tutti e tre i cicli presentano a turno una visione critica di un articolo scientifico di recente pubblicazione e su tematiche di interesse generale e di impatto evidenziandone le criticità (relazioni orali di 20 minuti) . Nel corso di queste presentazioni, i dottorandi possono svolgere i ruoli di moderatori, al fine di stimolare una più ampia partecipazione dei dottorandi e prepararli alla discussione critica di temi scientifici.

Attività formative, non incluse nella didattica programmata di cui ai punti precedenti, di docenti con affiliazione estera e/o di studiosi ed esperti sia italiani che stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende e da istituzioni culturali e sociali Ulteriori attività formative (tra cui seminari tenuti da docenti con affiliazione estera e/o studiosi ed esperti italiani o stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende, università) offerte direttamente dal Dottorato in Biochimica, in collaborazione con il dottorato in Scienze della Vita o in collaborazione con altri Dottorati della scuola di Dottorato in Biologia e Medicina Molecolare (BeMM) a cui il dottorato di Biochimica appartiene.

Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del terzo anno
From Cell to Animal Models: Guidelines and Best Practice
data presunta: a.a. 2028/29 (primo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 16
docente del corso: Antonella Tramutola, Fabio Di Domenico, Eugenio Barone, M. Luisa Mangoni, Marzia Perluigi (membri del Collegio docenti), Silvia Di Angelantonio, Sanchini, Basilico, Gioanni Cenci, Martinelli qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: E' un corso teorico-pratico in lingua inglese organizzato insieme al dottorato in Scienze della Vita ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il corso ha l’obiettivo di fornire una panoramica completa delle linee guida e delle migliori pratiche per l’utilizzo di modelli cellulari e animali in ambito scientifico e di ricerca. Gli studenti acquisiranno una conoscenza approfondita delle tecniche di coltura cellulare, della manipolazione genetica e dell’applicazione dei modelli animali negli studi biomedici. Modulo 1: Introduzione ai modelli cellulari e animali Basi della coltura cellulare: tecniche per il mantenimento e la proliferazione delle cellule. Principi fondamentali dell’etica nella ricerca che utilizza modelli animali. Vantaggi e limiti dei modelli cellulari e animali. Modulo 2: Coltura cellulare e manipolazione genetica Tecniche avanzate di coltura cellulare: linee cellulari stabili e cellule primarie. Principi di manipolazione genetica in vitro: trasfezione, trasduzione e CRISPR-Cas9. Discussione sull’impatto della manipolazione genetica in vitro sulla validità dei risultati. Modulo 3: Metodi in vitro e alternative avanzate alla sperimentazione animale Modelli di malattia umani derivati da iPSC biostampati in 3D o auto-assemblati. Analisi funzionale di organoidi 3D e costrutti biostampati (MEA, imaging del calcio, patch clamp). Modulo 4: Modelli animali nella ricerca biomedica Scelta del modello animale più appropriato in base alle domande di ricerca. Aspetti etici dell’utilizzo dei modelli animali e conformità alle normative vigenti. Valutazione dei parametri fisiologici nei modelli animali. Modulo 5: Progettazione di studi con modelli animali Protocolli sperimentali e pianificazione degli studi con modelli animali. Monitoraggio e raccolta dei dati nei modelli animali. Analisi statistica e interpretazione dei risultati. Modulo 6: Buone pratiche e prospettive future Linee guida internazionali per l’utilizzo dei modelli cellulari e animali. Casi di successo ed esempi applicativi nell’impiego dei modelli per la ricerca biomedica. Prospettive future: avanzamenti tecnologici e approcci innovativi.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione
Career development plan for early stage researchers
data presunta: a.a. 2028/29 (secondo semestre), - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 6
docente del corso: Alberto Boffi (membro del Collegio docenti) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è in lingua inglese ed e aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il piano di sviluppo della carriera è una strategia strutturata e completa che gli individui elaborano per guidare la propria crescita e progressione professionale. Esso prevede la definizione di obiettivi di carriera sia a breve sia a lungo termine, l’individuazione delle competenze e delle conoscenze necessarie per raggiungerli e la pianificazione di azioni specifiche e tappe intermedie per conseguirli. Un piano di sviluppo della carriera ben strutturato non solo aiuta a orientarsi nel proprio percorso professionale, ma consente anche di assumere un ruolo attivo e consapevole nel proprio sviluppo. Questo approccio proattivo include attività di autovalutazione, formazione continua, networking e la ricerca di opportunità per il potenziamento delle competenze. Attraverso una revisione e un aggiornamento periodici del piano, è possibile adattarsi a contesti in evoluzione, cogliere nuove opportunità e mantenere l’allineamento con aspirazioni professionali in continuo cambiamento. In definitiva, un piano di sviluppo della carriera attentamente progettato rappresenta una vera e propria roadmap per realizzare il proprio potenziale e raggiungere un percorso professionale soddisfacente e di successo. Il corso è dedicato agli Early Stage Researchers, comprendendo dottorandi e post-doc. È articolato in tre aree tematiche principali: 1.piano di sviluppo della carriera per il percorso accademico (Università italiane); 2.piano di sviluppo della carriera nelle istituzioni di ricerca (nazionali e internazionali); 3. piano di sviluppo della carriera nel settore privato.
