Ricerca: Verso un nuovo algoritmo di docking: sviluppo di metodi computazionali per studiare i meccanismi alla base dell'interazione tra proteine
EDUCAZIONE:
- Dottoranda in Scienze della vita all'Università La Sapienza, con borsa finanziata dalla Fondazione Istituto Italiano di Tecnologia (Roma, inizio: Novembre 2021)
- Laurea magistrale in Applied Physics all'Università di Bologna, 110/110 cum laude (Bologna, conclusione: Settembre 2021)
Tesi di laurea magistrale: Aggregation of the C-terminal fragment of the TAR DNA-binding Protein 43 in relation to the Amyotrophic lateral sclerosis.
Relatori: Prof. G. Ruocco, Prof. A. Bazzani. Co-relatore: Dr. E. Milanetti.
(Università di Bologna, Fondazione Istituto Italiano di Tecnologia, Viale Regina Elena 291, 00161 Roma, Italia)
-Laurea triennale in Fisica all'Università di Trieste, 104/110 (Trieste, conclusione: Settembre 2019)
Tesi di laurea triennale: Causalità di Wiener-Granger applicata a serie temporali estratte da C. elegans.
Relatore: Prof. E. Milotti. Co-relatori: Prof. L. Rigon, Dr. V. Folli.
(Università di Trieste, Fondazione Istituto Italiano di Tecnologia, Viale Regina Elena 291, 00161 Roma, Italia)
ARTICOLI PUBBLICATI:
- Grassmann G, Miotto M, Di Rienzo L, Gosti G, Ruocco G, Milanetti E. A novel computational strategy for defining the minimal protein molecular surface representation. Plos ONE. 2022 April. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0266004
- Grassmann G, Miotto M, Di Rienzo L, Salaris F, Silvestri B, Zacco E, Rosa A, Tartaglia GG, Ruocco G, Milanetti E. A Computational Approach to Investigate TDP-43 RNA-Recognition Motif 2 C-Terminal Fragments Aggregation in Amyotrophic Lateral Sclerosis. Biomolecules. 2021 Dec 19;11(12):1905. doi: 10.3390/biom11121905. PMID: 34944548; PMCID: PMC8699346.
- Grassmann G. Letter to the editor of Heliyon re: "New considerations on the validity of the Wiener-Granger causality test." Heliyon. 2020; 6(10): e05208
- Grassmann G. New considerations on the validity of the Wiener-Granger causality test. Heliyon, Volume 6, Issue 10 (2020).
https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2020.e05208
ARTICOLI INVIATI A RIVISTA:
- Miotto M, Di Rienzo L, Grassmann G, Desantis F, Gosti G, Leonetti M, Ruocco G, Milanetti E. Differences in the organization of interface residues tunes the stability of the SARS-CoV-2 spike-ACE2 complex.
(Inviato a Frontiers in Bioscience-Landmark)
- Di Rienzo L, Miotto M, Desantis F, Grassmann G, Ruocco G, Milanetti E. Dynamical Changes of SARS-Cov-2 Spike Variants in the Highly Immunogenic Regions Impact the Viral Antibodies Escaping.
(Inviato a Proteins: Structure, Function and Bioinformatics)
- Grassmann G, Miotto M, Di Rienzo L, Gosti G, Leonetti M, Ruocco G, Milanetti E. Electrostatic complementarity at the interface drives transient protein-protein interactions. arXiv:2208.09871
(Inviato a Scientific Reports)
FINANZIAMENTI OTTENUTI:
- Progetti di Ricerca (Piccoli, Medi) - Progetti Piccoli (3000.00 €)
The role of the electrostatic contribution to the interface of protein complexes: a Zernike polynomial based method.
Milanetti E (PI), Grassmann G (Dicembre 2022)
SEMINARI:
- Workshop on New Frontiers in Molecular Crowding: A computational approach to investigate TDP-43 RNA-Recognition Motif 2 C-Terminal fragments aggregation in Amyotrophic Lateral Sclerosis (ESRF Grenoble, Giugno 2022)
POSTER:
- XVI International Workshop on Complex Systems: Electrostatic complementarity evaluation at the protein interfaces: prediction of transient protein-protein interactions (Andalo, Marzo 2023)
- Second DiSVA-MaSBiC Annual Symposium - Protein Structure and Function in Biology, Medicine and Nanotechnology: A computational approach for biomolecular binding characterization: TDP-43 C-terminal fragment aggregation in ALS (Ancona, Ottobre 2022)
- Workshop on New Frontiers in Molecular Crowding: A computational approach for biomolecular binding characterization: TDP-43 C-terminal fragment aggregation in ALS (ESRF Grenoble, Giugno 2022)
- The I MASBIC-DISVA annual symposium: A computational approach to investigate TDP-43 C-terminal fragments aggregation in Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS). (Ancona, Settembre 2021).
PROGRAMMAZIONE:
- Matlab
- Python
- C++
LINGUE:
- Inglese: IELTS certificate: overall band score: 8.0. CEFR level: C1. (Bologna, Dicembre 2020).
- Tedesco: livello base.