Curriculum Vitae – Elisa Caffarelli
Dati personali
Data e luogo di nascita: 08/08/1958 - Roma
Stato civile: coniugata; due figli
Indirizzo di posta elettronica: elisa.caffarelli@uniroma1.it
Email PEC: elisa.caffarelli@pec.it
Tel. cellulare: 3387437623
Studi compiuti e carriera scientifica
2001 ad oggi: Primo ricercatore del CNR, presso l’Istituto di Biologia e Patologia Molecolari (IBPM) - Roma
1988-2001: Ricercatore del CNR, presso il Centro di Studio per gli Acidi Nucleici - Roma
1989-1990: Ricercatore Associato presso la Yale University – School of Medicine (USA)
1984-1988: Ricercatore a contratto del CNR, presso il Centro di Studio per gli Acidi Nucleici -Roma
Nov.1986 : Visiting scientist presso l’Università di Heidelberg, Germania (lab. Prof. Keller)
1986: Abilitazione all’esercizio della professione di biologo (N. di Part. 638)
1984 : Borsista EMBO (5 mesi) presso l’ETH di Zurigo (Svizzera) (lab. Prof. Koller)
1982-1984: Tirocinante presso il Centro di Studio per gli Acidi Nucleici del CNR - Roma
1982 : Laurea con lode in Scienze Biologiche – Università La Sapienza di Roma
Attivita’ scientifica e incarichi accademici
• Responsabile e coordinatrice dell’attività di un gruppo di ricerca, costituito da Post-doc, dottorandi e studenti di Laurea Magistrale, che opera nell’Istituto di Biologia e Patologia Molecolari del CNR, presso il Dipartimento di Biologia e Biotecnologie della Sapienza, Università di Roma.
• Autrice di 48 pubblicazioni su riviste internazionali e titolare di un brevetto esteso negli Stati Uniti.
• Supervisor di tesi magistrali e di Dottorato in Genetica e Biologia Molecolare
• Docente in convenzione con ente pubblico per l’insegnamento Controllo epigenetico nel differenziamento cellulare (cod. 1038785), per il corso di Laurea Magistrale in Biologia e Tecnologie Cellulari - Università Sapienza di Roma (dall’anno accademico 2012-2013 al 2018-2019).
• Docente per corsi di alta formazione (Scuola di Dottorato, Corsi Erasmus)
• Membro del Collegio dei Docenti del Dottorato in Genetica e Biologia Molecolare (da febbraio 2015)
• Membro dell’Editorial Board di International Scholarly Research Notices, under the Molecular Biology subject area (dal 2015)
• Membro della Commissione Scientifica della rivista “Il giornale del linguaggio universale: DNA e...”
• Membro della Società Italiana di Biofisica e Biologia Molecolare (SIBBM)
• Referee per numerose riviste internazionali e per l’attribuzione di grant (Welcomm Trust Grants 2012 e 2013)
Identificatori del ricercatore
ORCID: http://orcid.org/0000-0001-6685-0241
CNR People: http://www.cnr.it/people/elisa.caffarelli
Google Scholar: https://scholar.google.it/citations?hl=it&user=eXIUMVAAAAAJ&view
Research Gate: https://www.researchgate.net/profile/Elisa_Caffarelli
Argomenti della ricerca
Metabolismo dell’RNA, ruolo degli RNA non codificanti nel differenziamento e nelle patologie neuronali (neurodegenerazioni, tumori del sistema nervoso)
Parole chiave
Regolazione post-trascrizionale, RNA non codificanti, differenziamento neuronale, SLA, medulloblastoma
Interessi scientifici
-Regolazione dell’espressione genica a livello epigenetico e post-trascrizionale
-Biogenesi e funzione di RNA non codificanti (piccoli RNA nucleolari, microRNA, lunghi RNA non codificanti)
-Ruolo di RNA non codificanti nel differenziamento e nelle patologie neuronali (tumori e patologie neurodegenerative)
- Caratterizzazione strutturale e funzionale di endoribonucleasi coinvolte nel metabolismo dell’RNA
Risultati scientifici di rilievo
• Ha partecipato, come primo gruppo in Italia, alla scoperta dei piccoli RNA nucleolari, codificati da introni di geni codificanti per proteine, coinvolti nella biogenesi dei ribosomi (EMBO J 1993; Mol Cell Biol 1994; EMBO J, 1996).
