Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del secondo anno |
Ligand binding and enzyme kinetics
data presunta: a.a. 2025/26 (secondo semestre), 40° ciclo - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: Prof. Andrea Bellelli (Dept. of Biochemical Sciences, Sapienza University of Rome; Prof. Roberto Contestabile, Dept. of Biochemical Sciences, Sapienza University of Rome); Dr. Alessandro Giuffrè, Institute of Molecular Biology and Pathology, CNR qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in BIOCHIMICA; è in lingua inglese e aperto alle attività formative della scuola BeMM.
The focus of this course is to train 2nd PhD students to the quantitative approaches for studying ligand binding and enzyme kinetics.
The goal of this short Course is to introduce cell biology, biotechnology, molecular biology, chemistry and biochemistry as well as the kinetics of ligand binding processes and enzyme-catalyzed reactions, and to cover in detail the assumptions, derivation, and meaning of the Michaelis–Menten equation within a biological context. Special emphasis will also be given to the practical aspects, including the experimental design, and its biological relevance as detailed by specific examples.
In detail:
Basic principles of enzyme kinetics ❖ Pseudo-first order conditions ❖ Practical aspects of enzyme kinetics (experimental design) ❖ Derivation of steady-state rate equations ❖ Multi-substrate enzymes.
Basic principles of ligand binding ❖ Practical aspects (experimental design) ❖
Pre steady-state kinetics ❖ SVD data analysis.
Enzyme inhibition and activation ❖ Types of inhibition ❖ Complex inhibition systems. Examples from the literature.
modalità di accertamento finale: multi choice quiz
|
Structural biology: basics, infrastructure and application
data presunta: a.a. 2025/26 (Secondo semestre), 40° ciclo - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 10
docente del corso: Dr. A. Di Matteo, Institute of Molecular Biology and Pathology, CNR; Dr. A. Ilari Institute of Molecular Biology and Pathology, CNR; Dr. C. Savino, Institute of Molecular Biology and Pathology, CNR; Dr. A. Fiorillo (Dept. of Biochemical Sciences, Sapienza University of Rome); Prof. C. Travaglini-Allocatelli, Dept. of Biochemical Sciences, Sapienza University of Rome) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in BIOCHIMICA ed è in lingua inglese
This course offers a comprehensive overview of structural biology, encompassing its fundamental principles, infrastructure requirements, diverse applications, and future directions. Students will gain a deeper understanding of the interdisciplinary nature of structural biology and its pivotal role in advancing scientific research and technological innovations across various fields. The course consists of 5 modules as follow:
Module 1: Fundamentals of Macromolecular Structure
Amino acids, peptides. Secondary, tertiary, and quaternary protein structures. Structural motifs and domains in biomolecules. Protein stability and protein folding. How to perform a folding experiment.
Module 2: Introduction to Structural Biology
How to study protein structure: X-ray crystallography, NMR spectroscopy, cryo-electron microscopy (Cryo-EM). Structural databases and visualization software.
Module 3: X-ray crystallography: from crystal to 3D structure
Principle of X-ray crystallography. Protein crystallization. 3D-Structure solution and refinement. Structure validation.
Module 4: Advance and Infrastructure in Structural Biology
Emerging techniques and technologies. Integrative structural biology. Future directions and challenges. National and International Laboratory infrastructure. Collaborative platforms and international research networks.
Module 5: Applications of Structural Biology
Rational drug design using structural insights. Structure-based drug targeting and optimization. Engineering proteins for specific functions. Structural basis of diseases: cancer, neurodegenerative disorders, infectious diseases
The course will take advantage of the Biocrystal Facility available in collaboration with the Department of Biochemical Sciences and the IBPM – CNR Institute (https://biocrystalfacility.it/en/biocrystal-facility/).