modalità di accertamento finale: redazione del primo Piano di Sviluppo della Carriera (il modulo sarà fornito).
Preparing Artwork for Scientific Papers
data presunta: a.a. 2028/29, secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Giorgio Giardina, Gianni Stefano (membri del Collegio) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Corso è erogato in lingua inglese ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il corso ha l’obiettivo di fornire agli studenti una conoscenza di base dei software e degli strumenti utilizzati per realizzare materiale grafico di qualità editoriale destinato ad articoli scientifici, poster e presentazioni. Il corso include inoltre una sezione dedicata alla scrittura scientifica. Programma Il corso tratterà le basi del graphic design, quali la risoluzione delle immagini, le differenze tra immagini vettoriali e raster, la teoria del colore e gli spazi colore (RGB, CMYK), nonché le regole fondamentali per una corretta progettazione delle figure. Gli studenti verranno quindi introdotti all’utilizzo di software grafici professionali open source per il fotoritocco (GIMP) e per la grafica vettoriale (Inkscape). Infine, verrà illustrato l’intero flusso di lavoro relativo alla pianificazione e alla realizzazione delle figure di un articolo scientifico. Risultati attesi Al termine del corso, gli studenti saranno in grado di: 1. progettare e realizzare da zero un’immagine multi-pannello, includendo la modifica delle immagini di partenza, delle legende e dei diagrammi, l’esportazione di dati e grafici come file immagine, l’organizzazione del layout e l’assemblaggio finale della figura; 2. preparare figure e illustrazioni scientifiche in conformità alle linee guida editoriali, utilizzando i principali strumenti dei software open source GIMP e Inkscape per la modifica di immagini raster e vettoriali; 3. progettare ed esportare immagini nel formato corretto, con proprietà ottimizzate in funzione dello specifico mezzo di comunicazione (ad esempio articoli scientifici, progetti di ricerca, presentazioni orali, poster); 4. organizzare il testo di un manoscritto scientifico secondo principi efficaci di storytelling.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione.
Microscopy Techniques for the Life Sciences
data presunta: a.a. 2028/29 (primo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 18
docente del corso: Silvia Di Angelantonio, Annarita Fiorillo (membro del Collegio), Raffaele Strippoli, Sapienza; De Stenafo; docenti esterni qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: E' un corso TEORICO-PRATICO organizzato insieme al dottorato in Scienze della Vita. E' in inglese ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Programma: Benvenuto e introduzione Microscopia ottica convenzionale e confocale Microscopia multifotonica per applicazioni in vitro e in vivo – painting DEEP SIM STED Microscopia elettronica a trasmissione (E. De Stefano – Sapienza – BBCD – CRiN) Cryo-EM (G. Giardina – Sapienza – DSB) Tecniche di clearing (Nicolas Bayens – ULB) Applicazioni – imaging ionico Applicazioni della microscopia a fluorescenza e confocale in fisiopatologia: dimostrazione della plasticità cellulare (EMT/MET), saggi di adesione, migrazione/invasione e sviluppo di organoidi tumorali (R. Strippoli – Sapienza – DMM) Analisi e quantificazione delle immagini – ImageJ
modalità di accertamento finale: Valutazione personale del corso tramite la compilazione di un questionario online.
Seminari del Dì di Venere
data presunta: a.a. 2028/29 (marzo-giugno), 41° ciclo - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 12
docente del corso: Scienziati esperti (italiani e stranieri). Tra i docenti vi sono membri del Collegio Docenti in biochimica con affiliazione estera: Pietro Sormanni (Università di Cambridge) qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: Si tratta di un ciclo di seminari (in lingua inglese) tenuti da scienziati esperti (italiani o stranieri) su tematiche appropriate e coerenti con gli obiettivi formativi del corso. Questi seminari si svolgono generalmente nel periodo marzo–giugno, ogni venerdì alle ore 12.00 (“I Seminari del Dì di Venere”), in presenza. L’elenco dei seminari e le modalità di partecipazione sono descritti nella sezione dedicata del sito web del corso di dottorato.L'elenco dei seminario è stabilito ad inizio anno accademico
