Offerta formativa anno accademico 2024/2025


Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del primo anno
Bash shell scripting, Python programming, R programming (1)
data presunta: 1 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 16
docente del corso: Allegra Via e altri docenti qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Bash and shell scripting: navigating and working with files and directories; pipes and filters; loops; shell scripts. Python programming: Python fundamentals; Data types; Functions; Input and output; Python libraries. R programming: R fundamentals; RStudio; analyzing data sets; R packages.
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment
Statistics (1)
data presunta: 1 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 10
docente del corso: Antonello Maruotti qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Data types, distributions and descriptors, frequency and probability, concept of information and entropy. Main tests of statistical significance, both parametric and non-parametric.
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment
Fundamentals of relational databases
data presunta: 1 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 6
docente del corso: Docente da identificare qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Introduction to Databases and SQL; Database table structure; Accessing data with queries; Aggregating and grouping data; Combining data with joins
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment
Molecular biology and genomics
data presunta: 1 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 16
docente del corso: Loredana Le Pera e altri docenti qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Basics concepts of biology: prokaryotic and eukaryotic cell. Genes and genomes. DNA replication; gene transcription; protein synthesys; gene expression regulation; structure and function of genomes.
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment
Protein structure and biological chemistry
data presunta: 1 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 16
docente del corso: Stefano Pascarella, Allegra Via, Veronica Morea, Domenico Raimondo, Alessandro Paiardini qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Introduction to protein structure and function; enzymes; biochemical pathways.
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment
Genomics and transcriptomics
data presunta: 2 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 18
docente del corso: Loredana Le Pera, Teresa Colombo e altri docenti qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Microarrays: platforms, data format, main applications (e.g. miRNA microarrays, mRNA microarrays). High-throughput sequencing (HTS): platforms, data, main applications (WGS, WES, RNA-Seq, ChIP-Seq, scRNA-Seq, etc.). WGS/WES: purposes, data format, standard analysis pipeline. RNA-Seq: purposes, data format, standard pipeline of analysis. ChIP-Seq: purposes, data format, standard analysis pipeline.
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment
Structural bioinformatics
data presunta: 2 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 18
docente del corso: Anna Marabotti, Allegra Via, Stefano Pascarella, Domenico Raimondo, Veronica Morea, Alessandro Paiardini qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Sequence alignment; Multiplesequence alignments; profiles, LOGOs; Database searches: BLAST, PSI-BLAST, HMM; Sequence based predictions of structural features; analysis and comparison of 3D structures
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment
Molecular graphics tools
data presunta: 2 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 6
docente del corso: Stefano Pascarella, Rino Ragno, Alessandro Paiardini qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: PyMOL; ChimeraX
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment
Python programming, R programming (2)
data presunta: 2 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 16
docente del corso: Allegra Via, Tommaso Mazza, Teresa Colombo qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Python programming: Python classes. Python libraries: Pandas; Numpy: SciPy; matplotlib R programming: control flow, functions; ggplot
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment
Machine learning
data presunta: 2 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 12
docente del corso: Allegra Via e altri docenti qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Supevised learning; unsupervised learning; reinforcement learning; building training datasets; data preprocessing; dimensionality reduction; model evaluation and hyperparameters tuning.
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment

Eventuali maggiori informazioni piano form. 1°a Alcuni corsi o parti di corsi verranno attivati solo sulla base delle necessità di specifici progetti e del percorso di formazione di provenienza dei dottorandi, per esempio "Molecular biology and genomics" e "Protein structure and biological chemistry".
Modalità di scelta dell'argomento della tesi: I candidati ammessi avranno a disposizione l'elenco di linee di ricerca dei docenti del collegio. I candidati formuleranno le loro preferenze dopo aver avuto colloqui con i laboratori prescelti per la definizione di un possibile progetto sulla base del quale il collegio assegnerà il tutore o i tutori.
Modalità delle verifiche per l'ammissione all'anno successivo Ciascun dottorando dovrà inviare al collegio in tempi prestabiliti una relazione su tutta l'attività svolta durante l'anno ivi compresa la frequenza ai corsi di formazione e dovrà fare una breve presentazione sullo stato di avanzamento del progetto.Sulla base della relazione e della presentazione, sentita la valutazione del tutore, il collegio formulerà il proprio giudizio e decreterà l'eventuale ammissione al secondo anno.
Momenti di presentazione, di scambio e di discussione dei risultati di ricerca da parte dei dottorandi Almeno una volta l'anno, il collegio organizzerà una giornata in cui tutti i dottorandi del corso si riuniranno per illustrare il proprio lavoro scientifico e scambiare esperienze e opinioni. Queste giornate potranno svolgersi anche in modalità mista per facilitare la partecipazione di dottorandi eventualmente dislocati in sedi geograficamente distanti. In ogni caso, il collegio si impegna a creare occasioni di scambio e interazione tra i dottorandi. Il collegio proporrà interazioni con gli altri corsi di dottorato affini in modo da incoraggiare scambi scientifici e formativi tra i dottorandi e integrare il più possibile le proprie attività con quelle degli altri.
Attività formative, non incluse nella didattica programmata di cui ai punti precedenti, di docenti con affiliazione estera e/o di studiosi ed esperti sia italiani che stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende e da istituzioni culturali e sociali Nel corso dell'anno si organizzeranno seminari o comunque occasioni di interazione con docenti stranieri selezionati tra quelli con cui i componenti del collegio hanno contatti e collaborazioni. Ove possibile sarà promossa e incoraggiata la partecipazione a congressi e corsi specifici nazionali e internazionali.

Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del secondo anno
Molecular mechanics
data presunta: 1 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 10
docente del corso: Marco D'abramo qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Force fields; energy minimization; molecular dynamics; trajectory analysis.
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment
Pharmaceutical chemoinformatics
data presunta: 2 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 10
docente del corso: Rino Ragno qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Molecular docking; Protein-small molecule interactions. Drug target-drug interactions. Protein-small molecule docking. Virtual screening. Introduction to QSAR, PCA for drug design, Fragment-based drug design.
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment
Interactomics
data presunta: 2 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: Elisabetta Pizzi, Allegra Via qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Protein interactions; Protein-protein interaction networks; data integration and analysis of networks using Cytoscape.
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment
Molecular diseases
data presunta: 1 o 2 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 8
docente del corso: Allegra Via, Anna Marabotti, e altri docenti qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Study of variants associated with diseases; host-pathogen interactions; drug resistance
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment
Advanced programming techniques
data presunta: 1 o 2 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: Simone Gardini e altri docenti qualifica: Studioso o esperto di aziende o istituzioni culturali o sociali affiliazione: Italiana
programma delle attività: Cluster managment, cloud computing and containers (e.g. Docker); Web programming; version control system (Git) and cloud-based services for code storage, managment and tracking (GitHub).
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment

Eventuali maggiori informazioni piano form. 2° Alcuni corsi o parti di corsi verranno attivati sulla base delle necessità di specifici progetti e del percorso di formazione di provenienza dei dottorandi.
Modalità delle verifiche per l'ammissione all'anno successivo Vale quanto descritto per il primo anno
Momenti di presentazione, di scambio e di discussione dei risultati di ricerca da parte dei dottorandi Vale quanto descritto per il primo anno
Attività formative, non incluse nella didattica programmata di cui ai punti precedenti, di docenti con affiliazione estera e/o di studiosi ed esperti sia italiani che stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende e da istituzioni culturali e sociali Vale quanto descritto per il primo anno. Oltre a ciò, i Dottorandi saranno incoraggiati a trascorrere periodi di ricerca presso laboratori esteri. Alcuni laboratori hanno già espresso la disponibilità ad ospitare dottorandi da questo corso.

Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del terzo anno
Presentation skills
data presunta: 1 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 4
docente del corso: Allegra Via e altri docenti qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Key rules of good presentations; body language; features of effective slides
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment
Scientific writing and graphical skills
data presunta: 2 semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: Allegra Via e altri docenti qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Preparing a scientific publication; structuring a grant proposal; preparing scientific figures and illustrations.
modalità di accertamento finale: Self-assessment and formative assessment

Eventuali maggiori informazioni piano form. 3°
Modalità di ammissione all'esame finale Ciascun dottorando dovrà inviare al collegio dei docenti una breve relazione riassuntiva di tutta l'attività formativa e di ricerca svolta durante il triennio, incluso l'elenco delle eventuali pubblicazioni, secondo la tempistica definita dal collegio stesso e fare una presentazione del proprio progetto di ricerca illustrandone i risultati. Ciascun dottorando inoltre dovrà redigere e consegnare una tesi in lingua inglese nei modi e tempi definiti dal collegio.Ogni tesi verrà valutata da un revisore esterno selezionato dal collegio. Sulla base delle valutazioni, sentito il parere del tutore, il collegio delibererà sull'ammissione all'esame finale.
Modalità di svolgimento dell'esame finale L'esame finale si svolgerà di fronte alla commissione indicata dal collegio dei docenti e che dovrà essere formata da almeno tre componenti provenienti da istituzioni diverse nazionali o internazionali comprese le sedi del corso di dottorato. Il dottorando dovrà illustrare il proprio lavoro del triennio, descrivere i risulati ottenuti e discuterli con la commissione.
Momenti di presentazione, di scambio e di discussione dei risultati di ricerca da parte dei dottorandi Vale quanto descritto per il secondo anno.
Attività formative, non incluse nella didattica programmata di cui ai punti precedenti, di docenti con affiliazione estera e/o di studiosi ed esperti sia italiani che stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende e da istituzioni culturali e sociali Vale quanto descritto per il secondo anno.

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