Offerta formativa anno accademico 2026/2027


Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del primo anno
Bash shell scripting, R programming
data presunta: 1 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 16
docente del corso: Allegra Via, Teresa Colombo qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Bash and shell scripting: navigating and working with files and directories; pipes and filters; loops; shell scripts. Python programming: Python fundamentals; Data types; Functions; Input and output; Python libraries. R programming: R fundamentals; RStudio; analyzing data sets; R packages.
modalità di accertamento finale: Final test
Statistics
data presunta: 1 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 10
docente del corso: Antonello Maruotti qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Data types, distributions and descriptors, frequency and probability, concept of information and entropy. Main tests of statistical significance, both parametric and non-parametric.
modalità di accertamento finale: Final test
Fundamentals of relational databases
data presunta: 1 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 6
docente del corso: Prof. Federico Mari qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Introduction to Databases and SQL; Database table structure; Accessing data with queries; Aggregating and grouping data; Combining data with joins
modalità di accertamento finale: Final test
Fundamentals of Molecular biology and Biological chemistry
data presunta: 1 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 16
docente del corso: Stefano Pascarella e docenti da identificare qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: This realignment course is intended for students without a background in biological sciences and will be activated only if necessary. It covers the fundamental concepts of biology, including prokaryotic and eukaryotic cells, genes and genomes, DNA replication, gene transcription, protein synthesis, and the regulation of gene expression. The course also introduces protein structure, as well as the basic principles of enzymology and metabolism.
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment
Genomics and transcriptomics
data presunta: 2 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 18
docente del corso: Loredana Le Pera, Tommaso Mazza qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Microarrays: platforms, data format, main applications (e.g. miRNA microarrays, mRNA microarrays). High-throughput sequencing (HTS): platforms, data, main applications (WGS, WES, RNA-Seq, ChIP-Seq, scRNA-Seq, etc.). WGS/WES: purposes, data format, standard analysis pipeline. RNA-Seq: purposes, data format, standard pipeline of analysis. ChIP-Seq: purposes, data format, standard analysis pipeline.
modalità di accertamento finale: Final test
Structural bioinformatics 1
data presunta: 1 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 12
docente del corso: Anna Marabotti, Veronica Morea, Alessandro Paiardini, Rino Ragno qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Sequence comparison; Multiple sequence alignments; Database searches; Use of graphics and molecular modelling programs: PyMOL, ChimeraX
modalità di accertamento finale: Final test
Python programming
data presunta: 2 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 16
docente del corso: Allegra Via qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Python programming: Python classes. Python libraries: Pandas; Numpy: SciPy; matplotlib R programming: control flow, functions; ggplot
modalità di accertamento finale: Final test
Machine learning
data presunta: 2 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 12
docente del corso: Tommaso Mazza, Pier Luigi Martelli, Roberto Tagliaferri, Antonello Maruotti qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Supevised learning; unsupervised learning; reinforcement learning; building training datasets; data preprocessing; dimensionality reduction; model evaluation and hyperparameters tuning.
modalità di accertamento finale: Final test
Structural Bioinformatics 2
data presunta: secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 18
docente del corso: Stefano Gianni, Veronica Morea, Domenico Raimondo, Anna Marabotti, Alessandro Paiardini qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Protein folding; Protein Data Bank; Protein structure validation; Protein structure prediction: template-based and template-free methods. Protein structure analysis; Introduction to docking;
modalità di accertamento finale: Final test