modalità di accertamento finale: students should responds to a test on exam.net and/or e-learning
|
Course for Advanced Microscopy
data presunta: a.a. 2025/26 (secondo semestre), 40° ciclo - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 10
docente del corso: Prof. S. Di Angelantonio, Sapienza; Dr. V. de Turris , Istituto Italiano di Tecnologie (IIT); Dr. R. Macco - Bruker; Dr. C. Brighi, CrestOptics; Dr. A. Rossi, Crisel Instruments; Prof. E. De Stefano, Sapienza, Prof. G. Giardina, Sapienza ; Prof. Nicolas Bayens,Université libre de Bruxelles; Prof. R. Strippoli, Sapienza; Prof. M. Rosito, Sapienza qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA e BIOCHIMICA ed è un corso TEORICO-PRATICO
Welcome and Introduction
Conventional and confocal light microscopy
Multiphoton microscopy for in vitro and in vivo application – painting
DEEP SIM
STED
Transmission Electron Microscopy (E. De Stefano – Sapienza – BBCD -CRiN)
Cryo EM (G. Giardina - Sapienza - DSB)
Clearing Techniques (Nicolas Bayens - ULB)
Applications – Ion Imaging –
Applications of fluorescence/confocal microscopy in pathophysiology by showing cellular plasticity (EMT/MET) assays of adhesion, migration/invasion, and tumor organoid development (R. Strippoli – Sapienza – DMM)
Image analysis and quantification – ImageJ
modalità di accertamento finale: da definire
|
“The New Version of The Human Genome: Concepts and Practical Applications”
data presunta: a.a. 2025/26 (secondo semestre), 40° ciclo - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 6
docente del corso: Viviana Caputo qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Corso organizzato dal dottorato in BIOLOGIA UMANA E GENETICA MEDICA e aperto alle attività formative della scuola BeMM. E' rivolto agli studenti del 2 e 3 anno.
Verranno presentate le tecniche di sequenziamento che hanno permesso di assemblare l’ultima versione del genoma umano, T2T-CHM13, e verranno inoltre mostrati alcuni esempi pratici di strutture geniche o regioni genomiche che sono state completate e risolte in questa ultima versione. I partecipanti acquisiranno conoscenze di base per il confronto di diverse versioni del genoma umano, mediante l’utilizzo del genome browser UCSC.
modalità di accertamento finale: da definire
|
Advanced biomedical technologies
data presunta: a.a. 2025/26 (primo semestre), 40° ciclo - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Nicole Zoratto qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: Corso organizzato dal dottorato in SCIENZE FARMACEUTICHE e aperto alle attività formative della scuola BeMM.
Tissue Engineering: Foundations and Applications (Duration: 2 hours)
- Explore the fundamentals of tissue engineering, covering key elements such as cells, matrix, active molecules, and environmental factors.
- Delve into the biomaterials used in tissue engineering, emphasizing scaffold design
principles.
- Understand scaffold fabrication techniques, their characterization, and the practical application of tissue engineering, including current challenges.
3D Printing in Medicine and Tissue Engineering (Duration: 2 hours)
- Introduce the concept of personalized medicine and its intersection with 3D printing technologies.
- Explore advanced 3D printing techniques such as inject printing, fused deposition modeling (FDM), and digital light processing (DLP) and stereolithography (SLA) printing.
- Investigate the applications of 3D printing in drug delivery and tissue engineering, highlighting its potential in revolutionizing healthcare.
Nanoparticles (Duration: 2 hours)
- Provide an overview of nanoparticles utilized in drug delivery from polymeric and lipidic nanoparticles to extracellular vesicles (exosomes).
- Explore the isolation methods and drug loading technologies for extracellular vesicles.
- Explore the techniques employed in nanoparticle formation and characterization.
- Applications of nanoparticles in drug delivery, emphasizing the role of lipid nanoparticles in the development of the SARS-CoV-2 mRNA vaccine.
Microfluidics (Duration: 2 hours)
- Introduce fluid dynamics for microfluidics (behaviors of fluids at the microscale).
- Explore the different types of chips used in
nanoparticle and microparticle fabrication.
- Applications of microfluidics in both drug delivery and tissue engineering.
modalità di accertamento finale: DA DEFINIRE
|
Biosafety in the research Lab
data presunta: a.a. 2025/26 (aprile-maggio), 40° ciclo - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 6
docente del corso: personale INAIL, Prof. Cutruzzolà qualifica: Studioso o esperto di enti di ricerca affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA e aperto alle attività formative della scuola BeMM.
