Jean-Luc Fournet è un papirologo, specialista del periodo protobizantino (IV-VII secolo). Dopo gli studi alla Scuola Normale di Saint-Cloud e all' Università Paris X-Nanterre, è stato nominato membro scientifico dell'Istituto Francese di Archeologia Orientale (IFAO) del Cairo (1992-1996), dove ha acquisito familiarità con l'Egitto, i suoi siti e le sue collezioni papirologiche e ha partecipato a diverse missioni archeologiche (Tebtynis e il deserto orientale). Qui ha completato la sua tesi L'ellenismo nell'Egitto del VI e secolo. La biblioteca e l'opera di Dioscore di Afrodite, che sarà pubblicata poco dopo dall'IFAO e premiata con diversi riconoscimenti. Successivamente è entrato a far parte del CNRS come ricercatore, affiliato all'UMR 7044 (Strasburgo). Il suo lavoro gli è valso la medaglia di bronzo del CNRS nel 1999.
Nel 2004 è stato eletto direttore di studi all'EPHE (Sezione di scienze storiche e filologiche) in papirologia greca, prima di essere eletto professore al Collège de France sulla cattedra di Cultura scritta della tarda antichità e papirologia bizantina nel 2015.
È membro del gruppo di ricerca “Monde byzantin” dell'UMR 8167 “Orient et Méditerranée”. Dal 2017 è anche direttore di studi presso l'EPHE.
In qualità di editore di papiri, ha sviluppato un approccio olistico alla documentazione, concentrandosi sulle interazioni tra testi letterari e documentari. Più in generale, si occupa della cultura della tarda antichità, in particolare del multilinguismo e delle modalità della cultura scritta.