| Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del primo anno |
Seminari dei membri Collegio Docenti Dottorato BUGM - Relatori Vari
data presunta: 2026-2027 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Membri del Collegio dei Docenti qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: I docenti del Collegio si alternano nella presentazione di seminari su specifiche tematiche di ricerca coerenti con gli ambiti del dottorato.
modalità di accertamento finale:
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Medicina genomica e diagnosi precoce
data presunta: 2026-27 I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Antonio Novelli qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Epigenetica e meccanismi di malattia
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Manlio Vinciguerra qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Meccanismi molecolari delle malattie cardiovascolari nel diabete
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Alessandro Doria qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Regolazione genica nei tumori
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Leandro Castellano qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Genomica e medicina personalizzata nel diabete
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Philipper Froguel qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Solving 3D puzzles of biomolecular interactions by physics- and AI-based integrative modelling
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: A.M.J.J. Bonvin qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Microbiota and Cancer Immunotherapy
data presunta: 2026-27 I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Gianluca Ianiro qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Tecnologie omiche in ambiente universitario e company biotecnologiche: approcci, differenze strutturali e nuove sinergie di collaborazione per l’innovazione biomedica
data presunta: 2026-27 I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Giovanna Marchese qualifica: Studioso o esperto di aziende o istituzioni culturali o sociali affiliazione: Italiana
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Introduction to Single Cell and Spatial Transcriptomics
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 4
docente del corso: Valerio Fulci qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Saranno illustrati i principi generali della cattura dei trascritti di singole cellule e le principali piattaforme tecnologiche disponibili. Verrà fornita una panoramica dell’analisi dei dati, con particolare attenzione alle fasi critiche di preprocessing e analisi biostatistica. Saranno inoltre presentate le tecnologie di Spatial Transcriptomics, evidenziando analogie e differenze rispetto alla single cell transcriptomics.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
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I meccanismi di difesa della replicazione: nuovi approcci metodologici e rilevanza per l’identificazione di nuovi target terapeutici
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 6
docente del corso: Pietro Pichierri qualifica: Studioso o esperto di enti di ricerca affiliazione: Italiana
programma delle attività: L’identificazione di nuovi approcci terapeutici richiede la comprensione dei meccanismi molecolari alla base delle vulnerabilità tumorali. Il corso affronta due hallmark tumorali - instabilità genomica e stress replicativo – illustrando approcci sperimentali avanzati per lo studio dei meccanismi coinvolti e il loro sfruttamento terapeutico. Verranno presentate tecniche di interattomica e genomica funzionale con esempi applicativi e possibili scenari di utilizzo nei progetti di dottorato.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
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Modeling CNS manifestations of human diseases
data presunta: 2026-27 I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 3
docente del corso: Silvia Mandillo qualifica: Studioso o esperto di enti di ricerca affiliazione: Italiana
programma delle attività: Dall’introduzione al mouse phenotyping nel rispetto dei principi etici e normativi vigenti (3Rs, benessere animale, ecc.) fino agli aspetti traslazionali delle metodologie classiche e più recenti di analisi neurocomportamentale. Verranno inoltre discussi i limiti, le sfide e le opportunità offerte dai sistemi di monitoraggio in home cage.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
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Ricerca dual-use, biotecnologie emergenti e bioterrorismo
data presunta: 2026-27 I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 1
docente del corso: Teresa Rinaldi qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Lo scopo del seminario è quello di discutere, anche attraverso casi realmente accaduti, i possibili rischi dell'utilizzo delle tecnologie emergenti per scopi malevoli. Verranno presentate anche le azioni che vengono attuate in Sapienza (ed a livello mondiale) per la prevenzione al bioterrorismo. Cenni sulle armi chimiche di quarta generazione.
modalità di accertamento finale: Da definire con il docente.
