VALERIA PENNACCHIETTI

Dottoranda

ciclo: XXXVII
email: valeria.pennacchietti@uniroma1.it
telefono: 0649910879
edificio: CU027 - Dipartimento di Scienze Biochimiche "A. Rossi Fanelli"
stanza: 217

supervisore: Prof. Stefano Gianni
relatore: Prof.ssa Francesca Cutruzzolà
co-supervisore: Prof.ssa Francesca Cutruzzolà

Ricerca: Comprensione del meccanismo di ripiegamento e dell'interazione di domini di riconoscimento proteina-proteina

Area tematica: Biofisica, Biochimica, Biologia molecolare
SSD:BIO/10; BIO/11

Formazione:

Novembre 2021
Dottorato in Scienze della Vita, XXXVII ciclo, presso l’Università “La Sapienza” di Roma, Dipartimento di Scienze Biochimiche “A. Rossi Fanelli”.

Ottobre 2019 – Luglio 2021
Laurea Magistrale in Biotecnologie Farmaceutiche (LM-9) presso l’Università “La Sapienza” di Roma, con votazione di 110/110 con lode.

Ottobre 2016 – Ottobre 2019
Laurea Triennale in Scienze Farmaceutiche Applicate (L-29) presso l’Università “La Sapienza” di Roma, con votazione di 110/ 110 con lode.

Progetto del dottorato:

Le proteine adattatrici sono una classe di proteine che svolgono un ruolo fondamentale nel contesto della regolazione dell'omeostasi cellulare, agendo come aggancio per diverse molecole di segnalazione, consentendo loro di formare complessi supramolecolari e diventare funzionali. In particolare, la proteina FRS2 (substrato 2 del recettore del fattore di crescita dei fibroblasti), mediante il suo dominio PTB, svolge un ruolo cruciale nelle vie di segnalazione. Soprattutto quelle che riguardano le famiglie di recettori del fattore di crescita dei fibroblasti e del fattore di crescita dei nervi. Una sovraespressione della proteina FRS2 può determinare la formazione di diversi tipi di tumori. Attraverso l'utilizzo di metodologie di biologia molecolare, biochimica e biofisica è stato possibile caratterizzare il meccanismo di ripiegamento del dominio PTB e l'interazione tra esso e due ligandi, FGFR1 e TRKB. È stato osservato come la presenza o assenza di un ponte disolfuro probabilmente determini una variazione conformazione della proteina. Inoltre, è stato osservato che tale variazione non influenzi particolarmente l'interazione con i ligandi fisiologici.

Partecipazione a progetti di ricerca finanziati:
- Progetti per Avvio alla Ricerca (2023)
Responsabile: PENNACCHIETTI VALERIA
Titolo: "Understanding molecular and structural determinants of the recognition mechanisms of the H.pylori CagA protein"
-Progetti per Avvio alla Ricerca (2022)
Responsabile: PENNACCHIETTI VALERIA
Titolo: "Analysing the NTAIL interaction with the PXD domain to develop antiviral strategies against Paramyxoviridae"

Corsi:
-Bioinformatics: Theory and Applications From Genomes To Drugs
-24th Bologna Winter School: Bioinformatics and Deep learning for biodata analysis

Produzione scientifica

11573/1706810 - 2024 - The binding selectivity of the C-terminal SH3 domain of Grb2, but not its folding pathway, is dictated by its contiguous SH2 domain

Di Felice, Mariana; Pagano, Livia; Pennacchietti, Valeria; Diop, Awa; Pietrangeli, Paola; Marcocci, Lucia; Di Matteo, Sara; Malagrinò, Francesca; Toto, Angelo; Gianni, Stefano - 01a Articolo in rivista

rivista: THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY (American Society for Biochemistry and Molecular Biology:9650 Rockville Pike:Bethesda, MD 20814:(301)530-7145, EMAIL: asbmb@asbmb.faseb.org, INTERNET: http://www.faseb.org/asbmb, Fax: (301)571-1824) pp. - - issn: 0021-9258 - wos: (0) - scopus: 2-s2.0-85188713900 (2)

11573/1711132 - 2024 - PDZ2-conjugated-PLGA nanoparticles are tiny heroes in the battle against SARS-CoV-2

