ANNARITA FIORILLO

Ricercatore universitario


email: annarita.fiorillo@uniroma1.it
telefono: 0649910910
edificio: CU027
stanza: T10

Posizione Attuale
15.02.2022-14.02.2025: Ricercatrice a tempo determinato di tipo B (RTDB, SC 05/E1, SSD BIO/10) presso l'Università di Roma "Sapienza", Dipartimento di Scienze Biochimiche.

Esperienza Lavorativa
10.2017-02.2022: Ricercatrice a tempo determinato di tipo A (RTDA, SSD BIO/10) presso l'Università di Roma "Sapienza", Dipartimento di Scienze Biochimiche. Tema dell'attività di ricerca: "Studi strutturali e funzionali di proteine coinvolte nel metabolismo cellulare".
6.2015-5.2016: Borsa di ricerca post-dottorato presso l'Università di Roma "Sapienza", Dipartimento di Scienze Biochimiche. Titolo del progetto di ricerca: "Sabotare il nemico: meccanismi di difesa contro lo stress ossidativo come target per l'identificazione di nuovi farmaci contro la leishmaniosi".
12.2013-12.2014: Borsa di studio Telethon presso l'Università di Roma "Sapienza", Dipartimento di Scienze Biochimiche. Titolo del Progetto di Ricerca: "Domini isolati delle aminoacil-tRNA sintetasi come nuovo strumento terapeutico per le malattie associate alle mutazioni del mt tRNA".
12.2010-11.2013: Borsa di ricerca post-dottorato presso l'Università di Roma "Sapienza", Dipartimento di Scienze Biochimiche. Titolo del progetto di ricerca: "Nuovi meccanismi di risposta microbica allo stress ossidativo e nitrosativo".

Formazione
11.2007-10.2010: Dottorato in Scienze Biochimiche e Neuroscienze presso l'Università dell'Aquila, Dipartimento di Scienze Biomediche e Tecnologie. Relatori: Prof. A. Bozzi, Prof. A. Boffi.
Titolo della tesi: "Poliammino ossidasi: studi strutturali e applicazioni biosensoriali", discussa il 12 aprile 2011.
Attività di ricerca prevalentemente svolta presso il Dipartimento di Scienze Biochimiche dell'Università "Sapienza" e il Dipartimento di Biologia dell'Università "Roma Tre".
30.5-8.6.2014: Partecipazione al 47° corso internazionale di cristallografia "Structural Basis of Pharmacology: Deeper Understanding of Drug Discovery through Crystallography", tenuto a Erice, Italia.
3-13.6.2010: Partecipazione al 42° corso internazionale di cristallografia "Structure and Function from Macromolecular Crystallography: Organization in Space and Time", tenuto a Erice, Italia.
30.8-4.9.2009: Partecipazione alla Scuola Internazionale AIC "Scattering Techniques: From Microscopic To Atomic Structures", tenuta a Camerino, Italia.
19.07.07: Laurea quinquennale con lode in Chimica presso l'Università "Sapienza" di Roma, con specializzazione in Chimica Fisica.
Titolo della tesi: "Struttura a raggi X della N-metiltriptofano ossidasi: determinanti strutturali per la specificità". Tutor: Andrea Ilari.

Altre Qualifiche
2021: Membro del Consiglio Accademico del Corso di Dottorato in Biochimica presso l'Università "Sapienza".
31.3.2017: Abilitazione Scientifica Nazionale (ASN) come Professore Associato in biochimica (settore concorsuale 05/E1, bando d.d. 1532/2016).

Interessi di Ricerca
Studio delle relazioni struttura-funzione in macromolecole finalizzato alla caratterizzazione approfondita, alle applicazioni biotecnologiche e allo sviluppo di farmaci.
Principali sistemi studiati:

- bersagli farmacologici dei parassiti Leishmania: enzimi del metabolismo redox e della via delle poliamine;
- nuove opportunità terapeutiche per le patologie neurologiche: il recettore sigma1 e altri potenziali bersagli proteici;
- sorcina, un importante regolatore di molte funzioni cellulari dipendenti dal calcio;
- ferritina e Dps, proteine cage-like coinvolte nella protezione del DNA batterico dai danni ossidativi, utilizzate come bioreattore per produrre nanoparticelle metalliche o come trasportatori di farmaci.

Competenze Tecniche
Vasta esperienza in cristallografia a raggi X e determinazione della struttura delle proteine. Ottima conoscenza delle tecniche di cristallizzazione ad alta velocità e di screening dei cristalli. Esperienza approfondita nella raccolta dati presso fonti di radiazioni di sincrotrone in Europa (ESRF (FR), BESSY (DE), ELETTRA (IT), Diamond (UK)).
Conoscenza molto buona delle principali tecniche di biologia molecolare per clonare ed esprimere proteine in E. coli e purificare proteine.
Conoscenza molto buona delle tecniche spettroscopiche per la caratterizzazione delle macromolecole (UV-vis, fluorescenza, CD).

