Strutture a disposizione dei dottorandi

Ogni dottorando ha una postazione ad uso ufficio, dotata di pc, e uno spazio riservato in laboratorio. I dottorandi che svolgono anche attività clinica assistenziale hanno accesso alle strutture ospedaliere di riferimento.
Sono a disposizione degli studenti :
-laboratori di biologia cellulare e molecolare equipaggiati con moderne attrezzature che consentono di effettuare sia ricerche di base che traslazionali inerenti alle tematiche del dottorato e laboratori di genetica e genomica umana impegnati nella gestione e nello studio delle malattie genetiche attraverso percorsi integrati di diagnostica molecolare e di ricerca sperimentale. Le strumentazioni specialistiche per condurre esperimenti di biologia molecolare, biologia cellulare, microbiologia, biochimica e genetica includono: microscopi ottici, microscopi a fluorescenza, spettrofotometri, cappe chimiche, Real-Time PCR machines, sonicatori, luminometri, apparati per elettroforesi su gel di agarosio e poliacrilammide, cappe di sicurezza biologica BSL2, incubatori a CO2, centrifughe, frigoriferi e freezer, attrezzatura per la manipolazione di MOGM di classe 1 (e.coli, linee cellulari umane immortalizzate), ultracentrifughe, supercentrifughe, spettrometro di massa, termociclatori, sequenziatori automatici multicapillare, digitaldroplet PCR, strumenti di imaging molecolare,

sistemi di quantificazione di acidi nucleici, cell sorter, citometro;
- attrezzature informatiche hardware per calcolo scientifico e storage dei dati (workstations, computer desktop, 1 cluster HPC, server per storage dati, schede grafiche GPU). Sono inoltre disponibili, per le attività inerenti i progetti di ricerca, software specialistici per analisi statistiche, big data, dati di Next Generation Sequencing, di analisi di sequenze e frammenti, machine learning, virtualization, simulazioni di dinamica molecolare e sistemi di gestione di workflow : Ingenuity Pathway Analysis, Amber, Transcriptome Analysis Console, Integrative Genomics Viewer, PyTorch, Docker, VEP, Snakemake, NextFlow, Anaconda, Salmon, EdgeR, DESeq2, Haplogrep 3, Mitoverse, Burrow-Wheeler Aligner, bowtie2, htseq-count, hisat2, STAR, cutadapt, MACS2, Genrich, IDR, MetaPhlAn, samtools, bedtools, SRAtoolkit, GNU parallel, Software statistico "R" con 403 pacchetti R tra cui AnnotationDbi, ATACseqQC, DESeq2, edgeR, enrichR, ggplot2, harmony, monocle3, Seurat, Proteome Discoverer, Thermo, GraphPad Prism, Flowjo, Biorender, SeqScape, Genescan, Genotyper, Genemapper;
- attrezzature scientifiche per analisi di spettrometria di massa (gestiste presso l'Istituto Nazionale per le Malattie Infettive IRCCS “Lazzaro Spallanzani”), stabulario animali da laboratorio (presso il Dipartimento di Medicina Molecolare cui il dottorato afferisce).