Giacon, Noah; Lo Cascio, Ettore; Pennacchietti, Valeria; De Maio, Flavio; Santarelli, Giulia; Sibilia, Diego; Tiberio, Federica; Sanguinetti, Maurizio; Lattanzi, Wanda; Toto, Angelo; Arcovito, Alessandro - 01a Articolo in rivista

rivista: SCIENTIFIC REPORTS (London: Springer Nature London: Nature Publishing Group) pp. - - issn: 2045-2322 - wos: WOS:001244410300034 (5) - scopus: (0)

11573/1702558 - 2024 - Exploring the short linear motif-mediated protein-protein interactions of CrkL through ProP-PD

Pagano, L.; Simonetti, L.; Pennacchietti, V.; Toto, A.; Malagrinò, F.; Ivarsson, Y.; Gianni, S. - 01a Articolo in rivista

rivista: BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS (San Diego [etc.]: Elsevier [etc.]) pp. 149658- - issn: 0006-291X - wos: WOS:001197686500001 (0) - scopus: 2-s2.0-85186076885 (0)

11573/1711822 - 2024 - Folding and binding kinetics of the tandem of SH2 domains from SHP2

Pagano, Livia; Pennacchietti, Valeria; Malagrinò, Francesca; Di Felice, Mariana; Toso, Julian; Puglisi, Elena; Gianni, Stefano; Toto, Angelo - 01a Articolo in rivista

rivista: INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES (Basel: MDPI Center) pp. - - issn: 1422-0067 - wos: WOS:001255961100001 (0) - scopus: (0)

11573/1726961 - 2024 - A PDZ tandem repeat folds and unfolds via different pathways

Pennacchietti, Valeria; Di Matteo, Sara; Pagano, Livia; Toplek, Fran Bačić; Stegani, Bruno; Toto, Angelo; Toso, Julian; Puglisi, Elena; Capelli, Riccardo; Di Felice, Mariana; Malagrinò, Francesca; Camilloni, Carlo; Gianni, Stefano - 01a Articolo in rivista

rivista: PROTEIN SCIENCE (Cambridge University Press / New York:40 West 20th Street:New York, NY 10011:(800)872-7423, (212)924-3900, EMAIL: journals_subscriptions@cup.org, INTERNET: http://www.journals.cambridge.org, Fax: (212)691-3239) pp. 1-14 - issn: 0961-8368 - wos: (0) - scopus: 2-s2.0-85209922425 (0)

11573/1707732 - 2024 - The mechanism of folding of human frataxin in comparison to the yeast homologue – broad energy barriers and the general properties of the transition state

Pietrangeli, Paola; Marcocci, Lucia; Pennacchietti, Valeria; Diop, Awa; Di Felice, Mariana; Pagano, Livia; Malagrinò, Francesca; Toto, Angelo; Brunori, Maurizio; Gianni, Stefano - 01a Articolo in rivista

rivista: JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY (-LONDON, ENGLAND: ACADEMIC PRESS LTD ELSEVIER SCIENCE LTD, -London; New York: Academic Press.) pp. - - issn: 0022-2836 - wos: WOS:001223623100001 (0) - scopus: 2-s2.0-85189293931 (0)

11573/1683686 - 2023 - Biophysical characterization of the binding mechanism between the MATH domain of SPOP and its physiological partners

Diop, Awa; Pietrangeli, Paola; Nardella, Caterina; Pennacchietti, Valeria; Pagano, Livia; Toto, Angelo; Di Felice, Mariana; Di Matteo, Sara; Marcocci, Lucia; Malagrinò, Francesca; Gianni, Stefano - 01a Articolo in rivista

rivista: INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES (Basel: MDPI Center) pp. 10138- - issn: 1422-0067 - wos: WOS:001017317000001 (2) - scopus: 2-s2.0-85163977385 (2)

11573/1695759 - 2023 - Addressing the binding mechanism of the Meprin and TRAF-C hmology domain of the Speckle-Type POZ protein using protein engineering

Diop, Awa; Pietrangeli, Paola; Pennacchietti, Valeria; Pagano, Livia; Toto, Angelo; Di Felice, Mariana; Di Matteo, Sara; Marcocci, Lucia; Malagrinò, Francesca; Gianni, Stefano - 01a Articolo in rivista

rivista: INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES (Basel: MDPI Center) pp. - - issn: 1422-0067 - wos: WOS:001131010700001 (0) - scopus: 2-s2.0-85180652606 (1)