Premi e riconoscimenti:
31.3.2017: Abilitazione scientifica Nazionale (ASN) come Professore Associato in biochimica (settore concorsuale 05/E1, bando d.d. 1532/2016).
5.5.2016-oggi: Affiliazione con l'IBPM-CNR (Istituto di Biologia e Patologia Molecolari del CNR) (Riferimento: atto di associazione del 5.5.2016, N. 0001001, e rinnovo).
11.03.2015: Premio per il miglior progetto di ricerca al XVIII Telethon Meeting a Riva del Garda. Titolo del progetto: "Domeni isolati delle sintetasi di aminoacil tRNA come nuovo strumento terapeutico per le malattie associate a mutazioni del tRNA mitocondriale".
20.10.2010: Premio poster al 10° Simposio dei Giovani Chimici Sigma Aldrich (SAYCS 2010), sessione "NuovaChimica" (sviluppi metodologici). Titolo del poster: "Determinanti strutturali per la sintesi di nanoparticelle di argento in una cavità proteica: il caso della ferritina di Pyrococcus furiosus".

Affiliazione a società scientifiche:
Membro dell'AIC (Associazione Italiana di Cristallografia), Ente aderente all'IUCr (Unione Internazionale di Cristallografia).

Finanziamenti:
2022: Investigatore principale per il progetto "Sviluppo di agenti tripanocidi a spettro ampio attraverso la scoperta di farmaci mirati", fondi di ricerca interni all'Università Sapienza (bando di ateneo 2021, Università Sapienza, delibera S.A. n.36/2022 del 15/02/2022). Importo 3.000€.
2022: Investigatore principale del progetto "Approccio basato su frammenti mirato all'enzima chiave redox dei tripanosomidi, la tripanotione reduttasi", selezionato per l'accesso al programma "XChem: Crystal-based fragment screening" presso il Diamond nel Regno Unito (proposal ID: 30489), finanziato dal consorzio iNEXT nell'ambito del programma Horizon 2020.
2017-oggi: Investigatore (co-proponente) nel progetto "Scouting di nuovi target nel campo delle malattie rare, trascurate e della povertà" finanziato dal consorzio pubblico-privato CNCCS (Collezione Nazionale di Composti Chimici e Centro Screening) dedicato alle malattie trascurate. Il progetto coinvolge CNR, ISS e IRBM Science Park di Pomezia (Codice CUP del progetto: B56G15001140005). PI: Andrea Ilari. Valore totale della borsa: 170.000€.
2020-2021: Investigatore (co-proponente) del progetto "Approccio basato su frammenti mirato all'enzima chiave redox dei tripanosomidi, la tripanotione reduttasi", selezionato per l'accesso al programma "XChem: Crystal-based fragment screening" presso il Diamond nel Regno Unito (proposal ID: nolb25167), finanziato dal consorzio iNEXT nell'ambito del programma Horizon 2020.
2020: Investigatore principale (coordinatore) per il progetto collaborativo "Biologia strutturale per la salute umana", tempo di raccolta dati e spese di missione assegnati presso il sincrotrone ELETTRA a Basovizza (TS) (numero di proposta: 20195202). Il progetto coinvolgeva ricercatori dell'Università Sapienza, IBPM-CNR, IIT, Università di Chieti e Università dell'Aquila.
2019: Investigatore (co-proponente) per il progetto "Molecole piccole innovative come inibitori della funzione di ribonucleasi H dell'enzima trascrittasi inversa dell'HIV-1", fondi di ricerca interni all'Università Sapienza (bando di ateneo 2018, Università Sapienza, delibera S.A. n. 50/19 del 12.02.2019). PI: prof. R. Costi. Valore della borsa 13.000€.
2018: Investigatore principale (coordinatore) per il progetto collaborativo "Caratterizzazione strutturale di macromolecole correlate alla salute umana", tempo di raccolta dati e spese di missione assegnati presso il sincrotrone ELETTRA a Basovizza (TS) (numero di proposta: 20180125). Il progetto coinvolgeva ricercatori dell'Università Sapienza, IBPM-CNR, IIT, Università di Chieti e Università dell'Aquila.
2014: Borsa per partecipare alla 47ª Scuola di Cristallografia presso il Centro Ettore Majorana.
2010: Borsa per partecipare alla 42ª Scuola di Cristallografia presso il Centro Ettore Majorana.
2010: Borsa per giovani ricercatori per partecipare al meeting nazionale della Divisione di Chimica dei Sistemi Biologici della Società Chimica Italiana.
2009: Borsa per giovani ricercatori per partecipare al meeting nazionale della Società Chimica Italiana.
2009: Borsa per partecipare alla Scuola AIC Internazionale.
2007-2010: Borsa di studio per il dottorato in Scienze Biochimiche.

