Offerta formativa anno accademico 2024/2025


Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del primo anno
Studio delle reti trofiche attraverso l’analisi degli isotopi stabili: una panoramica sulle metodologie analitiche / Studying trophic networks through stable isotope analysis: an overview of analytical methodologies
data presunta: II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 4
docente del corso: Giulio Careddu qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il seminario fornirà una base teorica sull’applicazione dell’analisi degli isotopi stabili in ecologia, con un focus particolare sulle principali tematiche di interesse per gli ecologi quali le interazioni preda-predatore, le interazioni competitive, l’origine e tracciamento dei flussi di materia organica negli ecosistemi e lungo le catene trofiche. Verranno approfonditi i seguenti argomenti: Teoria generale sugli isotopi stabili – Terminologia e notazione – Frazionamento isotopico – Gli isotopi utilizzati in ecologia (HCNOS) – Gli isotopi del carbonio per tracciare gli input di materia organica nelle catene trofiche – Gli isotopi dell’azoto per lo studio della posizione trofica degli organismi – Ricostruzione delle nicchie isotopiche e loro metriche – Ricostruzione delle diete e Mixing Models Bayesiani. The seminar will provide a theoretical basis for the application of stable isotope analysis in ecology, with a focus on the main topics of interest to ecologists such as prey-predator interactions, competitive interactions, and the origin and tracking of organic matter fluxes in ecosystems and along trophic chains. The following topics will be explored: General theory on stable isotopes - Terminology and notation - Isotopic fractionation - Isotopes used in ecology (HCNOS) - Carbon isotopes for tracking organic matter inputs in trophic chains - Nitrogen isotopes for studying the trophic position of organisms - Reconstruction of isotopic niches and their metrics - Reconstruction of diets and Bayesian Mixing Models.
modalità di accertamento finale: Non prevista
Applicazione pratica delle tecniche analitiche relative agli isotopi stabili / Practical application of stable isotope analytical techniques
data presunta: II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: laboratorio - numero ore: 2
docente del corso: Giulio Careddu qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Sulla base degli argomenti affrontati durante il seminario, durante le attività di laboratorio verrà approfondito l’utilizzo di specifici software di calcolo e verrà affrontato un caso di studio specifico all’uso degli isotopi stabili nello studio di reti trofiche in ambienti temperati e polari. Based on the topics covered during the theoretical seminar, the use of specific calculation software will be explored in depth during the laboratory activities, and a case study specific to the use of stable isotopes in the study of trophic networks in temperate and polar environments will be tackled.
modalità di accertamento finale: Non prevista
Comprendere le proprietà emergenti e i sistemi complessi nei cambiamenti ambientali attraverso la microbiologia. Understanding emergent properties and complex systems in environmental changes through microbiology.
data presunta: I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Giovanna Simonetti qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Durante il seminario verranno approfondite argomenti relativi alle caratteristiche strutturali e metaboliche di Batteri, Funghi, Protozoi, Virus e Batteriogafi, all’esplorazione delle interazioni microbiche in diversi ambienti e contesti ecologici e alle implicazioni dei virus nella biologia e nell'evoluzione delle comunità microbiche. / The seminar will explore topics related to the structural and metabolic characteristics of Bacteria, Fungi, Protozoa, Viruses and Bacteriophages, the exploration of microbial interactions in different environments and ecological contexts, and the implications of viruses in the biology and evolution of microbial communities.
modalità di accertamento finale: Non prevista
Lo studio del microbiota e del microbioma in relazione ai cambiamenti globali. / The study of the microbiota and microbiome in relation to global changes.
data presunta: II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Giovanna Simonetti qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Definizione chiara di microbiota e microbioma, esplorando le differenze e le relazioni tra i due concetti; analisi degli impatti dei cambiamenti ambientali sulla diversità e sulla dinamica del microbiota; analisi delle possibili applicazioni nella gestione sostenibile dell'ambiente e nella mitigazione degli effetti dei cambiamenti globali. / The clear definition of microbiota and microbiome by exploring the differences and the relationships between the two concepts; analysis of the impacts of environmental change on microbiota diversity and dynamics; analysis of possible applications in sustainable environmental management and mitigation of the effects of global change.
modalità di accertamento finale: Non Prevista
Biodiversità ed Ecologia delle Comunità / Biodiversity for community ecology.
data presunta: II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 6
docente del corso: Carlo Ricotta qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso presenterà i principali indici di diversità biologica, il loro significato ecologico e le loro proprietà statistiche. Verranno inoltre presentati alcuni esempi di applicazioni all'ecologia comunitaria. / The course will present the main biological diversity indices, their ecological meaning and their statistical properties. Some examples of applications to community ecology will also be presented.
modalità di accertamento finale: Non prevista.