• Ha scoperto e caratterizzato una nuova attività endoribonucleolitica coinvolta nel metabolismo dell’RNA. Tale scoperta è stata oggetto di un brevetto nazionale, esteso negli Stati Uniti (The Journal of Biological Chemistry, 2003; The Journal of Biological Chemistry, 2005; Proc Natl Acad Sci USA, 2006; The Journal of Biological Chemistry, 2008; ChemMedChem, 2011; Scientific Reports, 2017)
• Ha identificato una sottoclasse di microRNA neuronali, con un ruolo cruciale nella scelta cellulare tra proliferazione e differenziamento ed ha identificato nuovi circuiti molecolari che coinvolgono microRNA neuronali che funzionano come potenziali oncosoppressori (Proc Natl Acad Sci USA, 2007; EMBO J, 2008; Int J Cancer, 2009; Nucleic Acids Research, 2010; PLoS One, 2012; EMBO J, 2012; Mol Neurobiology, 2013; RNA Biology, 2014; Int J Mol Sci, 2018)
• Ha identificato nuovi lunghi RNA non codificanti coinvolti nel differenziamento neuronale (RNA Biology, 2015) e con funzione di nuovi biomarkers e di geni driver nel medulloblastoma di Gruppo 4 (Oncotarget, 2017)
Responsabilità di progetti scientifici
2017: Progetto PRIN: Non coding RNAs, new players in gene expression regulation: studying their role in neuronal differentiation and in neurodegeneration (185.460 €, finanziato da MIUR)
2016-2018: Proroga Progetto Epigen: Role of long non-coding RNA in cell differentiation and disease (60.000 €, finanziato da MIUR e CNR)
2013-2015: The Epigenomics Flagship Project EPIGEN: Role of long non-coding RNA in cell differentiation and disease (29.100 €, finanziato da MIUR e CNR)
2011-2016: Progetto IIT/Sapienza Center for Life Nanoscience: Novel Nanotech-Based Approaches for the Study and Treatment of Amyotrophic Lateral Sclerosis (500.000 €, finanziato dall’Istituto Italiano di Tecnologia)
2005-2007: Progetto Ricerche a tema libero del CNR: Identificazione di molecole inibitrici dell'attività di XendoU, l'omologo cellulare di una proteina essenziale per la replicazione e trascrizione dei coronavirus (7.767 €, finanziato da CNR)
1997-2000: Progetto Finalizzato Biotecnologie del CNR: Utilizzazione di nuove funzioni dell’RNA per ottenere l’inibizione mirata dell’espressione genica: produzione di modificazioni covalenti sito-specifiche di RNA target mediante l’uso di “snoRNA antisenso” opportunamente modificati (56.295€, finanziato da CNR)
Researcher unique identifiers
ORCID: http://orcid.org/0000-0001-6685-0241
CNR People: http://www.cnr.it/people/elisa.caffarelli
Google Scholar: https://scholar.google.it/citations?hl=it&user=eXIUMVAAAAAJ&view
Research Gate: https://www.researchgate.net/profile/Elisa_Caffarelli
Scopus Author ID: 6701648837
Pubblicazioni
H-index= 20 (ISI-Web of Science and Scopus)
1. Laneve P, Rea J, Caffarelli E (2019) Long Noncoding RNAs: Emerging Players in Medulloblastoma. Frontiers in Pediatrics, section Pediatric Oncology (in press)
2. Di Bari M, Bevilacqua V, De Jaco A, Laneve P, Piovesana R, Trobiani L, Talora C, Caffarelli E, and Tata AM (2018) Mir-34a-5p Mediates Cross-Talk between M2 Muscarinic Receptors and Notch-1/EGFR Pathways in U87MG Glioblastoma Cells: Implication in Cell Proliferation. Int J Mol Sci, 19, 1631; doi:10.3390/ijms19061631
3. Biscarini S, Capauto D, Peruzzi G, Lu L, Colantoni A, Santini T, Shneider NA, Caffarelli E, Laneve P, Bozzoni I (2018) Characterization of the lncRNA transcriptome in mESC-derived motor neurons: implications for FUS-ALS. Stem Cell Res. doi: 10.1016/j.scr.2018.01.037
4. Capauto D, Colantoni A, Lu L, Santini T, Peruzzi G, Biscarini S, Morlando M, Shneider NA, Caffarelli E, Laneve P, Bozzoni I (2018) A regulatory circuitry between Gria2, miR-409, and miR-495 is affected by ALS FUS mutation in ESC-derived motor neurons. Mol Neurobiol. doi: 10.1007/s12035-018-0884-4.
