Titolo della tesi: Alteration of metabolic pathways in tumours
Il progetto di tesi ha avuto l’obiettivo di caratterizzare funzionalmente geni e proteine del metabolismo deregolate nei tessuti tumorali, con particolare attenzione alle proteine leganti l’RNA e all’enzima glicolitico PGK1. Motivato dal crescente riconoscimento della riprogrammazione metabolica come tratto distintivo del cancro, lo studio ha affrontato le lacune nella comprensione del ruolo delle proteine leganti l’RNA nella regolazione metabolica. Tra queste, In particolare, l’enzima glicolitico PGK1 è stato analizzato per il suo potenziale contributo alla progressione tumorale.
È stata adottata una strategia integrata, sia computazionale che sperimentale. I dati omici di espressione, provenienti dai progetti PCAWG, GTEx e CPTAC sono stati analizzati per identificare i regolatori metabolici alterati. Inoltre, sono state individuate le proteine leganti l’RNA nel metabolismo e predette, nello specifico, le interazioni di PGK1 con l’RNA. Nella fase sperimentale, PGK1 wild-type e alcune delle sue varianti somatiche annotati nei tumori, sono state espresse e purificate per valutare l’attività di legame all’RNA e l’impatto delle mutazioni tumorali su tale interazione, mediante successivi esperimenti di cromatografia di affinità.
Questa strategia multilivello ha fornito nuove informazioni sulle funzioni molecolari dei regolatori metabolici nel cancro, evidenziando il potenziale ruolo di PGK1 nella biologia tumorale.