Genetica Chimica: una strategia alternativa per lo studio di sistemi biologici complessi attraverso l'utilizzo di piccole molecole / Chemical Genetics: an alternative strategy for the study of complex biological systems through the use of small molecules
data presunta: I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Paola Vittorioso qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Nel seminario si affronterà il concetto di chemical genetics, sia forward che reverse, per passare a casi studio: nella biomedicina, nell’epigenetica, nelle piante. / In the seminar we will address the concept of chemical genetics, both forward and reverse, to move on to case studies: in biomedicine, in epigenetics, in plants.
modalità di accertamento finale: Non prevista
In che modo l'utilizzo di piccole molecole potrebbe essere utile nel tuo progetto di dottorato? / How the use of small molecules could be useful in your PhD project?
data presunta: I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: workshop progettuale - numero ore: 2
docente del corso: Paola Vittorioso qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Sulla base degli argomenti trattati nel corso del seminario di Genetica Chimica durante questo un workshop progettuale, i dottorandi svilupperanno un’applicazione di chemical genetics per il loro progetto che dovranno poi presentare e discutere / Based on the topics covered during the Chemical Genetics seminar during this project workshop, the PhD students will develop a chemical genetics application for their project which they will then have to present and discuss
modalità di accertamento finale: Non prevista
Applicazioni della Matematica a Sistemi Biologici / Applications of Mathematics to Biological Systems
data presunta: II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 6
docente del corso: Babak Momeni qualifica: Professore affiliazione: Estera
programma delle attività: Introduzione alla matematica applicata in Biologia; definizione di matematica applicata e il suo ruolo nei sistemi biologici; concetti matematici di base utilizzati nella biologia; esempi di problemi biologici risolti attraverso approcci matematici; analisi di modelli matematici comunemente utilizzati in biologia; simulazioni e predizioni basate su modelli matematici; esplorazione di sistemi biologici complessi attraverso approcci matematici avanzati; applicazioni pratiche in biologia molecolare, ecologia, e biotecnologie. / Introduction to applied mathematics in biology; definition of applied mathematics and its role in biological systems; basic mathematical concepts used in biology; examples of biological problems solved through mathematical approaches; analysis of mathematical models commonly used in biology; simulations and predictions based on mathematical models; exploration of complex biological systems through advanced mathematical approaches; practical applications in molecular biology, ecology, and biotechnology.
modalità di accertamento finale: Non prevista

Eventuali maggiori informazioni piano form. 1°a Il piano formativo del 1° anno del Dottorato in Biologia dei Sistemi Ecologici, così come degli anni successivi ha l’obiettivo di creare le condizioni adeguate affinché i dottorandi possano di ampliare le proprie prospettive e allo stesso tempo rimanere aggiornati sulle ultime scoperte e tendenze nel loro campo di studio e non solo. L’impegno didattico dei dottorandi viene organizzato in termini quantitativi e qualitativi in maniera da favorire la crescita scientifica senza limitarne l’attività di ricerca.
Per il 1° anno di corso il piano formativo prevede la partecipazione a corsi di carattere istituzionale avanzato, attività di tipo seminariale o di laboratorio, attività di campo connesse con la ricerca proposti dal Collegio dicenti. In aggiunta, i dottorandi possono partecipare ad attività formative e di ricerca autonomamente scelte che devono, tuttavia, essere approvate dal Collegio dei Docenti. Per attività formative autonomamente scelte dal dottorando e approvate dal Collegio Docenti si intendono sia attività organizzate dall'Ateneo, come corsi sulle competenze trasversali (opportunità di finanziamento alla ricerca e alla mobilità internazionale, eventi di disseminazione, attività di valutazione dei risultati della ricerca e altro), sia organizzate da società scientifiche (come Workshop, Summer/Winter school e giornate di studio), sia partecipazione a convegni e congressi autonomamente scelti dai dottorandi, sia attività nell'ambito degli European training networks.
All’inizio di ogni anno accademico viene stabilito un calendario delle attività formative con le date e i titoli dei seminari tenuti sia dai docenti italiani e stranieri appartenenti al Collegio dei Docenti sia da studiosi ed esperti italiani e stranieri di elevato profilo provenienti dal mondo accademico, degli Enti di Ricerca, dalle Istituzioni culturali e sociali. Gli argomenti trattatati nelle diverse attività possono sia essere direttamente riconducibili al progetto formativo del Corso di Dottorato che al perfezionamento informatico, alla disseminazione e comunicazione, alla proprietà intellettuale e open access, al trasferimento tecnologico e imprenditoria.
Il percorso formativo si completa con la partecipazione a convegni e congressi, così come con le attività di ricerca che ogni dottorando svolge all'interno di singoli laboratori afferenti ai docenti tutor deputati a seguire il percorso di formazione scientifica del dottorando.
Ogni dottorando durante il 1° anno dovrà conseguire un numero complessivo di ore di attività formativa pari a 50 di cui almeno 20 ore da conseguire nell’ambito della didattica programmata. I dottorandi del 1° anno dovranno seguire inoltre il corso e-learning di base per la sicurezza e la salute dei lavoratori "Corso di Formazione Generale Lavoratori".