Il Corso intende creare maggiore consapevolezza sulle problematiche attinenti al settore delle biotecnologie; aggiornare e rendere più rigorosa la valutazione del rischio ambientale e della salute dell’uomo, motivando alla cultura della prevenzione. Il personale che lavora nei laboratori di ricerca è esposto ad un rischio professionale a volte sottovalutato dai diretti interessati, i quali percepiscono l’esistenza di tale rischio solo in caso di incidente. Per la riduzione del rischio di esposizione risulta quindi di fondamentale importanza la professionalità, l’addestramento, l’esperienza ed il buon senso dell’operatore. Tale attività formativa rappresenta uno dei risultati del Progetto di Ricerca Scientifica Inail: “Prevenzione e tutela della salute e dell’ambiente nei laboratori che utilizzano metodiche biotecnologiche avanzate ed innovative”, finalizzato proprio alla formazione e sensibilizzazione del personale universitario in modo da assicurare il rispetto del D.lgs.206/2001, con una metodologia caratterizzata dalla stretta sinergia tra studenti/ricercatori/Professori universitari/dirigenti.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
|
Statistics for biologists - modulo I "Theory classes”
data presunta: a.a. 2025/26, 40° ciclo - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Mario Fordellone qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è rivolto agli studenti del primo anno ed è organizzato dal corso di Dottorato in BIOLOGIA CELLULARE E DELLO SVILUPPO e aperto alle attività formative della scuola BeMM. L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica. Programma: - Introduction theory for point estimation, confidence interval, and hypothesis testing, Statistical significance, and p-value. - Tests on normal populations, the case of one sample, two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Normality hypothesis testing, tests on non-normal populations, the case of two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Nonparametric statistics - Adjusting for multiple testing - Basic theory on survival analysis.
modalità di accertamento finale: da definire
|
Seminari del Dì di Venere
data presunta: a.a. 2025/26 (marzo-giugno), 40° ciclo - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 12
docente del corso: Scienziati esperti (italiani e stranieri) qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: It is a cycle of 12 SEMINARS (english language) which will be carried out by expert scientists (Italian or foreign) on appropriate topics in line with the training objectives of the course. These seminars usually take place in the period March-June every Friday at 12.00 ("I Seminari del Dì di Venere"), in person. The list and methods of participation are described in the dedicated section on the doctoral course website. The seminars are organized directly by the PhD in BIOCHEMISTRY, in collaboration with the PhD in LIFE SCIENCES. English language
modalità di accertamento finale: not foreseen; Mandatory the participation for 1st, 2nd and 3rd year doctoral students
|
JOURNAL CLUBS
data presunta: a.a. 2025/26 (marzo-giugno), 40° ciclo - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 15
docente del corso: dottorandi in presenza del Coordinatore del corso di dottorato e membri del Collegio qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: On a weekly basis, in the period from March to June, JOURNAL CLUB are organised by PhD students in BIOCHEMISTRY. Students (belonging to the first, second and third year) present, in turn, a critical view of a recently published scientific article on topics of general interest and impact (oral sessions lasting 20 minutes). English language.
modalità di accertamento finale: not foreseen; Mandatory the participation for 1st, 2nd and 3rd year doctoral students
|
Metabolism and metabolites
data presunta: a.a.2025/26 (secondo semestre) - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 14
docente del corso: Prof. Paone; Prof. Fontana, Prof. Mosca, Prof. Macone, Dr. Mattioli, Dr. Di Risola, Prof. Forte (Department of Biochemical Sciences); Prof. De Biase (Dept. of Scienze e Biotecnologie Medico-Chirurgiche) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in BIOCHIMICA e SCIENZE DELLA VITA in lingua inglese. Course Objective:
The course aims to provide an overview of different methods aimed at the study of cellular metabolism and of metabolomics. Students will gain in-depth knowledge of chromatography techniques (LC and GC) coupled to mass spectrometric detection, handling of omics data, and high resolution respirometric analyses.
Module 1:
Introduction to liquid chromatography in metabolomic analysis.
Liquid chromatography/mass spectrometry: principles and applications.
Oncometabolites.
Omics data analysis.
Module 2:
Real time analysis of cellular metabolism through seahorse analysis.
Introduction to Cellular Metabolism and the Seahorse Technology.
Key functions of the Seahorse: measuring mitochondrial respiration and glycolysis in live cells
Applications in biomedical, oncological, and pharmacological research.
Interactive demonstration: using the Seahorse software and data interpretation.
Presentation of Oroboros Instrument
Integrated multiomic approach to study the effect of antibiotics on microbial metabolism.
Module 3:
Gas chromatography
Introduction to Gas-chromatography
Principles and applications of GC/MS
Sample preparation in GC/MS
Teaching Methodology:
The course will include lectures, guided discussions, and project presentations. Students will be encouraged to actively participate, ask questions, and apply the knowledge gained in practical projects.
Final Remarks:
The course aims to provide students with a comprehensive understanding of methodologies and practices in using cellular and animal models, preparing them to conduct advanced research and contribute to scientific progress in the biomedical field.
modalità di accertamento finale: students should respond to a test on exam.net and/or e-learning.
|