| Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del secondo anno |
MICROSCOPY TECHNIQUES FOR LIFE SCIENCES
data presunta: primo/secondo/terzo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 18
docente del corso: Prof.ssa Di Angelantonio, Prof.ssa Fiorillo, Prof.ssa De Stefano, Prof. Strippoli; docenti esterni qualifica: Professore affiliazione: Altro
programma delle attività: Programma delle attività Il corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA e BIOCHIMICA ed è un corso TEORICO-PRATICO. Coinvolge docenti italiani estranieri provenienti da Accademia e Industria.
Il Corso include i seguenti argomenti: Conventional and confocal light microscopy Multiphoton microscopy for in vitro and in vivoapplication – painting DEEP SIM STED Transmission Electron Microscopy (E. De Stefano – Sapienza – BBCD -CRiN)) ClearingTechniques (Nicolas Bayens - ULB) Applications – Ion Imaging – Applications of fluorescence/confocal microscopy in pathophysiology by showing cellular plasticity(EMT/MET) assays of adhesion, migration/invasion, and tumor organoid development (R. Strippoli – Sapienza – DMM) Image analysis and quantification – ImageJ
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione.
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FROM CELL TO ANIMAL MODELS: GUIDELINES AND BEST PRACTICE
data presunta: primo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 16
docente del corso: Prof.ssa Tramutola, Prof. Di Domenico, Prof. Barone, Prof. Mangoni, Prof. Di Angelantonio, Prof. Sanchini, Prof. Basilico (Sapienza), Prof Cenci (Sapienza), Prof. Martinelli qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA ed e' un corso teorico-pratico in lingua inglese aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il corso ha l’obiettivo di fornire una panoramica completa delle linee guida e delle migliori pratiche per l’utilizzo di modelli cellulari e animali in ambito scientifico e di ricerca. Gli studenti acquisiranno una conoscenza approfondita delle tecniche di coltura cellulare, della manipolazione genetica e dell’applicazione dei modelli animali negli studi biomedici. Modulo 1: Introduzione ai modelli cellulari e animali Basi della coltura cellulare: tecniche per il mantenimento e la proliferazione delle cellule. Principi fondamentali dell’etica nella ricerca che utilizza modelli animali. Vantaggi e limiti dei modelli cellulari e animali. Modulo 2: Coltura cellulare e manipolazione genetica Tecniche avanzate di coltura cellulare: linee cellulari stabili e cellule primarie. Principi di manipolazione genetica in vitro: trasfezione, trasduzione e CRISPR-Cas9. Discussione sull’impatto della manipolazione genetica in vitro sulla validità dei risultati. Modulo 3: Metodi in vitro e alternative avanzate alla sperimentazione animale Modelli di malattia umani derivati da iPSC biostampati in 3D o auto-assemblati. Analisi funzionale di organoidi 3D e costrutti biostampati (MEA, imaging del calcio, patch clamp). Modulo 4: Modelli animali nella ricerca biomedica Scelta del modello animale più appropriato in base alle domande di ricerca. Aspetti etici dell’utilizzo dei modelli animali e conformità alle normative vigenti. Valutazione dei parametri fisiologici nei modelli animali. Modulo 5: Progettazione di studi con modelli animali Protocolli sperimentali e pianificazione degli studi con modelli animali. Monitoraggio e raccolta dei dati nei modelli animali. Analisi statistica e interpretazione dei risultati. Modulo 6: Buone pratiche e prospettive future Linee guida internazionali per l’utilizzo dei modelli cellulari e animali. Casi di successo ed esempi applicativi nell’impiego dei modelli per la ricerca biomedica. Prospettive future: avanzamenti tecnologici e approcci innovativi.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione.