Modalità di scelta dell'argomento della tesi: La tesi di dottorato viene scelta sulla base del progetto del candidato in combinazione con le disponibilità offerte dai docenti sia del Collegio sia esterni. In particolare, ogni progetto di dottorato sarà seguito da almeno tre tutors facenti parte del collegio (di cui almeno uno “trasversale” ovvero afferente a discipline come la matematica dei modelli, la fisica computazionale, la statistica ambientale o la bioinformatica) in modo da assicurare la multidisciplinarietà insita nell’approccio sistemico del corso di dottorato in Biologia dei Sistemi Ecologici. La tesi deve essere approvata dai docenti-guida e discussa di fronte al Collegio Docenti. La tesi dovrà consistere in un elaborato di contenuto originale e di adeguata composizione, che includa una o più introduzioni (sul tema della tesi, sul progetto e sul quadro internazionale degli studi), i materiali e i metodi utilizzati, i risultati sperimentali, la discussione degli stessi e delle problematiche scientifiche.
Il Collegio Docenti, tenuto conto delle indicazioni dei docenti-guida, può autorizzare la redazione di una tesi di dottorato che segua uno dei due modelli di seguito illustrati:
1. “TESI classica”: sarà organizzata in Introduzione, Materiali e Metodi, Risultati, Discussione, Conclusioni e Bibliografia, con illustrazioni, tabelle e didascalie, eventuali tavole iconografiche, e tutti i materiali allegati (base dei dati del progetto, materiale cartografico, materiali aggiuntivi e correlati, ecc.). Dovrà inoltre consentire di individuare il contributo diretto alla ricerca da parte del dottorando, così come il grado di originalità e di innovazione dei risultati raggiunti. Gli eventuali lavori scientifici del Dottorando, coerenti con il Progetto di ricerca, pubblicati e/o in stampa e/o inviati a riviste scientifiche, dovranno essere riportati.
2. “TESI composita”: dovrà raccogliere in maniera organica i contenuti delle pubblicazioni scientifiche su riviste ISI del dottorando (già pubblicate o approvate per la stampa), che siano strettamente inerenti la linea del progetto inizialmente presentato e vengano opportunamente collegate da specifici capitoli e/o paragrafi di raccordo. In questo caso, l'elaborato dovrà prevedere la stesura di un'ampia introduzione sintetica, di una discussione generale e di conclusioni finali complessive, coerenti con il progetto proposto. Dovrà inoltre emergere il contributo svolto dal dottorando, a maggior ragione nel caso in cui le pubblicazioni siano a più nomi.
La lingua prevista per la redazione della tesi di dottorato è l'italiano, ma il Collegio Docenti incoraggia i dottorandi a redigere la propria tesi in lingua inglese, in particolare per le tesi strutturate in più lavori (tesi composita). In ogni caso, il dottorando deve assicurarsi di poter garantire la qualità linguistica dell'elaborato. In entrambe le modalità previste (“tesi classica” o “tesi composita”), laddove la lingua utilizzata sia l’italiano, è richiesta la stesura di un “extended abstract” in inglese (orientativamente una decina di pagine) della tesi.
Modalità delle verifiche per l'ammissione all'anno successivo Al termine del primo anno ciascun dottorando/a dovrà tenere un seminario in seduta pubblica e dinnanzi al Collegio Docenti per presentare la propria attività scientifica e formativa svolta nel corso del primo anno illustrando in particolare il materiale raccolto, i protocolli sperimentali messi a punto, i risultati preliminari delle analisi di laboratorio o di campo, le missioni di ricerca svolte, le prospettive di lavoro per gli anni successivi, problemi eventualmente incontrati; la partecipazione a convegni, congressi, corsi e seminari seguiti ed le eventuali pubblicazioni. Dieci giorni prima del seminario ciascun dottorando dovrà inviare al Collegio Docenti un abstract dell'attività scientifica svolta. Al termine di ogni presentazione i membri del Collegio apriranno una discussione con il dottorando, ponendo domande, richieste di chiarimento e offrendo suggerimenti sulle ulteriori fasi del progetto. Al termine, il Collegio esprimerà un giudizio sulle attività di ricerca e formative svolte e si esprimerà sull'ammissione o meno all'anno successivo.
Qualsiasi eventuale richiesta di sospensione del corso di dottorato, massimo 1 anno, dovrà essere adeguatamente motivata e sottoposta al Collegio Docenti per l'autorizzazione.
Momenti di presentazione, di scambio e di discussione dei risultati di ricerca da parte dei dottorandi Il corso di dottorato in Biologia dei Sistemi Ecologici intende facilitare il più possibile i momenti di presentazione, scambio e discussione dei risultati di ricerca tra i dottorandi con l’obiettivo principale di creare un ambiente accogliente in cui i dottorandi possano condividere apertamente i loro risultati, ricevere feedback costruttivi e costruire una comunità di ricerca collaborativa.