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze
"I meccanismi di difesa della replicazione: nuovi approcci metodologici e rilevanza per l’identificazione di nuovi target terapeutici"
data presunta: 2028/29 (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 6
docente del corso: Pietro Pichierri qualifica: Studioso o esperto di enti di ricerca affiliazione: Italiana
programma delle attività: Corso organizzato dal dottorato in BIOLOGIA UMANA E GENETICA MEDICA e aperto alle attività formative della scuola BeMM. L’identificazione di nuovi approcci terapeutici richiede la comprensione dei meccanismi molecolari alla base delle vulnerabilità tumorali. Il corso affronta due hallmark tumorali - instabilità genomica e stress replicativo - illustrando approcci sperimentali avanzati per lo studio dei meccanismi coinvolti e il loro sfruttamento terapeutico. Verranno presentate tecniche di interattomica e genomica funzionale con esempi applicativi e possibili scenari di utilizzo nei progetti di dottorato.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
JOURNAL CLUBS
data presunta: 2028/29 Secondo trimestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: dottorandi in presenza del Coordinatore del corso di dottorato e/o membri del Collegio/Tutori qualifica: Altro affiliazione: Italiana
programma delle attività: On a weekly basis, in the period from March to June, JOURNAL CLUB are organised by PhD students in BIOCHEMISTRY. Students (belonging to the first, second and third year) present, in turn, a critical view of a recently published scientific article on biochemistry topics with impact (oral sessions lasting 20 minutes). English language.
modalità di accertamento finale: not foreseen
Statistics for biologists - Modulo I: “Theory classes"
data presunta: 2028/2029 (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Mario Fordellone qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal corso di Dottorato in BIOLOGIA CELLULARE E DELLO SVILUPPO ed è aperto all'offerta formativa della scuola BeMM. L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica. Programma: - Introduction theory for point estimation, confidence interval, and hypothesis testing, Statistical significance, and p-value. - Tests on normal populations, the case of one sample, two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Normality hypothesis testing, tests on non-normal populations, the case of two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Nonparametric statistics - Adjusting for multiple testing - Basic theory on survival analysis
modalità di accertamento finale: da definire con il docente
Nuove e consolidate nanostrategie per la somministrazione di agenti antimicrobici
data presunta: 2028/2029 (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Maria Carafa qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE FARMACEUTICHE ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. L’emergere di ceppi microbici resistenti richiede approcci innovativi per una somministrazione efficace degli antimicrobici. La resistenza agli antibiotici rappresenta una rilevante sfida sanitaria globale, in cui i batteri evolvono meccanismi capaci di resistere agli effetti degli antibiotici, rendendo inefficaci i trattamenti standard. Questo fenomeno comporta il prolungamento delle malattie, l’aumento dei costi sanitari e tassi di mortalità più elevati. La nanotecnologia ha rivoluzionato questo settore, offrendo strategie sia nuove sia migliorate per colpire i patogeni e aumentare la veicolazione e l’efficacia degli agenti antimicrobici. Tra gli approcci nanotecnologici innovativi e consolidati rientrano liposomi, dendrimeri e nanoparticelle polimeriche, che garantiscono una maggiore stabilità, un rilascio mirato e una cessione controllata dei farmaci. Anche i recenti progressi della nanotecnologia, come l’impiego di nanoemulsioni, nanoparticelle metalliche e nanogel, risultano di grande interesse per il loro potenziale nel superare gli attuali limiti della terapia antimicrobica. Integrando queste diverse nanostrategie, l’obiettivo è ottimizzare gli esiti terapeutici, minimizzare gli effetti collaterali e affrontare le sfide poste dai microrganismi resistenti ai farmaci. Inoltre, la resistenza agli antibiotici può essere contrastata individuando nuovi impieghi terapeutici per farmaci esistenti, al di fuori della loro indicazione medica originaria. La sinergia tra questi nanosistemi e gli antibiotici convenzionali o di nuova generazione offre prospettive promettenti per superare la resistenza e migliorare i risultati terapeutici. Verrà presentata una panoramica dello stato attuale e delle prospettive future nel campo dei sistemi di somministrazione degli antimicrobici. La presentazione metterà in evidenza il potenziale della nanomedicina nel rivoluzionare i trattamenti antimicrobici e sottolineerà la necessità di proseguire la ricerca per tradurre queste strategie nella pratica clinica.
modalità di accertamento finale: Test valutativo