11573/1682765 - 2023 - Monomeric and dimeric states of human ZO1-PDZ2 are functional partners of the SARS-CoV-2 E protein

Giacon, Noah; Lo Cascio, Ettore; Davidson, Darcy S.; Polêto, Marcelo D.; Lemkul, Justin A.; Pennacchietti, Valeria; Pagano, Livia; Zamparelli, Carlotta; Toto, Angelo; Arcovito, Alessandro - 01a Articolo in rivista

rivista: COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL (Göteborg : Chalmers University of Technology, 2011-) pp. 3259-3271 - issn: 2001-0370 - wos: WOS:001020735300001 (1) - scopus: 2-s2.0-85161275182 (1)

11573/1685968 - 2023 - An intramolecular energetic network regulates ligand recognition in a SH2 domain

Nardella, Caterina; Pagano, Livia; Pennacchietti, Valeria; Felice, Mariana Di; Matteo, Sara Di; Diop, Awa; Malagrinò, Francesca; Marcocci, Lucia; Pietrangeli, Paola; Gianni, Stefano; Toto, Angelo - 01a Articolo in rivista

rivista: PROTEIN SCIENCE (Cambridge University Press / New York:40 West 20th Street:New York, NY 10011:(800)872-7423, (212)924-3900, EMAIL: journals_subscriptions@cup.org, INTERNET: http://www.journals.cambridge.org, Fax: (212)691-3239) pp. - - issn: 0961-8368 - wos: WOS:001040354200001 (2) - scopus: 2-s2.0-85166371265 (3)

11573/1686025 - 2023 - Characterization of the folding and binding properties of the PTB domain of FRS2 with phosphorylated and unphosphorylated ligands

Pennacchietti, Valeria; Pagano, Livia; Malagrinò, Francesca; Diop, Awa; Di Felice, Mariana; Di Matteo, Sara; Marcocci, Lucia; Pietrangeli, Paola; Toto, Angelo; Gianni, Stefano - 01a Articolo in rivista

rivista: ARCHIVES OF BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS (Attuale:ELSEVIER SCIENCE INC, 360 PARK AVE SOUTH, NEW YORK, USA, NY, 10010-1710 Academic Press Incorporated:6277 Sea Harbor Drive:Orlando, FL 32887:(800)543-9534, (407)345-4100, EMAIL: ap@acad.com, INTERNET: http://www.idealibrary.com, Fax: (407)352-3445) pp. 109703- - issn: 0003-9861 - wos: WOS:001053305400001 (0) - scopus: 2-s2.0-85166633882 (0)

11573/1679810 - 2023 - Different electrostatic forces drive the binding kinetics of SARS-CoV, SARS-CoV-2 and MERS-CoV Envelope proteins with the PDZ2 domain of ZO1

Pennacchietti, Valeria; Toto, Angelo - 01a Articolo in rivista

rivista: SCIENTIFIC REPORTS (London: Springer Nature London: Nature Publishing Group) pp. - - issn: 2045-2322 - wos: WOS:000992335400005 (2) - scopus: 2-s2.0-85159461892 (2)

11573/1673852 - 2023 - Understanding the molecular basis of folding cooperativity through a comparative analysis of a multidomain protein and its isolated domains

Santorelli, Daniele; Marcocci, Lucia; Pennacchietti, Valeria; Nardella, Caterina; Diop, Awa; Pietrangeli, Paola; Pagano, Livia; Toto, Angelo; Malagrino, Francesca; Gianni, Stefano - 01a Articolo in rivista

rivista: THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY (American Society for Biochemistry and Molecular Biology:9650 Rockville Pike:Bethesda, MD 20814:(301)530-7145, EMAIL: asbmb@asbmb.faseb.org, INTERNET: http://www.faseb.org/asbmb, Fax: (301)571-1824) pp. 102983- - issn: 0021-9258 - wos: WOS:001009100600001 (3) - scopus: 2-s2.0-85149793931 (3)

11573/1662469 - 2022 - SH2 Domains: folding, binding and therapeutical approaches

Diop, Awa; Santorelli, Daniele; Malagrinò, Francesca; Nardella, Caterina; Pennacchietti, Valeria; Pagano, Livia; Marcocci, Lucia; Pietrangeli, Paola; Gianni, Stefano; Toto, Angelo - 01a Articolo in rivista

rivista: INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES (Basel: MDPI Center) pp. 15944- - issn: 1422-0067 - wos: WOS:000902565100001 (18) - scopus: 2-s2.0-85144969444 (21)