Nel corso di ciascun anno accademico, si organizzeranno seminari periodici duranti i quali i dottorandi presenteranno gli avanzamenti della loro ricerca, sessioni tematiche di approfondimento con lettura e discussione di articoli scientifici che saranno organizzate in base agli argomenti di ricerca dei dottorandi per facilitare la discussione e l'interazione tra coloro che lavorano su tematiche simili, conferenze interne rivolte agli studenti dei corsi di Laurea Magistrale durante le quali i dottorandi spiegheranno la loro ricerca e mostreranno i risultati parziali, incontri informali, come caffè scientifici o aperitivi, per incoraggiare la socializzazione e la discussione più friendly.
Attività formative, non incluse nella didattica programmata di cui ai punti precedenti, di docenti con affiliazione estera e/o di studiosi ed esperti sia italiani che stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende e da istituzioni culturali e sociali Le attività formative non incluse nella didattica programmata saranno definite all'inizio di ogni anno accademico e coinvolgeranno docenti italiani e stranieri, su temi proposti dai docenti del Collegio riconducibili al progetto formativo ma anche al perfezionamento informatico, alla disseminazione e comunicazione, alla proprietà intellettuale e open access, al trasferimento tecnologico e imprenditoria.

Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del secondo anno
Impatto antropico, azioni e reazioni degli ecosistemi all'arrivo dell'uomo. / Anthropogenic impact, actions, and reactions of ecosystems to human arrival.
data presunta: I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 4
docente del corso: Alessia Masi qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: A partire dalla nascita dell'agricoltura le attività umane hanno trasformato l'ambiente variando il rapporto tra alberi e erbe e selezionando alcune specie rispetto ad altre. Ad oggi, salvo rarissime eccezioni, la vegetazione dell'intero globo è la risultante dell'interazione tra uomo e ambiente. Il corso intende raccontare tali cambiamenti mettendone in luce i meccanismi e le conseguenze a diverse scale temporali. / Since the birth of agriculture, human activities have transformed the environment by varying the relationship between trees and grasses and selecting some species over others. Today, with very few exceptions, the vegetation of the entire globe is the result of the interaction between humans and the environment. The course aims to recount these changes by highlighting their mechanisms and consequences at different time scales.
modalità di accertamento finale: Non prevista
Biosensori vegetali: come studiare le molecole vegetali in vivo / Plant biosensors: how to study plant molecules in vivo
data presunta: I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 2
docente del corso: Paola Vittorioso qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Nel seminario si introdurrà il principio su cui si basano i biosensori, le proteine fluorescenti utilizzate, per poi passare alle loro applicazioni, presentando diversi biosensori già in uso, sia in Arabidopsis che in altre specie (Cardamine hirsuta). / The seminar will introduce the principle on which the biosensors are based, and the fluorescent proteins used, and then move on to their applications, presenting various biosensors already in use, both in Arabidopsis and in other species (Cardamine hirsuta).
modalità di accertamento finale: Non prevista
Cosa possiamo imparare dalla simulazione di strutture biologiche con la meccanica quantistica? / Simulation of Biological Structures with Quantum Mechanics: what can we learn?
data presunta: II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 6
docente del corso: Luigi Genovese qualifica: Ricercatore affiliazione: Estera
programma delle attività: Durante il seminario verranno affrontati i seguenti argomenti: stato dell'arte dei codici di simulazione di meccanica quantistica, utilizzo dei calcolatori per simulare la struttura elettronica, esempio di calcolo di sistemi biologici, Panorama e prospettive future. During the seminar the following topics will be addressed: state of the art of quantum mechanics simulation codes, the use of computers to simulate electronic structure, an example of calculation of biological systems, panorama, and future prospects.
modalità di accertamento finale: Non prevista
Systems Micro-Biology: stato dell’arte e prospettive dello studio delle comunità microbiche in campo agrario, ambientale ed alimentare / Systems Micro-Biology: state of the art and prospects for the study of microbial communities in the agricultural, environmental, and food fields
data presunta: II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 4
docente del corso: Carlo Giuseppe Rizzello qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Definizione e descrizione di comunità microbiche naturali e della loro evoluzione (e.g. microbiota del suolo, dell’intestino, dinamiche delle fermentazioni spontanee); approcci metodologici allo studio delle comunità microbiche e della loro funzionalità; applicazioni della Systems Microbiology in campo agrario, ambientale e alimentare. / Definition and description of natural microbial communities and their evolution (e.g. microbiota of the soil, intestine, dynamics of spontaneous fermentations); methodological approaches to the study of microbial communities and their functionality; applications of Systems Microbiology in the agricultural, environmental and food fields.