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STRUCTURAL BIOINFORMATICS 1
data presunta: da definire - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: Veronica Morea, Anna Marabotti, Rino Ragno, Prof. Alessandro Paiardini (Sapienza) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Organizzato dal Dottorato in BIOINFORMATICA. Sequence alignment; Multiple sequence alignments; profiles, LOGOs; Database searches: BLAST, PSI-BLAST, HMM; PyMOL, ChimeraX
modalità di accertamento finale: da definire
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METABOLISM AND METABOLITES
data presunta: secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: Prof. Paone; Prof. Fontana, Prof. Alberto Macone, Prof. Forte (Department of Biochemical Sciences); Prof. De Biase (Dept. of Scienze e Biotecnologie Medico Chirurgiche) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Programma delle attività: Il corso è organizzato dal Dottorato in Biochimica e Scienze della Vita, è un corso teorico-pratico tenuto in lingua inglese ed è aperto alle attività formative della Scuola BeMM. Obiettivi del corso Il corso ha l’obiettivo di fornire una panoramica delle diverse metodologie finalizzate allo studio del metabolismo cellulare e della metabolomica. Gli studenti acquisiranno una conoscenza approfondita delle tecniche cromatografiche (LC e GC) accoppiate alla rivelazione mediante spettrometria di massa, della gestione dei dati omics e delle analisi respirometriche ad alta risoluzione. Modulo 1Introduzione alla cromatografia liquida nell’analisi metabolomica. Cromatografia liquida/spettrometria di massa: principi e applicazioni. Oncometaboliti. Analisi dei dati omics.Modulo 2 Analisi in tempo reale del metabolismo cellulare mediante tecnologia Seahorse. Introduzione al metabolismo cellulare e alla tecnologia Seahorse. Funzioni principali della piattaforma Seahorse: misurazione della respirazione mitocondriale e della glicolisi in cellule vive. Applicazioni nella ricerca biomedica, oncologica e farmacologica. Dimostrazione interattiva: utilizzo del software Seahorse e interpretazione dei dati. Presentazione dello strumento Oroboros. Approccio multi-omico integrato per lo studio degli effetti degli antibiotici sul metabolismo microbico. Modulo 3 Cromatografia gassosa. Introduzione alla cromatografia gassosa. Principi e applicazioni della GC/MS. Preparazione dei campioni per analisi GC/MS.Metodologia didattica Il corso prevede lezioni frontali, discussioni guidate e presentazioni di progetti. Gli studenti saranno incoraggiati a partecipare attivamente, porre domande e applicare le conoscenze acquisite in attività pratiche. Considerazioni finali. Il corso mira a fornire agli studenti una comprensione completa delle metodologie e delle pratiche per l’utilizzo di modelli cellulari e animali, preparandoli a condurre attività di ricerca avanzata e a contribuire al progresso scientifico in ambito biomedico.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione
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SEMINARI DEL DI DI VENERE
data presunta: secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: Docenti vari italiani e stranieri qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Questo ciclo di seminari viene organizzato congiuntamente tra il Corso di Dottorato in SCIENZE DELLA VITA, BIOCHIMICA e BIOINFORMATICS. Ogni anno la scuola invita un numero di ricercatori italiani e stranieri da tenere su attività e tematiche affini agli interessi del corso. Questi seminari si svolgono solitamente nel periodo Marzo-Giugno ogni venerdì alle ore 12.00, in forma telematica o mista.
modalità di accertamento finale: nessuna
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MODERN METHODOLOGIES FOR DRUG DESIGN
data presunta: secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 18
docente del corso: Prof. Coluccia (Sapienza), Paiardini (Sapienza), Valente(Sapienza) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Programma delle attività: Il Corso è organizzato dal Dottorato in SCIENZE DELLA VITA. Il corso mira a fornire agli studenti una comprensione completa delle metodologie moderne nella progettazione di farmaci, integrando principi di biochimica, chimica farmaceutica, biologia e scienze computazionali. Al centro del corso vi è un'analisi critica e scientifica del processo di scoperta dei farmaci, che spazia dai concetti fondamentali agli approcci all'avanguardia volti ad accelerare la scoperta. Gli argomenti includono le basi molecolari dell'azione dei farmaci, la progettazione computazionale di farmaci (es. docking molecolare, dinamica molecolare), tecniche e metodologie avanzate (es. progettazione basata su frammenti, chemoproteomica, PROTAC, molecole in grado di interferire con interazioni proteina-proteina, scoperta basata sull'intelligenza artificiale) e lo sviluppo preclinico. Verranno inoltre affrontate le considerazioni etiche e regolatorie. Metodologia didattica: Il corso prevederà lezioni frontali, discussioni guidate e laboratori pratici con l'uso di software per la progettazione di farmaci come AutoDock e AlphaFold. Gli studenti parteciperanno a studi di caso, progetti di gruppo e presentazioni per applicare le conoscenze teoriche a scenari pratici. Saranno incoraggiati la partecipazione attiva, il pensiero critico e la collaborazione. Considerazioni finali: Il corso è progettato per fornire agli studenti le competenze e le conoscenze necessarie per eccellere nel processo di sviluppo del farmaco, dalla scoperta della molecola al candidato preclinico, preparandoli a carriere in ambito accademico, industriale o nella ricerca. L'integrazione tra approcci computazionali e sperimentali, nonché le implicazioni etiche della scoperta di farmaci, saranno aspetti particolarmente valorizzati.
modalità di accertamento finale: Da definire (test / presentazione da parte degli studenti)
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3D BIOPRINTING FOR THE DESIGN OF BETTER HUMAN TISSUES
data presunta: primo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 9
docente del corso: qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Programma delle attività: Questo corso, organizzato dal Dottorato in SCIENZE DELLA VITA, offre una panoramica completa del bioprinting 3D, esplorando come cellule viventi e biomateriali vengano combinati per creare costrutti tissutali funzionali. Dai principi fondamentali alle sfide cliniche, gli studenti apprenderanno come la tecnologia della bioprinting 3D stia contribuendo a ridisegnare il futuro della medicina. Al termine del corso, gli studenti acquisiranno le seguenti competenze: i) capacità di progettare formulazioni di bio-inchiostri di base; ii) capacità di selezionare strategie di bioprinting 3D appropriate per specifici tipi di tessuto; iii) conoscenze delle competenze di base per la bioprinting 3D e la fabbricazione di tessuti; iv) comprensione del percorso verso la traduzione clinica dei costrutti ottenuti mediante bioprinting 3D.
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modalità di accertamento finale: Modalità di verifica: Quiz automatizzati a risposta multipla (3 per lezione) e assignment pratici valutati tramite peer review
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