Eventuali maggiori informazioni piano form. 1°a Il corso "Molecular biology and Biological chemistry" è un corso di riallineamento riservato a quegli studenti che provengono da un percorso non-biologico e sarà erogato su richiesta in forma di tutorato personalizzato. Gli altri corsi sono aperti ai dottorandi interessati immatricolati in altri Dottorati di Sapienza e in particolare quelli appartenenti alla scuola BeMM
Modalità di scelta dell'argomento della tesi: I candidati ammessi avranno a disposizione l'elenco di linee di ricerca dei docenti del collegio. I candidati formuleranno le loro preferenze dopo aver avuto colloqui con i laboratori prescelti per la definizione di un possibile progetto sulla base del quale il collegio assegnerà il/i supervisori e ove necessario i co-supervisori
Modalità delle verifiche per l'ammissione all'anno successivo Ciascun dottorando dovrà inviare al collegio in tempi prestabiliti una relazione dettagliata su tutta l'attività svolta durante l'anno ivi compresa la frequenza ai corsi di formazione e dovrà fare una breve presentazione sullo stato di avanzamento del progetto.Sulla base della relazione e della presentazione, sentita la valutazione del supervisore, il collegio formulerà il proprio giudizio e decreterà l'eventuale ammissione al secondo anno.
Momenti di presentazione, di scambio e di discussione dei risultati di ricerca da parte dei dottorandi Almeno una volta l'anno, il collegio organizzerà una giornata in cui tutti i dottorandi del corso si riuniranno per illustrare il proprio lavoro scientifico e scambiare esperienze e opinioni. Queste giornate potranno svolgersi anche in modalità mista per facilitare la partecipazione di dottorandi eventualmente dislocati in sedi geograficamente distanti. In ogni caso, il collegio si impegna a creare occasioni di scambio e interazione tra i dottorandi. Il collegio proporrà interazioni con gli altri corsi di dottorato affini in modo da incoraggiare scambi scientifici e formativi tra i dottorandi e integrare il più possibile le proprie attività con quelle degli altri.
Attività formative, non incluse nella didattica programmata di cui ai punti precedenti, di docenti con affiliazione estera e/o di studiosi ed esperti sia italiani che stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende e da istituzioni culturali e sociali Nel corso dell'anno si organizzeranno seminari o comunque occasioni di interazione con docenti stranieri selezionati tra quelli con cui i componenti del collegio hanno contatti e collaborazioni. Ove possibile sarà promossa e incoraggiata la partecipazione a congressi e corsi specifici nazionali e internazionali.

Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del secondo anno
Molecular mechanics
data presunta: 1 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 10
docente del corso: Da identificare qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Force fields; energy minimization; molecular dynamics; trajectory analysis.
modalità di accertamento finale: Final test
Pharmaceutical chemoinformatics
data presunta: 2 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 10
docente del corso: Rino Ragno qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Molecular docking; Protein-small molecule interactions. Drug target-drug interactions. Protein-small molecule docking. Virtual screening. Introduction to QSAR, PCA for drug design, Fragment-based drug design.
modalità di accertamento finale: Final test
Interactomics
data presunta: 2 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: Elisabetta Pizzi, Allegra Via qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Protein interactions; Protein-protein interaction networks; data integration and analysis of networks using Cytoscape.
modalità di accertamento finale: Final test
Advanced programming techniques
data presunta: 1 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 12
docente del corso: Simone Gardini e colleghi qualifica: Studioso o esperto di aziende o istituzioni culturali o sociali affiliazione: Italiana
programma delle attività: L’obiettivo del corso è sviluppare competenze di base per l’applicazione di algoritmi bioinformatici in ambiente cloud. I partecipanti acquisiranno una comprensione delle potenzialità delle infrastrutture cloud (in particolare AWS) e delle modalità per automatizzare workflow complessi mediante tecniche di containerizzazione e orchestrazione.
modalità di accertamento finale: Final test

Eventuali maggiori informazioni piano form. 2° Alcuni corsi o parti di corsi verranno attivati sulla base delle necessità di specifici progetti e del percorso di formazione di provenienza dei dottorandi. Suggerimenti potrenno venire anche dalle consultazion con le parti intressate.
Modalità delle verifiche per l'ammissione all'anno successivo Vale quanto descritto per il primo anno.
Momenti di presentazione, di scambio e di discussione dei risultati di ricerca da parte dei dottorandi Vale quanto descritto per il primo anno
Attività formative, non incluse nella didattica programmata di cui ai punti precedenti, di docenti con affiliazione estera e/o di studiosi ed esperti sia italiani che stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende e da istituzioni culturali e sociali Vale quanto descritto per il primo anno. Oltre a ciò, i Dottorandi saranno incoraggiati a trascorrere periodi di ricerca presso laboratori esteri. Alcuni laboratori hanno già espresso la disponibilità ad ospitare dottorandi da questo corso.

Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del terzo anno
Presentation skills
data presunta: 1 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 4
docente del corso: Allegra Via e altri docenti qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Key rules of good presentations; body language; features of effective slides
modalità di accertamento finale: Final test
Preparing Artwork for Scientific Papers
data presunta: 2 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: Prof. Giorgio Giardina, Prof. Stefano Gianni qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Corso erogato dal Dottorato di Ricerca in BIOCHEMISTRY The course aims at giving the students a basic knowledge of the software and tools used to produce publication quality artwork for scientific papers, posters or presentations. A section on scientific writing is also part of the course. Programme: The course will cover the basic knowledge of graphic design such as: image resolution; vector vs raster images; colour theory and colour spaces (RGB, CMYK); basic rules for a good figure design. The students will then be introduced to the professional open-source graphic software for photo editing (GIMP) and vector-graphics (Inkscape). Finally, the entire workflow on how to write and plan the figures of a scientific paper will be covered. Expected outcomes: at the end of the course students will be able to 1. design and create a multi-panel image from scratch. This includes the ability to: modify source images, including legends and diagrams; export data and plots as image files; organize the layout and assemble the figure 2. prepare scientific figures and illustration in agreement with editorial artwork-guidelines using the main tools (from the main palette) of Open Source software such as GIMP, Inkscape, for raster and vector image modification 3. design and export images in the correct format, with image properties optimized for a specific communication media (e.g. scientific paper, research project, oral presentations, poster) 4. Organize the text of a manuscript according to good storytelling rules.
modalità di accertamento finale: To be defined

Eventuali maggiori informazioni piano form. 3°
Modalità di ammissione all'esame finale Tutte le procedure adottate saranno conformi al Regolamento Dottorati di Sapienza. Ciascun dottorando dovrà inviare al collegio dei docenti una breve ma dettagliata relazione riassuntiva di tutta l'attività formativa e di ricerca svolta durante il triennio, incluso l'elenco delle eventuali pubblicazioni, secondo la tempistica definita dal collegio stesso e fare una presentazione del proprio progetto di ricerca illustrandone i risultati. Ciascun dottorando inoltre dovrà redigere e consegnare una tesi in lingua inglese nei modi e tempi definiti dal collegio.Ogni tesi verrà valutata da un revisore esterno selezionato dal collegio in accordo con quanto stabilito dal regolamento Dottorato. Sulla base delle valutazioni, sentito il parere del tutore, il collegio delibererà sull'ammissione all'esame finale.
Modalità di svolgimento dell'esame finale L'esame finale si svolgerà di fronte alla commissione indicata dal collegio dei docenti secondo quanto stabilito dall'Art. 20 del Regolamento Dottorati Sapienza e che dovrà essere formata da almeno tre componenti provenienti da istituzioni diverse nazionali o internazionali comprese le sedi del corso di dottorato. Il dottorando dovrà presentare il proprio lavoro del triennio, descrivere i risultati ottenuti e discuterli con la commissione. La commissione esprimerà la propria valutazione in merito al conferimento del titolo di Dottore di Ricerca.
Momenti di presentazione, di scambio e di discussione dei risultati di ricerca da parte dei dottorandi Vale quanto descritto per il secondo anno.
Attività formative, non incluse nella didattica programmata di cui ai punti precedenti, di docenti con affiliazione estera e/o di studiosi ed esperti sia italiani che stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende e da istituzioni culturali e sociali Vale quanto descritto per il secondo anno.

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