modalità di accertamento finale: Non prevista
L' applicazione della tecnologia Terahertz ai sistemi biologici /Terahertz technology and its applications to biological systems
data presunta: I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 4
docente del corso: Massimo Petrarca qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Principi di base della tecnologia Terahertz e differenze con altre tecnologie di imaging e sensing; vantaggi nell'applicazione a sistemi biologici; interazioni Terahertz con la materia biologica; esempi di applicazione della tecnologia Terahertz a sistemi biologici; effetti sulla struttura molecolare e cellulare / Basic principles of Terahertz technology and differences with other imaging and sensing technologies; advantages in application to biological systems; Terahertz interactions with biological matter; examples of application of Terahertz technology to biological systems; effects on molecular and cellular structure.
modalità di accertamento finale: Non prevista

Eventuali maggiori informazioni piano form. 2° Il piano formativo del 2° anno del Dottorato in Biologia dei Sistemi Ecologici, così come quello dell'anno successivo ha l’obiettivo di creare le condizioni adeguate affinché i dottorandi possano di ampliare le proprie prospettive e allo stesso tempo rimanere aggiornati sulle ultime scoperte e tendenze nel loro campo di studio e non solo. L’impegno didattico dei dottorandi viene organizzato in termini quantitativi e qualitativi in maniera da favorire la crescita scientifica senza limitarne l’attività di ricerca.
Per il 2° anno di corso il piano formativo prevede la partecipazione a corsi di carattere istituzionale avanzato, attività di tipo seminariale o di laboratorio, attività di campo connesse con la ricerca proposti dal Collegio dicenti. In aggiunta, i dottorandi possono partecipare ad attività formative e di ricerca autonomamente scelte che devono, tuttavia, essere approvate dal Collegio dei Docenti. Per attività formative autonomamente scelte dal dottorando e approvate dal Collegio Docenti si intendono sia attività organizzate dall'Ateneo, come corsi sulle competenze trasversali (opportunità di finanziamento alla ricerca e alla mobilità internazionale, eventi di disseminazione, attività di valutazione dei risultati della ricerca e altro), sia organizzate da società scientifiche (come Workshop, Summer/Winter school e giornate di studio), sia partecipazione a convegni e congressi autonomamente scelti dai dottorandi, sia attività nell'ambito degli European training networks.
All’inizio di ogni anno accademico viene stabilito un calendario delle attività formative con le date e i titoli dei seminari tenuti sia dai docenti italiani e stranieri appartenenti al Collegio dei Docenti sia da studiosi ed esperti italiani e stranieri di elevato profilo provenienti dal mondo accademico, degli Enti di Ricerca, dalle Istituzioni culturali e sociali. Gli argomenti trattatati nelle diverse attività possono sia essere direttamente riconducibili al progetto formativo del Corso di Dottorato che al perfezionamento informatico, alla disseminazione e comunicazione, alla proprietà intellettuale e open access, al trasferimento tecnologico e imprenditoria.
Il percorso formativo si completa con la partecipazione a convegni e congressi, così come con le attività di ricerca che ogni dottorando svolge all'interno di singoli laboratori afferenti ai docenti tutor deputati a seguire il percorso di formazione scientifica del dottorando.
Ogni dottorando durante il 2° anno dovrà conseguire un numero complessivo di ore di attività formativa pari a 50 di cui almeno 20 ore da conseguire nell’ambito della didattica programmata.
Modalità delle verifiche per l'ammissione all'anno successivo Al termine del secondo anno ciascun/a dottorando/a dovrà tenere un seminario in seduta pubblica e dinnanzi al Collegio Docenti per presentare la propria attività scientifica e formativa svolta nel corso del primo anno illustrando in particolare il materiale raccolto, i protocolli sperimentali messi a punto, i risultati preliminari delle analisi di laboratorio o di campo, le missioni di ricerca svolte, le prospettive di lavoro per gli anni successivi, problemi eventualmente incontrati; la partecipazione a convegni, congressi, corsi e seminari seguiti ed eventuali le eventuali pubblicazioni. Dieci giorni prima del seminario ciascun/a dottorando/a dovrà inviare al Collegio Docenti un abstract dell'attività scientifica svolta. Al termine di ogni presentazione i membri del Collegio apriranno una discussione con il dottorando, ponendo domande, richieste di chiarimento e offrendo suggerimenti sulle ulteriori fasi del progetto. Al termine, il Collegio esprimerà un giudizio sulle attività di ricerca e formative svolte e si esprimerà sull'ammissione o meno all'anno successivo.
Qualsiasi eventuale richiesta di sospensione del corso di dottorato, massimo 1 anno, dovrà essere adeguatamente motivata e sottoposta al Collegio Docenti per l'autorizzazione.
Momenti di presentazione, di scambio e di discussione dei risultati di ricerca da parte dei dottorandi Il corso di dottorato in Biologia dei Sistemi Ecologici intende facilitare il più possibile i momenti di presentazione, scambio e discussione dei risultati di ricerca tra i dottorandi con l’obiettivo principale di creare un ambiente accogliente in cui i dottorandi possano condividere apertamente i loro risultati, ricevere feedback costruttivi e costruire una comunità di ricerca collaborativa.