5. Errichelli L, Dini Modigliani S, Laneve P, Colantoni A, Legnini I, Capauto D, Rosa A, De Santis R, Scarfo’ R, Peruzzi G, Lu L, Caffarelli E, Shneider N, Morlando M, Bozzoni I (2017) FUS affects circular RNA expression in murine embryonic stem cell-derived motor neurons.
Nat Commun. 8:14741. doi: 10.1038/ncomms14741.
6. Laneve P, Po A, Favia A, Legnini I, Alfano V, Rea J, Di Carlo V, Bevilacqua V, Miele E, Mastronuzzi A, Carai A, Locatelli F, Bozzoni I, Ferretti E, Caffarelli E (2017) The long noncoding RNA linc-NeD125 controls the expression of medulloblastoma driver genes by microRNA sponge activity. Oncotarget 8(19):31003-31015; doi: 10.18632/oncotarget.16049.
7. Laneve P, Piacentini L, Casale AM, Capauto D, Gioia U, Cappucci U, Di Carlo V, Bozzoni I, Di Micco P, Morea V, Di Franco CA, Caffarelli E (2017) Drosophila CG3303 is an essential endoribonuclease linked to TDP-43-mediated neurodegeneration. Sci. Rep. 7, 41559; doi: 10.1038/srep41559.
8. Bevilacqua V, Gioia U, Di Carlo V, Tortorelli AF, Colombo T, Bozzoni I, Laneve P, Caffarelli E (2015) Identification of linc-NeD125, a novel long non coding RNA that hosts miR-125b-1 and negatively controls proliferation of human neuroblastoma cells. RNA Biology 12(12):1323-37; doi: 10.1080/15476286.2015.1096488.
9. Gioia U, Di Carlo V, Caramanica P, Toselli C, Cinquino A, Marchioni M, Laneve P, Biagioni S, BozzoniI, Cacci E Caffarelli E (2014) miR-23a and miR-125b regulate neural stem/progenitor cell proliferation by targeting Musashi1. RNA Biol 11(9): 1105-12; doi: 10.4161/rna.35508.
10. Di Carlo V, Grossi E, Laneve P, Morlando M, Dini Modigliani S, Ballarino M, Bozzoni I, Caffarelli E. (2013) TDP-43 regulates the Microprocessor complex activity during in vitro neuronal differentiation. Mol Neurobiol 48(3): 952-963; doi: 10.1007/s12035-013-8564-x.
11. Morlando M, Rosa A, Caffarelli E, Fatica A and I Bozzoni (2013) Non coding RNA in muscle differentiation and disease. MicroRNA 2 (2): 91-101.
12. Morlando M, Dini Modigliani S, Torrelli G, Rosa A, Di Carlo V, Caffarelli E and I Bozzoni (2012) FUS stimulates microRNA biogenesis by facilitating co-transcriptional Drosha recruitment. EMBO J 31 (24): 4502-4510; doi: 10.1038/emboj.2012.319.
13. Annibali D, Gioia U, Savino M, Laneve P, Caffarelli E, Nasi S (2012) A new module in neural differentiation control: two microRNAs upregulated by retinoic acid, miR-9 and -103, target the differentiation inhibitor ID2. PLoS One 7(7): e40269. doi: 10.1371/journal.pone.0040269.
14. Ragno R, Gioia U, Laneve P, Bozzoni I, Mai A, Caffarelli E. (2011) Identification of small-molecule inhibitors of the XendoU endoribonucleases family. ChemMedChem 6(10):1797-805; doi: 10.1002/cmdc.201100281.
15. E Caffarelli, P Filetici (2011) Epigenetic regulation in cancer development. Front Biosci 17: 2682-2694.
16. Laneve P, Gioia U, Andriotto A, Moretti F, Bozzoni I, Caffarelli E (2010) A minicircuitry involving REST and CREB controls miR-9-2 expression during human neuronal differentiation. Nucleic Acids Res 38(20):6895-905.; doi: 10.1093/nar/gkq604.
17. Ferretti E, De Smaele E, Po A, Di Marcotullio L, Tosi E, Espinola MSB, Di Rocco C, Riccardi R, Giangaspero F, Farcomeni A, Nofroni I, Laneve P, Gioia U, Caffarelli E, Bozzoni I., Screpanti I and Gulino A (2009) MicroRNA profiling in human medulloblastoma. Int J Cancer 24: 568-577; doi: 10.1002/ijc.23948
18. Laneve P, Gioia U, Ragno R, Altieri F, Di Franco C, Santini T, Arceci M, Bozzoni I, Caffarelli E (2008) The tumor marker human placental protein 11 is an endoribonuclease. J Biol Chem 283: 34712-34719; doi: 10.1074/jbc.M805759200
19. Ferretti E, De Smaele E, Miele E, Laneve P, Po A, Pelloni M, Paganelli A, Di Marcotullio L, Caffarelli E, Screpanti I, Bozzoni I, Gulino A (2008) Concerted microRNA control of Hedgehog signalling in cerebellar neuronal progenitor and tumour cells. EMBO J 27: 2616-2627; doi: 10.1038/emboj.2008.172.
