Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del secondo anno |
Bioinformatics: Theory and applications from genomes to drugs
data presunta: secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 18
docente del corso: Dr. Teresa Colombo Institute of Molecular Biology and Pathology (IBPM) – CNR, Rome; Dr. Loredana Le Pera Italian National Institute of Health (ISS) – FAST, Rome; Dr. Veronica Morea Institute of Molecular Biology and Pathology (IBPM) – CNR, Rome; Prof. Alessandro Paiardini Department of Biochemical Sciences, “Sapienza”, Dr. Allegra Via, Dept. Biochemical Sciences, Sapienza University of Rome qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA e BIOCHIMICA ed è un corso TEORICO-PRATICO.
The course consists in five main modules, all of which are both theoretical and practical. Students will be divided in pairs and each students’ pair will be assigned a computer. All software and tools shown during the course are either already installed on these computers or available through the Internet. The practical part encompasses at least 50% of the course. 1. Bioinformatics resources in the World Wide Web -Reliable sources (NAR; NCBI; EBI; UniProt; ExPASy; PDB; GO) -Knowledgebases (UniProt, NCBI Gene, EBI) -Sequence comparison and database search - Multiple sequence alignments and phylogenetic trees 2. Sequence-based assignment of protein properties Domains; secondary structure elements; globularity; membrane localization; signal peptides; post- translational modifications Handy tools from ExPasy 3. Protein structure analysis and prediction -Protein structures visualization -Protein structures comparison -protein structures modelling 4. Protein structures interactions -Docking small molecules to protein functional sites -Pharmacophore screening and rational drug design 5. Methods for “omics” and “high-throughput” data analysis and integration -Genomics and transcriptomics -Epigenomics and interactomics
modalità di accertamento finale: The learning outcomes of the course will be evaluated in two ways. The acquisition of theoretical knowledge will be assessed by scoring the students’ answers to written questionnaires, which will be administered at the end of each module. The acquisition of practical skills will be assessed by examining the students’ ability to perform practical exercises and/or tutorials, which will be proposed during each lecture.
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From Ramon y Cajal to CryoEM: Course for Advanced Microscopy
data presunta: primo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: altro - numero ore: 12
docente del corso: Prof. S. Di Angelantonio, Sapienza; Dr. V. de Turris , Istituto Italiano di Tecnologia (IIT); Dr. R. Macco - Bruker; Dr. C. Brighi, CrestOptics; Dr. A. Rossi, Crisel Instruments; Prof. E. De Stefano, Sapienza, Prof. G. Giardina, Sapienza ; Prof. Nicolas Bayens,Université libre de Bruxelles; Prof. R. Strippoli, Sapienza; Prof. M. Rosito, Sapienza qualifica: Professore affiliazione: Altro
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA e BIOCHIMICA ed è un corso TEORICO-PRATICO. Coinvolge docenti italiani e stranieri provenienti da Accademia e Industria.
Course program Welcome and Introduction Conventional and confocal light microscopy Multiphoton microscopy for in vitro and in vivo application – painting DEEP SIM STED Transmission Electron Microscopy (E. De Stefano – Sapienza – BBCD -CRiN) Cryo EM (G. Giardina - Sapienza - DSB) Clearing Techniques (Nicolas Bayens - ULB) Applications – Ion Imaging – Applications of fluorescence/confocal microscopy in pathophysiology by showing cellular plasticity (EMT/MET) assays of adhesion, migration/invasion, and tumor organoid development (R. Strippoli – Sapienza – DMM) Image analysis and quantification – ImageJ
modalità di accertamento finale: Test valutativo
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From Cell to Animal Models: Guidelines and Best Practice
data presunta: primo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 16
docente del corso: Proff: Tramutola, Di Domenico, Barone, Mangoni,Perluigi, Di Angelantonio, Sanchini, Prof. Basilico (Sapienza University of Rome) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA e BIOCHIMICA ed e' un corso TEORICO-PRATICO. Course Objective: The course aims to provide a comprehensive overview of guidelines and best practices in the use of cellular and animal models in scientific and research settings. Students will gain in-depth knowledge of cell culture techniques, genetic manipulation, and the application of animal models in biomedical studies. Module 1: Introduction to Cellular and Animal Models Basics of cell culture: techniques for cell maintenance and proliferation. Fundamental principles of ethics in animal model research. Advantages and limitations of cellular and animal models. Module 2: Cell Culture and Genetic Manipulation Advanced cell culture techniques: stable cell lines, primary cells. Principles of genetic manipulation in vitro: transfection, transduction, and CRISPR-Cas9. Discussion on how in vitro genetic manipulation influences result validity. Module 3: In Vitro Methods and More Animal Testing Alternatives 3D bioprinted and self-assembled iPSC derived human disease models Functional analysis of 3D. organoids and bioprinted constructs (MEA, calcium imaging, patch clamp). Module 4: Animal Models in Biomedical Research Choosing the appropriate animal model based on research questions. Ethical aspects of using animal models and compliance with regulations. Assessment of physiological parameters in animal models. Module 5: Designing Studies with Animal Models Experimental protocols and planning studies with animal models. Monitoring and data collection in animal models. Statistical analysis and interpretation of results. Module 6: Best Practices and Future Perspectives International guidelines for the use of cellular and animal models. Success stories and case studies in the use of models for biomedical research. Future perspectives: technological advancements and innovative approaches.
modalità di accertamento finale: Students should responds to a test on exam.net and/or e-learning
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Statistics for biologists - modulo I "Theory classes”
data presunta: secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Mario Fordellone qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è mutuato dai corsi organizzati dalla Scuola di Dottorato in Biologia e Medicina Molecolare.