Nel corso di ciascun anno accademico, si organizzeranno seminari periodici duranti i quali i dottorandi presenteranno gli avanzamenti della loro ricerca, sessioni tematiche di approfondimento con lettura e discussione di articoli scientifici che saranno organizzate in base agli argomenti di ricerca dei dottorandi per facilitare la discussione e l'interazione tra coloro che lavorano su tematiche simili, conferenze interne rivolte agli studenti dei corsi di Laurea Magistrale durante le quali i dottorandi spiegheranno la loro ricerca e mostreranno i risultati parziali, incontri informali, come caffè scientifici o aperitivi, per incoraggiare la socializzazione e la discussione più friendly.
Attività formative, non incluse nella didattica programmata di cui ai punti precedenti, di docenti con affiliazione estera e/o di studiosi ed esperti sia italiani che stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende e da istituzioni culturali e sociali Le attività formative non incluse nella didattica programmata saranno definite all'inizio di ogni anno accademico e coinvolgeranno docenti italiani e stranieri, su temi proposti dai docenti del Collegio riconducibili al progetto formativo ma anche al perfezionamento informatico, alla disseminazione e comunicazione, alla proprietà intellettuale e open access, al trasferimento tecnologico e imprenditoria.

Elenco delle attività formative previste per i dottorandi del terzo anno
Dinamica di diffusione dei batteri fitopatogeni nel mercato degli scambi intercontinentali a fronte del cambiamento climatico / Diffusion dynamics of phytopathogenic bacteria in the intercontinental trade market in the face of climate change
data presunta: II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 4
docente del corso: Valeria Scala qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: I patogeni delle piante da quando è iniziata l’agricoltura hanno causano perdite della produzione in termini di quantità e/o qualità. Ad oggi il commercio globale e il cambiamento climatico ci pongono difronte a nuove sfide per fronteggiare la diffusione e l’adattamento dei patogeni alle piante. Il commercio globale ha permesso il rapido spostamento dei microrganismi da un areale ad un altro del globo e il cambiamento climatico ha influito sulla capacità dei microrganismi di adattarsi in zone climatiche del globo che prima erano inaccessibili per molti patogeni. La conoscenza della biologia dei patogeni, delle possibili piante ospiti, lo sviluppo di nuove tecnologie diagnostiche e l’utilizzo dei modelli matematici per prevedere il rischio e l’incertezza di diffusione delle malattie delle piante sono esempi di come un approccio multidisciplinare possa essere utile per la salvaguardia dell’ambiente e degli agro-ecosistemi con l’obiettivo di one-health piante-ambiente-animali-uomo. / Since agriculture began, plant pathogens have caused production losses in terms of quantity and/or quality. Today, global trade and climate change present us with new challenges to deal with the spread and adaptation of pathogens to plants. Global trade has allowed the rapid movement of microorganisms from one area of the globe to another, and climate change has affected the ability of microorganisms to adapt to climatic zones of the globe that were previously inaccessible to many pathogens. Knowledge of the biology of pathogens, possible host plants, the development of new diagnostic technologies, and the use of mathematical models to predict the risk and uncertainty of the spread of plant diseases are examples of how a multidisciplinary approach can be useful for the protection of the environment and agro-ecosystems with the aim of one-health plants-environment-animals-man.
modalità di accertamento finale: Non prevista.
La metabolomica per lo studio delle piante: casi studio, metodologie analitiche e modelli di analisi statistica multivariata / Metabolomics for the study of plants: case studies, analytical methodologies and multivariate statistical analysis models
data presunta: I semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 4
docente del corso: Elisa Brasile qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso si propone di illustrare l'approccio metabolomico applicato a casi studio come strategia per comprendere la complessità dei processi biochimici delle piante, la variabilità della risposta genotipica ed il ruolo esercitato dall'ambiente sulla plasticità del metaboloma vegetale. / The course aims to illustrate the metabolomics approach applied to case studies as a strategy for understanding the complexity of plant biochemical processes, the variability of genotypic response and the role exerted by the environment on the plasticity of the plant metabolome.
modalità di accertamento finale: Non prevista
Analisi di DNaseq e RNaseq / DNaseq and RNseq Analysis
data presunta: II - tipologia: perfezionamento informatico - modalità di erogazione: workshop progettuale - numero ore: 8
docente del corso: Luigi Faino qualifica: Professore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il programma prevede la selezione di un caso studio applicabile a diversi ambiti e quindi poi lo svolgimento del progetto. Il fine del corso è quello di familiarizzare con dati omici di sequenziamento. Gli obbiettivi specifici sono quelli di far comprendere nozioni di assemblaggio di genomi, annotazione di geni e quindi poi, una analisi di transcrittomica differenziale. Gli studenti saranno chiamati a familiarizzare con Linux e R al fine di raggiungere lo scopo del corso. Il Corso sarà progettato in modo specifico per studenti che seguono un dottorato in Eco - System Biology. / The program involves the selection of a case study applicable to different areas and then the development of the project. The course aims to familiarise with omics data of sequencing. The specific aims are to familiarise students with notions of genome assembly, gene annotation, and then, an analysis of transcriptomic differential. Students will be required to familiarise themselves with Linux and R to achieve the aim of the course. The course will be designed specifically for students who are pursuing a PhD in Eco-System biology.
