Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del secondo anno |
Corso “Decoding Cancer's Defense: Fork Protection and Stability Mechanisms in Chemosensitivity”
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 4
docente del corso: Pietro Pichierri qualifica: Studioso o esperto di enti di ricerca affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal Dottorato in Biologia Umana e Genetica Medica e aperto a tutti i corsi di dottorato afferenti alla scuola BeMM. L’identificazione di nuovi approcci terapeutici richiede la comprensione dei meccanismi molecolari alla base delle vulnerabilità e le caratteristiche dei tumori. Il corso di propone di affrontare il background di due degli hallmark tumorali - instabilità genomica e stress replicativo – presentando approcci sperimentali di frontiera per identificare i meccanismi coinvolti ed il loro sfruttamento ai fini terapeutici. Si presenteranno le nuove tecniche di interattomica e genomica funzionale con alcuni esempi derivanti dal lavoro sul campo; eventualmente si prevederà la simulazione di uno scenario per l’utilizzo specifico di tali approcci all’interno dei vari progetti di dottorato.
modalità di accertamento finale: Test finale
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Corso "ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)"
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: Valerio Fulci qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal Dottorato in Biologia Umana e Genetica Medica e aperto a tutti i corsi di dottorato afferenti alla scuola BeMM. La tecnica ATAC-seq è recentemente emersa come una potente applicazione NGS per analizzare l'accessibilità della cromatina a livello genomico. I dati ATAC-seq possono essere sfruttati per correlare i cambiamenti dell'espressione genica con l'accessibilità della cromatina negli stimolatori e nei siti di inizio della trascrizione per ottenere informazioni dettagliate sulle dinamiche della cromatina alla base dei cambiamenti nell'espressione genica in diverse condizioni sperimentali. Il corso si propone di diffondere le competenze bioinformatiche di base per l'analisi dei dati ATAC-seq allo stato dell'arte. Il docente sarà a disposizione per supportare ulteriormente gli studenti nell'analisi di qualsiasi dataset ATAC-seq rilevante per il loro progetto di dottorato.
modalità di accertamento finale: Test finale
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Corso “The New Version of The Human Genome: Concepts and Practical Applications”
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 6
docente del corso: Viviana Caputo - Tommaso Mazza qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal Dottorato in Biologia Umana e Genetica Medica e aperto a tutti i corsi di dottorato afferenti alla scuola BeMM. Verranno presentate le tecniche di sequenziamento che hanno permesso di assemblare l’ultima versione del genoma umano, T2T-CHM13, e verranno inoltre mostrati alcuni esempi pratici di strutture geniche o regioni genomiche che sono state completate e risolte in questa ultima versione. I partecipanti acquisiranno conoscenze di base per il confronto di diverse versioni del genoma umano, mediante l’utilizzo del genome browser UCSC.
modalità di accertamento finale: test finale
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Corso "Ligand binding and enzyme kinetics"
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: Prof. Andrea Bellelli, Prof. Roberto Contestabile, Dept. of Biochemical Sciences, Sapienza University of Rome); Dr. Alessandro Giuffrè, Institute of Molecular Biology and Pathology, (IBPM)-CNR, Rome qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato nell'ambito delle attività formative della scuola BeMM.
The focus of this course is to train 2nd PhD students to the quantitative approaches for studying ligand binding and enzyme kinetics. The goal of this short Course is to introduce cell biology, biotechnology, molecular biology, chemistry and biochemistry as well as the kinetics of ligand binding processes and enzyme-catalyzed reactions, and to cover in detail the assumptions, derivation, and meaning of the Michaelis–Menten equation within a biological context. Special emphasis will also be given to the practical aspects, including the experimental design, and its biological relevance as detailed by specific examples.