11573/1607647 - 2022 - On the effects of disordered tails, supertertiary structure and quinary interactions on the folding and function of protein domains

Malagrino, F.; Pennacchietti, V.; Santorelli, D.; Pagano, L.; Nardella, C.; Diop, A.; Toto, A.; Gianni, S. - 01a Articolo in rivista

rivista: BIOMOLECULES (Basel: MDPI) pp. 209- - issn: 2218-273X - wos: WOS:000763931100001 (7) - scopus: 2-s2.0-85123285981 (7)

11573/1652072 - 2022 - Cryptic binding properties of a transient folding intermediate in a PDZ tandem repeat

Malagrinò, Francesca; Fusco, Giuliana; Pennacchietti, Valeria; Toto, Angelo; Nardella, Caterina; Pagano, Livia; De Simone, Alfonso; Gianni, Stefano - 01a Articolo in rivista

rivista: PROTEIN SCIENCE (Cambridge University Press / New York:40 West 20th Street:New York, NY 10011:(800)872-7423, (212)924-3900, EMAIL: journals_subscriptions@cup.org, INTERNET: http://www.journals.cambridge.org, Fax: (212)691-3239) pp. - - issn: 0961-8368 - wos: WOS:000840110600001 (3) - scopus: 2-s2.0-85137125864 (5)

11573/1651291 - 2022 - Folding and binding mechanisms of the SH2 domain from Crkl

Nardella, Caterina; Toto, Angelo; Santorelli, Daniele; Pagano, Livia; Diop, Awa; Pennacchietti, Valeria; Pietrangeli, Paola; Marcocci, Lucia; Malagrinò, Francesca; Gianni, Stefano - 01a Articolo in rivista

rivista: BIOMOLECULES (Basel: MDPI) pp. 1014- - issn: 2218-273X - wos: WOS:000846180000001 (5) - scopus: 2-s2.0-85137360513 (5)

11573/1657644 - 2022 - Exploring the effect of tethered domains on the folding of Grb2 protein

Pagano, Livia; Pennacchietti, Valeria; Diop, Awa; Santorelli, Daniele; Pietrangeli, Paola; Marcocci, Lucia; Nardella, Caterina; Malagrinò, Francesca; Toto, Angelo; Gianni, Stefano - 01a Articolo in rivista

rivista: ARCHIVES OF BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS (Attuale:ELSEVIER SCIENCE INC, 360 PARK AVE SOUTH, NEW YORK, USA, NY, 10010-1710 Academic Press Incorporated:6277 Sea Harbor Drive:Orlando, FL 32887:(800)543-9534, (407)345-4100, EMAIL: ap@acad.com, INTERNET: http://www.idealibrary.com, Fax: (407)352-3445) pp. 109444- - issn: 0003-9861 - wos: WOS:000880049100004 (3) - scopus: 2-s2.0-85141826263 (4)

11573/1635685 - 2022 - Characterization of early and late transition states of the folding pathway of a SH2 domain

Toto, Angelo; Malagrinò, Francesca; Nardella, Caterina; Pennacchietti, Valeria; Pagano, Livia; Santorelli, Daniele; Diop, Awa; Gianni, Stefano - 01a Articolo in rivista

rivista: PROTEIN SCIENCE (Cambridge University Press / New York:40 West 20th Street:New York, NY 10011:(800)872-7423, (212)924-3900, EMAIL: journals_subscriptions@cup.org, INTERNET: http://www.journals.cambridge.org, Fax: (212)691-3239) pp. - - issn: 0961-8368 - wos: WOS:000798704500001 (4) - scopus: 2-s2.0-85131218830 (4)

11573/1552783 - 2021 - Probing the effects of local frustration in the folding of a multidomain protein

Pagano, Livia; Malagrinò, Francesca; Visconti, Lorenzo; Troilo, Francesca; Pennacchietti, Valeria; Nardella, Caterina; Toto, Angelo; Gianni, Stefano - 01a Articolo in rivista

rivista: JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY (-LONDON, ENGLAND: ACADEMIC PRESS LTD ELSEVIER SCIENCE LTD, -London; New York: Academic Press.) pp. 167087- - issn: 0022-2836 - wos: WOS:000672680300017 (6) - scopus: 2-s2.0-85107967375 (6)