modalità di accertamento finale: Non prevista
Il remote sensing per il monitoraggio e la modellistica delle dinamiche vegetazionali / Remote sensing for monitoring and modelling vegetation dynamics
data presunta: II semestre - tipologia: riconducibile al progetto formativo - modalità di erogazione: seminariale - numero ore: 4
docente del corso: Sofia Bajocco qualifica: Ricercatore affiliazione: Italiana
programma delle attività: Il corso offre una panoramica completa sull'applicazione del remote sensing per studiare e comprendere le dinamiche vegetazionali. Nello specifico, tratterà i principi fondamentali del remote sensing, le diverse piattaforme satellitari utilizzate per la raccolta di dati, e come interpretare e analizzare tali informazioni per monitorare e modellare i processi ecosistemici. Inoltre, particolare attenzione sarà dedicata al concetto di fenologia della vegetazione, esplorando come il remote sensing possa essere impiegato per monitorare le variazioni cicliche nelle fasi di crescita della vegetazione e nella correlazione di tali informazioni con fattori ambientali, climatici e antropici. La fenologia della vegetazione emerge come elemento chiave per comprendere le risposte degli ecosistemi ai cambiamenti climatici, e il corso illustra come il remote sensing possa contribuire significativamente. / This course offers a comprehensive overview of the application of remote sensing to study and understand vegetation dynamics. Specifically, it will cover the basic principles of remote sensing, the different satellite platforms used for data collection, and how to interpret and analyse this information to monitor and model ecosystem processes. In addition, special attention will be paid to the concept of vegetation phenology, exploring how remote sensing can be used to monitor cyclical variations in vegetation growth phases and the correlation of this information with environmental, climatic, and anthropogenic factors. Vegetation phenology emerges as a key element in understanding ecosystem responses to climate change, and the course illustrates how remote sensing can contribute significantly.
modalità di accertamento finale: Non prevista

Eventuali maggiori informazioni piano form. 3° Il piano formativo del 3° anno del Dottorato in Biologia dei Sistemi Ecologici ha l’obiettivo di creare le condizioni adeguate affinché i dottorandi possano di ampliare le proprie prospettive e allo stesso tempo rimanere aggiornati sulle ultime scoperte e tendenze nel loro campo di studio e non solo. L’impegno didattico dei dottorandi viene organizzato in termini quantitativi e qualitativi in maniera da favorire la crescita scientifica senza limitarne l’attività di ricerca.
Per il 3° anno di corso il piano formativo prevede la partecipazione a corsi di carattere istituzionale avanzato, attività di tipo seminariale o di laboratorio, attività di campo connesse con la ricerca proposti dal Collegio dicenti. In aggiunta, i dottorandi possono partecipare ad attività formative e di ricerca autonomamente scelte che devono, tuttavia, essere approvate dal Collegio dei Docenti. Per attività formative autonomamente scelte dal dottorando e approvate dal Collegio Docenti si intendono sia attività organizzate dall'Ateneo, come corsi sulle competenze trasversali (opportunità di finanziamento alla ricerca e alla mobilità internazionale, eventi di disseminazione, attività di valutazione dei risultati della ricerca e altro), sia organizzate da società scientifiche (come Workshop, Summer/Winter school e giornate di studio), sia partecipazione a convegni e congressi autonomamente scelti dai dottorandi, sia attività nell'ambito degli European training networks.
All’inizio di ogni anno accademico viene stabilito un calendario delle attività formative con le date e i titoli dei seminari tenuti sia dai docenti italiani e stranieri appartenenti al Collegio dei Docenti sia da studiosi ed esperti italiani e stranieri di elevato profilo provenienti dal mondo accademico, degli Enti di Ricerca, dalle Istituzioni culturali e sociali. Gli argomenti trattatati nelle diverse attività possono sia essere direttamente riconducibili al progetto formativo del Corso di Dottorato che al perfezionamento informatico, alla disseminazione e comunicazione, alla proprietà intellettuale e open access, al trasferimento tecnologico e imprenditoria.
Il percorso formativo si completa con la partecipazione a convegni e congressi, così come con le attività di ricerca che ogni dottorando svolge all'interno di singoli laboratori afferenti ai docenti tutor deputati a seguire il percorso di formazione scientifica del dottorando.
Ogni dottorando durante il 3° anno dovrà conseguire un numero complessivo di ore di attività formativa pari a 50 di cui almeno 20 ore da conseguire nell’ambito della didattica programmata.