In detail: Basic principles of enzyme kinetics ❖ Pseudo-first order conditions ❖ Practical aspects of enzyme kinetics (experimental design) ❖ Derivation of steady-state rate equations ❖ Multi-substrate enzymes. Basic principles of ligand binding ❖ Practical aspects (experimental design) ❖ Pre steady-state kinetics ❖ SVD data analysis. Enzyme inhibition and activation ❖ Types of inhibition ❖ Complex inhibition systems. Examples from the literature.
modalità di accertamento finale: Quiz a risposta multipla
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Corso "Structural biology: basics, infrastructure and application"
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 14
docente del corso: A. Di Matteo, A. Ilari, C. Savino (Institute of Molecular Biology and Pathology, CNR); A. Fiorillo, C. Travaglini-Allocatelli (Dept. of Biochemical Sciences – Sapienza University of Rome) S. Longhi (Laboratory AFMB – Architecture and Function of biological macromolecules, CNRS – Aix-Marseille Univ.) and M. Vendruscolo (Yusuf Hamied Department of Chemistry, University of Cambridge) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato nell'ambito delle attività formative della scuola BeMM.
This course provides a comprehensive overview of structural biology, covering fundamental principles, infrastructure, diverse applications, and future perspectives. Students will gain a deeper understanding of the interdisciplinary nature of structural biology and its pivotal role in advancing scientific research and technological innovations across various fields.
Module 1: X-ray crystallography: from crystal to 3D structure (A. Di Matteo, C.Savino) (4h).
The first module focuses on structural biology methods, presenting techniques such as X-ray crystallography, NMR spectroscopy, and cryo-electron microscopy (Cryo-EM). It will particularly be focused on the X-ray crystallography delving into the principles and methods of protein crystallization, 3D structure solution and refinement, structure validation and infrastructures.
Module 2: Single Particle Cryo-EM (A. Fiorillo) (2h)
The second module focuses on principle and methodology of Single Particle Cryo-EM.
Module 3: Applications of Structural Biology (A. Ilari) (2h)
The third module explores applications of structural biology, emphasizing its role in rational drug design and structure-based drug targeting.
Module 4: Applications of Artificial Intelligence in Structural Biology (M. Vendruscolo) (2h)
The fourth module is dedicated to applications of artificial intelligence in structural biology. This module examines how AI-driven tools and algorithms are revolutionizing structural predictions, data analysis, and drug discovery. It also includes case studies demonstrating the integration of AI in solving complex biological questions.
Module 5: Protein folding and aggregation (C. Travaglini-Allocatelli and S. Longhi) (4h)
The fifth module introduces the fundamentals of macromolecular structure, discussing amino acids, explores protein stability, folding mechanisms, and folding experiments and aggregation. Additionally, the module includes topics on disordered proteins, covering their general characteristics, definitions, properties, functions, methods for prediction, and experimental characterization. It concludes with insights into liquid-liquid phase separation (LLPS) and its implications in biological processes, including viral replication.
The course benefits from the resources of the Biocrystal Facility, offered in collaboration with the Department of Biochemical Sciences and the IBPM – CNR Institute, (https://biocrystalfacility.it/en/biocrystal-facility/). Additional collaborations include the CNRS in Marseille and the University of Cambridge, further enhancing the educational and research opportunities provided by the course.
modalità di accertamento finale: Test finale
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Corso "Advanced Microscopy"
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 10
docente del corso: Prof. S. Di Angelantonio, Sapienza; Dr. V. de Turris, Istituto Italiano di Tecnologie (IIT); Dr. R. Macco - Bruker; Dr. C. Brighi, CrestOptics; Dr. A. Rossi, Crisel Instruments; Prof. E. De Stefano, Sapienza, Prof. G. Giardina, Sapienza; Prof. Nicolas Bayens,Université libre de Bruxelles; Prof. R. Strippoli, Sapienza; Prof. M. Rosito, Sapienza qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato nell'ambito delle attività formative della scuola BeMM.