Partecipazione a progetti nazionali e internazionali:
2017-oggi: Investigatore (co-proponente) nel progetto "Scouting di nuovi target nel campo delle malattie rare, trascurate e della povertà" finanziato dal consorzio pubblico-privato CNCCS (Collezione Nazionale di Composti Chimici e Centro Screening) dedicato alle malattie trascurate. Il progetto coinvolge CNR, ISS e IRBM Science Park di Pomezia (Codice CUP del progetto: B56G15001140005). PI: Andrea Ilari. Valore totale della borsa: 170.000€.

11.2018-2020: Collaborazione con XoNovo LTD (azienda israeliana), prof. K. Hensley presso ARCOM (Arkansas) e il Dr. Travis Danton presso la Washington State University riguardo alla caratterizzazione dell'interazione di composti antineurodegenerativi con il loro presunto bersaglio (accordo di non divulgazione firmato il 23.11.2018).

2020: Investigatore principale (coordinatore) del progetto collaborativo "Biologia strutturale per la salute umana", tempo di raccolta dati e spese di missione assegnati presso il sincrotrone ELETTRA a Basovizza (TS) (numero di proposta: 20195202). Il progetto coinvolgeva ricercatori dell'Università di Sapienza, dell'IBPM-CNR, dell'IIT, dell'Università di Chieti e dell'Università dell'Aquila.

2019: Investigatore (co-proponente) per il progetto "Innovative small molecules as inhibitors of ribonuclease H function of the HIV-1 reverse transcriptase enzyme", fondi interni di ricerca presso l'Università di Sapienza (bando di ateneo 2018, Università Sapienza, delibera S.A. n. 50/19 del 12.02.2019). PI: prof. R. Costi. Importo del finanziamento: 13.000€.

2018: Investigatore principale (coordinatore) del progetto collaborativo "Caratterizzazione strutturale di macromolecole correlate alla salute umana", tempo di raccolta dati e spese di missione assegnati presso il sincrotrone ELETTRA a Basovizza (TS) (numero di proposta: 20180125). Il progetto coinvolgeva ricercatori dell'Università di Sapienza, dell'IBPM-CNR, dell'IIT, dell'Università di Chieti e dell'Università dell'Aquila.

01.12.2013-30.11.2014: Investigatore (assegnista di ricerca) nel progetto "Isolated domains of aminoacyl tRNA synthetases as a novel therapeutic tool for mt-tRNA mutation associated disease" finanziato dalla Fondazione Telethon (n. GGP13097 del 24/6/2013). PI: prof. Giulia d'Amati. Importo del finanziamento: 218.500 €.

1.12.2010-30.11.2013: Investigatore (assegnista di ricerca) nel progetto FIRB Futuro in Ricerca – 2008 (RBFR08F41U). Titolo del progetto: "Nuovi meccanismi di risposta microbica allo stress ossidativo e nitrosativo". PI: dott. A. Giuffré. Importo del finanziamento: 188.600€.

2009-2012: Partecipazione a una collaborazione internazionale sulla caratterizzazione di nanoparticelle metalliche incorporate in gabbie proteiche, come sospensione o array tridimensionale. La collaborazione coinvolgeva laboratori in Italia, Regno Unito, Canada, Germania e Bulgaria e ha prodotto una pubblicazione su JACS nel 2010.

Presentazioni orali a conferenze:

2.2023: Evidenziazione dell'attività di ricerca della Facoltà di Farmacia e Medicina di Sapienza (Roma, Italia). Titolo del seminario: "Studi strutturali e funzionali per la scoperta di farmaci trypanocidi basati sulla struttura".
5.2022: 3° AIC-BMM Meeting (Fiesole, FI, Italia). Titolo del seminario: "Un approccio basato su frammenti per sviluppare farmaci trypanocidi mirati alla tripanotione reduttasi".
02.2022: Relatore invitato al Meeting degli Utenti dell'ESRF, microsimposio UDM2 "Ligand and fragment screening: enabling technologies for pressing threats", Grenoble (Francia). Titolo del seminario: "Un approccio basato su frammenti per sviluppare farmaci trypanocidi mirati alla tripanotione reduttasi".
02.2020: 1° AI C BMM Group Meeting, Fiesole (FI). Titolo del seminario: "Struttura di PA4063, una proteina legante lo zinco da Pseudomonas aeruginosa".
06.2018: 3° Convegno congiunto AIC-SILS, Roma. Titolo del seminario: "Svelare la funzione delle modifiche post-traduzionali in 14-3-3 di Giardia duodenalis".
04.2012: 6° Convegno Nuove Prospettive in Chimica Farmaceutica (6NPCF), Riccione, Italia. Titolo del seminario: "Bersagli terapeutici in Leishmania: le strutture cristalline della coppia tryparedoxin/tryparedoxin perossidasi".
07.2009: XXIII Conferenza Nazionale SCI, Sorrento, Italia. Titolo del seminario: "La struttura cristallina dell'endo-β-1,3-glucanasi di Pyrococcus furiosus rivela la base strutturale del riconoscimento del substrato".
Altre attività di ricerca:

Membro del Comitato Editoriale delle riviste Frontiers come Editore di Revisione in Biologia Strutturale (sezione specializzata di Frontiers in Molecular Biosciences e Frontiers in Cell and Developmental Biology).
Revisore per riviste internazionali (Scientific Report, Chemico-biological interactions, Journal of Parasitology Research).
Membro del personale della struttura Biocrystal, una piattaforma dedicata alla caratterizzazione strutturale di proteine e complessi proteici, inclusa nel consorzio Instruct-Italia.
Membro del Comitato Organizzativo della conferenza "Cryo-electron microscopy in structural biology: paving the way towards precision biomedicine and biotechnology" tenutasi a Roma, il 10 e 11 ottobre 2019.

Attività didattica:
2022: Titolo del corso "Biochimica e Biotecnologie Biochimiche", insegnamento di biochimica nel corso di laurea in Biotecnologia presso l'Università di Sapienza (SSD BIO/10).
2021-oggi: Membro del Consiglio Accademico del Dottorato in Biochimica presso l'Università di Sapienza.
2021-oggi: Titolo del corso "Basi morfologiche e funzionali della cellula - Biochimica", insegnamento di biochimica nel corso di laurea in Infermieristica San Camillo presso l'Università di Sapienza (SSD BIO/10).
2017-oggi: Titolo del corso "Chimica e Propedeutica Biochimica", insegnamento di chimica e biochimica nei corsi di laurea in Medicina e Chirurgia "A", "B" e "C" presso l'Università di Sapienza (SSD BIO/10).
2017-2021: Titolo del corso "one-day Lab Safety course", buone pratiche di laboratorio e formazione sulla sicurezza dedicata agli studenti del primo anno di dottorato in Biochimica presso l'Università di Sapienza.
2016: Video-lezioni e preparazione agli esami per l'apprendimento a distanza della chimica presso Unitelma Sapienza nell'ambito dell'insegnamento di supporto per i corsi STEM presso Sapienza (Offerta Formativa Aggiuntiva).

Mentoring e tutoraggio:
2022: Supervisore di studenti magistrali: Bianca Alexiev (Chimica e Tecnologia Farmaceutica, in formazione), Sabrina Marsella (Chimica e Tecnologia Farmaceutica, in formazione).
2012-oggi: Formazione diretta e supervisione della ricerca di studenti universitari: Francesco di Chiaro (chimica biologica, laurea magistrale nel gennaio 2013), Alessandra Cipollone (chimica biologica, laurea magistrale nel dicembre 2016), Stefano Mocci (genetica e biologia molecolare, laurea magistrale nel gennaio 2019), Flavio Cennamo (genetica e biologia molecolare, laurea nel gennaio 2022); studenti di dottorato: Gabriella Angiulli (dottorato in Biochimica nel dicembre 2015), Theo Battista (dottorato in Biochimica nel dicembre 2020), Aasia Bibi (dottorato in Biochimica nel febbraio 2021), Lorenzo Antonelli (dottorato in Biochimica, in formazione).
2016-oggi: Attività di tutoraggio per l'apprendimento a distanza della chimica presso Unitelma Sapienza nell'ambito dell'insegnamento di supporto per i corsi STEM presso Sapienza (Offerta Formativa Aggiuntiva).
2004-2006: Contratto di collaborazione riservato agli studenti universitari (150 ore/anno) per supportare l'attività didattica del corso di chimica per la laurea in medicina (assistenza nelle sessioni di laboratorio ed esercizi di stechiometria) presso il Dipartimento di Scienze Biochimiche di Sapienza.

Attività divulgative:
2020-21: Progettazione del percorso educativo "Quando la forma è sostanza: introduzione allo studio strutturale delle proteine" dedicato agli studenti delle scuole superiori, incluso nel catalogo PCTO dell'Università di Sapienza.
2015-2016: Seminari e workshop per l'orientamento professionale e l'educazione scientifica, sponsorizzati dalla Fondazione Telethon, dedicati agli studenti delle scuole superiori a Roma.

Produzione scientifica

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