Modalità di ammissione all'esame finale La tesi, unitamente alla relazione sulle attività svolte durante il Corso di Dottorato e sulle eventuali pubblicazioni, è valutata da almeno due valutatori, di elevata qualificazione, di cui almeno un professore universitario, nominati dal Collegio dei docenti, anche appartenenti a istituzioni estere, esterni ai soggetti che hanno concorso al rilascio del titolo di Dottorato. Almeno un mese prima dell'invio della tesi ai valutatori esterni, ogni dottorando dovrà presentare al Collegio Docenti i risultati finali e le conclusioni del progetto di dottorato, che saranno sottoposti a valutazione ed eventuale nulla osta all’invio. I valutatori esterni, ricevuta la tesi, esprimeranno un giudizio analitico scritto sulla stessa e ne proporranno l'ammissione alla discussione pubblica, con o senza richieste di modifiche e/o integrazioni (i.e., minor revision), ovvero suggeriranno il rinvio per un periodo non superiore a sei mesi, laddove venissero ritenute necessarie significative integrazioni o correzioni (i.e., major revision).Ricevute quindi le valutazioni dei revisori esterni, in caso di minor revision, la tesi viene ascoltata in forma definitiva dal Collegio Docenti, ma sarà in ogni caso ammessa alla discussione pubblica corredata dal parere scritto (se positivo) dei valutatori. In questa nuova occasione collegiale, il dottorando presenterà, in forma multimediale e in seduta pubblica, una sintesi della tesi e delle integrazioni intervenute a seguito del parere dei valutatori esterni; tale presentazione sarà preceduta da una relazione del/dei docenti-guida, dove verranno riportata una sintesi delle valutazioni fatte dai revisori e delle eventuali richieste di modifica/integrazione. Al termine di ogni presentazione, i docenti del Collegio apriranno una discussione con il dottorando, ponendo domande, richieste di chiarimento e suggerendo eventuali ulteriori correzioni finali. Secondo il Regolamento in Materia di Dottorato Sapienza Università di Roma D.R. n. 1248/23, il Collegio esprimerà un giudizio sulle attività di ricerca e formative svolte e si esprimerà sull'ammissione all'esame finale.
L’ammissione all’ esame finale, corredata dalla presentazione del Collegio sarà comunicata al Settore Dottorato, unitamente alla segnalazione del settore disciplinare per il quale il dottorando ha optato.
Modalità di svolgimento dell'esame finale L'esame finale si svolgerà in seduta pubblica, di fronte ad una Commissione esaminatrice Nazionale o Internazionale proposta dal Collegio dei Docenti, approvata dal Consiglio di Dipartimento di Biologia Ambientale e nominata con decreto rettorale e la cui composizione è definita dall’art. 20 del Regolamento in Materia di Dottorato, Sapienza Università di Roma D.R. n. 1248/23.
Al termine della discussione, la tesi, con motivato giudizio scritto collegiale, è approvata o respinta. La Commissione esaminatrice, con voto unanime, ha facoltà di attribuire la lode in presenza di risultati di particolare rilievo scientifico.
Momenti di presentazione, di scambio e di discussione dei risultati di ricerca da parte dei dottorandi Il corso di dottorato in Biologia dei Sistemi Ecologici intende facilitare il più possibile i momenti di presentazione, scambio e discussione dei risultati di ricerca tra i dottorandi con l’obiettivo principale di creare un ambiente accogliente in cui i dottorandi possano condividere apertamente i loro risultati, ricevere feedback costruttivi e costruire una comunità di ricerca collaborativa.
Nel corso di ciascun anno accademico, si organizzeranno seminari periodici duranti i quali i dottorandi presenteranno gli avanzamenti della loro ricerca, sessioni tematiche di approfondimento con lettura e discussione di articoli scientifici che saranno organizzate in base agli argomenti di ricerca dei dottorandi per facilitare la discussione e l'interazione tra coloro che lavorano su tematiche simili, conferenze interne rivolte agli studenti dei corsi di Laurea Magistrale durante le quali i dottorandi spiegheranno la loro ricerca e mostreranno i risultati parziali, incontri informali, come caffè scientifici o aperitivi, per incoraggiare la socializzazione e la discussione più friendly.
Attività formative, non incluse nella didattica programmata di cui ai punti precedenti, di docenti con affiliazione estera e/o di studiosi ed esperti sia italiani che stranieri provenienti da enti di ricerca, aziende e da istituzioni culturali e sociali Le attività formative non incluse nella didattica programmata saranno definite all'inizio di ogni anno accademico e coinvolgeranno docenti italiani e stranieri, su temi proposti dai docenti del Collegio riconducibili al progetto formativo ma anche al perfezionamento informatico, alla disseminazione e comunicazione, alla proprietà intellettuale e open access, al trasferimento tecnologico e imprenditoria.

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