Dottorato in INNOVATION IN IMMUNO-MEDIATED AND HEMATOLOGICAL DISORDERS

Titolo della tesi: Innovative approaches in chronic myeloid leukemia: from liquid biopsy to genomic characterization beyond BCR::ABL1

La leucemia mieloide cronica (LMC) rappresenta uno dei paradigmi della targeted therapy. Nonostante l’efficacia degli inibitori della tirosin-chinasi (TKIs), la persistenza della malattia residua e la presenza di alterazioni genetiche aggiuntive possono ostacolare il raggiungimento di una risposta molecolare profonda e della treatment-free remission (TFR). Per affrontare queste sfide cliniche, la presente tesi di dottorato, articolata in due progetti indipendenti, mira ad approfondire la complessità biologica della LMC. Nel primo progetto, sono state esplorate le vescicole extracellulari come potenziale strumento per il monitoraggio del trascritto BCR::ABL1. Cinquanta pazienti sono stati monitorati prospetticamente mediante droplet digital PCR (ddPCR): 17 pazienti (34%) sono stati valutati a partire dalla diagnosi e 33 pazienti (66%) durante la fase di TFR. È stata osservata una significativa concordanza tra vescicole e leucociti periferici nella rilevazione di BCR::ABL1 (OR 3.95; IC 95%: 1.56–10.0; p = 0.005). In linea con i livelli rilevati nei leucociti periferici, la quantificazione assoluta di BCR::ABL1 nelle vescicole ha mostrato valori più elevati alla diagnosi, seguiti da una graduale riduzione a 3 mesi e da un marcato calo a 6 mesi, con livelli che rimanevano bassi a 12 mesi (diagnosi vs 3 mesi, p=0.116; diagnosi vs 6 mesi, p=0.008; diagnosi vs 12 mesi, p=0.033; 3 mesi vs 6 mesi, p=0.010; 3 mesi vs 12 mesi, p=0.286; 6 mesi vs 12 mesi, p=0.514). Quando i livelli vescicolari di BCR::ABL1 sono stati normalizzati sulla concentrazione plasmatica di RNA vescicolare, è stato rilevato un aumento transitorio a 3 mesi, suggestivo di un arricchimento relativo di BCR::ABL1 all’ interno delle vescicole. Nei pazienti in TFR, i livelli di BCR::ABL1 vescicolare non differivano significativamente da quelli osservati nel gruppo dei pazienti monitorati longitudinalmente (TFR vs diagnosi, p = 0.227; TFR vs 3 mesi, p = 0.163; TFR vs 6 mesi, p = 0.643; TFR vs 12 mesi, p = 0.591). Nel secondo progetto è stato valutato il valore predittivo delle varianti genetiche rilevate alla diagnosi mediante next-generation sequencing (NGS) in una coorte retrospettiva di 50 pazienti. Complessivamente, sono state identificate 40 varianti di classe Tier I–III in 27 pazienti (54%), che interessavano più frequentemente ASXL1 e TET2 (20% ciascuno), seguiti da DNMT3A e RUNX1 (7.5% ciascuno). Ventisette pazienti (54%) hanno presentato fallimento terapeutico dovuto a resistenza ai TKI o a progressione di malattia. Nell’ambito di questo gruppo, 18 pazienti (67%) hanno presentato 28 varianti. I pazienti con varianti hanno mostrato una tendenza verso una failure-free survival (FFS) piu breve (log-rank p = 0.054; HR = 2.14; IC 95%: 0.96–4.79; Cox p = 0.064) e una event-free survival (EFS) significativamente più breve (log-rank p = 0.010; HR = 2.51; IC 95%: 1.2–5.2; Cox p = 0.014) rispetto a quelli senza varianti.