Eventuali maggiori informazioni piano form. 3° L’attività formativa del Corso di dottorato prevede:
1. CORSI
2. SEMINARI
3. JOURNAL CLUBS

I CORSI ed i SEMINARI sono organizzati direttamente dal Dottorato in BIOCHIMICA o in collaborazione con altri Dottorati appartenenti alla “Scuola di Dottorato B.E.M.M (Biologia e Medicina Molecolare) ”, di cui il dottorato fa parte. Inoltre, il dottorato contribuisce attivamente all’organizzazione di un incontro annuale tra gli studenti dei corsi di dottorato della scuola BeMM. L’elenco dettagliato dei corsi (programma, calendario, aula, modalità di partecipazione) e dei seminari è riportato nella sezione dedicata del sito web.

I JOURNAL CLUBS sono organizzati con cadenza settimanale (totale di 12 ore), nel periodo marzo-giugno. come indicato nelle sezioni successive, ogni dottorando presenta e discute un articolo scientifico a tutti gli altri partecipanti del corso di dottorato in presenza di alcuni membri del collegio. L’elenco dettagliato e le modalità di partecipazione sono riportate nella sezione dedicata del sito web.

Quasi tutti i CORSI sono in lingua INGLESE ed erogati da personale docente Sapienza o proveniente da ATENEI ESTERI e da ricercatori esperti provenienti da Istituti di ricerca quali l'Istituto Superiore di Sanità e Istituto di Molecular Biology and Pathology (IBPM) – CNR, Rome. Inoltre, i corsi di: "Protein production and engineering: from biology to nanobiotech", Macromolecular Interactions and Bioinformatics saranno corsi TEORICO-PRATICO che prevedono anche una parte pratica laboratoriale.
Ciascun dottorando sceglie autonomamente la partecipazione alle attività formative approvate dal "Collegio dei Docenti" così come la partecipazione a corsi di formazione scientifica svolti in Italia o all'estero.
La partecipazione degli studenti a queste attività è verificata tramite raccolta di firme dei partecipanti
OBBLIGATORIA è invece la partecipazione al "Safety Course", ai "Seminari del Dì di Venere" ed ai "Journal Clubs". Ogni dottorando è chiamato a frequentare almeno 20 ore di didattica/formazione per ciascun anno di corso
Modalità di ammissione all'esame finale I dottorandi del 3° anno tengono un seminario formale finale entro la metà di ottobre in cui vengono presentati i risultati definitivi della loro ricerca scientifica. Tali seminari si tengono in presenza del Collegio dei Docenti e sono aperti a chiunque. Successivamente il Collegio dei Docenti si riunisce per discutere ("La Presentazione del Collegio") e deliberare sulla ammissione dei dottorandi all'esame finale.
Modalità di svolgimento dell'esame finale L'esame finale si tiene in presenza di una Commissione Ufficiale di docenti, proposti dal Collegio dei Docenti e nominati dal Consiglio del Dipartimento di Scienze Biochimiche.
Momenti di presentazione, di scambio e di discussione dei risultati di ricerca da parte dei dottorandi Il Corso di Dottorato promuove e supporta la partecipazione dei dottorandi a Congressi, workshop e a corsi di formazione esterni . Ogni anno, i dottorandi sono incoraggiati a partecipare (anche in qualità di relatori) alla RIUNIONE NAZIONALE "A. Castellani" dei Dottorandi di Ricerca in Discipline Biochimiche che si tiene a Brallo di Pregola (Pavia) ed al Convegno Nazionale della Società italiana di Biochimica e Biologia Molecolare (SIB) o della Federation of European Biochemical Societies (FEBS). Inoltre, i dottorandi partecipano all'organizzazione del SIMPOSIO della scuola B.e.M.M. (Biologia e Medicina Molecolare) in Sapienza che prevede il loro coinvolgimento anche in qualità di relatori e moderatori e che rappresenta un'ottima occasione per lo scambio dei risultati scientifici e per la discussione delle varie linee di ricerca tra i partecipanti.
Inoltre, durante i JOURNAL CLUB gli studenti di tutti e tre i cicli presentano a turno una visione critica di un articolo scientifico di recente pubblicazione e di tematiche di interesse generale e di impatto evidenziandone le criticità (relazioni orali di 20 minuti) . Nel corso di queste presentazioni, altri dottorandi svolgono i ruoli di moderatori, al fine di stimolare una più ampia partecipazione dei dottorandi e prepararli alla discussione critica di temi scientifici.
Attività formative, non incluse nella didattica programmata di cui ai punti precedenti, di docenti con affiliazione estera e/o di studiosi ed esperti sia italiani che stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende e da istituzioni culturali e sociali Ulteriori attività formative (tra cui seminari tenuti da docenti con affiliazione estera e/o studiosi ed esperti italiani o stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende, università) offerte direttamente dal Dottorato in Biochimica, in collaborazione con il dottorato in Scienze della Vita o in collaborazione con altri Dottorati della scuola di Dottorato in Biologia e Medicina Molecolare (BeMM) a cui il dottorato di Biochimica appartiene.

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