20. Laneve P, Di Marcotullio L, Gioia U, Fiori ME, Ferretti E, Gulino A, Bozzoni I, Caffarelli E (2007) The interplay between microRNAs and the neurotrophin receptor tropomyosin-related kinase C controls proliferation of human neuroblastoma cells. Proc Natl Acad Sci USA 104: 7957-796; doi: 10.1073/pnas.0700071104.
21. Renzi F, Caffarelli E, Laneve P, Bozzoni I, Brunori M, Vallone B (2006) The structure of the endoribonuclease XendoU: from small nucleolar RNA processing to severe acute respiratory syndome coronavirus replication. Proc Natl Acad Sci USA 103 (33): 12365-12370; doi: 10.1073/pnas.0602426103.
22. Renzi F, Panetta G, Vallone B, Brunori M, Arceci M, Bozzoni I, Laneve P, Caffarelli E (2006) Large-scale purification and crystallization of the endoribonuclease XendoU: troubleshooting with His-tagged proteins. Acta Cryst section F 62: 298-301; doi: 10.1107/S1744309106006373.
23. Fatica A, Rosa A, Fazi F, Ballarino M, Morlando M, De Angelis FG, Caffarelli E, Nervi C, Bozzoni I (2006) MicroRNAs and hematopoietic differentiation. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 71:205-10. Review; doi:10.1101/sqb.2006.71.014
24. Gioia U, Laneve P, Dlakic M, Arceci M, Bozzoni I, Caffarelli E (2005) Functional characterization of XendoU, the endoribonuclease involved in small nucleolar RNA biosynthesis. J Biol Chem 280 (19): 18996-19002; doi: 10.1074/jbc.M501160200.
25. Morlando M, Ballarino M, Greco P, Caffarelli E, Dichtl B, Bozzoni I (2004) Coupling between snoRNP assembly and 3’ processing controls box C/D snoRNA biosynthesis in yeast. EMBO J 23 (12):2392-2401; doi: 10.1038/sj.emboj.7600254.
26. Laneve P, Altieri F, Fiori ME, Scaloni A, Bozzoni I, Caffarelli E (2003) Purification, cloning and characterization of XendoU, a novel endoribonuclease involved in processing of intron-encoded small nucleolar RNAs in Xenopus laevis. J Biol Chem 278(15):13026-13032; doi: 10.1074/jbc.M211937200.
27. Renzi F, Filippini D, Loreni F, Bozzoni I, Caffarelli E (2002) Characterization of the sequences encoding for Xenopus laevis box C/D snoRNP Nop56 protein. Biochim Biophys Acta 1575 (1-3): 26-30; doi.org/10.1016/S0167-4781(02)00233-6.
28. Filippini D, Renzi F, Bozzoni I, Caffarelli E (2001) U86, a novel snoRNA with an unprecedented gene organization in yeast. Biochem Biophys Res Comm 288 (1): 16-21; doi.org/10.1006/bbrc.2001.5720; doi.org/10.1006/bbrc.2001.5720.
29. Filippini D, Bozzoni I, Caffarelli E (2000) p62, a novel Xenopus laevis component of box C/D snoRNPs. RNA 6 (3): 391-401.
30. Caffarelli E, Losito M, Giorgi C, Fatica A, Bozzoni I (1998) In vivo identification of nuclear factors interacting with the conserved elements of box C/D small nucleolar RNAs. Mol Cell Biol 18 (2): 1023-1028.
31. Fatica A, Caffarelli E, Beccari E, Bozzoni I (1997) Biosynthesis of U16 snoRNA in early development of X.laevis. Biochem Biophys Res Comm 241 (2): 486-49.
32. Caffarelli E, Maggi L, Fatica A, Jiricny J, Bozzoni I (1997) A novel Mn++-dependent ribonuclease that functions in U16 snoRNA processing in X.laevis. Biochem Biophys Res Comm 233 (2): 514-517.
33. Caffarelli E, Fatica A, Prislei S, De Gregorio E, Fragapane P, Bozzoni I (1996) Processing of the intron-encoded U16 and U18 snoRNAs: the conserved C and D boxes control both the processing reaction and the stability of the mature snoRNA. EMBO J 15 (5): 1121-1131.