Welcome and Introduction Conventional and confocal light microscopy Multiphoton microscopy for in vitro and in vivo application – painting DEEP SIM STED Transmission Electron Microscopy (E. De Stefano – Sapienza – BBCD -CRiN) Cryo EM (G. Giardina - Sapienza - DSB) Clearing Techniques (Nicolas Bayens - ULB) Applications – Ion Imaging – Applications of fluorescence/confocal microscopy in pathophysiology by showing cellular plasticity (EMT/MET) assays of adhesion, migration/invasion, and tumor organoid development (R. Strippoli – Sapienza – DMM) Image analysis and quantification – ImageJ
modalità di accertamento finale: Da definire
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Corso in "Advanced biomedical technologies"
data presunta: primo semestre 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: altro - numero ore: 4
docente del corso: Nicole Zoratto qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: Il corso è organizzatonell'ambito delle attività formative della scuola BeMM. Programma delle attività:
Tissue Engineering: Foundations and Applications (Duration: 2 hours)
- Explore the fundamentals of tissue engineering, covering key elements such as cells, matrix, active molecules, and environmental factors.
- Delve into the biomaterials used in tissue engineering, emphasizing scaffold design
principles.
- Understand scaffold fabrication techniques, their characterization, and the practical application of tissue engineering, including current challenges.
3D Printing in Medicine and Tissue Engineering (Duration: 2 hours)
- Introduce the concept of personalized medicine and its intersection with 3D printing technologies.
- Explore advanced 3D printing techniques such as inject printing, fused deposition modeling (FDM), and digital light processing (DLP) and stereolithography (SLA) printing.
- Investigate the applications of 3D printing in drug delivery and tissue engineering, highlighting its potential in revolutionizing healthcare.
Nanoparticles (Duration: 2 hours)
- Provide an overview of nanoparticles utilized in drug delivery from polymeric and lipidic nanoparticles to extracellular vesicles (exosomes).
- Explore the isolation methods and drug loading technologies for extracellular vesicles.
- Explore the techniques employed in nanoparticle formation and characterization.
- Applications of nanoparticles in drug delivery, emphasizing the role of lipid nanoparticles in the development of the SARS-CoV-2 mRNA vaccine.
Microfluidics (Duration: 2 hours)
- Introduce fluid dynamics for microfluidics (behaviors of fluids at the microscale).
- Explore the different types of chips used in
nanoparticle and microparticle fabrication.
- Applications of microfluidics in both drug delivery and tissue engineering.
modalità di accertamento finale: Test finale
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Corso in "Statistics for biologists - modulo I "Theory classes”
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Mario Fordellone qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: ll corso è organizzatonell'ambito delle attività formative della scuola BeMM. L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica. Programma: - Introduction theory for point estimation, confidence interval, and hypothesis testing, Statistical significance, and p-value. - Tests on normal populations, the case of one sample, two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Normality hypothesis testing, tests on non-normal populations, the case of two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Nonparametric statistics - Adjusting for multiple testing - Basic theory on survival analysis.
modalità di accertamento finale: Test finale
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Corso in "Statistics for biologists - Modulo II: “Practice sessions”
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Valerio Licursi qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: ll corso è organizzatonell'ambito delle attività formative della scuola BeMM. L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica, consentendo con la parte pratica di familiarizzare con i principali pacchetti di software disponibili in rete. Programma: - Intro to R and RStudio - Basic R syntax and data structure: access to elements (vectors, lists, dataframes) - Data handling and visualisation - explore and manipulate data in R with tidyverse - use the R package ggplot2 to visualize data and create plots - Hands-on: statistical tests with R on real data.
modalità di accertamento finale: Test finale
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Corso "Model systems in biology - module 1: Yeasts"
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Arianna Montanari qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: ll corso è organizzatonell'ambito delle attività formative della scuola BeMM. Il corso illustra alcuni importanti sistemi modello eucariotici e ne presenta caratteristiche, aspetti metodologici ed applicazioni nel campo della biologia. Il corso è diviso in moduli monotematici; ogni modulo comprende 4 ore di teoria e 4 ore di pratica. Il primo modulo è dedicato ai lieviti.
modalità di accertamento finale: Test finale
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Corso "Model systems in biology - module 2: C. elegans"
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Emily Schifano qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: ll corso è organizzatonell'ambito delle attività formative della scuola BeMM. Il corso illustra alcuni importanti sistemi modello eucariotici e ne presenta caratteristiche, aspetti metodologici ed applicazioni nel campo della biologia. Il corso è diviso in moduli monotematici; ogni modulo comprende 4 ore di teoria e 4 ore di pratica. Il secondo modulo è dedicato a Caenorhabditis elegans.
