Dottorato in BIOLOGIA UMANA E GENETICA MEDICA

email: valerio.fulci@uniroma1.it

Formazione
2002/2005: Università di Roma “La Sapienza” Dottore di Ricerca in Biologia Umana.
1996/2002 Università di Roma “La Sapienza” Laurea in Biologia Molecolare. 110/110 cum laude

Esperienza nella ricerca scientifica:
2013-oggi: nel 2013 ho ottenuto un finanziamento di tre anni (rinnovato per altri tre anni nel 2016) nel contesto del progetto Epigen (progetto bandiera Epigenomica CNR-MIUR) per lo studio della funzione epigenomica della proteina AGO2 in cellule umane. La mia attività di ricerca è concentrata sulla funzione nucleare dei piccoli RNA e sul ruolo epigenetico della proteina AGO2 in cellule umane. Queste tematiche sono affrontate nel mio laboratorio tramite approcci biochimici e biomolecolari "high-throughput" (SILAC, Next Generation Sequencing).
Le mie ricerche hanno recentemente messo in evidenza una relazione tra i piccoli RNA nucleari legati alla proteina AGO2 e il posizionamento dei nucleosomi in corrispondenza dei siti di inizio della trascrizione in cellule umane (Carissimi et al, NAR 2015). Inoltre, il mio gruppo ha recentemente caratterizzato una nuova classe di piccoli RNA legati ad AGO2 e AGO1 (Laudadio et al, IJG 2018) alla quale appartiene un piccolo RNA capace di regolare l' attività della telomerasi, grazie al legame con l' RNA non-codificante TERC(Laudadio et al, EMBO Reports, 2019; Laudadio et al, Cell Cycle, 2019). I progetti attualmente in corso nel mio laboratorio includono:

- Lo studio dell' interplay tra SWI/SNF e YAP/TAZ nella regolazione trascrizionale.
- Le modifiche epitrascrittomiche dei miRNA umani.
- La regolazione della telomerasi da parte delle proteine AGO.

2008-2013. Ricercatore confermato all' Università di Roma “La Sapienza”. Ho concentrato i miei interessi scientifici sul ruolo dei miRNA nelle leucemie e nella attivazione dei linfociti T. Ho inoltre sfruttato la purificazione biochimica dei complessi RISC per la identificazione dei bersagli dei miRNA, identificando i bersagli di miR-21 in linfociti T. (Fulci et al, GCC 2009; Curtale et al, Blood 2010; Carissimi et al, Biochemie 2014; Tavolaro et al, GCC 2015; Verduci et al Leuk Res 2015)

2007-2008 Post-doc nel laboratorio del Prof Giuseppe Macino, ho messo a punto uno dei primi metodi per la quantificazione dei miRNA tramite qPCR, sfruttandolo per caratterizzare il profilo di espressione dei miRNA umani nella Leucemia Linfocitica Cronica (Fulci et al, Blood 2007).

2005-2006 Vincitore di una borsa di studio della Fondazione Cenci Bolognetti, ho caratterizzato il profilo di espressione dei miRNAnella leucemia linfocitica cronica. Ho trascorso un periodo di studio presso il laboratorio del Prof Thomas Tuschl alla Rockefeller University, New York (USA) apprendendo la tecnica del clonaggio dei miRNA, una tecnica che anticipava per molti aspetti le metodiche NGS ora di uso comune. In questo periodo ho acquisito consapevolezza dell' importanza della bioinformatica nella gestione dei dati derivati da esperimenti NGS e ho dato inizio alla mia formazione in bioinformatica. I dati ottenuti sono stati pubblicati su Cell. (Landgraf et al, Cell 2007)

2002-2005. Studente di dottorato nel laboratorio del Prof Macino. Ho studiato il ruolo di PKC nella trasduzione del segnale luminoso in Neurospora crassa (Franchi et al, Mol Microbiol, 2005).

Tecniche bio-molecolari: Northern Blot, Southern Blot, Western blot, immunoprecipitazione di proteine, PCR, qRT-PCR, clonaggio molecolare, microarray, Small RNA library cloning, colture cellulari, espressione di proteine ricombinanti, saggi di luciferasi, vettori di espressione lentivirali, genome editing (CRISPR-CAS9, ZNF nucleases)

Bioinformatica:Eccellente conoscenza del sistema operativo Linux. Perl, python and bash scripting. Database bio-molecolari (ENSEMBL,Gencode, Pubmed, SRA,GEO). R statistical analysis software (affymetrix microarray analysis(limma, oligo), Deseq2, CummeRbund, plotting packages). Allineamento e analisi di dati NGS (RNA-seq, ChIP-seq, Drop-seq) con i seguenti software: Bowtie1/2, Hisat2, MACS2, CuffLinks, bedtools, NGSplot. Metagenomica (Qiime2, metaphlan2).

Collaborazioni:
Michele Zampieri, Sapienza, Rome, Italy. Characterization of the 5mC profile of human miRNAs.
Salvatore Cucchiara, Sapienza, Rome, Italy. Metagenomic analysis o the human gut microbiome.
Tiziana Bonaldi, IEO Milan, Italy. Mass-spec characterization of AGO2 protein complexes.
Justin Stebbing, Imperial College London, UK. TP53 and AGO2 fuctional interaction.
Nikolaus Rajewsky, MDC, Berlin, Germany. Characterization of sRNAs arising from TSS and TTS sRNAs. Characterization of AGO2 KO cells by Drop-seq.

Dati bibliometrici (Scopus)
Pubblicazioni: 31
Citazioni: 4582
h-index: 18

Partecipazione a congressi in qualità di Invited Speaker:
Genetics and behaviour evolution. At Genetics School in Cortona, Italy. Neurospora crassa: a model organism to study the molecular bases of Chronobiology. 2007.
4th international CLL Workshop. 17th may 2008, Salzburg, Austria. “MicroRNAs in the pathogeny of CLL”.
Institute for Research in Biomedicine Bellinzona, Switzerland. The role of miRNAs in lymphocyte Biology. 29th May, 2008.
MACS Symposium "MicroRNA in physiology and disease" Bologna, Italy. miR-21 and miR-146a: regulators of lymphocyte biology. 1 st Dec 2009
EPIGEN & BLUEPRINT joint symposium: Exploring the Epigenome in Health and Disease. Rome, Italy. AGO2 and SWI/SNF cooperate to determine nucleosome occupancy at human TSS. Oct, 1st 2014.
Forum SIGENP Young Researchers, Rome, Italy. Bioinformatics in Biomedical Research. April, 16th 2018

Finanziamenti:

- Istituto Pasteur Italia - Fondazione Cenci-Bolognetti "5mC and 5hmC modification of human microRNAs"
- PRIN 2017 - linea B - under 40 "SWI/SNF as a candidate modulator of YAP/TAZ transcriptional activity: implications for tumorigenesis and tissue regeneration"
- Epigen (The Epigenomics Flagship Project, MIUR) “The epigenomic function of AGO2 protein in human cell lines”.
- Sapienza University of Rome: “The role of AGO2 in telomere maintenance in human cells”

Esperienze all' estero:
2000: Erasmus program a Gent, Belgium.
2005: Visiting Student, Tuschl Lab, Rockefeller University, New York NY, USA.