Gli argomenti a cui si rivolge più direttamente il Dottorato di ricerca in 'Scienze Farmaceutiche', tutti riguardanti aspetti in prevalenza "chimici", si articolano in tre direzioni principali strettamente correlate fra loro: a) sintesi di nuove sostanze dotate di azione farmacologica (o estrazione di principi attivi e studio della loro struttura) e sviluppo di processi sintetici innovativi per la preparazione di sostanze biologicamente attive;
b) studio della formulazione farmaceutica finalizzato ad una risposta ottimale in termini di azione terapeutica, riduzione degli effetti secondari, rilascio modificato dalla forma farmaceutica, "targeting" del farmaco, "compliance" del paziente, ecc.c) procedimenti analitici innovativi relativi alla determinazione quali-quantitativa dei vari componenti del medicamento; identificazione e dosaggio delle impurezze e dei prodotti secondari; Il dottorato di ricerca in "Scienze Farmaceutiche" rientra quindi sia nell'ambito più specifico delle tecnologie farmaceutiche sia in quello dei processi chimici innovativi.Scopo del dottorato è appunto quello di sviluppare le conoscenze e le esperienze dei dottorandi in questi settori, anche in prospettiva di un possibile inserimento, una volta acquisito il titolo, nell'industria farmaceutica come personale altamente qualificato o in strutture di ricerca pubbliche o private. Di fatto, ogni dottorando, con la guida di uno o più docenti della Facoltà, segue un percorso formativo individuale ed è tenuto a "specializzarsi", nel suo lavoro di tesi sperimentale, in un singolo settore. Tuttavia, attraverso scambi di informazione coordinati [lezioni, seminari, scuole per dottorandi in Scienze Farmaceutiche, con obbligo di partecipazione ad almeno tre di esse nel triennio], lo studente del Dottorato in 'Scienze Farmaceutiche' riesce, nel corso dei tre anni, ad ampliare le proprie competenze anche in campi non direttamente collegati con il lavoro di ricerca sviluppato per la tesi. Per completare la formazione vengono infine organizzati dei cicli di conferenze tenuti da esperti dell'Università, dell'industria farmaceutica, del Ministero della Sanità e dell'Istituto Superiore di Sanità. Negli ultimi anni i vari relatori si sono soffermati prevalentemente sulle norme di buona fabbricazione dei medicinali (GMP) e sulle modalità per l'ottenimento dell'autorizzazione all'immissione in commercio (AIC) dei medicinali.I dottorandi, inoltre, sono tenuti a effettuare seminari sugli argomenti oggetto delle loro ricerche almeno una volta l'anno.Il Collegio dei docenti favorisce le esperienze presso Università straniere sia per seguire corsi specifici sia per sviluppare l'attività di ricerca. Sono anche incoraggiati stages formativi presso industrie del settore.