Matteo Puttilli è laureato in Geografia presso l’Università degli Studi di Torino (2006) e dottore di ricerca in Ambiente e Territorio (indirizzo Pianificazione Territoriale e Sviluppo Locale) presso il Dipartimento Interateneo Territorio dell'Università e del Politecnico di Torino (2010).
Ha svolto attività di ricerca come assegnista presso il Dipartimento Interateneo Territorio dell’Università e del Politecnico di Torino e come consulente presso altri Dipartimenti e Centri di ricerca interni ed esterni all’Università.
Ha insegnato presso le ex facoltà di Scienze Politiche e di Scienze della Formazione dell’Università di Torino.
Dal 2012 al 2015 è stato ricercatore a tempo determinato (tipo A) presso il Dipartimento di Scienze Economiche e Aziendali dell’Università degli Studi di Cagliari, dove ha insegnato Geografia economica.
Dal 2015 è stato ricercatore a tempo determinato (tipo B) e dal 2018 è professore associato presso il Dipartimento di Storia, Archeologia, Geografia, Arte e Spettacolo (SAGAS) dell'Università degli Studi di Firenze.