34. Prislei S, Fatica A, De Gregorio E, Arese M, Fragapane P, Caffarelli E, Presutti C, Bozzoni I (1995) Self-cleaving motifs are found in close proximity to the sites utilized for U16 snoRNA processing. Gene 163 (2): 221-226.
35. Santoro B, De Gregorio E, Caffarelli E, Bozzoni I (1994) RNA-protein interactions in the nuclei of Xenopus oocytes: complex formation and processing activity on the regulatory intron of ribosomal protein gene L1. Mol Cell Biol 14 (10): 6975-6982.
36. Caffarelli E, Arese M, Santoro B, Fragapane P, Bozzoni I (1994) In vitro study of processing of the intron-encoded U16 small nucleolar RNA in Xenopus laevis. Mol Cell Biol 14 (5): 2966-2974.
37. Fragapane P, Prislei S, Michienzi A, Caffarelli E, Bozzoni I (1993) A novel small nucleolar RNA (U16) is encoded inside a ribosomal protein intron and originates by processing of the pre-mRNA. EMBO J 12 (7): 2921-2928.
38. Prislei S, Sperandio S, Fragapane P, Caffarelli E, Presutti C, Bozzoni I (1992) The mechanisms controlling ribosomal protein L1 pre-mRNA splicing are maintained in evolution and rely on conserved intron sequences. Nucleic Acids Res 20 (17): 4473-4479.
39. Caffarelli E, Fragapane P, Bozzoni I (1992) Inefficient in vitro splicing of the regulatory intron of the L1 ribosomal protein gene of X.laevis depends on suboptimal splice site sequenze. Biochem Biophys Res Commun 183 (2): 680-687.
40. Fragapane P, Caffarelli E, Lener M, Prislei S, Santoro B, Bozzoni I (1992) Identification of the sequences responsible for the splicing phenotype of the regulatory intron of the L1 ribosomal protein gene of Xenopus laevis. Mol Cell Biol 12 (3): 1117-1125.
41. Fragapane P, Caffarelli E, Santoro B, Sperandio S, Lener M, Bozzoni I (1990) Splicing control of the L1 ribosomal protein gene of X. laevis: structural similarities between sequences present in the regulatory intron and in the 28S ribosomal RNA. Mol Biol Rep 14 (2-3): 111-112.
42. Lucioli A, Presutti C, Ciafrè SA, Caffarelli E, Fragapane P, Bozzoni I (1988) Gene dosage alteration of L2 ribosomal protein genes in Saccharomyces cerevisiae: effects on ribosome synthesis Mol Cell Biol 8 (11): 4792-4798.
43. Caffarelli E, De Santis P, Leoni L, Palleschi A, Savino M (1988) Preferential positioning of nucleosomes of pBR322 as evaluated via Fourier transform of data from electron microscopy. Eur J Biochem 171 (3): 497-501.
44. Fragapane P, Caffarelli E, Cutruzzolà F, Lucioli A, Presutti C, Bozzoni I (1988) Specific RNA binding proteins in X.laevis oocytes. J Cell Biochem suppl.12D: 37.
45. Caffarelli E, Fragapane P, Cutruzzola' F, Bozzoni I (1987) Analysis of the mechanisms controlling the expression of the L1 ribosomal protein gene in Xenopus laevis. Mol Biol Rep 12 (3):196-197.
46. Caffarelli E, Fragapane P, Gehring C, Bozzoni I (1987) The accumulation of mature RNA for the Xenopus laevis ribosomal protein L1 is controlled at the level of splicing and turnover of the precursor RNA. EMBO J 6 (11): 3493-3498.
47. Caffarelli E, Leoni L, Sampaolese B, Savino M (1986) Persistence of cruciform structure and preferential location of nucleosomes on some regions of pBR 322 and ColE1 DNAs. Eur J Biochem 156 (2): 335-342.
48. Caffarelli E, Leoni L, Savino M (1985) Folding of single-stranded DNA on the histone octamer. FEBS Letters 181 (1):69-73.
49. Caffarelli E, Franzini C, Leoni L, Savino M (1984) Nucleosome "phasing" and cruciform structures in circular supercoiled pBR 322 DNA. Cell Biophys 6 (1): 23-31.
50. Caffarelli E, De Santis P, Leoni L, Savino M, Trotta E (1983) Interactions of the histone octamer with single-stranded DNA. Sedimentation analysis and low-angle X-ray diffraction Biochim Biophys Acta 739 (2): 235-243.