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Model systems in biology - module 1: Yeasts
data presunta: 2026-2027 I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: Arianna Montanari qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso illustra alcuni importanti sistemi modello eucariotici e ne presenta caratteristiche, aspetti metodologici ed applicazioni nel campo della biologia. Il corso è diviso in moduli monotematici; ogni modulo comprende 4 ore di teoria e 4 ore di pratica. Il primo modulo è dedicato ai lieviti.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
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Model systems in biology - module 2: C. elegans
data presunta: 2026-2027 I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: Emily Schifano qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso illustra alcuni importanti sistemi modello eucariotici e ne presenta caratteristiche, aspetti metodologici ed applicazioni nel campo della biologia. Il corso è diviso in moduli monotematici; ogni modulo comprende 4 ore di teoria e 4 ore di pratica. Il secondo modulo è dedicato a Caenorhabditis elegans.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
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Model systems in biology – module 3: Arabidopsis
data presunta: 2026-2027 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 8
docente del corso: Simone Ferrari qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso illustra alcuni importanti sistemi modello eucariotici e ne presenta caratteristiche, aspetti metodologici ed applicazioni nel campo della biologia. Il corso è diviso in moduli monotematici; ogni modulo comprende 4 ore di teoria e 4 ore di pratica. Il terzo modulo è dedicato ad Arabidopsis thaliana.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
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Gender equality in STEM careers
data presunta: 2026-27 I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 4
docente del corso: Barbara Perrini qualifica: Studioso o esperto di aziende o istituzioni culturali o sociali affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il workshop mira a fornire strumenti per riconoscere e mettere in discussione gli stereotipi di genere; analizzare l’iceberg della violenza di genere; correlare le riflessioni sugli stereotipi e sulle diverse forme di violenza di genere con l’autodeterminazione personale, rispetto all’analisi statistica della forbice delle carriere in ambito STEM.
modalità di accertamento finale: non prevista
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Microscopia e analisi di immagini
data presunta: 2026-27 - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 4
docente del corso: Giulia Guarguaglini qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il corso teorico-pratico oltre a fornire le basi teoriche della microscopia prevede una parte pratica in cui le dottorande e i dottorandi potranno utilizzare la strumentazione per analizzare i propri preparati.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
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Statistica medica descrittiva
data presunta: 2026-2027 I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Anna Rita Vestri qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Statistica medica inferenziale
data presunta: 2026-2027 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Annarita Vestri qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Protein production and engineering: from biology to nanobiotech
data presunta: 2026-27 primo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: Paola Baiocco, Maria Carmela Bonaccorsi, Martino Luigi Di Salvo (membri del Collegio docenti), Alessandra Bonamore qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: E' un corso TEORICO-PRATICO in lingua inglese, ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Il corso ha l’obiettivo di formare i dottorandi del primo anno nelle principali tecniche di biologia molecolare e biochimica applicate all’espressione e alla purificazione di proteine ricombinanti. Verranno affrontati sia gli aspetti teorici sia quelli tecnico-pratici, con particolare attenzione alle applicazioni nei diversi ambiti delle biotecnologie. Nel corso delle lezioni saranno trattati temi quali la ricerca di sequenze nucleotidiche e proteiche in banche dati open source, le metodologie di DNA ricombinante per il clonaggio molecolare e l’ingegneria proteica, nonché le strategie per la produzione di proteine mediante espressione in batteri, lieviti e linee cellulari di mammifero. Saranno inoltre approfondite le principali tecniche di purificazione proteica, incluse le metodologie di frazionamento, cromatografia e analisi delle proteine purificate. Una parte del corso sarà dedicata allo studio delle proteine di membrana, con particolare riferimento alle tecnologie BacMam e nanodisc, e ai criteri di controllo di qualità delle proteine ottenute. Il corso prevede infine una panoramica e una visita al laboratorio ProFacT – Protein Factory Training Lab, attivo presso il Dipartimento di Scienze Biochimiche. Un obiettivo rilevante del corso sarà anche quello di fornire una visione d’insieme delle principali applicazioni pratiche delle biotecnologie proteiche, come la progettazione di mutanti sito-specifici per lo studio dell’attività enzimatica e dei meccanismi di inibizione, la produzione di proteine chimeriche per studi strutturali e funzionali e l’ingegnerizzazione di nanoparticelle proteiche per il rilascio di farmaci.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione.