modalità di accertamento finale: Test finale
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Corso "Model systems in biology – module 3: Arabidopsis"
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Simone Ferrari qualifica qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: ll corso è organizzatonell'ambito delle attività formative della scuola BeMM. Il corso illustra alcuni importanti sistemi modello eucariotici e ne presenta caratteristiche, aspetti metodologici ed applicazioni nel campo della biologia. Il corso è diviso in moduli monotematici; ogni modulo comprende 4 ore di teoria e 4 ore di pratica. Il terzo modulo è dedicato ad Arabidopsis thaliana
modalità di accertamento finale: Test finale
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Corso "Novel Genomic and Computational Technologies to Advance Research and Industry"
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 4
docente del corso: Davide Cacchiarelli, Beatrice Salvatori (Professor of Molecular Biology, Armenise/Harvard Laboratory of Integrative Genomics School of Medicine, University of Naples "Federico II") qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal Dottorato in Biologia Umana e Genetica Medica ed aperto a tutti i corsi di dottorato afferenti alla scuola BeMM. Le attuali tecnologie utilizzate in genomica permettono di ottenere grosse quantità di dati sperimentali a livello molecolare. Il corso si focalizzerà sulla interpretazione dei dati, ovvero nella costruzione di sistemi in grado di integrare i dati genomici estratti da algoritmi per ottenere un “senso biologico” che possa risultare fruibile in ambito di ricerca o di industria.
modalità di accertamento finale: Test finale
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Seminario "Statistica medica descrittiva"
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 2
docente del corso: Anna Rita Vestri, Dipartimento di Sanità Pubblica e Malattie Infettive, Sapienza Università di Roma qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Seminario "Statistica medica inferenziale"
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 2
docente del corso: Anna Rita Vestri, Dipartimento di Sanità Pubblica e Malattie Infettive, Sapienza Università di Roma qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Seminario "Spatial omics and cancer"
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 2
docente del corso: Nikolaus Rajewsky, Scientific Director of the Berlin Institute for Medical Systems Biology (BIMSB), Max Delbruck Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association, Berlin, Germany) qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Seminario "Human brain organoids"
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 2
docente del corso: Nikolaus Rajewsky, Scientific Director of the Berlin Institute for Medical Systems Biology (BIMSB), Max Delbruck Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association, Berlin, Germany) qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Seminario "Single cell transcriptomics"
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 2
docente del corso: Nikolaus Rajewsky, Scientific Director of the Berlin Institute for Medical Systems Biology (BIMSB), Max Delbruck Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association, Berlin, Germany) qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Seminario "Origin and evolution of viruses"
data presunta: 2025-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 2
docente del corso: Ombretta Turriziani, Dipartimento di Medicina Molecolare, Sapienza Università di Roma qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Seminario "Gene Expression to cure aging"
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 2
docente del corso: Manlio Vinciguerra, Liverpool John Moores University (LJMU) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Seminari dei membri Collegio Docenti Dottorato-Relatori Vari
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Membri del Collegio dei Docenti qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Ogni anno diversi docenti del Collegio si alternano organizzando seminari su specifiche attività di ricerca inerenti alle tematiche del dottorato.
modalità di accertamento finale:
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Seminario “Non-autoimmune diabetes, from monogenic to oligogenic and polygenic forms; a lesson on genetic heterogeneity”
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 2
docente del corso: Philippe Froguel, Imperial College London, London, UK qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Seminario "Growing Human-Derived Organoids: Essential Methodologies, Tips and Tricks"
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 2
docente del corso: Daniela Scribano, Dipartimento di Sanità Pubblica e Malattie Infettive, Sapienza Università di Roma qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Seminario (titolo da definire)
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 2
docente del corso: Antonio Novelli, Direttore della U:O:C: Laboratorio di Genetica Medica dell'Ospedale Pediatrico Bambino Gesù qualifica: Studioso o esperto di enti di ricerca affiliazione: Italiana
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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