L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica. Programma: - Introduction theory for point estimation, confidence interval, and hypothesis testing, Statistical significance, and p-value. - Tests on normal populations, the case of one sample, two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Normality hypothesis testing, tests on non-normal populations, the case of two independent samples, two paired samples, more than two samples, post-hoc tests. - Nonparametric statistics - Adjusting for multiple testing - Basic theory on survival analysis.
modalità di accertamento finale: da definire
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Statistics for biologists - Modulo II: “Practice sessions”
data presunta: secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Valerio Licursi qualifica: Studioso o esperto di enti di ricerca affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è mutuato dai corsi organizzati dalla Scuola di Dottorato in Biologia e Medicina Molecolare.
L'obiettivo è quello di fornire ai dottorandi le nozioni dei metodi statistici di base applicabili alla ricerca scientifica, consentendo con la parte pratica di familiarizzare con i principali pacchetti di software disponibili in rete. Programma: - Intro to R and RStudio - Basic R syntax and data structure: access to elements (vectors, lists, dataframes) - Data handling and visualisation - explore and manipulate data in R with tidyverse - use the R package ggplot2 to visualize data and create plots - Hands-on: statistical tests with R on real data
modalità di accertamento finale: Da definire
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Corso ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)
data presunta: da definire - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 8
docente del corso: Valerio Fulci qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è mutuato dai corsi organizzati dalla Scuola di Dottorato in Biologia e Medicina Molecolare.
La tecnica ATAC-seq è recentemente emersa come una potente applicazione NGS per analizzare l'accessibilità della cromatina a livello genomico. I dati ATAC-seq possono essere sfruttati per correlare i cambiamenti dell'espressione genica con l'accessibilità della cromatina negli stimolatori e nei siti di inizio della trascrizione per ottenere informazioni dettagliate sulle dinamiche della cromatina alla base dei cambiamenti nell'espressione genica in diverse condizioni sperimentali. Il corso si propone di diffondere le competenze bioinformatiche di base per l'analisi dei dati ATAC-seq allo stato dell'arte. Il docente sarà a disposizione per supportare ulteriormente gli studenti nell'analisi di qualsiasi dataset ATAC-seq rilevante per il loro progetto di dottorato
modalità di accertamento finale: da definire
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The New Version of The Human Genome: Concepts and Practical Applications
data presunta: da definire - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 6
docente del corso: Viviana Caputo qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è mutuato dai corsi organizzati dalla Scuola di Dottorato in Biologia e Medicina Molecolare.
Verranno presentate le tecniche di sequenziamento che hanno permesso di assemblare l’ultima versione del genoma umano, T2T-CHM13, e verranno inoltre mostrati alcuni esempi pratici di strutture geniche o regioni genomiche che sono state completate e risolte in questa ultima versione. I partecipanti acquisiranno conoscenze di base per il confronto di diverse versioni del genoma umano, mediante l’utilizzo del genome browser UCSC.
modalità di accertamento finale: da definire
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Metabolism and metabolites
data presunta: secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 14
docente del corso: Prof. Paone; Prof. Fontana, Prof. Mosca, Prof. Macone, Dr. Mattioli, Dott. Di Risola, Prof. Forte (Department of Biochemical Sciences); Prof. De Biase (Dept. of Scienze e Biotecnologie Medico-Chirurgiche) qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso è organizzato dal dottorato in SCIENZE DELLA VITA e BIOCHIMICA.
Course Objective: The course aims to provide an overview of different methods aimed at the study of cellular metabolism and of metabolomics. Students will gain in-depth knowledge of chromatography techniques (LC and GC) coupled to mass spectrometric detection, handling of omics data, and high resolution respirometric analyses. Module 1: Introduction to liquid chromatography in metabolomic analysis. Liquid chromatography/mass spectrometry: principles and applications. Oncometabolites. Omics data analysis. Module 2: Real time analysis of cellular metabolism through seahorse analysis. Introduction to Cellular Metabolism and the Seahorse Technology. Key functions of the Seahorse: measuring mitochondrial respiration and glycolysis in live cells Applications in biomedical, oncological, and pharmacological research. Interactive demonstration: using the Seahorse software and data interpretation. Presentation of Oroboros Instrument Integrated multiomic approach to study the effect of antibiotics on microbial metabolism. Module 3: Gas chromatography Introduction to Gas-chromatography Principles and applications of GC/MS Sample preparation in GC/MS Teaching Methodology: The course will include lectures, guided discussions, and project presentations. Students will be encouraged to actively participate, ask questions, and apply the knowledge gained in practical projects. Final Remarks: The course aims to provide students with a comprehensive understanding of methodologies and practices in using cellular and animal models, preparing them to conduct advanced research and contribute to scientific progress in the biomedical field.
modalità di accertamento finale: students should respond to a test on exam.net and/or e-learning.
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Seminari del Di di Venere
data presunta: secondo semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: Ex-cathedra - numero ore: 12
docente del corso: Docenti vari italiani e stranieri qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Questo ciclo di seminari viene organizzato congiuntamente tra il Corso di Dottorato in SCIENZE DELLA VITA e BIOCHIMICA. Ogni anno la scuola invita un numero di ricercatori italiani e stranieri da tenere su attività e tematiche affini agli interessi del corso. Questi seminari si svolgono solitamente nel periodo Marzo-Giugno ogni venerdì alle ore 12.00, in forma telematica o mista.
modalità di accertamento finale: nessuna
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