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Macromolecular Interactions
data presunta: 2026-27 secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 10
docente del corso: Serena Rinaldo, Angelo Toto, Gianni Colotti and Dr. Angela Tramonti (membri del Collegio docenti), Francesco Fiorentino qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: E' un corso TEORICO-PRATICO in lingua inglese ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. L’obiettivo principale del corso è fornire ai dottorandi del primo anno gli strumenti quantitativi necessari per lo studio dell’affinità e dei meccanismi di interazione tra macromolecole. Il corso affronta sia gli aspetti teorici sia quelli pratici legati all’energetica, alla termodinamica (stabilità e affinità), alla cinetica e ai meccanismi di legame, includendo approcci sia allo stato stazionario che transitorio (pre–steady state). In particolare, verranno trattati i principi della termodinamica delle interazioni molecolari, con la misurazione del legame mediante calorimetria a titolazione isotermica (ITC), includendo la progettazione sperimentale e l’analisi dei dati per la determinazione della stechiometria (N), della costante di dissociazione (Kd) e di altri parametri termodinamici. Saranno inoltre illustrate le metodologie per la valutazione dello stato di oligomerizzazione e dell’affinità delle interazioni mediante spettrometria di massa in condizioni native, nonché l’utilizzo della fluorimetria a scansione differenziale (DSF) per lo screening degli interattori e lo studio dei meccanismi di legame. Il corso approfondirà anche gli aspetti cinetici delle interazioni biomolecolari, con particolare riferimento all’uso della Surface Plasmon Resonance (SPR) per la determinazione delle interazioni bimolecolari. Verranno descritti l’allestimento di un esperimento di SPR e l’analisi dei dati per l’ottenimento delle costanti cinetiche di associazione e dissociazione e delle costanti di legame. Saranno inoltre presentati approcci “pre–steady state” basati su tecniche di fluorescenza per lo studio dettagliato della cinetica di legame. Infine, il corso offrirà una panoramica sulle principali infrastrutture europee dedicate allo studio delle interazioni e della cinetica, con esempi quali le piattaforme MOSBRI e Biocrystal. Le attività didattiche integrano lezioni tenute da esperti del settore con visite alle diverse infrastrutture per lo studio delle interazioni macromolecolari disponibili presso il Dipartimento di Scienze Biochimiche.
modalità di accertamento finale: Le modalità di accertamento finale includono la rilevazione delle presenze, la somministrazione di un questionario finale di verifica delle competenze acquisite e il rilascio di un attestato di partecipazione.
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Decoding Cancer's Evolutionary Tree: Assessing Subclonal Architecture Through Bulk DNA Sequencing
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Davide Prandi qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Bash shell scripting, R programming
data presunta: 2026-27 I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 16
docente del corso: Allegra Via e altri docenti qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Bash and shell scripting: navigating and working with files and directories; pipes and filters; loops; shell scripts. Python programming: Python fundamentals; Data types; Functions; Input and output; Python libraries. R programming: R fundamentals; RStudio; analyzing data sets; R packages.
modalità di accertamento finale: Final test
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Statistics
data presunta: 2026-27 I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 10
docente del corso: Antonello Maruotti qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Data types, distributions and descriptors, frequency and probability, concept of information and entropy. Main tests of statistical significance, both parametric and non-parametric.
modalità di accertamento finale: Final test
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Fundamentals of relational databases
data presunta: 2026-27 I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 6
docente del corso: Federico Mari qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Introduction to Databases and SQL; Database table structure; Accessing data with queries; Aggregating and grouping data; Combining data with joins
modalità di accertamento finale: Final test
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Genomics and transcriptomics
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 18
docente del corso: Loredana Le Pera, Tommaso Mazza qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Microarrays: platforms, data format, main applications (e.g. miRNA microarrays, mRNA microarrays). High-throughput sequencing (HTS): platforms, data, main applications (WGS, WES, RNA-Seq, ChIP-Seq, scRNA-Seq, etc.). WGS/WES: purposes, data format, standard analysis pipeline. RNA-Seq: purposes, data format, standard pipeline of analysis. ChIP-Seq: purposes, data format, standard analysis pipeline.
