Phd in HUMAN BIOLOGY AND MEDICAL GENETICS

Thesis title: Profili citogenetici e molecolari nella diagnosi prenatale delle cardiopatie congenite: studio prospettico di coorte

Obiettivo: Stratificare il correlato genetico sottostante per determinati gruppi di cardiopatie congenite (CHD). Capire il potere diagnostico incrementale dell’Array-CGH e delle tecniche di Next generation sequencing (NGS) rispetto al cariotipo. Valutare, utilizzando l'analisi cromosomica, l’Array-CGH e il NGS, la prevalenza di anomalie cromosomiche e varianti patogenetiche, likely-patogenetiche e varianti di incerto significato (VUS) in feti con CHD. Metodi: Si tratta di uno studio prospettico di coorte che ha incluso 71 feti con diagnosi prenatale di CHD. Tutte le pazienti, previa analisi genetica, sono state sottoposte a diagnosi prenatale invasiva con studio step-by-step del cariotipo, dell’Array-CGH e di sequenze Targeted NGS. Risultati: la percentuale di feti cardiopatici con anomalie cariotipiche riscontrata è stata del 30.98%. A differenza dell’Array-CGH e del targeted NGS, le aneuploidie sono risultate significativamente più frequenti nei feti cardiopatici che presentavano almeno un soft marker (33.3%) o almeno una anomalia extracardiaca (53.3%) rispetto ai feti con difetti cardiaci isolati (9.4%). Al contrario, non sono risultate differenze citogenetiche e molecolari statisticamente significative a seconda del tipo di cardiopatia. Il valore diagnostico incrementale dell’Array-CGH rispetto al cariotipo è stato del 22.4%, del targeted NGS è stato del 14.3% con varianti patogenetiche e likely-patogenetiche nel 9,85% dei casi e varianti di significato incerto (VUS) nel 7% dei casi. Nell’ambito delle varianti riscontrate con le tecniche di NGS, sono state descritte diverse nuove associazioni per la prima volta in letteratura (TBCK, c.1532G>A omozigosi associata a cuore sinistro ipoplasico; RPGRIP1L, c.394A>T p.(Arg132Ter) associata a difetto del setto interventricolare e ipertrofia cardiaca; ALMS1 associata a ventricolo destro a doppia uscita). Conclusioni: Questo lavoro sottolinea l’importanza dello studio genetico step by step per arrivare a definire una diagnosi genetica che potrebbe aiutare a definire la prognosi omnicomprensiva della cardiopatia riscontrata nel prenatale. L’array-CGH e le tecniche NGS forniscono un importante valore diagnostico incrementale.