modalità di accertamento finale: Final test
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Structural bioinformatics 1
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 12
docente del corso: Anna Marabotti, Veronica Morea, Alessandro Paiardini, Rino Ragno qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Sequence comparison; Multiple sequence alignments; Database searches; Use of graphics and molecular modelling programs: PyMOL, ChimeraX
modalità di accertamento finale: Final test
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Python programming
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 16
docente del corso: Allegra Via qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Python programming: Python classes. Python libraries: Pandas; Numpy: SciPy; matplotlib R programming: control flow, functions; ggplot
modalità di accertamento finale: Final test
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Machine learning
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 12
docente del corso: Tommaso Mazza, Pier Luigi Martelli, Roberto Tagliaferri, Antonello Maruotti qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Supevised learning; unsupervised learning; reinforcement learning; building training datasets; data preprocessing; dimensionality reduction; model evaluation and hyperparameters tuning.
modalità di accertamento finale: Final test
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Structural Bioinformatics 2
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 18
docente del corso: Stefano Gianni, Veronica Morea, Domenico Raimondo, Anna Marabotti, Alessandro Paiardini qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Protein Folding; Protein Data Bank; Protein structure validation; Protein structure prediction: template-based and template-free methods. Protein structure analysis; Introduction to docking;
modalità di accertamento finale: Final test
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Structure-Function relationships & mechanisms of membrane trafficking of transporters
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 4
docente del corso: George Diallinas qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: In these two lectures Prof. George Diallinas will present how the model filamentous fungus Aspergillus nidulans has developed to be an excellent genetic and cell biology system for studying aspects of transporters, such as structure-function relationships, substrate specificity, evolution and subcellular trafficking.
modalità di accertamento finale: da definire con il docente
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Research Integrity in the Age of Generative AI: Promises and Pitfalls
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Research Integrity in the Age of Generative AI: Promises and Pitfalls qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: L'obiettivo è fornire le basi per un utilizzo consapevole ed etico dell'intelligenza artificiale (IA) generatica nella ricerca biomedica, con particolare attenzione al suo uso nella preparazione di manoscritti e progetti e nella ricerca delle fonti bibliografiche.
modalità di accertamento finale: da definire con il docente
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Bridging the Gap With the Job Market: What I Wish I Knew Before Leaving Academia
data presunta: 2026-27 I semestre - tipologia: trasferimento tecnologico/imprenditoria - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 0
docente del corso: Flavio Scaloni qualifica: Studioso o esperto di aziende o istituzioni culturali o sociali affiliazione: Estera
programma delle attività: Il docente discuterà con gli studenti di percorsi di carriera alternativi per i dottori di ricerca in scienze biologiche, concentrandosi in particolare sulla creazione di un curriculum vitae adeguato per le posizioni nel settore e sulle possibili insidie nella ricerca di un lavoro.
modalità di accertamento finale: da definire con il docente
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Origine ed evoluzione dei virus
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Ombretta Turriziani qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività:
modalità di accertamento finale:
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Protecting Inventions: a brief journey into the world of pharmaceutical patents
data presunta: 2026-27 II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 2
docente del corso: iziano Bandiera (Fondazion per la ricerca sulla Fibrosi Cistica) qualifica: Studioso o esperto di aziende o istituzioni culturali o sociali affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il Corso è un lingua inglese ed è aperto alle attività formative della scuola BeMM. Le scoperte biomediche sono alla base del progresso della medicina e dello sviluppo di farmaci innovativi. Portare un nuovo farmaco sul mercato è un processo lungo che richiede investimenti significativi. Questo processo è sostenibile se il nuovo farmaco è in grado di recuperare i costi di sviluppo; ciò è possibile se il farmaco è protetto da un brevetto che impedisce ad altri di produrlo, utilizzarlo, metterlo in vendita e commercializzarlo. I brevetti rappresentano quindi risorse fondamentali nel settore farmaceutico, in quanto consentono di proteggere le scoperte e trasformarle in opportunità commerciali. In ambito accademico, i brevetti costituiscono uno strumento per attrarre investimenti e collaborazioni con l’industria. La lezione fornirà un’introduzione ai brevetti farmaceutici, partendo dai concetti di base e presentando alcuni esempi che illustrano il contenuto di un documento brevettuale e il ciclo di vita di un brevetto.
modalità di accertamento finale: Test valutativo
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